View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18348_low_2 (Length: 751)

Name: NF18348_low_2
Description: NF18348
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18348_low_2
NF18348_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (12-733)||(29481557-29482277)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 733
Target Start/End: Original strand, 29481557 - 29482277
Alignment:
Q  12 gagatgaactgtagcaatttacacttttcaataaaattattttgcatttataaagtactagtacaaaccaaattttggtatatcttagaagatgaaagag 111  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29481557 gagatgaactatagcaatttacacttttcaataaaattattttgcatttataaagtgctagtacaaaccaaattttggtatatcttagaagatgaaagag 29481656  T
Q  112 gaagggagttaggtttacctgaggaatgccggacaacgtaaagaagaagcctcctataggatgatttgcccaagccatttgctcgattggtccagccaca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29481657 gaagggagttaggtttacctgaggaatgccggacaacgtaaagaagaagcctcctataggatgatttgcccaagccatttgctcgattggtccagccaca 29481756  T
Q  212 tttgagatcagtaagcttgattttctcattgttccatggatatgtttagccaaagcctataacattaccaaaacaaaaaatgaattaagtacataaccaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29481757 tttgagatcagtaagcttgattttctcattgttccatggatatgtttagccaaagcctataacattaccaaaacaaaaaattaattaagtacataaccaa 29481856  T
Q  312 atttaactccaagaaattaattatagtttaaaactgtttacttagatctctctatttgttttcattagtttcttttcccatgtaccaaaacaataataca 411  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29481857 attta-ctccaagaaactaattatagtttaaaactgtttacttagatctctctatttgttttcattagtttcttttcccatgtaccaaaacaataataca 29481955  T
Q  412 actgaagagaagtctttatctgccatttataactcacctcagggccttcaagcttattcttcattcggagaagcttggtaatcaaaggagtagcaaaaga 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29481956 actgaagagaagtctttatctgccatttataactcacctcagggccttcaagcttattcttcattcggagaagcttggtaatcaaaggattagcaaaaga 29482055  T
Q  512 atttttattcctcttgattgaagtgtgtgctttcctgacaaattggagaggatttgaaattgggatgtcttgtaatttcggtactgacacgtgatagtaa 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29482056 atttttattcctcttgattgaagtgtgtgctttcctgacaaattggagaggatttgaaattgggatgtcttgtaatttcggtactgacacatgatagtaa 29482155  T
Q  612 gtaatatggttaccccaagcacccttttcggtctttaacatatcctgcactatttggtaatctttaatgtgccttgtgtttgctatgaccaatgcagttg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29482156 gtaatatggttaccccaagcacccttttcagtctttaacatatcctgcactatttggtaatctttaatgtgccttgtgtttgctatgaccaatgcagttg 29482255  T
Q  712 aactaaaagctcttgatctata 733  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  29482256 aactaaaagctcttgatctata 29482277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University