View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18354_low_9 (Length: 406)

Name: NF18354_low_9
Description: NF18354
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18354_low_9
NF18354_low_9
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (38-393)||(4652162-4652517)
chr7 (40-388)||(4665579-4665927)
chr7 (40-388)||(4629553-4629901)
chr7 (40-391)||(4671284-4671635)
chr7 (45-391)||(4660450-4660796)
chr7 (40-391)||(4642348-4642699)
chr7 (40-391)||(4635501-4635852)
chr7 (105-391)||(4784956-4785242)
chr7 (105-391)||(4817385-4817671)
chr7 (108-301)||(4676737-4676930)
chr7 (105-352)||(4713226-4713473)
chr7 (336-391)||(4676945-4677000)
chr7 (105-352)||(4854596-4854843)
chr7 (278-361)||(4862771-4862854)
chr7 (215-337)||(4698365-4698487)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (40-391)||(18926860-18927211)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 393
Target Start/End: Original strand, 4652162 - 4652517
Alignment:
Q  38 accttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaac 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4652162 accttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagtcccatcatcatgcacacaactcaac 4652261  T
Q  138 gccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttt 237  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652262 gccagcttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttt 4652361  T
Q  238 taaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacac 337  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652362 taaaccaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacac 4652461  T
Q  338 atcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaatacccta 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652462 atcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaatacccta 4652517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 40 - 388
Target Start/End: Original strand, 4665579 - 4665927
Alignment:
Q  40 cttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgc 139  Q
    |||||||||||||  ||| |||||| ||| |||| |||||   ||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||    
T  4665579 cttcttcactcactaccaattgcaatgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgc 4665678  T
Q  140 caacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcatttttta 239  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4665679 caacttgcaataatatttcaagtactcatctgtgatagaatcccttacgaatggatcaactatttgttcaattgccacaccttcatcgtaacatttttta 4665778  T
Q  240 aacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacat 339  Q
    ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4665779 aaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacat 4665878  T
Q  340 cagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaata 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4665879 cagattttagagttagcctttggagcatataatattcgggatccaaata 4665927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 40 - 388
Target Start/End: Original strand, 4629553 - 4629901
Alignment:
Q  40 cttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgc 139  Q
    |||||||||||||  ||| |||||| ||| |||| |||||   ||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||    
T  4629553 cttcttcactcactaccaattgcaatgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgc 4629652  T
Q  140 caacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcatttttta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||| |    
T  4629653 caacttgcaataatatttcaagcactcaactgtgatagaatcccttaagaatggatcgactatttgttcaatcgccacaccttcattatggcatttttga 4629752  T
Q  240 aacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacat 339  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |    
T  4629753 aaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccaaacgagtacacgt 4629852  T
Q  340 cagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaata 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  4629853 cagattttagagttagcctttggagcatatagtattcgggatccaaata 4629901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 40 - 391
Target Start/End: Original strand, 4671284 - 4671635
Alignment:
Q  40 cttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgc 139  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||| || |||| |||||   ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  4671284 cttcctcactcaccaccaattgcaacacaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagttccatcatcatgcaagcaactcaacgc 4671383  T
Q  140 caacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcatttttta 239  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  4671384 caacttgcaataatattccaaacactcacccgtgatagaatcccttaggaatgaatccagtatttgttcaatcgccacaccttcatcgtagcatctttta 4671483  T
Q  240 aacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacat 339  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4671484 aaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaatgagtacacat 4671583  T
Q  340 cagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| ||||||||    
T  4671584 ctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaataccc 4671635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 45 - 391
Target Start/End: Original strand, 4660450 - 4660796
Alignment:
Q  45 tcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaact 144  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || |||| |||||   ||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  4660450 tcactcaccaccaattgcaacacaaactctaaacccccaaccacttgactcattgaaggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaacttaacgccaact 4660549  T
Q  145 tgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaa 244  Q
    |||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  4660550 tgcaataatattccaaacactcatccgtgatagaatcttttagggatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcatcatagcatcttttaaacca 4660649  T
Q  245 acaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagat 344  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  4660650 acaaactagactagttgtattcttatccaaatcgcgaaccaatggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacttcagat 4660749  T
Q  345 tttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  4660750 tttagagttaacctttggagcatatagtattggggatccaaataccc 4660796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 40 - 391
Target Start/End: Original strand, 4642348 - 4642699
Alignment:
Q  40 cttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgc 139  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||   ||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4642348 cttcctcactcaccaccaattgcaacgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgc 4642447  T
Q  140 caacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcatttttta 239  Q
    |||||||||||||||||  || |||||  | ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||     
T  4642448 caacttgcaataatattctaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttg 4642547  T
Q  240 aacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacat 339  Q
    ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4642548 aaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaattacgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaacgagtacacat 4642647  T
Q  340 cagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| ||||||||    
T  4642648 ctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaataccc 4642699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 40 - 391
Target Start/End: Original strand, 4635501 - 4635852
Alignment:
Q  40 cttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgc 139  Q
    |||| ||||||||| | | |||||||||| |||| |||||   ||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4635501 cttcctcactcaccactaattgcaacgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgc 4635600  T
Q  140 caacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcatttttta 239  Q
    |||||||||| ||||||  || |||||  | ||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||     
T  4635601 caacttgcaaaaatattcaaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccaccatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttg 4635700  T
Q  240 aacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacat 339  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4635701 aaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgt 4635800  T
Q  340 cagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    | ||||| ||||| |||||||||| |||||| || || ||||| ||||||||    
T  4635801 ctgatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatctaaataccc 4635852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 105 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4785242 - 4784956
Alignment:
Q  105 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 204  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||| |  | | ||| || ||||| || |    
T  4785242 cgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatat 4785143  T
Q  205 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 304  Q
     ||||||| ||| |||||||| ||| ||| ||| |||| ||  | | | ||||||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||    
T  4785142 cttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtctcgcacacaa 4785043  T
Q  305 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  4785042 cacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaataccc 4784956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 105 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4817671 - 4817385
Alignment:
Q  105 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 204  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||| |  | | ||| || ||||| || |    
T  4817671 cgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatat 4817572  T
Q  205 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 304  Q
     ||||||| ||| |||||||| ||| ||| ||| |||| ||  | | | ||||||| | ||||||||||||   |||||||| || ||||| ||||||||    
T  4817571 cttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaccgaaccaacgggggtctcgcacacaa 4817472  T
Q  305 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  4817471 cacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcgcatgtagtattctggatccaaataccc 4817385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 108 - 301
Target Start/End: Original strand, 4676737 - 4676930
Alignment:
Q  108 tgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgtt 207  Q
    ||||| ||||||| ||||| | ||||||||  |||  | |||||||||| |||  |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4676737 tgagtcccatcattatgcaaataactcaacatcaaagttcaataatattacaaaaactcctctatgatagaattccttaggaatggatccactatttgtt 4676836  T
Q  208 caattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcaca 301  Q
     ||||||||||  |||| | || ||| ||| |||| ||||||||| ||| |  || ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  4676837 taattgccacatattcaccctaacatctttgaaaccaacaaactaaactagtcgtcttcttgtctaaatcgcgaaccaaaggcggcctagcaca 4676930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 105 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 4713473 - 4713226
Alignment:
Q  105 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 204  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||  || ||| ||| || ||||| || |    
T  4713473 cgttgatttccatcaccatgcaaacaactcaacaccatttcacaataacatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaacgggtccaccatct 4713374  T
Q  205 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 304  Q
     ||||| |  ||||||||||| ||| |||||||| ||||||  ||| |   |  || | | ||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||    
T  4713373 cttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaa 4713274  T
Q  305 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagt 352  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  4713273 cacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagt 4713226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 336 - 391
Target Start/End: Original strand, 4676945 - 4677000
Alignment:
Q  336 acatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4676945 acatccgattttagagttagcctttggagcatgtaatattcaggatccaaataccc 4677000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 105 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 4854843 - 4854596
Alignment:
Q  105 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 204  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||  || ||| |||||| ||||| || |    
T  4854843 cgttgatttccatcaccatgcaaacaactcaacaccatttgacaataaaatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaatgggtccaccatct 4854744  T
Q  205 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 304  Q
     ||||| |  ||| ||||||| ||| |||||||| ||||||  ||| |   |  || | |||||||||||   | || ||||||||||||| ||||||||    
T  4854743 cttcaactatcactccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcacttttttcttatccaataaatgatccaaaggtggtctcgcacacaa 4854644  T
Q  305 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagt 352  Q
    || ||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4854643 catctcaagaagtacatcaccgaaagagtacacatcagactttagagt 4854596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 278 - 361
Target Start/End: Original strand, 4862771 - 4862854
Alignment:
Q  278 acgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttg 361  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  4862771 acgaaccaatggtggtctcgcacacaacacctcaagaaggacaacaccgaaagaatacacgtcggattttagagtcaacctttg 4862854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 215 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 4698487 - 4698365
Alignment:
Q  215 cacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaaga 314  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||  ||| || | |||| ||| ||| | ||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4698487 cacaccttcattgtaacatctttggaaccaaaagactaaactcgcttttttcttttccaaagaacgaaccaaaggtggtctcgcacacaatacctcaaga 4698388  T
Q  315 agcaccacaccgaatgagtacac 337  Q
    ||||| ||||| || ||||||||    
T  4698387 agcacaacaccaaaagagtacac 4698365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 40 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 18927211 - 18926860
Alignment:
Q  40 cttcttcactcacctccatttgcaacgcatactccaaacctataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgc 139  Q
    |||| ||||||||| |||  |||||| || |||||||||  | ||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  18927211 cttcgtcactcaccaccaactgcaacacagactccaaactcacaaccacttgattcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaactcaacgc 18927112  T
Q  140 caacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcatttttta 239  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || | |||||||||| |||| ||||||||||| || || |||| |||||  |||||||||||||| ||| ||| |    
T  18927111 caacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgatagaatccctcaggaatggatctacgatctgtttaattggaacaccttcatcgtaacatctttga 18927012  T
Q  240 aacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacat 339  Q
    ||| ||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18927011 aaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgt 18926912  T
Q  340 cagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 391  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  18926911 cagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaataccc 18926860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University