View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18355_low_2 (Length: 762)

Name: NF18355_low_2
Description: NF18355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18355_low_2
NF18355_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-748)||(7265019-7265750)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 7265750 - 7265019
Alignment:
Q  19 aatctgacacactaatacaaacatgcttaatttgaaacttgatcaatattcttttgaaacagagcggaggacctaactgggagctaccattaggaaggag 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7265750 aatctgacacactaatacaaacatgcttaatttgaaacttgatcaatattcttttgaaacagagtggaggacctaactgggagctaccattaggaaggag 7265651  T
Q  119 agactcaaaaacagcaagtctaaggggctcaaacaaaaacattcccccaccaaatgccaccattgaaggtctcttaacatttttcaagcgtcaaggcctt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7265650 agactcaaaaacagcaagtctaaggggctcaaacaaaaacattcccccaccaaatgccaccattgaaggtctcttaacatttttcaagcgtcaaggcctt 7265551  T
Q  219 gatgaagtagaccttgttgccctctcaggtggaactttcaaattcttaaccacattttctatcagtgttacataatattacttctctgtcttgtaataat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7265550 gatgaagtagaccttgttgccctctcaggtggaactttcaaattcttaaccacattttctattagtgttacataatattacttctctgtctcgtaataat 7265451  T
Q  319 tgtcacgtttacacacaaa--ttattcttaaaagagcgtcacttcataatataggtgcacatacaattggtgtggcaaaatgtgcaacattcaagcaaag 416  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7265450 tgtcacgtttacacacaaaaattgttcttaaaagagcgtcacttcataatgtaggtgcacatacaattggtgtggcaaaatgtgcaacattcaagcaaag 7265351  T
Q  417 actatacaaccaaaatggaaacaaccaaccagattcgaatctagaaaaaacattttactttggtttgaaatcaatgtgcccaagatcaggtggtgacaac 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7265350 actatacaaccaaaatggaaacaaccaaccagattcgaatctagaaaaaacattttactttggtttgaaatcaatgtgcccaagatcaggtggtgacaac 7265251  T
Q  517 attatttctcccttggactttggttccccaagaatgtttgataatacctattacaaactcttacttaggggaaaaggattgcttaattcagatgaagtgc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7265250 attatttctcccttggactttggttccccaagaatgtttgataatacctattacaaactcttacttaggggaaaaggattgcttaattcagatgaagtgc 7265151  T
Q  617 ttctcacaggaagtgttaaggagactcgtgacctggtgaagaaatatgcacaagatgagagtctcttctttcaacaatttgccttgtctatgatcaagtt 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7265150 ttctcacaggaagtgttaaggagactcgtgacctggtgaagaaatatgaacaagatgagagtctcttctttcaacaatttgccttgtctatgatcaagtt 7265051  T
Q  717 ggggaaccttcgtcctctcactggatttaatg 748  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7265050 ggggaaccttcgtcctctcactggatttaatg 7265019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University