View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18358_low_1 (Length: 542)

Name: NF18358_low_1
Description: NF18358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18358_low_1
NF18358_low_1
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (7-528)||(48653201-48653722)
chr1 (36-528)||(48617762-48618254)
chr1 (46-508)||(11547332-11547794)
chr1 (316-524)||(48661637-48661845)
chr1 (320-528)||(48585408-48585616)
chr1 (25-246)||(48661897-48662118)
chr1 (320-528)||(48628947-48629155)
chr1 (320-528)||(48667228-48667436)
chr1 (315-528)||(48639981-48640194)
chr1 (41-145)||(48667587-48667691)
chr1 (20-161)||(48629286-48629427)
chr1 (43-246)||(48585690-48585893)
chr1 (43-246)||(48640263-48640466)
chr1 (97-365)||(48656812-48657080)
chr1 (471-512)||(48656665-48656706)
chr1 (196-256)||(48629203-48629263)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-528)||(19665107-19665610)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (55-528)||(27224057-27224524)
chr8 (25-528)||(27228248-27228757)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (351-510)||(44044489-44044648)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 48653722 - 48653201
Alignment:
Q  7 tcgaagaatatgagatcggaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttg 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653722 tcgaagaaaatgagatcggaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttg 48653623  T
Q  107 ctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattgg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653622 ctgcaaagggtgcttctgtcattttcatcacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattgg 48653523  T
Q  207 tgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgtt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653522 tgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgtt 48653423  T
Q  307 ggaaaaccctttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653422 ggaaaaccctttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatg 48653323  T
Q  407 tagctgatgaacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttccc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48653322 tagctgatgaacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccaccgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttccc 48653223  T
Q  507 ttcaaatgaagaaccttatatt 528  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  48653222 ttcaaatgaagaaccttatatt 48653201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 36 - 528
Target Start/End: Original strand, 48617762 - 48618254
Alignment:
Q  36 tcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatg 135  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  48617762 tcatatccttcttatctcttatccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactagcaaagtgtcttgctgcaaagggtgcttctgtcatcttcatc 48617861  T
Q  136 acaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttg 235  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  48617862 acaacagagaaagctggcaaagacataagaactgttaacaatatcattgaaaaatcactcacttcaattggtgatggttctcttacttttgagttcttag 48617961  T
Q  236 atgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgttggaaaaccctttgtttctcaaatgatcaa 335  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||   |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48617962 atgatggtttagaagatgatcatcctcttagaggaaatcttttaggctacatagaacatctcaaacttgttggaaaaccctttgtttctcaaatgatcaa 48618061  T
Q  336 gaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaacatggtattccttctgtt 435  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48618062 gaatcatgctgattcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaatccttttgttccatgggtttgtgatgtagctgatgaacatggtattccttctgct 48618161  T
Q  436 ttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaaccttatatt 528  Q
    || |||||| ||||||| ||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||    
T  48618162 ttgttatggattcaatcaactgctgttttttctgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcacaaacagaaccttatatt 48618254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 46 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 11547794 - 11547332
Alignment:
Q  46 cttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaa 145  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||| || ||| | |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |    
T  11547794 cttatctcttttccaggacaaggacacataaaccctcttcttagattagcaaagtgtcttgctgcaaagggtgcttctgtcatcttcatcacaacaaaga 11547695  T
Q  146 gagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgttt 245  Q
     |||||| |||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11547694 aagctggcaaagacatacaaacggttaacaacatcgttgaaaaatcagtcacatcaataggtaatggttctctcacttttgagttctttgatgatggttt 11547595  T
Q  246 agaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgttggaaaaccctttgtttctcaaatgatcaagaatcatgct 345  Q
    | ||||||||||||||||||| | | || ||  ||||||||||| ||| || |||||| |||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |    
T  11547594 acaagatgatgatcctattagggcaaatctttgtggctacatagaacaactaaaactttttgggaaaccttttttgtctcaaatgatcaagaatcatgtt 11547495  T
Q  346 gagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaacatggtattccttctgttttattatggg 445  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547494 gagtcaaacaaaccaatttcttgtatcataaacaatccttttgttccttgggtttgtgatgtagctcatgaacatggtattccttctgttttattatggg 11547395  T
Q  446 ttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttccctt 508  Q
    ||||||||||||| ||| || | |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  11547394 ttcaatccactgcagtttttgctgcttactataactatttcaacaaactggtacattttcctt 11547332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 316 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 48661845 - 48661637
Alignment:
Q  316 tttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||  ||    
T  48661845 tttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgattcaaacaaaccaatttcatgtgtcataaacaatccatttcttccatgggtttgtgatatagcttttg 48661746  T
Q  416 aacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatga 515  Q
    ||||   ||||||||||| ||||||||||  | | |||| ||| ||| || ||| || |||  ||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  48661745 aacacaatattccttctgctttattatggactaattccagtgcagtttttgccgtttgctatgactatgtccacaaattggtacctttcccatcaaatga 48661646  T
Q  516 agaacctta 524  Q
    |||||||||    
T  48661645 agaacctta 48661637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 320 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 48585616 - 48585408
Alignment:
Q  320 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaaca 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||| |||   ||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||    
T  48585616 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgatttaaacaaaccattttcatgtatcataaacaattatttttttccatgggtttgtgatgttgctaatgaaca 48585517  T
Q  420 tggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaa 519  Q
       ||||||||||||||||| ||||  | | ||| |||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||||| |   || ||||||| |||||||||||    
T  48585516 caatattccttctgttttatcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactatgtccacaaattaacacctttccctacaaatgaagaa 48585417  T
Q  520 ccttatatt 528  Q
    |||||||||    
T  48585416 ccttatatt 48585408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48662118 - 48661897
Alignment:
Q  25 gaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctg 124  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  48662118 gaagctcccattcatatcctccttgtttcttttccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactaggaaagtgtcttgctgcaaaaggtgcctctg 48662019  T
Q  125 tcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttt 224  Q
    |||||||||  |||||||| | |||||| ||||||||  ||| |||| || ||||||   | |||| |   ||||| || ||||||||||| |||| |||    
T  48662018 tcattttcaccacaacagagaaagctggcaaagacatgggaattgttgacgacatcaccaacaaattagcaactccgataggtgatggttctctcatttt 48661919  T
Q  225 tgagttctttgatgattgttta 246  Q
     |||||||||||| || |||||    
T  48661918 cgagttctttgatcatagttta 48661897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 320 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 48629155 - 48628947
Alignment:
Q  320 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaaca 419  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||||||    
T  48629155 tttctaaaatgatcaagaatcatgctgattcaagtaaaccaatttcatgtatcatatacaatccttttcttccatgggtttgcgatgtagcttttgaaca 48629056  T
Q  420 tggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaa 519  Q
    ||  |||||||||| ||||| ||||  | | || | ||||||| |  || ||||||| |||||| |||||||||| |||| ||| |||||| |   ||||    
T  48629055 tgacattccttctgctttatcatggaataattctagtgctgttttcgccacttactataactatgtccacaaacttgtaccttttccttcagaaacagaa 48628956  T
Q  520 ccttatatt 528  Q
    |||||||||    
T  48628955 ccttatatt 48628947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 320 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 48667436 - 48667228
Alignment:
Q  320 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaaca 419  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| || || ||| |||| |||||| ||||| |||||  ||||||    
T  48667436 tttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaaccctttttttccatgggttagtgatatagcttttgaaca 48667337  T
Q  420 tggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaa 519  Q
       ||||||||||| ||| ||||||  | | || | ||||||| | |||  || |||  | ||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  48667336 caatattccttctgctttgttatggactaattctagtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaattgttacctttcccttcaaatgaagaa 48667237  T
Q  520 ccttatatt 528  Q
    |||||||||    
T  48667236 ccttatatt 48667228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 315 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 48640194 - 48639981
Alignment:
Q  315 ctttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgat 414  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||| ||    ||| |||| ||||||||||| || ||| ||    
T  48640194 ctttatttcacaaatgataaagaatcatgccgattcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaactatttttttccatgggtttgtgacgttgctaat 48640095  T
Q  415 gaacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatg 514  Q
    |||||   ||||||||||||||| | ||||  | | ||| |||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||||| |   |  ||||||| ||||||    
T  48640094 gaacacaatattccttctgttttgtcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactatgtccacaaattaacatctttccctacaaatg 48639995  T
Q  515 aagaaccttatatt 528  Q
    ||||||||||||||    
T  48639994 aagaaccttatatt 48639981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 41 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48667691 - 48667587
Alignment:
Q  41 tcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaac 140  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||| | ||||| ||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  48667691 tcctccttgtttcttttccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactaggtaaatgtcttgctgcaaagggtgcttctgtcatcttcatcacaac 48667592  T
Q  141 agaaa 145  Q
    |||||    
T  48667591 agaaa 48667587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 48629427 - 48629286
Alignment:
Q  20 gatcggaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgc 119  Q
    |||| |||| |||| ||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  48629427 gatccgaagttccccttcatatcctacttgtttcttttccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactaggaaaatgtcttgctgcaaagggtgc 48629328  T
Q  120 ttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacat 161  Q
     |||||||| || |  |||||||| | ||| || ||||||||    
T  48629327 ctctgtcatctttactacaacagagaaagcaggcaaagacat 48629286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48585893 - 48585690
Alignment:
Q  43 ctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacag 142  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||| || | | |  || | |||| ||||| | ||||||||||||||||  |||| || ||||  |||||||    
T  48585893 ctccttgtctcttttccagcacaaggacacataaaccatcttgttggactaggaaagtatcttgctgcaaagggtgccactgttatcttcaccacaacag 48585794  T
Q  143 aaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattg 242  Q
    | |  ||||| ||| ||||  || ||| ||||||||||||||| |||| |   |||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||||| |    
T  48585793 agacggctggcaaaaacatgcgagctgctaacaacatcattgacaaattagcaactccaattggtgatggtactttcgctttcgagttctttgatgatgg 48585694  T
Q  243 ttta 246  Q
    ||||    
T  48585693 ttta 48585690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48640466 - 48640263
Alignment:
Q  43 ctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacag 142  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||| || | | |  || | |||| ||||| | ||||||||||||||||  |||| || ||||  |||||||    
T  48640466 ctccttgtctcttttccagcacaaggacacataaaccatcttgttggactaggaaagtatcttgctgcaaagggtgccactgttatcttcaccacaacag 48640367  T
Q  143 aaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattg 242  Q
    | |  ||||| ||| ||||  || ||| ||||||||||||||| |||| |   |||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||| ||| |    
T  48640366 agacggctggcaaaaacatgcgagctgctaacaacatcattgacaaattagcaactccaattggtgatggtactttcgctttcgagttctttgacgatgg 48640267  T
Q  243 ttta 246  Q
    ||||    
T  48640266 ttta 48640263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 48657080 - 48656812
Alignment:
Q  97 aagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattca 196  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||  | | |||||| ||||||||   ||||| ||||||||| | | | ||| ||  ||    
T  48657080 aagtgtcttgctgcaaagggttcttctgtcatcttcaccacaacgcagaaagctggcaaagacatggaaactgctaacaacataactaacaaaacaacca 48656981  T
Q  197 ctccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagct 296  Q
    ||||||| ||| | ||||  ||||||||||| || ||||| ||| ||||  |||| |||||||| || |||  |  | ||  || ||||| | |||||||    
T  48656980 ctccaatcggtaagggtttcctcacttttgatttatttgacgatggtttgaaagacgatgatcccatgagaacaagtcttggtgactacacatcacagct 48656881  T
Q  297 caaacttgttggaaaaccctttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttc 365  Q
      | | ||| || ||||  | |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  48656880 tgagcatgtcgggaaactatatgtttcccaattgatcaaaaatcatgctgagtcaaaaacaccaatttc 48656812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 471 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 48656706 - 48656665
Alignment:
Q  471 ttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaa 512  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  48656706 ttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaa 48656665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 196 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 48629263 - 48629203
Alignment:
Q  196 actccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatg 256  Q
    |||||||| || |||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  48629263 actccaataggcgatggttgcctcactttcgagttctttgatcattgtttactagatgatg 48629203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 25 - 528
Target Start/End: Original strand, 19665107 - 19665610
Alignment:
Q  25 gaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctg 124  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| |    
T  19665107 gaagcacccattcacatcctccttatctcatatccagcacaaggacacataaaccctcttcttagactagcaaagtgtcttgctgcaaagggttcttcag 19665206  T
Q  125 tcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttt 224  Q
    |||| ||||| || ||||| | |||||| ||||||||   ||||||||||||||||| | | |||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||    
T  19665207 tcatcttcatcactacagagaaagctggcaaagacatgcaaactgttaacaacatcactcacaaatcactcactccaataggtgatggttctctcatttt 19665306  T
Q  225 tgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgttggaaaaccctttgtttct 324  Q
      | |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |  | ||  ||| |||  | |||||||  | |||||||| | |   ||| |||||    
T  19665307 ccacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagagcaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagtttctttct 19665406  T
Q  325 caaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaacatggta 424  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | |||||| ||    
T  19665407 caaatgattaagaatcataatgagtcaaacaaacctatttcttgcatcataaacaatccttttcttccatgggtttgtgatgtagcttctcaacatgata 19665506  T
Q  425 ttccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaacctta 524  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||| || |||  |||||||||||||||  |  ||||||||||    
T  19665507 ttccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaacctta 19665606  T
Q  525 tatt 528  Q
    ||||    
T  19665607 tatt 19665610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 55 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 27224524 - 27224057
Alignment:
Q  55 tatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctgtcattttcatgacaacagaaagagctggaa 154  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||| || ||||| |||||||| | |||||| |    
T  27224524 tatccagcacaaggacacataaatcctatgcttagactaggaaagtgtcttgcatcaaagggttcttctgttatcttcatcacaacagagaaagctggca 27224425  T
Q  155 aagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatga 254  Q
    ||||  | |||||||||||||| |||| |||||||| | ||| |||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||  |||||  ||||||    
T  27224424 aagaattgagaactgttaacaatatcactgaaaaattagtcattccagttggtaatggttctctcacatttcagttctttgatgacggtttatcagatga 27224325  T
Q  255 tgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgttggaaaaccctttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaac 354  Q
    |||||| ||||||  |  |   |||  |||| || |||| ||| | |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||      ||||||||     
T  27224324 tgatcccattagaacaagtcaaactacctacttaccacacctcgagcttgttgggaaacagtttctttctcaaatgatcaagaat------gagtcaaat 27224231  T
Q  355 aaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaacatggtattccttctgttttattatgggttcaatcca 454  Q
    | ||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  27224230 acaccgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccatgggtttgtgatgtagctgttgaaaatgagattccttctgctttattatgggttcaatcta 27224131  T
Q  455 ctgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaaccttatatt 528  Q
     ||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||    
T  27224130 gtgctgttttcgccgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcggttgaagaaccatatatt 27224057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 25 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 27228757 - 27228248
Alignment:
Q  25 gaagctcccattcatgtcctccttatttcttatccagcacaaggacacattaatcctttgcttagtctagcaaagtgtgttgctgcaaagggtgcttctg 124  Q
    |||||||||||  || | |||||| | || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  27228757 gaagctcccatcaatattctccttgtatcatatccagcacaaggacacataaatcctatgcttagattaggaaagtgtcttgcatcaaagggttcttctg 27228658  T
Q  125 tcattttcatgacaacagaaagagctggaaaagacataagaactgttaacaacatcattgaaaaatcattcactccaattggtgatggttcactcacttt 224  Q
    | || ||||| ||||| || | |||||| | |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||| ||||||| ||| | ||    
T  27228657 ttatcttcatcacaactgagaaagctggcagagagttgagaactgttaacaacatcattgataaatcagtcattccagttggtaatggttctctcgcatt 27228558  T
Q  225 tgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgttggaaaaccctttgtttct 324  Q
     ||||||||||| ||  |||||  |||||||||||| ||||||| |    |||||  |||| || |||| ||| | || ||||| |||   ||| |||||    
T  27228557 cgagttctttgaagacggtttatcagatgatgatcccattagagcaagccttactacctacttaccacacctcgagctcgttgggaaaaagtttctttct 27228458  T
Q  325 caaatgatcaagaatcatgctg------agtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||      ||||||| | ||  ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  27228457 caaatgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacactgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccatgggttagtgatgtagctgctgaac 27228358  T
Q  419 atggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaaga 518  Q
      |  |||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||||| |  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  27228357 tcgagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagcttactataactattttcacaaactggtacgtttcccttcgaatgcaga 27228258  T
Q  519 accttatatt 528  Q
    ||||||||||    
T  27228257 accttatatt 27228248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 351 - 510
Target Start/End: Original strand, 44044489 - 44044648
Alignment:
Q  351 aaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaacatggtattccttctgttttattatgggttcaa 450  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||  |||||    
T  44044489 aaacaaaccaatttcatgtatcataaacattccttttgttccatgggtttgtgacgtagctgatgaacatggtattccttatgctttgttatgaattcaa 44044588  T
Q  451 tccactgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttca 510  Q
    ||||||| |||| || | ||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  44044589 tccactgttgtttttgctgctaactataactattttcacaaactggtatgtttcccttca 44044648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University