View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18359_high_3 (Length: 582)

Name: NF18359_high_3
Description: NF18359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18359_high_3
NF18359_high_3
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (15-578)||(53511842-53512417)
chr4 (15-578)||(40692223-40692796)
chr4 (15-578)||(47984928-47985502)
chr4 (15-578)||(55611631-55612202)
chr4 (15-578)||(52918698-52919270)
chr4 (15-520)||(47604143-47604650)
chr4 (15-578)||(45658771-45659342)
chr4 (15-578)||(38989909-38990480)
chr4 (15-578)||(40761602-40762173)
chr4 (15-501)||(53269773-53270273)
chr4 (207-578)||(44108400-44108780)
chr4 (15-244)||(11648359-11648583)
chr4 (422-578)||(13721667-13721823)
chr4 (381-520)||(11648084-11648223)
chr4 (73-222)||(49604884-49605024)
chr4 (96-222)||(34953081-34953202)
chr4 (15-66)||(44108787-44108838)
chr4 (175-222)||(44108637-44108684)
chr4 (318-356)||(34953169-34953207)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (15-578)||(30389232-30389807)
chr3 (15-578)||(16483174-16483745)
chr3 (15-578)||(41973816-41974386)
chr3 (15-578)||(47374012-47374584)
chr3 (15-578)||(48062502-48063074)
chr3 (94-578)||(9127347-9127840)
chr3 (94-578)||(9135454-9135947)
chr3 (15-577)||(49326561-49327130)
chr3 (16-307)||(8485675-8485965)
chr3 (15-215)||(44207002-44207202)
chr3 (15-443)||(21979133-21979567)
chr3 (15-443)||(22001564-22001998)
chr3 (31-244)||(18876791-18876999)
chr3 (312-578)||(8486049-8486325)
chr3 (386-509)||(44207211-44207334)
chr3 (64-297)||(51328186-51328412)
chr3 (375-578)||(53394242-53394443)
chr3 (15-219)||(10493891-10494089)
chr3 (325-443)||(18876558-18876687)
chr3 (92-222)||(9127584-9127708)
chr3 (92-222)||(9135691-9135815)
chr3 (317-356)||(26799630-26799669)
chr3 (171-210)||(27036248-27036287)
chr3 (441-483)||(27036069-27036111)
chr3 (431-483)||(27024812-27024864)
chr3 (171-199)||(27025018-27025046)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (18-578)||(6431660-6432229)
chr5 (15-578)||(32747160-32747735)
chr5 (15-578)||(24855169-24855732)
chr5 (15-222)||(5343114-5343321)
chr5 (196-578)||(1709824-1710215)
chr5 (318-578)||(5343288-5343558)
chr5 (15-165)||(41615535-41615685)
chr5 (251-356)||(17978631-17978736)
chr5 (63-222)||(23248149-23248302)
chr5 (388-483)||(27949123-27949218)
chr5 (15-96)||(31471283-31471364)
chr5 (385-474)||(41615775-41615864)
chr5 (462-521)||(4101961-4102020)
chr5 (254-356)||(23344192-23344294)
chr5 (179-222)||(23344246-23344289)
chr5 (85-166)||(27949330-27949410)
chr5 (431-483)||(25724024-25724076)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (15-578)||(26792311-26792882)
chr7 (15-578)||(7254638-7255209)
chr7 (15-578)||(38264289-38264861)
chr7 (15-578)||(35584308-35584880)
chr7 (15-578)||(38256714-38257286)
chr7 (15-578)||(37998984-37999558)
chr7 (15-578)||(109018-109578)
chr7 (15-578)||(43748448-43749008)
chr7 (27-520)||(33849150-33849652)
chr7 (19-578)||(29331551-29332101)
chr7 (207-575)||(15032010-15032387)
chr7 (15-222)||(45490773-45490980)
chr7 (318-578)||(45490535-45490806)
chr7 (375-578)||(24687134-24687336)
chr7 (15-149)||(15031848-15031982)
chr7 (60-356)||(1377996-1378285)
chr7 (88-222)||(1852686-1852814)
chr7 (189-350)||(26187575-26187735)
chr7 (176-285)||(24686899-24687007)
chr7 (277-351)||(26187534-26187608)
chr7 (15-151)||(19647736-19647870)
chr7 (171-222)||(31326173-31326224)
chr7 (92-222)||(15032029-15032153)
chr7 (92-157)||(24686949-24687013)
chr7 (173-218)||(24687050-24687095)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (18-578)||(5463631-5464201)
chr2 (15-432)||(41962127-41962555)
chr2 (15-578)||(15112590-15113161)
chr2 (15-244)||(34949132-34949355)
chr2 (15-483)||(5937633-5938097)
chr2 (15-301)||(21484439-21484717)
chr2 (325-483)||(24168860-24169017)
chr2 (18-145)||(45536327-45536454)
chr2 (388-483)||(18963886-18963981)
chr2 (58-152)||(24169080-24169174)
chr2 (88-220)||(37127255-37127381)
chr2 (175-285)||(45526765-45526874)
chr2 (385-483)||(34948889-34948988)
chr2 (94-220)||(26414813-26414933)
chr2 (85-166)||(18964086-18964166)
chr2 (250-351)||(34949154-34949255)
chr2 (479-578)||(41962030-41962130)
chr2 (385-448)||(16739010-16739073)
chr2 (92-222)||(34949020-34949150)
chr2 (531-578)||(16739177-16739224)
chr2 (251-349)||(37127283-37127381)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (15-578)||(39598527-39599100)
chr1 (15-578)||(12524156-12524726)
chr1 (15-575)||(3474511-3475079)
chr1 (14-521)||(5749154-5749671)
chr1 (15-520)||(4851711-4852230)
chr1 (62-578)||(10222511-10223034)
chr1 (154-578)||(10312570-10312993)
chr1 (250-578)||(6605095-6605431)
chr1 (15-222)||(14271011-14271218)
chr1 (15-244)||(7563802-7564036)
chr1 (304-521)||(14270830-14271058)
chr1 (360-578)||(21191233-21191451)
chr1 (15-144)||(10311843-10311972)
chr1 (15-144)||(18277275-18277404)
chr1 (15-165)||(30517631-30517781)
chr1 (15-222)||(6604995-6605196)
chr1 (297-578)||(7199007-7199296)
chr1 (388-483)||(29251226-29251321)
chr1 (385-483)||(7564180-7564279)
chr1 (253-350)||(21535209-21535306)
chr1 (98-165)||(21535076-21535143)
chr1 (531-578)||(22334668-22334715)
chr1 (385-483)||(30517870-30517968)
chr1 (92-166)||(7564018-7564091)
chr1 (431-483)||(21535380-21535432)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (15-578)||(24831072-24831642)
chr8 (15-578)||(10972-11544)
chr8 (15-244)||(41835348-41835572)
chr8 (381-520)||(41835073-41835212)
chr8 (139-222)||(28284978-28285056)
chr8 (96-222)||(11457558-11457678)
chr8 (251-355)||(11457554-11457658)
chr8 (314-356)||(38621117-38621159)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (15-578)||(13037204-13037775)
chr6 (375-578)||(480633-480835)
chr6 (388-483)||(12304746-12304841)
chr6 (84-222)||(20819223-20819355)
chr6 (117-222)||(17520395-17520495)
chr6 (251-356)||(20819218-20819323)
chr6 (14-161)||(3513904-3514051)
chr6 (120-201)||(25137977-25138053)
chr6 (255-356)||(28547479-28547580)
chr6 (42-77)||(480876-480911)
chr6 (60-166)||(12304554-12304659)
chr6 (537-578)||(34949847-34949888)
chr6 (254-350)||(25137977-25138073)
[»] scaffold0168 (2 HSPs)
scaffold0168 (15-370)||(16120-16474)
scaffold0168 (375-578)||(12480-12683)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (66-241)||(18266-18436)
[»] scaffold0160 (1 HSPs)
scaffold0160 (60-211)||(16625-16771)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 53512417 - 53511842
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53512417 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 53512318  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53512317 gcaaatttttgtcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgcaaatagacgagttagctctctatttgattgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 53512218  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53512217 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgctgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 53512118  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactcctt-----------gatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||           |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  53512117 caacatgataaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatataaatactccttgatgtctccttgatgcatagataactcaaaaatatcaagaggtttctat 53512018  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53512017 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatgtgtcatttggcaagggagcatgatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccgaaagattca 53511918  T
Q  504 acatttctgatattatgg-nnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||| || ||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53511917 acatttttgttattatggtttttttttcaactgtttatttgtctcatgttgctttaatttatgttatgtacctttg 53511842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 40692223 - 40692796
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40692223 tttatgcggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 40692322  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
      |||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40692323 ttaaatttttgtcattaagttgaggatctttctcatgtggtcgcaaatagattagttagttctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgcggt 40692422  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40692423 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagaccagaccaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 40692522  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
     |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40692523 taacatgatgaagatcctcaacatgctgtaaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagagatttctat 40692622  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  40692623 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaacactttcccgaaagattca 40692722  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||| || ||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  40692723 acatttatgttattatgg-tttttttcaactgtttatttgtcttatgttgattctatttatgttatgtacctttg 40692796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 47984928 - 47985502
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47984928 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacagcatctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 47985027  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  47985028 gcaaatttttgtcattaagttgaggatctttctcatgcggtcgcaaataaatgagttagctctctatttgactgcttgatgaagatcctcagcatgctgt 47985127  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  47985128 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagaccagaccaaatttttgtcattgtgctaaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatgtaa 47985227  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    ||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||           ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47985228 caacatgatgaaaatcctcaacatgctgtcaaaaatatatagatactctttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggtttctat 47985327  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47985328 gagttcgatccttctgtctgccatatgaatatgtcatttggcaaggcagcaagatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccgaaagattca 47985427  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||| ||||    
T  47985428 acatttctgttattatggttttttttcaactgtttatttgtcttatgttgattctatttatgttatgtacatttg 47985502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 55611631 - 55612202
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55611631 tttatgttgtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccagttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 55611730  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55611731 gcaaatttttgtcattaagctgatgatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttaactctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 55611830  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  55611831 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctttataa 55611929  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-------cata---tataactcaaaaatatcaagaggtttctatg 404  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        |||   ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55611930 cggcatgataaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgtctccttgatagactataactcaaaaatatcaagaggttgctatg 55612029  T
Q  405 agttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaa 504  Q
    |||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||     
T  55612030 agttagatcttgctgcctgcaagatgaatatgtcatttgacaaggcagcaggatctaagtcaaagaaatcctcttgaaaacatcttcccaaaagattcat 55612129  T
Q  505 catttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||| || |||||| |         || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  55612130 catttatgttattat-gattttttttaattgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 55612202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 52918698 - 52919270
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  52918698 tttatgtggtccacaacatccaaggacctatataaatacatcctctccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccat 52918797  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| || |||| |  |||| ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||| ||  ||||||||    
T  52918798 gcaaatttttgtcattaagctgaggatattcctcacgttgtcgcaaatagatgagttagctctctgtttgacggcgttatgaagatcttctgcatgctgt 52918897  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918898 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaaattttgtcattgtgtcgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 52918996  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||           ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52918997 caacatgatgaagattctcagcatgctgtcaaaaatatatagatagtccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctat 52919096  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  52919097 gagttagatcgtgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattca 52919196  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  52919197 tcatttttgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacttttg 52919270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 15 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 47604650 - 47604143
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||    
T  47604650 tttatgtggtccacaacttccaaggacctctataaatacatcctctccagttttgagcttcaataccattaaaacacat--------caaagaaaaccat 47604559  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  47604558 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgttgt 47604459  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47604458 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagaccagaccaaatttttgtcattgtgcttaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 47604359  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    || |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||           || | ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  47604358 cagcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatat-tagatactccttgatgcctccttgatacagagataactcaaaaatatcaagaggttgatat 47604260  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  47604259 gagttagatcttgctgtctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaataccttcctaaaagattca 47604160  T
Q  504 acatttctgatattatg 520  Q
     ||||| || |||||||    
T  47604159 tcatttatgttattatg 47604143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 45658771 - 45659342
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45658771 tttatgtggtcgacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccgattttcagcatcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 45658870  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||||    
T  45658871 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcatgttgtcgtaaatagatgagttagctctctatttgacggcatgatgaacatcttctgcatgctgt 45658970  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| |   ||||||| |||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45658971 caaaaatacaaacaaacacaccaaatagacca-tgcaaatttatgtcatcgtgctaaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 45659069  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  45659070 cagcatgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgccttcttgatacatatataagtaaaaaatatcaagaggttgctat 45659169  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||||    
T  45659170 gagttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagacagcaggatccaacttaaagaaatcctcttgaaaacaacttcccaaaatattca 45659269  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || | |||| |         |||| |||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  45659270 tcatttatgttgttatcgttttttt--aactatttatttgtcttatgttgcttctatttatgttatgtacctttg 45659342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 38989909 - 38990480
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38989909 tttatgtggtccacaatatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcaggttcaacaccatcgaaacacacaaacacaacaaagaataccat 38990008  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| || || || |||| |  |||||||||| ||||||||||||||| |||||| || | ||||||||| ||  ||||||||    
T  38990009 gcaaatttttgtcattaagctgagtattttcctcacgttgtcgtaaatatatgagttagctctctttttgacggcgttatgaagatcttctgcatgctgt 38990108  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38990109 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgttaaggatcttgctcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 38990207  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  38990208 cagcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgttat 38990307  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  38990308 gagtttgatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagtaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttttcaaaagattca 38990407  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || ||||||||         ||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38990408 tcatttatgttattatggttttttt--aaccgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 38990480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 40761602 - 40762173
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  40761602 tttatgcgttccacaacatccaaggacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacatcatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccat 40761701  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40761702 gcaattttttgtcattaagctgaggatctttctcttgcggtcgcaaatagatgagttaactctctatttgattgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 40761801  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  40761802 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctattttaaatatatagatctctatataa 40761900  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    |  |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||           |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40761901 ccgcatgatgaagatcctcagcatgctgtcgaaaatatataaatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctat 40762000  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  40762001 gagttagatcttgctgcctgtcagatgaatatgtcatttggcaaggcaacttgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttccgaaaagattca 40762100  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || | |||| |         ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  40762101 tcatttatgtttttattgttttttt--aactgttgatttgtcttatgttgcttcaatttatgctatgtacctttg 40762173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 15 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 53270273 - 53269773
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53270273 tttatgtgatccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccggttttcagcttcaataccaccaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 53270174  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||    
T  53270173 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgtcgtaaatagatgagttaactctctatttgacggcgtgatgaagatcttctacatgctgt 53270074  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaa----atatatagatctctat 310  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |    |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    ||||||| || | |||    
T  53270073 caaaaatacaaacaaacacaccaaagagacca-tgtaaatttatgtcattgtactgaggatctttctcatgttgttttaaatatatatatatatatatat 53269975  T
Q  311 ataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggttt 399  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||||||     
T  53269974 ataacaacatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttg 53269875  T
Q  400 ctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaaga 499  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||    
T  53269874 ctatgagttagatcgtgctgtctgccagatgaatatgttatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatccttttgaaaacactttcccaaaaga 53269775  T
Q  500 tt 501  Q
    ||    
T  53269774 tt 53269773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 207 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 44108780 - 44108400
Alignment:
Q  207 catgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagaga-caagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||||||  || ||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  44108780 catgctgtcaaaaatacaaacaagcacaccaaagagatcatg--caaatttttgtcatactgctgatgatctttctcatgctattttaaatatatagatc 44108683  T
Q  306 tctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaaga 394  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||           ||| ||||||| ||||||||||||    
T  44108682 tctatataacagcatgatgaagatcctcaacatgctatcaaaaatatacagatactccttgatgcctccttgatacatagataactctaaaatatcaaga 44108583  T
Q  395 ggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccg 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||    
T  44108582 ggtttctatgagttcgatccttctgtctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatcgaactcaaagaaatccccttgaaaacacctttacg 44108483  T
Q  495 aaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  44108482 aaagattcaacatttatgttattatgg-tttttttcaactgtttatttgtcttatgttgattctatttatgttatgtacctttg 44108400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 11648583 - 11648359
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11648583 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagcttcaataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 11648484  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||  |||| ||||| |     |||||||||||||||| || |||||||||||  || |||||| |    
T  11648483 gcaattttttgtcattaagctgaggatttttctcatgttgtcgcaaatata-----tagctctctatttgacggcgtgatgaagatctacatcatgctat 11648389  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagac 244  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11648388 caaaaatacaaacaaacacaccaaagagac 11648359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 422 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 13721823 - 13721667
Alignment:
Q  422 tgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatgg 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  13721823 tgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcagaatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacgccttcccaaaagattcatcatttatgttattatgg 13721724  T
Q  522 nnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
             || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13721723 tttttttttaattgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 13721667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 381 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 11648223 - 11648084
Alignment:
Q  381 caaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttg 480  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| | || ||| ||||||||||||||| ||| | |||  | || |||| ||||||||||||||||||||    
T  11648223 caaaaatatcaagaggttgctatgagttagatcttgctaccttccagatgaatatgtcgttttgtaagacaacatgatctaactcaaagaaatcctcttg 11648124  T
Q  481 aaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatg 520  Q
    |||| || ||||| ||||||||| ||||| || |||||||    
T  11648123 aaaatacattcccaaaagattcatcatttatgttattatg 11648084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 73 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 49605024 - 49604884
Alignment:
Q  73 ttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagtta 172  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||    ||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| |     ||    
T  49605024 ttcattaccagcaaaacacacacacacacc----aaaaccatggaaatttttgtcattatgctaaagatctttttcatgaggtcgcaaataaa-----ta 49604934  T
Q  173 gctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  49604933 gctctctatctaagtgcatgatgaagatgttcaacatgttgtcaaaaata 49604884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 96 - 222
Target Start/End: Original strand, 34953081 - 34953202
Alignment:
Q  96 acacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatg 195  Q
    |||||||||| ||||||| | |  ||||| |||||  ||| | ||||||||| ||||||||| |||||||  |     ||||||||||||||||||||||    
T  34953081 acacaccaaaaaaaaccaagaatttttttgtcattgtgctgaagatctttcttatgcggtcgcaaatagacaa-----ctctctatttgactgcatgatg 34953175  T
Q  196 aagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  34953176 aagatcttcagcatgctgtcaaaaata 34953202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 44108838 - 44108787
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggtt 66  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  44108838 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggtt 44108787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 175 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 44108684 - 44108637
Alignment:
Q  175 tctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44108684 tctctatataacagcatgatgaagatcctcaacatgctatcaaaaata 44108637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 318 - 356
Target Start/End: Original strand, 34953169 - 34953207
Alignment:
Q  318 catgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatag 356  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34953169 catgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatatatag 34953207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 30389807 - 30389232
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30389807 tttatgtggtccacaacatccaatgacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 30389708  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30389707 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcatacagtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 30389608  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30389607 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagaccagaccaaatttttgtcattgtgctgaggatttttctcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 30389508  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgcat-----ata-------taactcaaaaatatcaagaggtttcta 402  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |     |||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  30389507 caacatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagattaactcaaaaatatcaagaggtttcta 30389408  T
Q  403 tgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattc 502  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  30389407 tgagttcgatccttctgcctaccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaagatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaacacctgcacgaaagattc 30389308  T
Q  503 aacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||||| || ||||||||        |||||||||||||||||  ||||  ||  ||||||||||||||||||||    
T  30389307 aacatttatgttattatggttttttttcaactgtttatttgtcttatgtttattctatttatgttatgtacctttg 30389232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 16483745 - 16483174
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16483745 tttatgttgtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccagttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 16483646  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16483645 gcaaatttttgtcattaagctgatgatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttaactctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 16483546  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  16483545 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctttataa 16483447  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-------cata---tataactcaaaaatatcaagaggtttctatg 404  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        |||   ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16483446 cggcatgataaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgtctccttgatagactataactcaaaaatatcaagaggttgctatg 16483347  T
Q  405 agttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaa 504  Q
    |||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||     
T  16483346 agttagatcttgctgcctgcaagatgaatatgtcatttgacaaggcagcaggatctaagtcaaagaaatcctcttgaaaacatcttcccaaaagattcat 16483247  T
Q  505 catttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||| || |||||| |         || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16483246 catttatgttattat-gattttttttaattgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 16483174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 41973816 - 41974386
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||    
T  41973816 tttatgtggtccacaacatccaaggacctttataaatacatcttctccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataacat 41973915  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |  |||| ||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||    
T  41973916 gcaaatttttatcattaagctgaggatcttcctcacgttgtcgcaaat--atgagttagctctctatttgacagcgtgatgaagatcttctgcatgctgt 41974013  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||||||||||||||||  || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41974014 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgccgatgatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 41974112  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||           || | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41974113 caacatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacagagataactcaaaaatatcaagaggttgctat 41974212  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  41974213 gagttagatcttgctgtctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaagatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattca 41974312  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || ||||||||         ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||    
T  41974313 tcatttatgttattatggttattttt-aactgtttatttgtctcatggtgtttcaatttatgttatgtacctttg 41974386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 47374012 - 47374584
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47374012 tttacgtgatccacaaaatccaaggacctctataaatacatcctctccgattttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 47374111  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  47374112 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgtggtcgcaaatagatgagttatctctttatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgc 47374211  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47374212 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttattattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 47374310  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    |  |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||           |||||||||  | | ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  47374311 cggcatgatgaatatcatcaacatgctgtcaaaaatatatagatactctttaatgcctccttgatagagagataactcaaaaatattaagaggttgctat 47374410  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||  | ||| || |||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  47374411 gagttagatattgctgtctaccagatgaatatgtcatttggcaaggcaacatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcctaaaagattca 47374510  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     |||||||| ||||||||         |||||| |||||||||  ||||| || |||||||||| ||||||||||    
T  47374511 tcatttctgttattatggcttttttt-aactgtctatttgtcttatgttgtttcaatttatgttgtgtacctttg 47374584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 48063074 - 48062502
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48063074 tttatgtggtccacgacatccaaggacctctataaatacattctctccggttttcagcttcaacaccattaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccat 48062975  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||    
T  48062974 gcaaatttttgtcattaagttgaggatcttcctcatgttgtcgcaaatatatgagttagctctctatttgacggcgtgatgaagatcttctgcatgctgt 48062875  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48062874 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-ttcaaatttttgtcattatgctgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagttctctatataa 48062776  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||           ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  48062775 cagcatgatgaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagatactctttgatgcctccttgatacacagataactcaaaaatatcaagaggttgttat 48062676  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
     |||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  48062675 aagttagatcttgctgtctgccagatgaatatgtcatttggcaagacaacaagatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacactttcccaaaagattca 48062576  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || ||||||||         || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48062575 tcatttatgttattatggtttttttt-aattgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 48062502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 94 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 9127840 - 9127347
Alignment:
Q  94 aaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatga 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9127840 aaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagttgaggatctttctcatgccgtcgcaaatagatgaattagctctctatttgacggcatga 9127741  T
Q  194 tgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgtttta 293  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  9127740 tgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatacaaacaaacacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgtttta 9127642  T
Q  294 aatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactca 382  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||| ||||||||    
T  9127641 aatatatagatctctatataacagcatgatgaagaacctcatcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatagatagataactca 9127542  T
Q  383 aaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaa 482  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9127541 aaaatatcaagaggttgctatgagttagatcttgctgcctaccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaa 9127442  T
Q  483 aagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    || |||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |         |||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9127441 aacaccttcccaaaagattcatcatttctgttattatcgtttttttt-aactgtttatttatcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 9127347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 94 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 9135947 - 9135454
Alignment:
Q  94 aaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatga 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9135947 aaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagttgaggatctttctcatgccgtcgcaaatagatgaattagctctctatttgacggcatga 9135848  T
Q  194 tgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgtttta 293  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  9135847 tgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatacaaacaaacacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgtttta 9135749  T
Q  294 aatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactca 382  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||| ||||||||    
T  9135748 aatatatagatctctatataacagcatgatgaagaacctcatcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatagatagataactca 9135649  T
Q  383 aaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaa 482  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9135648 aaaatatcaagaggttgctatgagttagatcttgctgcctaccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaa 9135549  T
Q  483 aagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    || |||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |         |||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9135548 aacaccttcccaaaagattcatcatttctgttattatcgtttttttt-aactgtttatttatcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 9135454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 577
Target Start/End: Original strand, 49326561 - 49327130
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49326561 tttatgtggtccgcaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcaacttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccat 49326660  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| | || |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||    
T  49326661 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttccccacgttgtcgcaaatatatgagttagctctctatttgacggcgtgatgaagatcttctccatgctgt 49326760  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||||| |   |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  49326761 caaagatacaaacaatcataccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctaaggatctttctcatgctgttttaaatatacagatctttatataa 49326859  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
     | |||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||           || | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49326860 aagcatgatgaagatcctcatcatgttgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacacagataactcaaaaatatcaagaggttgctat 49326959  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  49326960 gagttagatcttgctgtctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaacatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacacattcccaaaagattca 49327059  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtaccttt 577  Q
     ||||| || ||||||||         |||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  49327060 tcatttatgttattatggttttttt--aactgtttattt-tctcatgttgcttcaatttatattatgtaccttt 49327130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 307
Target Start/End: Original strand, 8485675 - 8485965
Alignment:
Q  16 ttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatg 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||  || | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  8485675 ttatgtggtccacaacatccaaggacatatataaatacattctctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacaaaacaaagaaaaccatg 8485774  T
Q  116 caaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtc 215  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||| |||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||  |||||||||    
T  8485775 cacatttttgtcattaagctaaggatcttcctcacgttgtcgcaaatagatgagttagctctctatttgatggcatgatgaagatcttctgcatgctgtc 8485874  T
Q  216 aaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctc 307  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||| |   |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8485875 aaaaatacaaaaaagtacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtactgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctc 8485965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 15 - 215
Target Start/End: Original strand, 44207002 - 44207202
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44207002 tttatgtggtcctcaacatccaaggacctctataaatatatcctcttcggtttccagcttcaataccatcacaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 44207101  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44207102 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 44207201  T
Q  215 c 215  Q
    |    
T  44207202 c 44207202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 443
Target Start/End: Original strand, 21979133 - 21979567
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21979133 tttatgtggtccacaacagccaatgacctctataaatacaccctctctggttttcagcttcaataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 21979232  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||     || ||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||    
T  21979233 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcacgcggttgcaaatagat-----agttctctatttgattgcgtgatgaagatcttcagcatgctgt 21979327  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagaga-caagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttg-ttttaaatatatagatctctatat 312  Q
    ||||||||  ||||| ||||| ||||||| || ||  || |||||||||||||| ||||||| ||| | ||| ||     ||||| || | ||||||| |    
T  21979328 caaaaataagaacaaacacacaaaagagaccatga--aattttttgtcattgtgctgaggatctttgtgatgctgccgcaaaatagattgctctctatgt 21979425  T
Q  313 aacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttct 401  Q
      || |||| | |||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||           |||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||  |    
T  21979426 gccagcatggtgaagatcctcatcatgctttcaaaaatatatagatactcattgctgcctccttgatagatagataacttaaaaatatcaagaggttgtt 21979525  T
Q  402 atgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttg 443  Q
    |||||||  ||| | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  21979526 atgagttatatcttgctgcctgccagatgaacatgtcatttg 21979567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 443
Target Start/End: Original strand, 22001564 - 22001998
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22001564 tttatgtggtccacaacagccaatgacctctataaatacaccctctctggttttcagcttcaataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 22001663  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||     || ||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||    
T  22001664 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcacgcggttgcaaatagat-----agttctctatttgattgcgtgatgaagatcttcagcatgctgt 22001758  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagaga-caagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttg-ttttaaatatatagatctctatat 312  Q
    ||||||||  ||||| ||||| ||||||| || ||  || |||||||||||||| ||||||| ||| | ||| ||     ||||| || | ||||||| |    
T  22001759 caaaaataagaacaaacacacaaaagagaccatga--aattttttgtcattgtgctgaggatctttgtgatgctgccgcaaaatagattgctctctatgt 22001856  T
Q  313 aacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttct 401  Q
      || |||| | |||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||           |||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||  |    
T  22001857 gccagcatggtgaagatcctcatcatgctttcaaaaatatatagatactcattgctgcctccttgatagatagataacttaaaaatatcaagaggttgtt 22001956  T
Q  402 atgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttg 443  Q
    |||||||  ||| | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22001957 atgagttatatcttgctgcctgccagatgaacatgtcatttg 22001998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 31 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 18876999 - 18876791
Alignment:
Q  31 catccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcatt 130  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18876999 catccaatgacctctataaatacaccctctctggttttcagctacaataccagcaaaatacacaaacataccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcatt 18876900  T
Q  131 aagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaac 230  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||     | | ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||     
T  18876899 aagctgaggatctttctcacgcggtcgtaaataga-----ttgttctctatttgactgcgtgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatacgaacaaa 18876805  T
Q  231 cacaccaaagagac 244  Q
    ||||| ||||||||    
T  18876804 cacacaaaagagac 18876791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 312 - 578
Target Start/End: Original strand, 8486049 - 8486325
Alignment:
Q  312 taacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttc 400  Q
    ||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||           ||| |||||||||||||||||| ||||| |    
T  8486049 taacagcatgatgaagatcctaagcatgatgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaaaaggttac 8486148  T
Q  401 tatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagat 500  Q
    |||||||| |||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  8486149 tatgagttagattttgctgcatgctagatgaatatgtcatttggcaaggtagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacacattcccaaaagat 8486248  T
Q  501 tcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||| ||||| || ||||||||         |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8486249 tcatcatttatgttattatggtttttttt-aactgtttttttgtcttttgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 8486325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 386 - 509
Target Start/End: Original strand, 44207211 - 44207334
Alignment:
Q  386 atatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaag 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  44207211 atatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgtcagatgaataagtcatttggcaaggcagcatgatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaac 44207310  T
Q  486 accttcccgaaagattcaacattt 509  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  44207311 accttcctgaaagattcaacattt 44207334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 64 - 297
Target Start/End: Original strand, 51328186 - 51328412
Alignment:
Q  64 gttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaata 163  Q
    ||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||| | ||||| |||||    
T  51328186 gttttcatcttcatttccagcaaaacacacaaacacgccaaagaaaaccaagcaaatttttgtcattaagttgaggatctttctcacgtggtcgcaaata 51328285  T
Q  164 gatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcat 263  Q
    ||     || |||||||||  || || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   |  || ||||||||||    
T  51328286 ga-----taactctctattgaaccgcgtgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatacaaacaaacacaccaaagaaac--catgaattttttgtcat 51328378  T
Q  264 tgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaata 297  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  51328379 tgtgatgatgatctttctcatgatgttttaaata 51328412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 375 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 53394443 - 53394242
Alignment:
Q  375 ataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatc 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| |||||||| |||||    
T  53394443 ataactcaaaaatatcaagaggttgttatgagttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagataacatgatcaaactcaaaaaaatc 53394344  T
Q  475 ctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacc 574  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||         ||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  53394343 ctcttg-aaacaccttcccaaaagattcatcatttatgttattatggttattttt-aactgtttatttgtcttatgttgtttttatttatgttatgtacc 53394246  T
Q  575 tttg 578  Q
    ||||    
T  53394245 tttg 53394242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 10493891 - 10494089
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||  |  | |||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  10493891 tttatgtggtccacaacgtccatagacctctataaataagtatt-tccgattttcatcttcatttccaacaaaacacacaaacacaaaaaagaaaaccat 10493989  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||||||||||  |||||| |||||||     || |||||||||||||| | ||||||||||| | | || |||||    
T  10493990 gcaaatttttgtcattaagctgatgatctttctcacacggtcgcaaataga-----taactctctatttgactacgtgatgaagatcttgagcaagctgt 10494084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 325 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 18876687 - 18876558
Alignment:
Q  325 aagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatc 413  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||           ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  18876687 aagatcctcagcatgctttcaaaaatatatagatactccttgttgcctccttgatagatagataactcaaaaatatcaagaggttgctatgagttagatc 18876588  T
Q  414 cttctgcctgccagatgaatatgtcatttg 443  Q
     |  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18876587 ttgatgcctgccagatgaacatgtcatttg 18876558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9127708 - 9127584
Alignment:
Q  92 acaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcat 191  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||  ||  |||||| |     ||| ||||||| | || ||||    
T  9127708 acaaacacaccaaag-agaccatgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatata-----tagatctctatataacagcat 9127615  T
Q  192 gatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9127614 gatgaagaacctcatcatgctgtcaaaaata 9127584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9135815 - 9135691
Alignment:
Q  92 acaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcat 191  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||  ||  |||||| |     ||| ||||||| | || ||||    
T  9135815 acaaacacaccaaag-agaccatgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatata-----tagatctctatataacagcat 9135722  T
Q  192 gatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9135721 gatgaagaacctcatcatgctgtcaaaaata 9135691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 26799669 - 26799630
Alignment:
Q  317 acatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatag 356  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26799669 acatgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatatatag 26799630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 27036287 - 27036248
Alignment:
Q  171 tagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27036287 tagctctctatttgactgcatgatgaagaacgtcaacatg 27036248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 441 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27036111 - 27036069
Alignment:
Q  441 ttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  27036111 ttggcaagggagcaggatctaactcaaaacaatcctcttgaaa 27036069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 431 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27024864 - 27024812
Alignment:
Q  431 aatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  27024864 aatatctcagttggcaaggcagcaggatctaactcaaaataatcctcttgaaa 27024812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 171 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 27025046 - 27025018
Alignment:
Q  171 tagctctctatttgactgcatgatgaaga 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27025046 tagctctctatttgactgcatgatgaaga 27025018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 578
Target Start/End: Original strand, 6431660 - 6432229
Alignment:
Q  18 atgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgca 117  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6431660 atgtggtccacaacatccaagaacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaatgccatcaaaatacacaaacacaccaaagaaaatcatgca 6431759  T
Q  118 aatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaa 217  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6431760 aatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaa 6431859  T
Q  218 aaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaa 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6431860 aaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcatcgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaa 6431958  T
Q  318 catgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgag 406  Q
    |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||           |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6431959 catgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatatatatatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctatgag 6432058  T
Q  407 ttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaaca 506  Q
    || |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||    
T  6432059 ttagattgtgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacatcttcccaaaagattcatca 6432158  T
Q  507 tttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||| ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6432159 tttctgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 6432229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 32747735 - 32747160
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32747735 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttctgcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 32747636  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32747635 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggttgcaaatagatgaggtatctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 32747536  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatata---gatctctata 311  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||    
T  32747535 caaaaatacaaacaagcaccccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttataaatatatagatgatctctata 32747437  T
Q  312 taacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttc 400  Q
    ||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  32747436 taacggcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatagatagataactcaaaaatatcaagaggttgc 32747337  T
Q  401 tatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagat 500  Q
    |||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  32747336 tatgagttagatcttgttgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacactttcccaaaagat 32747237  T
Q  501 tcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||| |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32747236 tcatcatttctgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 32747160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 24855169 - 24855732
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaa-cca 113  Q
    |||||||| ||| |||||| |||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||    
T  24855169 tttatgtggtccgcaacattcaaggacatctataaatacatactctccggttttcagcttcaacaccatcaaagcacacaaacataacaaagaaaaacca 24855268  T
Q  114 tgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctg 213  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||| || | |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||| ||    
T  24855269 tgcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctgacgttgtcgcaaataaatgagttagctctctatttgacagcgtgatgaagatcttctgcatggtg 24855368  T
Q  214 tcaaaa-atacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatat 312  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||||||||| |  | || |||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  24855369 tcaaaatatacaaacaagtacaccaaagagaccatgc-aagtttttgtcattgtgctgaggatctttctcatactgttttaaatatataggtctctatat 24855467  T
Q  313 aacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgat 412  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  24855468 aacagcatgatgaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatatatactccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctatgagttagat 24855567  T
Q  413 ccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctg 512  Q
    | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||| ||    
T  24855568 cttgctgcctaccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatctaactcacagaaatcttcttgaaaacattttcccaaaagattcatcatttatg 24855667  T
Q  513 atattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||||||         |||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  24855668 ttattatggtttttttt-aactatttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtatctttg 24855732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Original strand, 5343114 - 5343321
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5343114 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 5343213  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5343214 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcacgcgatcgcaaatagatgagttatctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 5343313  T
Q  215 caaaaata 222  Q
    ||||||||    
T  5343314 caaaaata 5343321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 196 - 578
Target Start/End: Original strand, 1709824 - 1710215
Alignment:
Q  196 aagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaa 295  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||      
T  1709824 aagatcctcagcatgctgtcaaaaatacaaacaagcacaccaaatagaccatgc-aaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctggtttatg 1709922  T
Q  296 tatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaa 384  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||            ||| ||||||||||    
T  1709923 tatatagatctctatataaccgcatgatgaagatcctccacatgatgtcaaaaatatatagatactccttgatgtctccttggtagatagataactcaaa 1710022  T
Q  385 aatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaa 484  Q
    ||||| |||||||| || |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1710023 aatattaagaggttgctttgagttagatcgtgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagacagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaa 1710122  T
Q  485 gaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     |||||||  ||||||| | |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  1710123 caccttcctaaaagatttatcatttctgttattatgggttttttt-aactgtttatttgtcttatgctgcttcaatttatgttatgtacctttg 1710215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 318 - 578
Target Start/End: Original strand, 5343288 - 5343558
Alignment:
Q  318 catgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgag 406  Q
    |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  5343288 catgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataacacaaaaatatcaagaggttgctatgag 5343387  T
Q  407 ttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaaca 506  Q
    || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  5343388 ttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaagatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattcatca 5343487  T
Q  507 tttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||| || ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5343488 tttatgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 5343558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Original strand, 41615535 - 41615685
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||     
T  41615535 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctatcaatacaccctctccggttttcaacttcaataccatcaaaacagacaaacacacgaaagaaaaccac 41615634  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaataga 165  Q
     ||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  41615635 acaaatttttgtcattaagcggaggatctttctcacgcggtcgaaaataga 41615685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 251 - 356
Target Start/End: Original strand, 17978631 - 17978736
Alignment:
Q  251 aaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaat 350  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  17978631 aaatttttatcattgtgttgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctttatataacagcaagatgaagatcctcatcatgctgtcaaaaat 17978730  T
Q  351 atatag 356  Q
    ||||||    
T  17978731 atatag 17978736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 23248302 - 23248149
Alignment:
Q  63 ggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaat 162  Q
    |||||||| ||||  | ||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||  | | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  23248302 ggttttcatcttcttttccaccaaaacccacaaacacaacaaagaaa-ccatggaaatttttgtcattgtgatgaggatctttctcatgcgatcgtaaat 23248204  T
Q  163 agatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    ||||     | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23248203 agat-----atctctctatttgattgcatgatgaagatcttcaacatgctgtcaaaaata 23248149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 388 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27949218 - 27949123
Alignment:
Q  388 atcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  27949218 atcaagaggtttctatgagttagatcttgcttcctgccagatgaataagtcatttgacaaggaagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaa 27949123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 96
Target Start/End: Original strand, 31471283 - 31471364
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaa 96  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  31471283 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaataccccctctctggttttgagcttcaatactagcaaaacacacaaa 31471364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 385 - 474
Target Start/End: Original strand, 41615775 - 41615864
Alignment:
Q  385 aatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatc 474  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| |||||||    
T  41615775 aatatcaagaggtttctatgagctagatcttgctgtttgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaagatctagctcagagaaatc 41615864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 462 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 4102020 - 4101961
Alignment:
Q  462 actcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatgg 521  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4102020 actcgaagaaatcctcttgaaaacaacttcccaaaagattcatcatttctgttattatgg 4101961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 254 - 356
Target Start/End: Original strand, 23344192 - 23344294
Alignment:
Q  254 tttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatata 353  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| |||   || ||| | ||  |||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  23344192 tttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttgcaaatagataacactttatttgacggcatgatgaagatcttcaacatgctgtaaaaaatata 23344291  T
Q  354 tag 356  Q
    |||    
T  23344292 tag 23344294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 222
Target Start/End: Original strand, 23344246 - 23344289
Alignment:
Q  179 tatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  23344246 tatttgacggcatgatgaagatcttcaacatgctgtaaaaaata 23344289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 27949410 - 27949330
Alignment:
Q  85 aaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagat 166  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||  ||| | ||||||||| |||  |||| ||||||||    
T  27949410 aaaacacacaaacacaccaaag-aaaccatgaaattttttgtcattgtgctgaagatctttctaatgttgtcgcaaatagat 27949330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 431 - 483
Target Start/End: Original strand, 25724024 - 25724076
Alignment:
Q  431 aatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||  |||||||||||||    
T  25724024 aatatgtcagttggcaaggcagcaagatctaactcaaaacaatcctcttgaaa 25724076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 26792882 - 26792311
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26792882 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 26792783  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26792782 gcaaatttttgtcattaagttgtggatctttctcattcggtcgcaaatagataagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 26792683  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26792682 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagaccagaccaaatttttgtcattgtgctgaggatctt--tcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 26792585  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           || | ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  26792584 caacatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacacagataactcaaaattatcaagaggttgctat 26792485  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  26792484 gagttagatcttgctgtctgcctgatgaatatgtcacttggcaaggtagatggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattca 26792385  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || ||||||||         ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26792384 tcatttatgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 26792311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 7254638 - 7255209
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7254638 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccagttttcagcttcaaaaccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 7254737  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7254738 gcaaatttttgtcattaagttgaggatctttctca-gcggtcacaaatagatgagttagctccctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 7254836  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagaga-caagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatata 313  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7254837 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagagcatg--caaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatata 7254934  T
Q  314 acaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttcta 402  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||| ||||||||||||||| ||||  || |||    
T  7254935 acaacatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatagatagataactcaaaaatattaagatattgcta 7255034  T
Q  403 tgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattc 502  Q
    |||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  7255035 tgagttagatcttgctgcctaccagatgaatatgtcatttggcaaggcatcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacatcttcccaaaagattc 7255134  T
Q  503 aacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    | |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7255135 atcatttctgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 7255209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 38264289 - 38264861
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38264289 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctcaccagttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccat 38264388  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38264389 gcaaatttaagtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 38264488  T
Q  215 caaaaatac-aaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatata 313  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38264489 caaaaatacaaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatata 38264587  T
Q  314 acaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttcta 402  Q
    ||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  38264588 acttcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatattaagaggttgcta 38264687  T
Q  403 tgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattc 502  Q
    |||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  38264688 tgagttagatcttgctgccttccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacatcttcccaaaagattc 38264787  T
Q  503 aacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    | |||||||| ||| ||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38264788 atcatttctgttatcatggttttttt--aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 38264861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 35584308 - 35584880
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||    
T  35584308 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcagcttgaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaatatcat 35584407  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35584408 gcaaatttttgtcattaagatgaagatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 35584507  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| |   |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35584508 caaaaatacaaacgagcacaccaaagagacca-tgcaaacttttgtcattgtgatgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 35584606  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    |  |||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||           |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35584607 ccgcatgatgaagatcctcatcatgttgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctat 35584706  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  35584707 gagttagatcttgctgcctgccggatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattca 35584806  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     |||||||  ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35584807 tcatttctattattatggtttttttt-aactgtttatttgtctaatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 35584880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 38256714 - 38257286
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38256714 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctcaccagttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccat 38256813  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38256814 gcaaatttaagtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 38256913  T
Q  215 caaaaatac-aaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatata 313  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38256914 caaaaatacaaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatata 38257012  T
Q  314 acaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttcta 402  Q
    ||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||           ||| ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  38257013 acttcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatatatactccttgatgcctccttgatatatagataactcaaaaatattaagaggttgcta 38257112  T
Q  403 tgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattc 502  Q
    |||||| |||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  38257113 tgagttagatcttgttgccttccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacatcttcccaaaagattc 38257212  T
Q  503 aacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    | |||||||| ||| ||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38257213 atcatttctgttatcatggttttttt--aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 38257286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 37999558 - 37998984
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| |||||||||| | || ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37999558 tttatgtggtccacaacattccaagacctccataaatacatcattttcggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaatcat 37999459  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||| |||| |  |||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |   ||||||||    
T  37999458 gcaaatttttgtcattaagccgaggatcttcctcacgttgtcgcaaatagatgagttagttctctatttgacggcgtgatgaagatcttatgcatgctgt 37999359  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||| |||||||||||  |||| |||||||| | | |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37999358 caacaatacaaacaagaacacgaaagagaccata-caaattattgtcaatgtgttgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 37999260  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagagg-tttcta 402  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||           ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37999259 cggcatgataaagatcctcagcatgttgtcaaaaatatatagatactctttgatgcctccttcatacatagttaactcaaaaatatcaagaggatttcta 37999160  T
Q  403 tgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattc 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  37999159 tgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatcgaactcaaataaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattc 37999060  T
Q  503 aacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  37999059 aacatttctgttattatggttttttttcaactgtttatttgtcttatgttgattctatttatgttatgtacctttg 37998984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 109578 - 109018
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  109578 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaacacatcctctccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacgaacacaacaaagaaaatcat 109479  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |  |||  ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||  ||  |||| |||    
T  109478 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgtcacaaatagatgagttagctctctgtttgacggcgtgatgaagattttctgcatgttgt 109379  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  109378 caaaaatacaaacaaacaaaccaaagagaccatac-aaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctgtttcaaatatatagatctttatataa 109280  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatcc 414  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||     
T  109279 caacatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatacatatataactcaaaaatatcaagaggttgttatgagttagatct 109180  T
Q  415 ttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgat 514  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||| |||||||| |||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| |    
T  109179 tgctgcctgctagatgaatatgtcatttggcaagatagcatgatctaacttaaagaaattctcttgaaaacatcttcccaaaagattcatcatttctgtt 109080  T
Q  515 attatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||| |||         ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  109079 attgtggttttttt--aactgtttatttgtcttatgttgcttccatttatgttatgtacctttg 109018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 43748448 - 43749008
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  43748448 tttatgtgatccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggtttttagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccat 43748547  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |  |||| ||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||||  |  ||||||||    
T  43748548 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgtcgcaaatagatgagttagctctctgtttggcggcgtgatgaagatctactgcatgctgt 43748647  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| |  | ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  43748648 caaaaatacaaacaagcacaccaaatagaccatgc-aaatttttgtcattgtgctgatgatctttctcatgctgttttaaatatatagatctttatataa 43748746  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatcc 414  Q
    ||  ||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  43748747 cagtatgatgaagatcctcaacatgctgtaaaaaatatatagatactccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctatgagttagatcc 43748846  T
Q  415 ttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgat 514  Q
    |  || ||| || |||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||| ||||| || |    
T  43748847 tgttgtctgtcaaatgaatatgtcatttggcaaggcaacatgatctaactcaaagaaatcctcttggaaacatcttcccaaaagattcatcatttatgtt 43748946  T
Q  515 attatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43748947 attatggttttttt--aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 43749008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 27 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 33849652 - 33849150
Alignment:
Q  27 acaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttat 126  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |    
T  33849652 acaacatccaaggatctctataaatacatcatctccgattttcagcttcaacaccataaaaacacacaaacacaaaaaagaataccatgcaaatttttgt 33849553  T
Q  127 cattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaa 226  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |  |||| ||||||||||||||||||| | |||||  || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  33849552 cattaagctgaggatcttcctcacgttgtcgcaaatagatgagttagctctttgtttgatggcgtgatgaagatcttctgcatgctgtcaaaaatacaaa 33849453  T
Q  227 caaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaa 326  Q
    ||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33849452 caagcacaccaaagagacatg--caaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgatgaa 33849355  T
Q  327 gatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatcct 415  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||           |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |    
T  33849354 gatcctcaacatgctatcaaaaatatatagatactccttgatgcctctttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctatgagttagatcgt 33849255  T
Q  416 tctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgata 515  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||| ||    
T  33849254 gctgcctgccagatgaatatgtcatgtggcaaggcagcatgatttaactcaaagaaatcctcttgaaaacacattcccaaaagattcatcatttctgtta 33849155  T
Q  516 ttatg 520  Q
    |||||    
T  33849154 ttatg 33849150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 578
Target Start/End: Original strand, 29331551 - 29332101
Alignment:
Q  19 tgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaa 118  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||                 |    
T  29331551 tgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacaca-----------------a 29331633  T
Q  119 atttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaa 218  Q
    ||||||  ||||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||| ||||||||||| | | |||||| |||||||||||||| |    ||| |||||||    
T  29331634 atttttgacattaagctgaggatcttcctcatgatgtcgcaaataaatgagttagctttttgtttgacggcatgatgaagatcttttgtatg-tgtcaaa 29331732  T
Q  219 aatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaac 318  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| |  | ||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29331733 aatacaaacaagcacatcaaagagaccatgc-aaatttttgtcattgttatgagaatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacagc 29331831  T
Q  319 atgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagt 407  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  29331832 atgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagagattgttatgagt 29331931  T
Q  408 tcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacat 507  Q
    | |||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||| || | || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29331932 tagatcttgctgcctaccaaatgaatatgtcatttggcatggcaacaagatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattcatcat 29332031  T
Q  508 ttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||| ||||||||         ||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29332032 ttctgttattatggtttttttt-aaccgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 29332101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 207 - 575
Target Start/End: Original strand, 15032010 - 15032387
Alignment:
Q  207 catgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032010 catgctgtcaaaaatacaaacaagcacaccaaagagaccatgc-aaatttttgtcattgtactgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatct 15032108  T
Q  307 ctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagag 395  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||           ||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  15032109 ctatataacaacatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactctttgatgcctccttgatacacatataactcaaaaatatcaagag 15032208  T
Q  396 gtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccga 495  Q
    ||| ||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  15032209 gttgctatgagttagatcttgctgtctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaagatctagctcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaa 15032308  T
Q  496 aagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacct 575  Q
    ||||||||  |||| || ||||||||         |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  15032309 aagattcattatttatgttattatggttttttaa-aactttttatttgtctcctgttgcttcaatttatgttatgtacct 15032387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 45490980 - 45490773
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45490980 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttctcagcttcaataccattaaaacacacaaacacaccaaagaaaatcat 45490881  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45490880 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcagtcgcaaatagatgatttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 45490781  T
Q  215 caaaaata 222  Q
    ||||||||    
T  45490780 caaaaata 45490773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 318 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 45490806 - 45490535
Alignment:
Q  318 catgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgag 406  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45490806 catgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataagtcaaaaatatcaagaggtttctatgag 45490707  T
Q  407 ttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaaca 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  45490706 ttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagatagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaatcatcttcccgaaagattcaaca 45490607  T
Q  507 tttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||| || ||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||||| |||||||    
T  45490606 tttatgttattatggttttttttcaactgtttatttgtcttatgttgattctatttatgttatgcacctttg 45490535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 375 - 578
Target Start/End: Original strand, 24687134 - 24687336
Alignment:
Q  375 ataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||||||||    
T  24687134 ataactcaaaaatatcaagaggttgctatgagttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatgtggcaagccagcaagatctaactcaaagaaatc 24687233  T
Q  475 ctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacc 574  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||    
T  24687234 ctcttgaaaacaccttcccaaaagattcgtcatttctgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtcttatgttgcttctatttatgttatgtacc 24687332  T
Q  575 tttg 578  Q
    ||||    
T  24687333 tttg 24687336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 149
Target Start/End: Original strand, 15031848 - 15031982
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15031848 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccgattttcagcttcaacgccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccat 15031947  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctca 149  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||| ||||    
T  15031948 gcaaatttttctcattaagttgaggatcttcctca 15031982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 60 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 1378285 - 1377996
Alignment:
Q  60 tccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgta 159  Q
    ||||||||||| ||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  | ||||||||||   || ||  |    
T  1378285 tccggttttcatcttcatttccaaccaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaaacatatgatctttctctcacgatcaca 1378186  T
Q  160 aatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttg 259  Q
    ||||||     ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| ||   |  || ||||||    
T  1378185 aataga-----tagctctctatttgactgcgtgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaattacaaccaaacacaccaaagaaac--catgaattttttg 1378093  T
Q  260 tcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatag 356  Q
    |||||| |  |||||| |  || ||||||| | ||||| |||| ||| ||| | ||| ||| ||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  1378092 tcattgcgccgaggatctacctaatgttgtctcaaatagatagctctttatttgacatcattatgtagatcttcagcatgttgtcaaaaatatatag 1377996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 88 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 1852814 - 1852686
Alignment:
Q  88 acacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgact 187  Q
    |||||||||| ||| ||||||| | ||| ||| |||| |||||  ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||      |||||||||||||||    
T  1852814 acacacaaacccacgaaagaaatc-atggaaaattttgtcattgtgctgaggatcttcctcatgcggtcgcaaatagatt-----gctctctatttgact 1852721  T
Q  188 gcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1852720 gcatgatgaagatcttcaacatgctgtcaaaaata 1852686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 350
Target Start/End: Original strand, 26187575 - 26187735
Alignment:
Q  189 catgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttg 288  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| || |   |||||||||||||||||| ||||| | |  || ||||||    
T  26187575 catgatgaagatcctcaacatgttgtcaaaaatacaaagaaacacaccaaagaaacta-tgcaaatttttgtcattgtgctgagggtctacctaatgttg 26187673  T
Q  289 ttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaat 350  Q
    |   ||||| |||| ||||||| ||||| ||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||    
T  26187674 tcgcaaatagatagctctctatttaacagcattatgtagatcttcagcatgctttcaaaaat 26187735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 176 - 285
Target Start/End: Original strand, 24686899 - 24687007
Alignment:
Q  176 ctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagaga-caagaccaaatttttgtcattgtgttgagga 274  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  |||||||||||||||||| | ||||    
T  24686899 ctctatttgattgcgtgatgaagatcttcaccatgctgtcaaaaatacaaacaaacacaccaaagagatcatg--caaatttttgtcattgtgctaagga 24686996  T
Q  275 tatttctcatg 285  Q
    | ||| |||||    
T  24686997 tctttgtcatg 24687007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 277 - 351
Target Start/End: Original strand, 26187534 - 26187608
Alignment:
Q  277 tttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaata 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||    
T  26187534 tttctcatgttgttttaaatatatagctttctatataacaacatgatgaagatcctcaacatgttgtcaaaaata 26187608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 19647870 - 19647736
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| |||||||| |||| | |||| |||||||| ||  | || |||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19647870 tttatgtggtccacaacgtccagaaacctttataaataaatgtt-tctggttttcagcttcttttccagcaaaacacacaaacacaccaaag-aaaccat 19647773  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatg 151  Q
    | ||| |||| |||||  ||| |||||||| ||||||    
T  19647772 gtaaacttttgtcattgtgctgaggatcttcctcatg 19647736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 171 - 222
Target Start/End: Original strand, 31326173 - 31326224
Alignment:
Q  171 tagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  31326173 tagctctctatttgactgcttgatgaaaatcttcagcatgctgtcaaaaata 31326224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Original strand, 15032029 - 15032153
Alignment:
Q  92 acaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcat 191  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||   || |||||||||||||||  ||  |||||| ||     || ||||||| | ||  |||    
T  15032029 acaagcacaccaaagaga-ccatgcaaatttttgtcattgtactgaggatctttctcatgttgttttaaatatat-----agatctctatataacaacat 15032122  T
Q  192 gatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15032123 gatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaata 15032153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 157
Target Start/End: Original strand, 24686949 - 24687013
Alignment:
Q  92 acaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcg 157  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||| ||||    
T  24686949 acaaacacaccaaagagatc-atgcaaatttttgtcattgtgctaaggatctttgtcatgctgtcg 24687013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 218
Target Start/End: Original strand, 24687050 - 24687095
Alignment:
Q  173 gctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaa 218  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24687050 gctctctatgtgccagcatgatgaagatcctcaacatgctttcaaa 24687095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 578
Target Start/End: Original strand, 5463631 - 5464201
Alignment:
Q  18 atgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgca 117  Q
    ||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5463631 atgtggtccacaacatccaagcacatctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgca 5463730  T
Q  118 aatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaa 217  Q
     |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5463731 tatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctattagactgcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaa 5463830  T
Q  218 aaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaa 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||      
T  5463831 aaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatatctacataacgt 5463929  T
Q  318 catgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgag 406  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||           ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  5463930 catgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactcattgatgcctccttgatagatagataactcaaaaatattaagaggttgctatgag 5464029  T
Q  407 ttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaaca 506  Q
    || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  5464030 ttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattcatca 5464129  T
Q  507 tttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||| ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  5464130 tttctgttattatggtttttttttaactgtttatttgtcttatgttgcttcaatctatgttgtgtacctttg 5464201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 15 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 41962555 - 41962127
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41962555 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaataaaatcaaaacatacaaacacaccaaagaaaaccat 41962456  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  41962455 gcaaacttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgtatgatgaagatcctcagcatgctgt 41962356  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41962355 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagaccagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatctttctcatgttattttaaatatatagatctctatataa 41962256  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    || |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||           ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41962255 cagcatgatgaagatcctcagtatgctgtcaaaaatatatagatactgcttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagagctttctat 41962156  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaa 432  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41962155 gagttcgatccttctgcctaccagatgaa 41962127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 15112590 - 15113161
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15112590 tttatgtggtccacaacacccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacgcaaacacaccaaagaaaaccat 15112689  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||| |||| |  |||| |||||||||| ||  ||||||||||||  || ||||||||||| || |||||||||    
T  15112690 gcaaatttttgtcattaagttgaggatcttcctcacgttgtcgcaaatagatgaattttctctctatttgatggcgtgatgaagatcttctacatgctgt 15112789  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  15112790 caaaattacaaacaaacacactaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgttgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctatatataa 15112888  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    || |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||           ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||  |||    
T  15112889 cagcatgatgaagatcttcagcatgctttcaaaaatatatagatactctttgatgcctccttgatacatagataagtcaaaaatatcaagaggttgttat 15112988  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||    
T  15112989 gagttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggtaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaacttctcaaaagattca 15113088  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || |||||| |          |||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15113089 tcatttttgttattattgcttttttc--actgtttatttgtcttatgttgcttctatttatgttatgtacctttg 15113161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 34949355 - 34949132
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34949355 tttatgtggtccacaacatccaatgacctctataaatacaccctctccgattttcagct-caataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 34949257  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||    ||||||||||||     |||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||    
T  34949256 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcacattgtcgtaaataga-----tagctctctatttgacagcgtgatgaagatcttcagcatgctgt 34949162  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagac 244  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34949161 caaaaatacaaacaaacacaccaaagagac 34949132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 483
Target Start/End: Original strand, 5937633 - 5938097
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||| | |||||    
T  5937633 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagtttcaataccaacaaaacacacgaacacatcaaag-agaccat 5937731  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |  |||| |||||||     |||||||||||||||| || ||||||||||| |||  |||||||    
T  5937732 gcaaatttttatcattaagttgatgatctttctcacgttgtcgcaaataga-----tagctctctatttgacggcgtgatgaagatcttcagtatgctgt 5937826  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||  |  |||||| ||||||| |  ||   ||||| |||| ||||||| | |    
T  5937827 caaaaatacaaacaaacacaccaaagagacca-ttcaaatttttgtcattaagcggaggatctttctcacgcggtcgcaaatagatagctctctatttga 5937925  T
Q  315 ------caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgcat-atataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagt 407  Q
          | ||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||  ||  | || |||  |  | ||| |    |||||||||||||||||||||||    
T  5937926 ccgcgtccacatgatgaagatcttccgcatgctgacaaaaatatata--tatacatttatggttgctctaatt--tgaatatcaagaggtttctatgagt 5938021  T
Q  408 tcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    | |||| | || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  5938022 tagatcttgctccctgccacatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatctagctcagagaaatcctcttgaaa 5938097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 301
Target Start/End: Original strand, 21484439 - 21484717
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||  |  | || |||||||| ||||| |  || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21484439 tttatgtggtccacaacgtccagagacctctataaataagtatt-tctggttttcatcttcattttcagcaaaacacacaaacacaccacagaaaaccat 21484537  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||| | ||||| ||||||||     |||||| | |||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  21484538 gcaaattttg-tcattaagttgaggatttttctcacgtggtcgcaaatagat-----agctctttgtttgaccgcgtgatgaagatcttcaacatgctgt 21484631  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatata 301  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| || | | ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  21484632 aaaaaatacaaacaaacacaccaaagaaaccata-caattttttgtcattgtgttgaggatcttactcatgttgtattaaatatata 21484717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 325 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 24169017 - 24168860
Alignment:
Q  325 aagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgc 424  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| | ||||||||    
T  24169017 aagatcctcagcatgctttcaaaaatatatagttactccttattagatagataactcaaaaatatcaagaggttgttatgagttagatcttgctgcctgc 24168918  T
Q  425 cagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  24168917 cagataaatatgtca-ttggcaaggcagtaggatctaactcaaagaaattctcttgaaa 24168860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 45536454 - 45536327
Alignment:
Q  18 atgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgca 117  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  45536454 atgtggtccacaacatccaaggacctctacaaatacaccctctccggtttttagcttcaataccagcaaaacacacaaacacgctaaagaaaaccatgca 45536355  T
Q  118 aatttttatcattaagctaaggatcttt 145  Q
    ||||||| |||||||||| | |||||||    
T  45536354 aatttttgtcattaagctgaagatcttt 45536327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 388 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 18963981 - 18963886
Alignment:
Q  388 atcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18963981 atcaagaggtttctatgagttagatcttacttcctgccagatgaataagtcatttggcaagagagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaa 18963886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 58 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 24169174 - 24169080
Alignment:
Q  58 tctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgc 152  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||  ||| ||||||||| ||||||    
T  24169174 tctccggtttccagcttcaataccagcaaaatacacaaacacaccatagaaaaccatgaaattttttgtcattgtgctgaggatctttgtcatgc 24169080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 220
Target Start/End: Original strand, 37127255 - 37127381
Alignment:
Q  88 acacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgact 187  Q
    ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||  ||||  | | ||||||||||||| ||||||| ||||||||     ||||||||||||||||    
T  37127255 acacacacacacactaaagaaa-ccatgtaaatttttgccattgtgttgaggatctttctcacgcggtcgcaaatagat-----agctctctatttgact 37127348  T
Q  188 gcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaa 220  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  37127349 gcatgatgaagatcttcagcatgatgtcaaaaa 37127381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 175 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 45526874 - 45526765
Alignment:
Q  175 tctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgagga 274  Q
    |||||||||||   | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||| ||    
T  45526874 tctctatttgatgccgtgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaaatacaaacaaacacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgatga 45526776  T
Q  275 tatttctcatg 285  Q
    | ||| |||||    
T  45526775 tctttgtcatg 45526765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 385 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 34948988 - 34948889
Alignment:
Q  385 aatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggat-cgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||||| |||||||||||||| | |||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||| | ||||||||||||||    
T  34948988 aatatcatgaggtttctatgagctagatcttgctgcgttccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatgctagctcagaaaaatcctcttgaaa 34948889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 94 - 220
Target Start/End: Original strand, 26414813 - 26414933
Alignment:
Q  94 aaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatga 193  Q
    |||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||  |||||| | |     ||||||||||||| ||||||    
T  26414813 aaacacaccaaa-aaaatcatagaaatttttatcattgtgctaaagatctttctcatgttgtcacaaataggtaa-----ctctctatttgacggcatga 26414906  T
Q  194 tgaagatcctcaacatgctgtcaaaaa 220  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||    
T  26414907 tgaagatattcaacatgctgtcaaaaa 26414933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 18964166 - 18964086
Alignment:
Q  85 aaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagat 166  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||| ||||  ||| ||||||||    
T  18964166 aaaacacacaaacacaccaaag-aaaccatgcaaatttttgtcattgtgctgaagatctttctaatgctatcgcaaatagat 18964086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 250 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 34949255 - 34949154
Alignment:
Q  250 caaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaa 349  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| |||||||  ||||  |||||| |||| ||||||| | ||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  34949255 caaatttttgtcattaagctgaggatctttctcacattgtcgtaaatagatagctctctatttgacagcgtgatgaagatcttcagcatgctgtcaaaaa 34949156  T
Q  350 ta 351  Q
    ||    
T  34949155 ta 34949154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 479 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 41962130 - 41962030
Alignment:
Q  479 tgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatg-gnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtaccttt 577  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  41962130 tgaaaacaccttcccgaaagattcaacatttctgttattatgatttttttttcaactgtttatttgtcttatgttgattctatttatgttatgtaccttt 41962031  T
Q  578 g 578  Q
    |    
T  41962030 g 41962030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 16739010 - 16739073
Alignment:
Q  385 aatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaag 448  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||  | ||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  16739010 aatatcaagaggtttctatgagctagattttgctgcctgccagatgaatatttcatatggcaag 16739073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34949150 - 34949020
Alignment:
Q  92 acaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactg--- 188  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||  || ||| |||||||     |||||||||||||||| |       
T  34949150 acaaacacaccaaagaga-ccatgcaaatttttttcattaagcagatgatctttctcacccgatcgcaaataga-----tagctctctatttgaccgcgt 34949057  T
Q  189 ---catgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
       ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  34949056 ccacatgatgaagatcctccgcatgctgacaaaaata 34949020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 531 - 578
Target Start/End: Original strand, 16739177 - 16739224
Alignment:
Q  531 aactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  16739177 aactgtttatttgtcttatgttgcttctatttatgttatgtacctttg 16739224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 251 - 349
Target Start/End: Original strand, 37127283 - 37127381
Alignment:
Q  251 aaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaa 349  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  ||   ||||| |||| ||||||| | ||  |||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  37127283 aaatttttgccattgtgttgaggatctttctcacgcggtcgcaaatagatagctctctatttgactgcatgatgaagatcttcagcatgatgtcaaaaa 37127381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 39599100 - 39598527
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39599100 tttatgtggcccacaacatccaatgacctctataaatacatcctctccgattttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 39599001  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  39599000 gcaattttttgtcattaagctcaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcagcatgttgt 39598901  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||    
T  39598900 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagaccagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatctttctcatgctattttaagtatatagatctcgatataa 39598801  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||           || | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39598800 cagcatgattaagatcatcagcatgttgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacagagataactcaaaaatatcaagaggttactat 39598701  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    |||||  ||  | |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||    
T  39598700 gagttaaattttgctgcttgccagatgaatatatcatttggcaaggcagcaggatataactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttctcaaaaaattca 39598601  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     |||||||| ||||||||         |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39598600 tcatttctgttattatggtttttttt-aactgtttatttttctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 39598527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 12524156 - 12524726
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    ||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12524156 tttatatggtccacaacatccaaggacctttataaatacatcctctccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccat 12524255  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |  |||  ||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||    
T  12524256 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgtcacaaatatatgagttaactctctatttgacggcgtgatgaagatcttctgcatgctgt 12524355  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    |  |||||||||||| ||||||| |||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12524356 c--aaatacaaacaagcacaccatagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctctatataa 12524452  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||           ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12524453 caacatgatgaagatcctcagcatgttgtcaaaaatatatagatactgcttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctat 12524552  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttccc-gaaagattc 502  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||    
T  12524553 gagttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagacagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaactccttcccaaaaagattc 12524652  T
Q  503 aacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    | |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12524653 atcatttctgttattatggttttttt--aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 12524726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 15 - 575
Target Start/End: Original strand, 3474511 - 3475079
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3474511 tttatgtggtccacaacatccaatgacctttataaatacatcctttccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 3474610  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||    
T  3474611 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttatctctctatttgactgcatgataaagatcatcagcatgctgt 3474710  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3474711 caaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgttgaggatctttctcacactgttttaaatatatagatctctatataa 3474809  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    |  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||           |||||||||  | | ||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  3474810 cggcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatattcattgatgcctccttgatagagagataactcaaaaatattaagatgttgctat 3474909  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| |  || ||| ||||| |||| |||||||| ||||| | || |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  3474910 gagttagatcttgttgtctgtcagataaataagtcatttgacaaggcaacatgatctaactcaaagaaatcatcttgaaaacaccttcccaaaagattca 3475009  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacct 575  Q
     |||||||   |||||||         ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||    
T  3475010 tcatttctatcattatggttttttt--aactgtttatttgtctaatgttgcttcaatttatgttatgtacct 3475079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 14 - 521
Target Start/End: Original strand, 5749154 - 5749671
Alignment:
Q  14 atttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaacca 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  5749154 atttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatatatcctcttcggttttcagcttcaacaccataaaaacacacaaatacaacaaagaaaacca 5749253  T
Q  114 tgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctg 213  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |  | || ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||    
T  5749254 tgcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgccgcaaatatatgagttagctctctatttgacggcgtgatgaagatcttctgcatgctg 5749353  T
Q  214 tcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatata 313  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5749354 tcaaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttcttatgctgttttaaatatatagatctctatata 5749452  T
Q  314 acaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttcta 402  Q
    ||||| |||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||||||  ||    
T  5749453 acaacttgatgaagatcctcaacatgctatcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgtta 5749552  T
Q  403 tgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattc 502  Q
    |||||| |||| | || ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  5749553 tgagttagatcttgctacctgttagatgaatatgtcatttgacaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattc 5749652  T
Q  503 aacatttctgatattatgg 521  Q
    | ||||| || ||||||||    
T  5749653 atcatttatgttattatgg 5749671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 4852230 - 4851711
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||| |||    
T  4852230 tttatgtggtccataacatccaatgacctctataaatacattctctccagtttttagcttcaacaccatcaaaatgcacaaacacaacaaagaaaagcat 4852131  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggt----------cgt------aaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaag 198  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |  ||          |||      |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  4852130 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgttgcaaatagacgttgttgcaaatagatgagttagctctctatttgacggcgtgatgaag 4852031  T
Q  199 atcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatat 298  Q
    ||| ||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4852030 atcttctgtatgctgtcaaaaatacaaacaagcacaccaaagagaccatgt-aaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatat 4851932  T
Q  299 atagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtt 398  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  4851931 atagatctctatataacagcatgatgaagatccttagcatgttgtcaaaaatatatagatattccttgatacatagataactc-aaaatatcaagaggtt 4851833  T
Q  399 tctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaag 498  Q
      |||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4851832 gttatgagttagatcttgttgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaag 4851733  T
Q  499 attcaacatttctgatattatg 520  Q
    ||||| |||||||| |||||||    
T  4851732 attcatcatttctgttattatg 4851711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 62 - 578
Target Start/End: Original strand, 10222511 - 10223034
Alignment:
Q  62 cggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaa 161  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||  |||| |||    
T  10222511 cggttttcagtttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaatatcatgcaaatttttgtcattaagctgatgatcttcctcatgttgtcgcaaa 10222610  T
Q  162 tagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtc 261  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||| || |||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | |||||||||||    
T  10222611 tagatgaattaactctctgtttgacagcgtgat-aagatcttctgcatgctgtcaaaaatacaaacaagcacaccaaagagaccatgc-aaatttttgtc 10222708  T
Q  262 attgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-- 359  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||      
T  10222709 attgtgatgaggatctttctcatgttattttaaatatatagatctctatataacagtatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatatatagatact 10222808  T
Q  360 ---------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggg 450  Q
             ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||     
T  10222809 tcttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaaaatcaagaggttgctatgagttagatcttgctgcatgtcagatgaatatgtcatttggcaaggc 10222908  T
Q  451 agcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttg 550  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||   ||||||          ||||||||||||||||  ||    
T  10222909 agcatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattcatcatttctatcattatg--atttttttaactgtttatttgtcttatg 10223006  T
Q  551 ttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||    
T  10223007 ttgcttcaatttatgttatgtacctttg 10223034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 154 - 578
Target Start/End: Original strand, 10312570 - 10312993
Alignment:
Q  154 gtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaa 253  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | |||    
T  10312570 gtcgcaaatatatgagttagctctctatttgacggcgtgatgaagatcttctgcatgctgtcaaaaatacaaacaagcacaccaaagagaccatgc-aaa 10312668  T
Q  254 tttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatata 353  Q
    | |||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  10312669 tgtttgtcattgtgctgaggatctttctcatgctattttaaatatatagatctctatataacagcatgatgaagatcctcaccatgctgtcaaatatata 10312768  T
Q  354 tagttactccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagc 453  Q
    ||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  || |||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  10312769 tagatactccttgatacacagataactcaaaaatatcaagaggttgctatgagttagatcttgatgtctgccagatgaatatgtcatgtggcaagtcagc 10312868  T
Q  454 aggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttg 553  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||          ||||||||||||||||| |||||    
T  10312869 aggatctagctcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattcatcatttatgttattatgttttttttttaactgtttatttgtctcatgttg 10312968  T
Q  554 ctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  10312969 cttcaatttatgttatgtacctttg 10312993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 250 - 578
Target Start/End: Original strand, 6605095 - 6605431
Alignment:
Q  250 caaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaa 349  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  6605095 caaatttttgtcgttgtgttgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacgacatgataaagatcctcaacatgttgtcaaaaa 6605194  T
Q  350 tatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtc 438  Q
    ||||||| |||||||||||||           ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||||    
T  6605195 tatatagatactccttgatgcctccttgatagatggataactcaaaaatatcaagaggttgctatgagttagataatgctgactgccagatgaatatgtc 6605294  T
Q  439 atttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgttt 538  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||          ||||||||    
T  6605295 atttggcaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattcatcatttatgttattatg---tttttttaactgttt 6605391  T
Q  539 atttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||| |  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6605392 atttgttttatgttgcttctatttatgttatgtacctttg 6605431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 14271218 - 14271011
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14271218 tttatgtggtctacaacatccaaggacctctataaatacattttctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacacaaaagaaaaccat 14271119  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14271118 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcacgcagtcgcaaatagatgagttagctctctatttaactgcatgatgaagatcctcagcatgctgt 14271019  T
Q  215 caaaaata 222  Q
    ||||||||    
T  14271018 caaaaata 14271011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 15 - 244
Target Start/End: Original strand, 7563802 - 7564036
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7563802 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctctgattttcagcttcaataccagaaaaacacacaaacaccccaaagaaaaccat 7563901  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||    
T  7563902 gcaaattcttgtcattaagctgaggatctttctcacacggtcgcaaatagatgagttagctctctatttgactgcgtgatgaagatcttcagcatgctgt 7564001  T
Q  215 ca-----aaaatacaaacaaccacaccaaagagac 244  Q
    ||     ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7564002 caaaattaaaatacaaacaaacacaccaaagagac 7564036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 304 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 14271058 - 14270830
Alignment:
Q  304 tctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc-----------atatataactcaaaaatatcaa 392  Q
    ||||||| ||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||| ||||||||||||||||||    
T  14271058 tctctatttaactgcatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatatatagataactcaaaaatatcaa 14270959  T
Q  393 gaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcc 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  14270958 gaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggtagcaggatagaacttaaagaaatcctcttgaaaacaccttcc 14270859  T
Q  493 cgaaagattcaacatttctgatattatgg 521  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  14270858 cgaaagattcaacatttatgttattatgg 14270830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 360 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 21191451 - 21191233
Alignment:
Q  360 ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatc 459  Q
    |||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  21191451 ctccttgatagatagataactaaaaaatatcaagaggttgctatgagttagatcttgctacctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcatgatc 21191352  T
Q  460 gaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaa 559  Q
     ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||  ||||||||  |    
T  21191351 taacgcaaataaatcctcttgaaaataccttcccaaaagattcatcatttctgttattatggtttttttttaactgtttatttgtcttatgttgcttcta 21191252  T
Q  560 tttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||||||||||||||||||    
T  21191251 tttatgttatgtacctttg 21191233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 144
Target Start/End: Original strand, 10311843 - 10311972
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10311843 tttatgtggtccacaacatccaatgatctctataaatacatcatccccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccat 10311942  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctt 144  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  10311943 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctt 10311972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 18277404 - 18277275
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18277404 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatccatcctctcctgttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccat 18277305  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctt 144  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  18277304 gcaaatttttgtcattaagccgaggatctt 18277275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Original strand, 30517631 - 30517781
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    ||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||  | ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30517631 tttatatggtccacaacatccaaggacctctataaataagtgctctctgtttttcagcttcaatactagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaatcat 30517730  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaataga 165  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  30517731 gcaaatttttgtcattaagctgaggatctttttcacgcggtcgcaaataga 30517781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Original strand, 6604995 - 6605196
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  6604995 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacactatgtccggttttcagcttcaataccagcaaaacacacaaacaaatcaaag-aaaccat 6605093  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| || ||  | | |||||||||||||||  ||  |||||| |     ||| ||||||| | ||  |||||| ||||||||||||||| |||    
T  6605094 gcaaatttttgtcgttgtgttgaggatctttctcatgttgttttaaatata-----tagatctctatataacgacatgataaagatcctcaacatgttgt 6605188  T
Q  215 caaaaata 222  Q
    ||||||||    
T  6605189 caaaaata 6605196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 297 - 578
Target Start/End: Original strand, 7199007 - 7199296
Alignment:
Q  297 atatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-------------ctccttgatgcatatataactcaa 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||||||||||  ||             ||||||||| || |||||||||||    
T  7199007 atatagatctctatataacaacatgatgaagatcctcgccatgttgtcaaaaatatatatatatactccttgatgcctccttgatacacatataactcaa 7199106  T
Q  384 aaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||| | ||| |||||||||  ||   |||| |||| ||  | || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  7199107 aaatatcaagaggttgttatgagttagatcgtactgtctgccagat--at---tcatctggc-agacaacacgatctaactcaaagaaatcctcttgaaa 7199200  T
Q  484 agaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatgg-nnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    | |||||||| || |||||| ||||| || ||||||||          | || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7199201 acaccttcccaaacgattcatcatttatgttattatggttttttttttatctatttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 7199296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 388 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 29251321 - 29251226
Alignment:
Q  388 atcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |  || |||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29251321 atcaagaggtttctatgagttagatcttgttgtctgccaaatgaataagtcatttggcaaggtagcgggatctaactcaaagaaatcctcttgaaa 29251226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 385 - 483
Target Start/End: Original strand, 7564180 - 7564279
Alignment:
Q  385 aatatcaagaggtttctatgagttcgatcctt-ctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||    
T  7564180 aatatcaagaggtttctatgagctagattattgcagcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatctagatcagagaaatcctcttgaaa 7564279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 253 - 350
Target Start/End: Original strand, 21535209 - 21535306
Alignment:
Q  253 atttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaat 350  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  | ||||| |||| ||||||| |||||| | ||||| || ||||||||    
T  21535209 atttttgtcattgtgttgaggatctttctcatgttgttttaaatagatatctatctatttaaccacatgatgaagatctttagcatactttcaaaaat 21535306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 165
Target Start/End: Original strand, 21535076 - 21535143
Alignment:
Q  98 acaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaataga 165  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||  |||||||    
T  21535076 acaccaaagaaaaccatacaaatttttatcattaagctaagcatcttcctcttgtggtcacaaataga 21535143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 578
Target Start/End: Original strand, 22334668 - 22334715
Alignment:
Q  531 aactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22334668 aactgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 22334715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 385 - 483
Target Start/End: Original strand, 30517870 - 30517968
Alignment:
Q  385 aatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||| ||||| |||| |||| | || |||  |||||  ||||| ||||||||||    
T  30517870 aatatcaagaggtttctatgagttagttcttgctgcctgccagatgaatttgtcacttggtaaggcaacatgatttaactcggagaaaacctcttgaaa 30517968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 166
Target Start/End: Original strand, 7564018 - 7564091
Alignment:
Q  92 acaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagat 166  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||| || |||| ||||||||    
T  7564018 acaaacacaccaaagaga-ccatgcaaatttttgtcattaagcggatgatctttctcacgctgtcgcaaatagat 7564091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 431 - 483
Target Start/End: Original strand, 21535380 - 21535432
Alignment:
Q  431 aatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  21535380 aatatctcacttggcaaggcagcaggatctaactcaaaacaatcctcttgaaa 21535432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 24831642 - 24831072
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||| | |||    
T  24831642 tttatgcggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcctctccggtttttagcttcaacaccattagaacacacaaacacaacaaagaatatcat 24831543  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    | || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  24831542 gaaattttttgtcattaagctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatagatgagttaactctctatttgactgcatgatgaagatcctcagtatgctgt 24831443  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24831442 caaaaatacaaacaaacacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgccgaggatctttctcatgctgttttaaatatat--atctctatataa 24831346  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagtta-----------ctccttgatgcatatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    |  |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||           ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24831345 ccgcatgatgaagatcctcatcatgctgtcaaaaatatatagatactgcttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgctat 24831246  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  24831245 gagttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagtaagatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttcccaaaagattca 24831146  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     |||||||| ||||||||         ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24831145 tcatttctgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 24831072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Original strand, 10972 - 11544
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10972 tttatgtggtccacaacatcgaagaacctctataaatacatcttatccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccat 11071  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |  |||| ||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||    
T  11072 gcaaatttttgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgtcgcaaatatatgagttagttctctatttgacggcgtgatgaagatcttctgcatgctgt 11171  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11172 aaaaaatacaaacaagcacaccaaagagacca-tgcaaatttttgtcattgtgttgaggatctttctcatgtagttttaaatatatagatctctatataa 11270  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    ||  ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||           || | |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  11271 cagtatgatgaagatcctcagcatgctgtcaaacatatatagatactccttgatgcctccttgatacacagataactcaaaaataccaagaggttgctat 11370  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| |  || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  11371 gagttagatcttgttgtcttccagatgaatatgttatttggcaaggcagcaggatctaactcaaagaaatcctcttgaaaacatcttcccaaaagattca 11470  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     ||||| || |||||| |         ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11471 tcatttatgttattattgtttttttt-aactgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 11544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 41835572 - 41835348
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835572 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagcttcaataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 41835473  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||  |||| ||||| |     |||||||||||||||| || |||||||||||  || |||||| |    
T  41835472 gcaattttttgtcattaagctgaggatttttctcatgttgtcgcaaatata-----tagctctctatttgacggcgtgatgaagatctacatcatgctat 41835378  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagac 244  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41835377 caaaaatacaaacaaacacaccaaagagac 41835348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 381 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 41835212 - 41835073
Alignment:
Q  381 caaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttg 480  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| | || ||| ||||||||||||||| ||| | |||  | || |||| ||||||||||||||||||||    
T  41835212 caaaaatatcaagaggttgctatgagttagatcttgctaccttccagatgaatatgtcgttttgtaagacaacatgatctaactcaaagaaatcctcttg 41835113  T
Q  481 aaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatg 520  Q
    |||| || ||||| ||||||||| ||||| || |||||||    
T  41835112 aaaatacattcccaaaagattcatcatttatgttattatg 41835073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 28285056 - 28284978
Alignment:
Q  139 gatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||     |||||| ||||||| || |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  28285056 gatctctctcatgcggtcgcaaatagat-----agctctttatttgaatgaatgatgaagatcttcgacatgctgtcaaaaata 28284978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11457678 - 11457558
Alignment:
Q  96 acacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatg 195  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| ||| |  ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||      |||||||||||||| || |||||    
T  11457678 acacaccaaagaaatc-atggaaatttttgtcaatgtgctgaggatcttcctcatgctgtcgcaaatagatt-----gctctctatttgacagcgtgatg 11457585  T
Q  196 aagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  11457584 aagatcttcagcatcctgtcaaaaata 11457558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 11457658 - 11457554
Alignment:
Q  251 aaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaat 350  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| || |||||| |||   ||||| || | ||||||| | ||| | |||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  11457658 aaatttttgtcaatgtgctgaggatcttcctcatgctgtcgcaaatagattgctctctatttgacagcgtgatgaagatcttcagcatcctgtcaaaaat 11457559  T
Q  351 atata 355  Q
    |||||    
T  11457558 atata 11457554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 314 - 356
Target Start/End: Original strand, 38621117 - 38621159
Alignment:
Q  314 acaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatag 356  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  38621117 acaacatgataaagatcttcagcatgttggcaaaaatatatag 38621159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 15 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 13037775 - 13037204
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||    
T  13037775 tttatgtggtccacaacatccaaggacctttaaaaatacaccctctccggttttcaacttcaataccatcaaaacacacaaacacaaaaaagaataccat 13037676  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||| |||| |  |||| |||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||| |   ||||||||    
T  13037675 gcaaatttatgtcattaagctgaggatcttcctcacgttgtcgcaaatagataagttagctctctgtttgacggcgtgatgaagatcttttgcatgctgt 13037576  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| |   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  13037575 caaaaatacaaacaagcacaccaaaaagacca-tgcaaatttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgttgttttaaatatatagatctctatat-- 13037479  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatg-----------catatataactcaaaaatatcaagaggtttctat 403  Q
    ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  13037478 caacatgatgaagatcctcagcttgctgtcaaaaatatatagatactccttgatgcctccttgatacatagataactcaaaaatatcaagaggttgatat 13037379  T
Q  404 gagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaaagaccttcccgaaagattca 503  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  13037378 gagttagatcttgctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcaacaggctcaaactcaaagaaatcctcttgaaaacaccttctcaaaagattca 13037279  T
Q  504 acatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
     |||||||| ||||||||         || |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13037278 tcatttctgttattatggtttttttttaagtgtttatttgtcttatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 13037204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 375 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 480835 - 480633
Alignment:
Q  375 ataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatc 474  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  480835 ataactcaaaaatataaagaggttgctatgagttagatctggctgtctgccagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaagatctaactcaaagaaatc 480736  T
Q  475 ctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacc 574  Q
    |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||| || ||||||||         ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  480735 ctcttgaaaacacattcccaaaagattcatcatttatgttattatggtttttttt-aactgtttatttgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacc 480637  T
Q  575 tttg 578  Q
    ||||    
T  480636 tttg 480633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 388 - 483
Target Start/End: Original strand, 12304746 - 12304841
Alignment:
Q  388 atcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatcctcttgaaa 483  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||| |||||||| ||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  12304746 atcaagaggtttctatgagttagatcttgcttcctgccagatgaataagtcatttgtcaaggcaacatgatctaactcaaagaaatcctcttgaaa 12304841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 84 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20819355 - 20819223
Alignment:
Q  84 caaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctattt 183  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||     ||||||||||||||    
T  20819355 caaaacacacaaacacgccaaagaaa-ccatagaaatttttgtcagtgtgctgaggatctttctcatgcggtcgaaaatag-----ttagctctctattt 20819262  T
Q  184 gactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaata 222  Q
     ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  20819261 aactacatgatgaagatcttcagcatgctgtccaaaata 20819223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 117 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17520495 - 17520395
Alignment:
Q  117 aaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtca 216  Q
    |||||||| |||||  ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||     ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  17520495 aaatttttctcattgtgctgaagatctttctcatgcggtcgcaaatagat-----agccctctatttgactgcatgatgaagatcttcagcatgctgtca 17520401  T
Q  217 aaaata 222  Q
    ||||||    
T  17520400 aaaata 17520395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 20819323 - 20819218
Alignment:
Q  251 aaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaat 350  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||  ||   |||||  ||| ||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  20819323 aaatttttgtcagtgtgctgaggatctttctcatgcggtcgaaaatagttagctctctatttaactacatgatgaagatcttcagcatgctgtccaaaat 20819224  T
Q  351 atatag 356  Q
    ||||||    
T  20819223 atatag 20819218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 161
Target Start/End: Original strand, 3513904 - 3514051
Alignment:
Q  14 atttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcag-cttcaataccatcaaaa-cacacaaacacaccaaagaaaac 111  Q
    |||| |||| ||||||||||||| | ||| |||||||||  |  | |||||||||||  ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  3513904 atttttgtggtccacaacatccataaacccctataaataagtgtt-tccggttttcaaacttcatttccatcaaaaacacacaaacacaccaaag-aaac 3514001  T
Q  112 catgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaa 161  Q
    |||| || ||||| |||||  ||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  3514002 catgaaattttttgtcattgtgctgaggatctttgtcatgctgtcgtaaa 3514051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 201
Target Start/End: Original strand, 25137977 - 25138053
Alignment:
Q  120 tttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatc 201  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25137977 tttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatatat-----agctctctatttgactgcatgatgaagatc 25138053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 255 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 28547580 - 28547479
Alignment:
Q  255 ttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatat 354  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||   ||||| |||  ||||||| | ||||||| ||| | ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28547580 ttttgtcattgtgctgaggatatatctaatgctgtcgcaaatagatatctctctatttgacaacattatataaatcttcagcatgctgtaaaaaatatat 28547481  T
Q  355 ag 356  Q
    ||    
T  28547480 ag 28547479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 480911 - 480876
Alignment:
Q  42 ctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaa 77  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  480911 ctctataaatacattctctccggttttcagcttcaa 480876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 166
Target Start/End: Original strand, 12304554 - 12304659
Alignment:
Q  60 tccggttttcagcttcaataccatcaaaa-cacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgt 158  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||  |||   |||||||||||||| ||||     
T  12304554 tccggttttcaccttcatttccatcaaaaacacacaaacacatcaaag-aaaccatgaaattttttgtcattgtgctggagatctttctcatgc-gtcgc 12304651  T
Q  159 aaatagat 166  Q
    ||||||||    
T  12304652 aaatagat 12304659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 537 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 34949888 - 34949847
Alignment:
Q  537 ttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacctttg 578  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34949888 ttatctgtctcatgttgcttcaatttatgttatgtacctttg 34949847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 254 - 350
Target Start/End: Original strand, 25137977 - 25138073
Alignment:
Q  254 tttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataacaacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaat 350  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||   |||||||||| ||||||| | ||  |||||| |||||| | |||||| ||| ||||||    
T  25137977 tttttgtcattgtgctgaggatctttctcatgcggtcgcaaatatatagctctctatttgactgcatgatgaagatctttagcatgttgtaaaaaat 25138073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 168; Significance: 9e-90; HSPs: 2)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 16474 - 16120
Alignment:
Q  15 tttatgtgatccacaacatccaaatacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  16474 tttatgtggtccacaacatccaaggacctctataagtacatcctttccggtttttagcttcaacaccatcaaaacctacaaacacaccaaagaaaaccat 16375  T
Q  115 gcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgt 214  Q
    || || |||| |||||||||| |||||||| | || |  |||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||  ||||| ||    
T  16374 gctaacttttgtcattaagctgaggatcttccccacgttgtcgcaaatagatgagttaactctctatttgacggcgtgatgaagatcttctgcatgccgt 16275  T
Q  215 caaaaatacaaacaaccacaccaaagagacaagaccaaatttttgtcattgtgttgaggatatttctcatgttgttttaaatatatagatctctatataa 314  Q
     |||||||||||| | |||||||||||||| |  | |  ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  16274 taaaaatacaaac-atcacaccaaagagaccatgcaatttttttatcattgtgctgaggatctttctcatgctgttttaaatatatagatctttatataa 16176  T
Q  315 caacatgataaagatcatcagcatgctgtcaaaaatatatagttactccttgatgc 370  Q
    || |||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16175 cagcatgatgaagttcctcagcatgttgtcaaaaatatatagatactccttgatgc 16120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 375 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 12683 - 12480
Alignment:
Q  375 ataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgccagatgaatatgtcatttggcaagggagcaggatcgaactcaaagaaatc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  12683 ataactcaaaaatatcaagaggtttctatgagttcgatccttctgcctgctagatgaatatgtcatttggcaaggcagcaggatggaactcaaagaaatc 12584  T
Q  475 ctcttgaaaagaccttcccgaaagattcaacatttctgatattatggnnnnnnnncaactgtttatttgtctcttgttgctttaatttatgttatgtacc 574  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||||    
T  12583 ctcttgaaaacacctttccgaaagattcaacatttatgttattatggttttttttcaactgtttatttgtcttatgttgattctatttatgttatgtacc 12484  T
Q  575 tttg 578  Q
    ||||    
T  12483 tttg 12480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 66 - 241
Target Start/End: Original strand, 18266 - 18436
Alignment:
Q  66 tttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgtaaataga 165  Q
    ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  18266 tttcatcttcatttccagcaaaacacacaaacacaccgaggaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctgaggatctttctcacgtggtcgcaaataga 18365  T
Q  166 tgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgctgtcaaaaatacaaacaaccacaccaaaga 241  Q
         |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  18366 -----tagctctctatttgacagcgtgatgaagatcttcaacatgctgaaaaaaatacaaacaaacacaccaaaga 18436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0160 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0160
Description:

Target: scaffold0160; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 211
Target Start/End: Original strand, 16625 - 16771
Alignment:
Q  60 tccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttatcattaagctaaggatctttctcatgcggtcgta 159  Q
    |||||||||||  |||| | |||  |||| |||||||| |||| || ||||||||| |||||||| | |||| ||  ||||||||||||||||||||  |    
T  16625 tccggttttcattttcatttccaataaaaaacacaaacgcaccgaaaaaaaccatggaaatttttgtaattatgcagaggatctttctcatgcggtcaca 16724  T
Q  160 aatagatgagttagctctctatttgactgcatgatgaagatcctcaacatgc 211  Q
    ||| ||     ||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||    
T  16725 aattga-----tagctctctatttaaatgcatgaagaagatcttcaacatgc 16771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University