View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18360_low_9 (Length: 338)

Name: NF18360_low_9
Description: NF18360
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18360_low_9
NF18360_low_9
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (7-264)||(12777913-12778170)
chr3 (10-264)||(15024254-15024508)
chr3 (10-264)||(6813419-6813667)
chr3 (127-263)||(20562017-20562153)
chr3 (127-263)||(20564325-20564461)
chr3 (127-263)||(20559709-20559845)
chr3 (119-263)||(13090217-13090358)
chr3 (119-263)||(9362367-9362508)
chr3 (119-263)||(13096373-13096514)
chr3 (218-264)||(3246922-3246968)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (10-264)||(9581453-9581707)
chr7 (10-264)||(16327176-16327430)
chr7 (10-264)||(9729305-9729559)
chr7 (10-264)||(4311279-4311532)
chr7 (10-264)||(540168-540416)
chr7 (10-264)||(8783498-8783752)
chr7 (10-179)||(14223144-14223313)
chr7 (119-263)||(23513729-23513873)
chr7 (119-263)||(4462117-4462261)
chr7 (126-263)||(13741088-13741225)
chr7 (119-263)||(5395800-5395944)
chr7 (119-263)||(10439748-10439892)
chr7 (126-263)||(12565670-12565807)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (14-264)||(42711184-42711434)
chr4 (10-264)||(14687181-14687435)
chr4 (10-264)||(15349253-15349501)
chr4 (127-263)||(45240267-45240404)
chr4 (127-263)||(11498023-11498159)
chr4 (181-263)||(18290742-18290824)
chr4 (119-263)||(10629410-10629551)
chr4 (137-246)||(11918125-11918233)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (10-264)||(51962-52216)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (10-264)||(23712116-23712370)
chr5 (119-263)||(21282320-21282465)
chr5 (119-263)||(20446255-20446399)
chr5 (119-263)||(18487473-18487617)
chr5 (119-263)||(23602050-23602191)
chr5 (119-263)||(24939193-24939334)
chr5 (143-263)||(24218516-24218633)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (10-264)||(29312-29566)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (10-264)||(20000852-20001103)
chr8 (45-263)||(20040479-20040697)
chr8 (119-263)||(21855186-21855327)
chr8 (127-263)||(17619412-17619545)
[»] scaffold0485 (1 HSPs)
scaffold0485 (10-264)||(11313-11568)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-264)||(27045424-27045672)
chr1 (118-230)||(22626469-22626580)
chr1 (181-263)||(21785853-21785932)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (10-264)||(22062920-22063168)
chr6 (10-264)||(19586983-19587222)
chr6 (10-263)||(23519161-23519414)
chr6 (119-263)||(18188979-18189123)
chr6 (137-263)||(17818194-17818320)
chr6 (121-264)||(18852683-18852822)
chr6 (219-264)||(29685293-29685338)
chr6 (222-263)||(24390285-24390326)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (53-263)||(24500924-24501134)
chr2 (10-263)||(25339516-25339769)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (119-245)||(11741-11867)
[»] scaffold0222 (1 HSPs)
scaffold0222 (119-263)||(18488-18632)
[»] scaffold0566 (1 HSPs)
scaffold0566 (127-263)||(1275-1411)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (121-230)||(17029-17138)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (119-263)||(38043-38184)
[»] scaffold1184 (1 HSPs)
scaffold1184 (222-256)||(537-571)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (184-263)||(12854-12930)
scaffold0012 (184-263)||(8745-8821)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 7 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 12778170 - 12777913
Alignment:
Q  7 gacatcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcacta 106  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12778170 gacatcatcccttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatttactctcacta 12778071  T
Q  107 ctttgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12778070 ctttgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattatcaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacat 12777971  T
Q  207 tactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12777970 tactaattcggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 12777913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 15024254 - 15024508
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  15024254 atcatcacttttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggtactattatctatacttatatactctcactactt 15024353  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||    
T  15024354 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattaatagagctaattgttttattattctacctaatccagacataac 15024453  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15024454 taatccggaggtggtggaaaatttgcattatgttggtactaatccacatgtacaa 15024508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 6813419 - 6813667
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  6813419 atcatcacttttattgctaagaagtttgaggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 6813512  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813513 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 6813612  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813613 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 6813667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Original strand, 20562017 - 20562153
Alignment:
Q  127 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 226  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |    
T  20562017 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20562116  T
Q  227 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||| | | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20562117 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacaggtaca 20562153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Original strand, 20564325 - 20564461
Alignment:
Q  127 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 226  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |    
T  20564325 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20564424  T
Q  227 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||| | | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20564425 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacaggtaca 20564461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Original strand, 20559709 - 20559845
Alignment:
Q  127 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 226  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |    
T  20559709 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtag 20559808  T
Q  227 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||| | | ||| |||||| |||||||||||| ||||    
T  20559809 aaaactaggtttgtgttggcactaacccacagataca 20559845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 13090358 - 13090217
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  13090358 ttagaatccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggtgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 13090259  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  13090258 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 13090217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 9362508 - 9362367
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||  ||||||||| |||||| | | ||   ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |    
T  9362508 ttagaatccatggcccttctcacaatccccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcaaatattactaatccgaa 9362409  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9362408 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 9362367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Original strand, 13096373 - 13096514
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  13096373 ttagaatccatggcccttctcacaattcccaacatgagtggagagtcaataattctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 13096472  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||  |||||||||||||||||    
T  13096473 ggtggtagaaaact---tttatgttgacactaacccacaggtaca 13096514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 218 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3246968 - 3246922
Alignment:
Q  218 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  3246968 aggtggtggaaaatttgttttatttttgtactaacccacaggtacaa 3246922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 9581453 - 9581707
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9581453 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9581552  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9581553 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 9581652  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9581653 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 9581707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 16327430 - 16327176
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  16327430 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 16327331  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16327330 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 16327231  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327230 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 16327176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 9729305 - 9729559
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9729305 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9729404  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9729405 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcagacattac 9729504  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9729505 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaatccacaggtacaa 9729559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 4311279 - 4311532
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||| |||||| ||| || |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  4311279 atcatcacctttatttctaggaagtttgggg-gagtgtgaatcaagagatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 4311377  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4311378 tgtcctttcttagaacccatggccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 4311477  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4311478 taatccggaggtggtggaaaatttgctttacgttggtactaacccacatgtacaa 4311532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 540416 - 540168
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  540416 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 540323  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540322 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaaaggagaatcattaaagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 540223  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540222 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 540168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 8783752 - 8783498
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  8783752 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtgtgaatcaatggatcaaggggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 8783653  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |  ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  8783652 tgcccttccttacaacccatggccctactcacaattacaaatatgaaaggagaattattacagataattttttgattattctccctaattcggacataac 8783553  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8783552 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaa 8783498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 14223313 - 14223144
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14223313 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggaaagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14223214  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattg 179  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  14223213 tgtcattccttaaagcccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattg 14223144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Original strand, 23513729 - 23513873
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| | | ||   ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23513729 ttagaatccatggcccttctcacaattacctatatgagtggagagtcaataatgctaattacttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 23513828  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  23513829 ggtggtagaaaactttgtttatgttggcactaacccacaggtaca 23513873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 4462261 - 4462117
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    ||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||| | || ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||| ||| |    
T  4462261 ttagaactcatggaccgactcacaatgaccaatatgattagaaaatcattagagctcattgtttgattattctacctaatccgttcataactaacccgaa 4462162  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4462161 ggtggtggaaaatttgctttatattggtactaacccactggtaca 4462117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 126 - 263
Target Start/End: Original strand, 13741088 - 13741225
Alignment:
Q  126 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtg 225  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  13741088 ccatggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataattgcttgattattctacctaattcggacattactaattcggaggtggta 13741187  T
Q  226 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    ||||| |   |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  13741188 gaaaactatgtttatgttggcactaatccacaggtaca 13741225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Original strand, 5395800 - 5395944
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||| |||||| || ||||||||||| |||| |||||  | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  5395800 ttagaatccacgacccttctaacaattaccaaaatgagtggagcgtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgga 5395899  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  5395900 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 5395944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10439892 - 10439748
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||    |||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| | | |    
T  10439892 ttagaacccatagcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataatttcttgattattctacctaattcagatattactaagctgaa 10439793  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10439792 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 10439748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 126 - 263
Target Start/End: Original strand, 12565670 - 12565807
Alignment:
Q  126 ccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtg 225  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||  ||||||||| || ||||||||| ||||||||||     
T  12565670 ccatggcccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattatttaacctaattcagatattactaattcggaggtggta 12565769  T
Q  226 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12565770 gaaaacttggtttatgttggtactaacccaccggtaca 12565807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 14 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 42711434 - 42711184
Alignment:
Q  14 tcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42711434 tcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaaaggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtc 42711335  T
Q  114 cttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaat 213  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42711334 tttccttagaacccatgaccatactcataattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaat 42711235  T
Q  214 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42711234 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 42711184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 14687435 - 14687181
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14687435 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14687336  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14687335 tgtcattccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatataaatggagaattattagagctaattgtttgattatgctacctaattcggacattac 14687236  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14687235 taatccggaggcggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 14687181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 15349501 - 15349253
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  15349501 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 15349408  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349407 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 15349308  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349307 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 15349253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 45240404 - 45240267
Alignment:
Q  127 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaa-ttgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtg 225  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   |||| ||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||     
T  45240404 catggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggta 45240305  T
Q  226 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  45240304 gaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 45240267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 11498159 - 11498023
Alignment:
Q  127 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 226  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||| | | |     |||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |    
T  11498159 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgttaattgcttgattattctacctaattcaaatattactaatccggaggtggtag 11498060  T
Q  227 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  11498059 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 11498023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 181 - 263
Target Start/End: Original strand, 18290742 - 18290824
Alignment:
Q  181 ttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18290742 ttgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtgatagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18290824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Original strand, 10629410 - 10629551
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  10629410 ttagaatccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 10629509  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    || ||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10629510 ggcggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 10629551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 11918233 - 11918125
Alignment:
Q  137 ctcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 236  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | | | |||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |    
T  11918233 ctcacaattaccaatatgagtggaaagtcaatagggctaatt-tttgattattctacctaatccggacataactaacccgaaggtggtggaaaaattgtt 11918135  T
Q  237 ttatgttggt 246  Q
    ||||||||||    
T  11918134 ttatgttggt 11918125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 52216 - 51962
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  52216 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 52117  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52116 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 52017  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52016 tattccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 51962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 23712370 - 23712116
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23712370 atcatcacttttgttgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 23712271  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23712270 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgaatggaggattattagaactaattttttgattattctacctaattcggacattac 23712171  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23712170 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtcctaacccacaggtacaa 23712116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 21282465 - 21282320
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaa-ttgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgg 217  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   |||| ||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  21282465 ttagaatccataacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccgg 21282366  T
Q  218 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21282365 aggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 21282320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20446399 - 20446255
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    ||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  20446399 ttagaactcatagcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 20446300  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20446299 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 20446255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 18487617 - 18487473
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||    
T  18487617 ttagaatccatggcccttataacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattattaatcctga 18487518  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18487517 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18487473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 23602191 - 23602050
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| || | ||||||||| ||||||||| ||| || | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  23602191 ttagaatccatggcctttctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 23602092  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  23602091 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 23602050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Original strand, 24939193 - 24939334
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| || |    
T  24939193 ttagaatccatggcccttctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcgaa 24939292  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  24939293 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 24939334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 263
Target Start/End: Original strand, 24218516 - 24218633
Alignment:
Q  143 attaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgt 242  Q
    ||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||||    
T  24218516 attaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggagatggtagaaaact---attatgt 24218612  T
Q  243 tggtactaacccacaggtaca 263  Q
    ||| ||||||||||| |||||    
T  24218613 tggcactaacccacatgtaca 24218633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 29312 - 29566
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  29312 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 29411  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29412 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtatgattattctacctaattcggacattac 29511  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29512 taatccggaggtggtagaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 29566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 20000852 - 20001103
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  20000852 atcatcacttttattgctaag---tttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 20000948  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20000949 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 20001048  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001049 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 20001103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 45 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20040697 - 20040479
Alignment:
Q  45 tgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtccttccttagaacccatgaccctactcacaat 144  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| |||| ||| || |||| | ||||| | || ||||||||  |||  ||  ||||||  |||| |||| ||||||||    
T  20040697 tgtgaataaagggataaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgtttttttttagaattcatggcccttctcacaat 20040598  T
Q  145 taccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttg 244  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | | |||||||||    
T  20040597 taccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccagaggtggtagaaaactaggtttatgttg 20040498  T
Q  245 gtactaacccacaggtaca 263  Q
    | |||||||||||||||||    
T  20040497 gcactaacccacaggtaca 20040479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 21855327 - 21855186
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  21855327 ttagaacccataacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaa 21855228  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21855227 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacctacaggtaca 21855186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Original strand, 17619412 - 17619545
Alignment:
Q  127 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 226  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |    
T  17619412 catggcccttctcacaatttccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtag 17619511  T
Q  227 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  17619512 aaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 17619545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0485 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0485
Description:

Target: scaffold0485; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 11568 - 11313
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||| ||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  11568 atcatcacctttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatataatctcactactt 11469  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  11468 tgtccttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgagtggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaatccggacataac 11369  T
Q  210 taatccggaggtggtgg-aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11368 taatctggaggtggtggaaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 11313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Original strand, 27045424 - 27045672
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  27045424 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 27045517  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045518 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 27045617  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045618 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 27045672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 118 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 22626580 - 22626469
Alignment:
Q  118 cttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgg 217  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22626580 cttagaatccatg-cccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatccgg 22626482  T
Q  218 aggtggtggaaaa 230  Q
     |||||| |||||    
T  22626481 tggtggtagaaaa 22626469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 21785932 - 21785853
Alignment:
Q  181 ttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21785932 ttgatttttctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 21785853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 22063168 - 22062920
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  22063168 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 22063075  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063074 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaacatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 22062975  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22062974 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 22062920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 19587222 - 19586983
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   || ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  19587222 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtctgaatcaagggatcaagaggatagagaggaactattatctacacttatatactctcactactt 19587123  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||                   
T  19587122 tgtccttccttagaacccatggacctacttacaattaccaatataaacggagaattattagagctaattgtttgattattctacc--------------- 19587038  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19587037 taatctggaggtggtggaaaatttgatttatgttggtattaacccacaggtacaa 19586983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 23519414 - 23519161
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||| || ||||||| || |||||| |||| | |||   | ||| |||| ||||| ||||  || ||||||| | ||||| |||| |||| |||      
T  23519414 atcatcaccttcattgctaggaagtttagagtgaatatgagcaagggggtcaataggattgaggggaactattatctagacttagataccctcaatacca 23519315  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||| | | | |||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  23519314 tgtctttccttataacccatgacccttctcacaactaccaatatgtgcggaaagtaaatagggctaattgtttgattattctaccttatttggacataac 23519215  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  23519214 taatccggagatggtggaaaatttgctttatgttggaactaacccacgggtaca 23519161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 18189123 - 18188979
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  18189123 ttagaatccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggataatactaatccgga 18189024  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18189023 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18188979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 137 - 263
Target Start/End: Original strand, 17818194 - 17818320
Alignment:
Q  137 ctcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 236  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |    
T  17818194 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgtaggtggtagaaaacttggt 17818293  T
Q  237 ttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  17818294 ttatgttggcactaacccacaggtaca 17818320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 264
Target Start/End: Original strand, 18852683 - 18852822
Alignment:
Q  121 agaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggagg 220  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | | || |  | |||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||     
T  18852683 agaatccatggcccttctcacaattaccaatatgagtggagagtaaata-atgttatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggaga 18852781  T
Q  221 tggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    |||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18852782 tggtagaaaatt---tttatgttggcactaacccacaggtacaa 18852822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 264
Target Start/End: Original strand, 29685293 - 29685338
Alignment:
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29685293 ggtggtggaaaatttgctttatgttagtactaacccacaggtacaa 29685338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 222 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 24390326 - 24390285
Alignment:
Q  222 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  24390326 ggtggaaaatttgctttatgctggtactaacaaacaggtaca 24390285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 53 - 263
Target Start/End: Original strand, 24500924 - 24501134
Alignment:
Q  53 aagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaata 152  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||| || |||| | ||||| | || ||||||||  |||  || ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  24500924 aagggatcaataggattgagggaaactactatctagacttagaaaccctcactaccatgttttttcttagaatccatggcccttctcacaattaccaata 24501023  T
Q  153 tgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaac 252  Q
    | | |||||| | | ||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  24501024 ttagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtagaaaacttgatttatgttggcactaac 24501123  T
Q  253 ccacaggtaca 263  Q
    |||||||||||    
T  24501124 ccacaggtaca 24501134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 25339769 - 25339516
Alignment:
Q  10 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 109  Q
    |||||||| || ||||||| || |||| | || ||||||| | |||||||||| ||||||||||  ||  ||  |  | ||||| |||| ||||| |||     
T  25339769 atcatcaccttcattgctaggaagtttggagtaagtgtgagtaaagggatcaataggatagaggggaacaatagtttagacttagataccctcaccacta 25339670  T
Q  110 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 209  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||   | | |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  25339669 tgtcctttcttagaactcatggcccaactcacaattaccaatatgagtggaaggtcaatagggctaattgtttgattattctacctaatccggacataac 25339570  T
Q  210 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  25339569 taatctggaggtggtggaaaattttctttatgttggcactaactcacatgtaca 25339516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 119 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 11867 - 11741
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  11867 ttagaatccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatctgga 11768  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttgg 245  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  11767 ggtggtagaaaacttggtttatgttgg 11741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Original strand, 18488 - 18632
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  18488 ttagaaccgatggcccttataacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgga 18587  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18588 ggtggtagaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 18632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Original strand, 1275 - 1411
Alignment:
Q  127 catgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 226  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| |||||| | | |    ||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |    
T  1275 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatctggaggtggtag 1374  T
Q  227 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  1375 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtaca 1411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 230
Target Start/End: Original strand, 17029 - 17138
Alignment:
Q  121 agaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggagg 220  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  17029 agaatccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatacagagg 17128  T
Q  221 tggtggaaaa 230  Q
    |||| |||||    
T  17129 tggtagaaaa 17138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 38184 - 38043
Alignment:
Q  119 ttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccgga 218  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | | ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |  |    
T  38184 ttagaatccatggcccttctcacaatttccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattctaa 38085  T
Q  219 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||| ||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||    
T  38084 ggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacaggtaca 38043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1184 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1184
Description:

Target: scaffold1184; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 222 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 571 - 537
Alignment:
Q  222 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  571 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 184 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 12930 - 12854
Alignment:
Q  184 attattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||||||||||| |  || |||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||||||||| |||||||||||||||||    
T  12930 attattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtaca 12854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 8821 - 8745
Alignment:
Q  184 attattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 263  Q
    |||||||||||||| |  || |||||||||| ||||||||| ||||| |   |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8821 attattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaact---tttatgttggcactaacccacatgtaca 8745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University