View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18365_low_2 (Length: 771)

Name: NF18365_low_2
Description: NF18365
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18365_low_2
NF18365_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-750)||(56218301-56219016)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 56219016 - 56218301
Alignment:
Q  7 gaagcataggtcacattgttcttcatgcaacactcagcagccgtgacgttgattgctgcctaatccctgaactagatttttacttggaaggaaaaggagg 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56219016 gaagcacaggtcacattgttcttcattcaacactcagcagccgtgacgttgattgctgcctaatccctgaactagatttttacttggaaggaaaaggagg 56218917  T
Q  107 gctctttgagtttcttgaccaacgactgaaagaaaatgggcatgcagtgcttgtagttgctgagggtgctggccaggatataataccaagaacagagtca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56218916 gctctttgagtttcttgaccaacgactgaaagaaaatggtcatgcagtgcttgtagttgctgagggtgctggccaggatataataccaagaacagagtca 56218817  T
Q  207 cagaaggaagagcaagatgaatctggtaacccagttttcttagatgttggagtgtggttaaagtcagagctgaagaagcggtgggacagggaccatcctg 306  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  56218816 cataaggaagagcgagatgaatctggtaacccagttttcttagatgttggagtgtggttaaagtcagagctgaacaagtggtgggacagggaccatcctg 56218717  T
Q  307 gtgagctatttacagtcaagtatatagatcctacatacatgattcgcgcagtccatgcaaatgctactgataatttgtattgtacactcttggcacactc 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  56218716 gtgagctatttacagtcaagtatatagatcctacatacatgattcgcgcagtccatgcaaatgctactgataatttgtattgtacactcttggcgcactc 56218617  T
Q  407 tgcaattcatggtgttatggctggatatactggatttgttgctggtcctattaatggcaattatgcatacattccacttgaagatgtagcatgtgcagaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  56218616 tgcaattcatggtgttatggctggatatactggatttgttgctgctcctattaatggcaattatgcatacattccacttgaagatgtagcatgtgcaaaa 56218517  T
Q  507 aacccagttaatacaaaagatcataattggtcatgggtgagatcagtcaccaatcagcccgattttctaaagagctagacatgcagttcaggcactgagt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||| |||||||    
T  56218516 aacccagttaatacaaaagatcataattggtcatgggtgagatcagtcaccaatcagcctgattttctaaagagctaga---------caggtactgagt 56218426  T
Q  607 gaagaagttttcagagagtattcttggaacacaaactctgaaggtagatcttattcacatgttctgatgtcaacaggtaatgatgatgactcttggtaaa 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||    
T  56218425 gaagaagttttcagagagtattcttggaacacaaactctgaaggtagatcttattcacatgttctgatgtcaaca-------------------ggtaaa 56218345  T
Q  707 agatggatggatgtacataataataaatgatgtatgaatttgta 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56218344 agatggatggatgtacataataataaatgatgtatgaatttgta 56218301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University