View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18369_high_1 (Length: 896)

Name: NF18369_high_1
Description: NF18369
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18369_high_1
NF18369_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-847)||(37859091-37859926)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-847)||(18101483-18102317)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 703; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 703; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 37859926 - 37859091
Alignment:
Q  12 atgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgtaaaaaatttacgcttatcactcgagatattaaacaagaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  37859926 atgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgtaaaaaatttacgcttatcactcaagatattaaaaaagaa 37859827  T
Q  112 aactaggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggtcgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagcattt 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  37859826 aactcggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggtcgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagcgt-- 37859729  T
Q  212 ggtggtttgattaggaattccaacggtgattaccaatgtggcttccacggtaatattggctattccattagcctccatgccgagatcatggctttgattc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859728 ggtggtttgattaggaattccaacggtgattacaaatgtggcttccacggtaatattggctattccattagcctccatgccgagatcatggctttgattc 37859629  T
Q  312 aagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaataatatctattacattgacactttgcaactatccacccgatgcagcttgcgaatgtttcgaaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37859628 aagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaatattatctattacattgacactttgcaattatccacccaatgcagcttgcgaatgtttcgaaa 37859529  T
Q  412 ctccattatggcaatgagac--tggtgatnnnnnnnnttatatcgataatgattgattttgtagtgcatcaaactcttaggaaaggtaatatgtttaccg 509  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859528 ctccattatggcaatgagacaacggtgataaaaaaaattatatcgataatgattgattttgtagtgcatcacactcttaggaaaggtaatatgtttaccg 37859429  T
Q  510 attatttccccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcggatgagcgtcattcattactcacgacgaatacgactggt 609  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  37859428 attatttctccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcggctgagcgtcattcattactcacgacgaatacgacatgt 37859329  T
Q  610 gtttannnnnnnggtggtgtagtgttgtttaggaccaagttaaccaaccaaattatatatcattatccaaaaagaatataaaaacagagacttgaagaca 709  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37859328 gtttatttttttggtggtgtagtgttgtttaggactaagttaaccaaccaaattatatatcattatccaaaaagaatataaaaacaaagacttgaagaca 37859229  T
Q  710 gacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttaaaacaaggtaatgccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagtaaaata 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859228 gacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttcaaacaaggtaatgccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagtaaaata 37859129  T
Q  810 ccacaaaatatgatgaagaaataacaatgacacacaag 847  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859128 ccacaaaatatgatgaagaaataacaatgacacacaag 37859091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 18102317 - 18101483
Alignment:
Q  12 atgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgtaaaaaatttacgcttatcactcgagatattaaacaagaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  18102317 atgaaaaaatgaaagaagaaataaagcaacgaaaattgcttccctctcatggctttagtgtaaaaaatttacgcttatcactcaagatattaaaaaagaa 18102218  T
Q  112 aactaggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggtcgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagcattt 211  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  18102217 a-ctcggctaattgcttggaaggaagatgcaactaatgcttatgttttcaatttcgatggtcgctctcgctcccaaaccaatccaggtatggcagcgt-- 18102121  T
Q  212 ggtggtttgattaggaattccaacggtgattaccaatgtggcttccacggtaatattggctattccattagcctccatgccgagatcatggctttgattc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18102120 ggtggtttgattaggaattccaacggtgattacaaatgtggcttccacggtaatattggctattccattagcctccatgccgagatcatggctttgattc 18102021  T
Q  312 aagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaataatatctattacattgacactttgcaactatccacccgatgcagcttgcgaatgtttcgaaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18102020 aagggatctgaatgtgtttggaggcaagtttaaggaatattatctattacattgacactttgcaattatccacccaatgcagcttgcgaatgtttcgaaa 18101921  T
Q  412 ctccattatggcaatgagac--tggtgatnnnnnnnnttatatcgataatgattgattttgtagtgcatcaaactcttaggaaaggtaatatgtttaccg 509  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18101920 ctccattatggcaatgagacaacggtgataaaaaaaattatatcgataatgattgattttgtagtgcatcacactcttaggaaaggtaatatgtttaccg 18101821  T
Q  510 attatttccccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcggatgagcgtcattcattactcacgacgaatacgactggt 609  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  18101820 attatttctccaagcttggagcacaatcgaatagtggtatgtgactcttcttgatccatcggctgagcgtcattcattactcacgacgaatacgacatgt 18101721  T
Q  610 gtttannnnnnnggtggtgtagtgttgtttaggaccaagttaaccaaccaaattatatatcattatccaaaaagaatataaaaacagagacttgaagaca 709  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18101720 gtttatttttttggtggtgtagtgttgtttaggactaagttaaccaaccaaattatatatcattatccaaaaagaatataaaaacaaagacttgaagaca 18101621  T
Q  710 gacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttaaaacaaggtaatgccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagtaaaata 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18101620 gacattgattcatagatgtatcaaagttctgattggtataaaatttcaaacaaggtaatgccacttgcaatcaaatcaaacaaggtaaaatagtaaaata 18101521  T
Q  810 ccacaaaatatgatgaagaaataacaatgacacacaag 847  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18101520 ccacaaaatatgatgaagaaataacaatgacacacaag 18101483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University