View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1836_high_16 (Length: 539)
Name: NF1836_high_16
Description: NF1836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1836_high_16 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 17982099 - 17981592
Alignment:
| Q |
17 |
catcttttcaaatttctaatacaatcttggtaggtagaaattgtaattgttgtacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttcgttcttatata |
116 |
Q |
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| T |
17982099 |
catcttatcaaatttctaatgcaatcttggaaggtaggaattgtaattgttctacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttggttcttat--- |
17982003 |
T |
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| Q |
117 |
tgttggttagttaaaactcaaaatgctacccaaagaatatgaggtgacaaaaataattgataatatttatttacaaaggaacattatagtcaatttctta |
216 |
Q |
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| T |
17982002 |
-gttggttagttagaactcgaaatgttacccaaagaatatgatgtgacaaaaataattgataatatttatttacaaaggaacattatagtcaatttctta |
17981904 |
T |
|
| Q |
217 |
attttagagacgggtctgggtttgattcatttatctaccttccatttattagagagataaacaagtgaaagattaatgagctccattttaacaagtggat |
316 |
Q |
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| T |
17981903 |
attttagagacgggtctgggtttgattcatttatctaccttccatttattagagagataaacaagtgaaagattaatgagccccattttaataagtggat |
17981804 |
T |
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| Q |
317 |
tccaccgacgggtttcactaatctttcatttgtgcccaattctctcat-aatagagtaaattgagagtaaatagatggagcaaaccggaacccacaatga |
415 |
Q |
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| T |
17981803 |
tccactgacgggtttcactaatctatcatttgtgccaaattctctcataaatagactaaattgagagtaaataaatggagcaaaccggaacccacaatga |
17981704 |
T |
|
| Q |
416 |
atccctacaatttaagggattaatctaacaaccgtacaatttcaagagcg--aatgaagtttcactctaaataaaggctaatgccaatatcttgaaagca |
513 |
Q |
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| T |
17981703 |
atccctacaatttaagggattaatctaacaactgtacaatctcaagagcgaaaatgaagtttcactctaaataaaggctaatgccaatatcttgaaaacg |
17981604 |
T |
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| Q |
514 |
tacttcataata |
525 |
Q |
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| T |
17981603 |
tacttcataata |
17981592 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 17975562 - 17975135
Alignment:
| Q |
17 |
catcttttcaaatttctaatacaatcttggtaggtagaaattgtaattgttgtacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttcgttcttatata |
116 |
Q |
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| T |
17975562 |
catcttttcaaatttctaatacaatcttggaaggtaggaattgtaattgttgtacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttggttcttat--- |
17975466 |
T |
|
| Q |
117 |
tgttggttagttaaaactcaaaatgctacccaaagaatatgaggtgacaaaaataattgataatatttatttacaaaggaacattatagtcaatttctta |
216 |
Q |
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| T |
17975465 |
-gttggttagttagaactcaaaatgttacccaaagaatatgaggtgacaaaaataattgataatatttatctacaaaggaacattatagtcaatttctta |
17975367 |
T |
|
| Q |
217 |
attttagaga-cgggtctgggtttgattcatttatctaccttccatttattagagagataaacaagtgaaagattaatgagctccattttaacaagtgga |
315 |
Q |
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| T |
17975366 |
actttagagaccgggtctgggtttgattcatttatctaccttccatttattagagagataaacaagtgaaagattaatgagccccattttaataagt--- |
17975270 |
T |
|
| Q |
316 |
ttccaccgacgggtttcactaatctttcatttgtgcccaattctctcataa-tagagtaaattgagagtaaatagatggagcaaaccggaacccacaatg |
414 |
Q |
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| T |
17975269 |
---------caggtttcactaatctttcatttgtgcccaattctctcataattagactaaattgagagtaaataaatggagcaaaccggaacccacaatg |
17975179 |
T |
|
| Q |
415 |
aatccctacaatttaagggattaatctaacaaccgtacaatttc |
458 |
Q |
| |
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|
|
| T |
17975178 |
aatccctacaatttaagggattaatctaacaactgtacaatttc |
17975135 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 17 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 17969891 - 17969379
Alignment:
| Q |
17 |
catcttttcaaatttctaatacaatcttggtaggtagaaattgtaattgttgtacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttcgttcttatata |
116 |
Q |
| |
|
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|
| T |
17969891 |
catcttttcaaatttctaatacaatcttggtaggtaggaattgtaattgttgtacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttggttcttatata |
17969792 |
T |
|
| Q |
117 |
tgttggttagttaaaactcaaaatgctacccaaagaatatgaggtgacaaaaataattgataatatttatttacaaaggaacattatagtcaatttctta |
216 |
Q |
| |
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|
| T |
17969791 |
tgttggttagttaaaactcaaaatgctacccaaagaatatgaggtgacaaaaataattgataatatttatttacaatggaacgttttagtcaatttctta |
17969692 |
T |
|
| Q |
217 |
attttagaga-cgggtctgggtttgattcatttatctaccttccatttattagagagataa--acaagtgaaagattaatgagctccatttt--aacaag |
311 |
Q |
| |
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|||||||||| | | | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||| |
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| T |
17969691 |
attttagagatagaggccgggtttgctccatttatctaccttccatttattagagacataaacacaagtgaaagattaatgagcctcattctaaaacaag |
17969592 |
T |
|
| Q |
312 |
tggattccaccgacgggtttcactaatctttcatttgtgcccaattctctcat-aatagagtaaattgagagtaaatagatggagcaaaccggaacccac |
410 |
Q |
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| T |
17969591 |
tggattccactaatgggtttcactaatctttcatttgtgtccaaatctctcgtaaatagcaaaaattgagagtaaataaatggagcaaaccagaacccac |
17969492 |
T |
|
| Q |
411 |
aatgaatccctacaatttaagggattaatctaacaac--cgtacaatttcaagagcg--aatgaagtttcactctaaataaaggctaatgccaatatctt |
506 |
Q |
| |
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| T |
17969491 |
aatgagtccctacaatttcagggattaatctaacaacggtgtacaaattcaagagtgaaaatgaagtttcactctaaataaaggctaatg-caatatctt |
17969393 |
T |
|
| Q |
507 |
gaaagcatacttca |
520 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| |
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| T |
17969392 |
aaaagcctacttca |
17969379 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 17987171 - 17986634
Alignment:
| Q |
17 |
catcttttcaaatttctaatacaatcttggtaggtagaaattgtaattgttgtacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttcgttcttatata |
116 |
Q |
| |
|
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|
| T |
17987171 |
catcttttcaaatttctaatacaatcttggaaggtaggaattgtaattgttgtacaaattagtttagaatgtaacattatgaagagttggttcttat--- |
17987075 |
T |
|
| Q |
117 |
tgttggttagttaaaactcaaaatgctacccaaagaatatgaggtgacaaaaataattgata------atatttatttacaaaggaacattatagtcaat |
210 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
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| T |
17987074 |
gctgggttagttaaaactcaaaatgctacccaaagaatatgacgtgacaaaaataattgataatatttatatttattcacaaaggaacatttaagtcaat |
17986975 |
T |
|
| Q |
211 |
ttcttaattttagagacgggtctgggtttg----att--------catttatctaccttccattt-----------attagagagataa--acaagtgaa |
285 |
Q |
| |
|
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| T |
17986974 |
ttcttaattttagaga---gtccgggtttgctctatttatcgctctatttatctaccctccatttatttttcatttattagagacataaacacaagtgaa |
17986878 |
T |
|
| Q |
286 |
agattaatgagctccattttaacaagtggattccaccgacgggtttcactaatctttcatttgtgcccaattctctcata--------atagagtaaatt |
377 |
Q |
| |
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|||| |||| || ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||| ||||| |
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| T |
17986877 |
agatcaatgtgccccattttaataagtggattccactaataggtttcactaatcttccatttgtgtccaattctctcataaatatatgagagaggaaatt |
17986778 |
T |
|
| Q |
378 |
gagagtaaatagatggagcaaaccggaacccacaatgaatccctacaatttaagggattaatctaaca--accgtacaatttcaagagcg--aatgaagt |
473 |
Q |
| |
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| T |
17986777 |
gagagtaaataaatggagcaaaccgaaacctgcaacgagtgcctatgatttcaaggattaatcgaacatttgggtaaaatatcaagagcgaaaatgaagt |
17986678 |
T |
|
| Q |
474 |
ttcactctaaataaaggctaatgccaatatcttgaaagcatacttca |
520 |
Q |
| |
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| T |
17986677 |
ttgactctaaataaaggctaat---aatatcttgaaagcctacttca |
17986634 |
T |
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