View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1836_high_24 (Length: 488)

Name: NF1836_high_24
Description: NF1836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1836_high_24
NF1836_high_24
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (17-477)||(8546992-8547446)
chr5 (84-422)||(8637749-8638087)
chr5 (84-387)||(8645094-8645397)
chr5 (88-403)||(9073655-9073970)
chr5 (23-388)||(1599238-1599591)
chr5 (171-387)||(8678689-8678905)
chr5 (88-411)||(8529805-8530119)
chr5 (87-382)||(2873480-2873775)
chr5 (88-417)||(8536369-8536695)
chr5 (87-385)||(2844031-2844329)
chr5 (87-439)||(2855816-2856162)
chr5 (202-422)||(9004353-9004570)
chr5 (87-382)||(2903986-2904281)
chr5 (224-337)||(31807159-31807272)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (88-411)||(48360768-48361090)
chr7 (26-387)||(35780650-35781008)
[»] scaffold0627 (1 HSPs)
scaffold0627 (63-477)||(5458-5860)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-371)||(16717137-16717479)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (88-411)||(9443966-9444280)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (320-378)||(5131604-5131662)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (231-324)||(25290664-25290757)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 8547446 - 8546992
Alignment:
Q  17 caatataagggcgcttggatttattcttgatcctgtcacttttctccctaaatgatttgatataaccacgaagaggaagcttgaatataggatcaagctt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8547446 caatataagggcgcttggatttattcttgatcctgtcacttttctccctaaatgatttgatataaccacgaagaggaagcttgaatataggatcaagctt 8547347  T
Q  117 cacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacactagtctatcgtcatctgtccaaatcattaga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8547346 cacatgattgttgcttccaatcttgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacactagtctatcgtcatctgtccaaatcattaga 8547247  T
Q  217 caaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8547246 caaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttga 8547147  T
Q  317 tgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatcatgattgtctgcctcatcaacttttccttt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  8547146 tgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatcatgattgtctgcctcatcaacttttcc--- 8547050  T
Q  417 tccttttcctttattgcatcttcttctagccctaacaggggcaattgaatccttttttctt 477  Q
       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8547049 ---tttttctttattgcatcttcttctagccctaacaggggcaattgaatccttttttctt 8546992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 84 - 422
Target Start/End: Original strand, 8637749 - 8638087
Alignment:
Q  84 acgaagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgac 183  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8637749 acgaagaggaagcttaaatataggcgcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcaaacttttcatgatcacactcaagaaggtacatggttcttgac 8637848  T
Q  184 actagtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatct 283  Q
    ||||||||| | |||| ||||| |||||| |||| ||   | | || |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  8637849 actagtctaccatcatttgtccgaatcatgagactaaggggcgctcgctcaaattgcaatttagcaaaatgtggttccgaaatcattgttttccaaatct 8637948  T
Q  284 tgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttc 383  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||||||||| || ||  ||||| |    
T  8637949 tgcacacacatttacaaatgagaagagacttaatggaaagttgaagcagaatttgggtggtgatgtgggatggaagattatcaaagtatggaaaaagtcc 8638048  T
Q  384 atcatgattgtctgcctcatcaacttttccttttccttt 422  Q
    ||||||| | ||||  ||||||||| | |||||| ||||    
T  8638049 atcatgactttctgattcatcaactctcccttttgcttt 8638087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 84 - 387
Target Start/End: Original strand, 8645094 - 8645397
Alignment:
Q  84 acgaagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgac 183  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8645094 acgaagaggaagcttaaatataggtgcaagcttgacacgactgttgcttccaatttgaaacttttcaggatcacactcaagaaggtacatagttcttgac 8645193  T
Q  184 actagtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatct 283  Q
    |||||||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  8645194 actagtctacagtcatctatccgaatcatgagacaaacttgtgatcgctcaaagttcaatttagcaaaatgtggttctgaaataagtgttttccaaatct 8645293  T
Q  284 tgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttc 383  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || ||| |||| | |||||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||  |||| ||    
T  8645294 tgcacacacattcacaaatgagaagagatttaatgggaagatgaagcaacatgtgggcaatgatgtgtgatggaagattatcaaagtaaggataaagctc 8645393  T
Q  384 atca 387  Q
    ||||    
T  8645394 atca 8645397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 88 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 9073970 - 9073655
Alignment:
Q  88 agaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacacta 187  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||     
T  9073970 agaggaagcttgaatataggctcaagcttgacatgtttgttgcttccaatctcaaacttttcaggttcacactcaagaaggtacatggttctcgacactc 9073871  T
Q  188 gtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgca 287  Q
       ||||||||   |||| |||||| | || || | ||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  9073870 taatatcgtcaagggtccgaatcataaaactaagtggtgctcgctcaaattgcaatttagcaaaatgtggttctgaaataagtcttttccaaattttgca 9073771  T
Q  288 aacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatca 387  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  9073770 cacacatttacaaatgagaagaggcttgacgggaagtcgaagcagaatattggcagtgaggtgagatggaagattgtcaaaaaaagggaaaagttcatca 9073671  T
Q  388 tgattgtctgcctcat 403  Q
    ||| | ||||||||||    
T  9073670 tgactctctgcctcat 9073655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 23 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 1599591 - 1599238
Alignment:
Q  23 aagggcgcttggatttattcttgatcctgtcacttttctccctaaatgatttgatataaccacgaagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatg 122  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||| |||||||||||| ||            |||||||||||||| |||||  ||||||||||| |    
T  1599591 aagggcgcttggattcattattgatctcgtcacttttatccctaaatgatctg------------agaggaagcttgaacataggcgcaagcttcacacg 1599504  T
Q  123 attgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacactagtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaact 222  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |   || |||||  |||| |||||| |||| || |    
T  1599503 atcgttgcttccaatctcaaacttttcaggttcacactcaagaaggtacaaggttcttgatactcggtaatagtcattggtccgaatcatgagactaagt 1599404  T
Q  223 tgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaa 322  Q
     |||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||  |||    
T  1599403 ggtgatcgctcaaagtgcgatttagcaaaatgtgattctgaaatcaatgttttccaaattttgcacacagatttacaaatgagaagcgacttaataggaa 1599304  T
Q  323 gtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatcat 388  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  1599303 gttgaagcagaatgcgggcagtgacgtgagatgaaagattatcaaaaaaagggaaaacttcatcat 1599238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 171 - 387
Target Start/End: Original strand, 8678689 - 8678905
Alignment:
Q  171 catggttcttgacactagtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataatt 270  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  8678689 catggttcttgacactagtctacagtcatctatccgaatcatgagacaaacttgtgatcgctcaaagttcaatttagcaaaatgtggttctgaaataagt 8678788  T
Q  271 gttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaat 370  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||| | ||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |    
T  8678789 gttttccaaatcttgcacacacatttacaaatgagaagagatttaatgggaagatgaagcaaaatgtgggcaatgatgtgtgatggaagattatcaaagt 8678888  T
Q  371 aagggcaaagttcatca 387  Q
    ||||  |||||||||||    
T  8678889 aaggataaagttcatca 8678905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 88 - 411
Target Start/End: Original strand, 8529805 - 8530119
Alignment:
Q  88 agaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacacta 187  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||     
T  8529805 agaggaagcttgaatataggtgcaagcttgacatgattgttgcttccaatctcaaacttatcaggctcgcactcaagaaggtacagggttcttgacactc 8529904  T
Q  188 gtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgca 287  Q
    |  | |||      || | |||||| |||| || | |||||| |||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||  |||||    
T  8529905 gg-tgtcgc-----gttcgaatcatgagactaattggtgatcgctcaaagtgcgatttagcaaattgtgattctgaaataattgttttccaaactttgca 8529998  T
Q  288 aacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatca 387  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| |   |||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    |||    
T  8529999 cacacatttacaaatgagaacagacttaaatggaagtcgaaggagaatgtgggcagtgaggtgagacggaagtttatcaaaataagggcaaag---ctca 8530095  T
Q  388 tgattgtctgcctcatcaactttt 411  Q
     || | ||||||||||||||||||    
T  8530096 cgactctctgcctcatcaactttt 8530119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 87 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2873775 - 2873480
Alignment:
Q  87 aagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacact 186  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||| |||| | | |||||||||||    
T  2873775 aagaggaagctcgaatatagggtcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcaaacttttcagcttcgcactcaagaaggtataggtttcttgacact 2873676  T
Q  187 agtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgc 286  Q
      | ||| |||     | | |||||  | || |||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| | ||||    
T  2873675 cctatattgtctaaatttcgaatcacgaaactaactggtgctcgctcaaattgcaatttagcaaaatgtggttctgaaataagtgtattccaagttttgc 2873576  T
Q  287 aaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagtt 382  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2873575 acacacatctacacatgagaagagacttaatgggaagttgaagaagaatgtgggtagttaagtgagatggaagattatcaaagtaagggcaaagtt 2873480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 88 - 417
Target Start/End: Original strand, 8536369 - 8536695
Alignment:
Q  88 agaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacacta 187  Q
    |||||||||||||| |||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| |||     
T  8536369 agaggaagcttgaacataggcacaagtttcacatgatcgttgcttccaatctcaaacttttgaggatcagactcaagaaggtacattgttcttgaaactc 8536468  T
Q  188 gtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgca 287  Q
    | |||| |||||  |||| |||||| ||||  | | |||||  |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  8536469 ggctatagtcattggtccgaatcatgagactgagtggtgattgctcaaagtgggatttagcaaaatgtgattctgaaatcaatgttttccaaattttgca 8536568  T
Q  288 aacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatca 387  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||| |   |||||| |||||||||||| ||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | |    
T  8536569 cacagatttacaaatgagaagcgacttaaatggaagttgaagcagaatgtgagcaataacgtgagacggaagattatcaaaataagggcaaagt---tga 8536665  T
Q  388 tgattgtctgcctcatcaacttttcctttt 417  Q
    ||  | ||||||||||||||||| ||||||    
T  8536666 tggctttctgcctcatcaactttccctttt 8536695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 87 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 2844329 - 2844031
Alignment:
Q  87 aagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacact 186  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||| | | |||||||||||    
T  2844329 aagaggaagctcgaatatagggtcaagcttcacatgatttttgcttccaatctcaaacttttcagcttcacactcaagaaggtataggtttcttgacact 2844230  T
Q  187 agtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgc 286  Q
      | ||| |||     | | |||||  | || |||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||| ||||    
T  2844229 cctatattgtctaaatttcgaatcacgaaactaactggtgctcgctcaaattgcaatttagcaaaatgtggttctgatataagtgtattccaaattttgc 2844130  T
Q  287 aaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcat 385  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| ||| |||| || || |||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2844129 acacacatctacatatgagaagagacttaatgggaagctttaggagaatgtgggtagttaattgagatggaagattatcaaagtaagggcaaagttcat 2844031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 87 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 2856162 - 2855816
Alignment:
Q  87 aagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacact 186  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||| | | |||||||||||    
T  2856162 aagaggaagctcgaatatagggtcaagcttcacatgatttttgcttccaatctcaaacttttcagcttcacactcaagaaggtataggtttcttgacact 2856063  T
Q  187 agtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgc 286  Q
      | ||| |||     | | |||||  | || |||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||| ||||    
T  2856062 cctatattgtctaaatttcgaatcacgaaactaactggtgctcgctcaaattgcaatttagcaaaatgtggttctgatataagtgtattccaaattttgc 2855963  T
Q  287 aaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatc 386  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| ||| |||| || || |||||||||| ||| |  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||   ||    
T  2855962 acacacatctacatatgagaagagacttaatgggaagctttaggagaatgtgggtagttaattgagatggaaaattatcaaagtaagggcaaagt---tc 2855866  T
Q  387 atgattgtctgcctcatcaacttttccttttccttttcctttattgcatcttc 439  Q
    |||| |   ||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  2855865 atgact---tgcatcatcaaattttcctttcccttttactttattgcagcttc 2855816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 202 - 422
Target Start/End: Original strand, 9004353 - 9004570
Alignment:
Q  202 gtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaa 301  Q
    |||| |||||| |||| || | ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  9004353 gtccgaatcatgagactaattggtgctcgctcaaattgcaatttagcaaaatgtggttatgaaataattgttttccaaatcttgcacacacatctacaaa 9004452  T
Q  302 tgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatcatgattgtctgcctc 401  Q
    | ||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||   |||||| | ||||||||    
T  9004453 taagaagagacttaatgggaagatgaagcagaatgtggttagtgaggtgagatggaagattagcaaagtaagggcaaagt---tcatgactttctgcctc 9004549  T
Q  402 atcaacttttccttttccttt 422  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  9004550 atcaactttcccttttgcttt 9004570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 87 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2904281 - 2903986
Alignment:
Q  87 aagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacact 186  Q
    ||||||||| | ||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||| || ||||||||| |||| | | |||||||||||    
T  2904281 aagaggaagttcgaatataggcttaagcttcacaagattgttggttccaaactcgaactattcaggttcgcactcaagaaggtataggtttcttgacact 2904182  T
Q  187 agtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgc 286  Q
      | |||  ||   | | | |||||| | ||  | | ||| || |||||| ||||||||||| || |   |||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  2904181 tctatattatctaattttctaatcatgaaactgattggtgctcgctcaaattgcaatttagcgaatttaggttctgaaataagtgtattccaaattttgc 2904082  T
Q  287 aaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagtt 382  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| ||| |||| || || ||||| | || ||| | |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  2904081 acacacatctacatatgagaagagacttaatgggaagctttaggagaatttcggtagttaagtgaaatggaagattatcaaagtaaggacaaagtt 2903986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 31807272 - 31807159
Alignment:
Q  224 gtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaag 323  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||| | || ||||| | ||| |||||  |  | |||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||    
T  31807272 gtgatcgctcaaagtgcactttggcaaaatgtgggtcagaaatcactgtgttccatgttctacaaacacatttacatatgataacagacttgatgggaag 31807173  T
Q  324 tttaagcagaatgt 337  Q
    |  ||| |||||||    
T  31807172 tcgaagtagaatgt 31807159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 88 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 48361090 - 48360768
Alignment:
Q  88 agaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacacta 187  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  48361090 agaggaagcttgaatataggtgtaagcttcacatggttgttgcttccaatctcaaacttttcaggatcacactcaagaaggtacatggttcttgacactc 48360991  T
Q  188 gtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgca 287  Q
     ||||| ||||   |||| |||||| |||| || | |||||| |||||||||| |||||||||| |||  ||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  48360990 ctctatagtcagg-gtccgaatcatgagactaagtggtgatcgctcaaagtgcgatttagcaaattgtgattctgaaatcagtgttttccaaattttgca 48360892  T
Q  288 aacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatca 387  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48360891 cacagatttacaaataagaagagacttaatgggaagttgaaggagaatgtgggcagtgaggtgatatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatca 48360792  T
Q  388 tgattgtctgcctcatcaactttt 411  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||    
T  48360791 tgactctctacctcatcaactttt 48360768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 387
Target Start/End: Original strand, 35780650 - 35781008
Alignment:
Q  26 ggcgcttggatttattcttgatcctgtcacttttctccctaaatgatttgatataaccacgaagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgatt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| ||||| ||||   |||||   ||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  35780650 ggcgcttggatttattcttgatcttgtgcattttctccttaaataatttcccataac---gaagaggaagcttaaatatggggtcaagcttcacaagatt 35780746  T
Q  126 gttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacactag-tctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttg 224  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||  | ||||  |  |   |||| || ||| |||| |  | |    
T  35780747 gttccttccaaactcaaacttttcaggctcacactcaagaaggtgcagggttcttgacacatgatctaa-gcgacgggtccgaaccatgagactagttgg 35780845  T
Q  225 tgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagt 324  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| || ||  |||| |||||| |||||||||||||||| || ||| |||||    
T  35780846 tgatagctcaaagtgcaatttagcaaattgcggttctgaaatcattgtttttcagattatgcacacacatctacaaatgagaagagattttatgggaagt 35780945  T
Q  325 ttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatca 387  Q
    | ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  35780946 tgaagcaaaatgtgggcggtgaggtgggatggaagattatcaaaataagggtaaaggtcatca 35781008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0627 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0627
Description:

Target: scaffold0627; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 63 - 477
Target Start/End: Original strand, 5458 - 5860
Alignment:
Q  63 cctaaatgatttgatataaccacgaagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactca 162  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || || |||    
T  5458 cctaagtgatttgacatcaccacgaagagtaagcctgaatataggctcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcaaactttttaggatcgcattca 5557  T
Q  163 agatggtacatggttcttgacactagtctatcgtcatct-gtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttct 261  Q
    ||| |||| | ||||||||||||| |||||| || |||| || | |||||| |||| ||   |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5558 agaaggtatagggttcttgacactcgtctatagt-atcttgttcgaatcatgagactaatcggtgatcgctcaaagtgtaatttagcaaaatgtggttct 5656  T
Q  262 gaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagat 361  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||| |  |||||||| |||||||||     
T  5657 gaaatcattgctttccaaattttgcacacacatttacaaatgagaagagacttgatgggaagttgaagaaaaatgtgagtggtgaggtgggatggaagaa 5756  T
Q  362 tatcaaaataagggcaaagttcatcatgattgtctgcctcatcaacttttccttttccttttcctttattgcatcttcttctagccctaacaggggcaat 461  Q
    |||||||||||   |||  |   |||||| | |||||||| ||||      |||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||    
T  5757 tatcaaaataa---caacat---tcatgactttctgcctcctcaa------ctttcccttttgctttattgcatcttcggctagccctaataggggtaat 5844  T
Q  462 tgaatccttttttctt 477  Q
    |||| ||| |||||||    
T  5845 tgaaccctcttttctt 5860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 29 - 371
Target Start/End: Original strand, 16717137 - 16717479
Alignment:
Q  29 gcttggatttattcttgatcctgtcacttttctccctaaatgatttgatataaccacgaagaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgtt 128  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||  || || |||||||| || ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  16717137 gcttgtatttattctttatcttgtcacttttcatcccaagtgatttgacatcaccgcgaagaggaagtctgaatataggctcaagattcacatgattgtt 16717236  T
Q  129 gcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacactagtctatcgtcatct-gtccaaatcattagacaaacttgtga 227  Q
    |||||||||||| |||||||| || || ||||| ||| |||| | ||||||||||||| || ||| || |||| || | |||||| |||| || | ||||    
T  16717237 gcttccaatctcaaacttttctggatcgcactctagaaggtagagggttcttgacactcgtttatagt-atcttgttcgaatcatgagactaattggtga 16717335  T
Q  228 tctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagttta 327  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||   ||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  16717336 ttgctcaaagtgtaatttagcaaaatgcgattctgaaatcattcttttccaaattttgcacacacatttacaaatgagaagagacttgatgggaagttga 16717435  T
Q  328 agcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaata 371  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  16717436 agcaaaatgtgggcggtgaggtgggatggaagaatatcaaaata 16717479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 88 - 411
Target Start/End: Original strand, 9443966 - 9444280
Alignment:
Q  88 agaggaagcttgaatataggatcaagcttcacatgattgttgcttccaatctcgaacttttcaggctcacactcaagatggtacatggttcttgacacta 187  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||     
T  9443966 agaggaagcttgaatataggtgcaagcttgacatgattgttgcttccaatctcaaacttatcaggctcgcactcaagaaggtatagggttcttgacactc 9444065  T
Q  188 gtctatcgtcatctgtccaaatcattagacaaacttgtgatctctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgca 287  Q
    |  | ||||     || | |||||| |||| || | |||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  9444066 gg-tgtcgt-----gttcgaatcatgagactaattggtgatcgctcaaagtgcaatttagcaaattgtgattctgaaatcattgttttccaaactttgca 9444159  T
Q  288 aacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaaagttcatca 387  Q
     ||| ||||||||||||||| |||||| |   |||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    |||    
T  9444160 cacagatttacaaatgagaacagacttaaatggaagtcgaaggagaatgtgggcagtgaggtgagacggaagattatcaaaataagggcaaag---ctca 9444256  T
Q  388 tgattgtctgcctcatcaactttt 411  Q
     || | ||||||||||||||||||    
T  9444257 cgactctctgcctcatcaactttt 9444280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 320 - 378
Target Start/End: Original strand, 5131604 - 5131662
Alignment:
Q  320 gaagtttaagcagaatgtgggcagtgaggtgagatggaagattatcaaaataagggcaa 378  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5131604 gaagtttaagcaaaatgtgggcagtgaggtgtgatggaagattatcaaaataagggcaa 5131662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 231 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 25290757 - 25290664
Alignment:
Q  231 ctcaaagtgcaatttagcaaaatgttgttctgaaataattgttttccaaatcttgcaaacacatttacaaatgagaagagacttgatgtgaagt 324  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| | ||| |||||  |  | |||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||    
T  25290757 ctcaaagtgcactttggcaaaatgtggatctgaaatcactgtgttccatgttctacaaacacatttacatacgagaacagacttgatgggaagt 25290664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University