View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1836_low_5 (Length: 736)

Name: NF1836_low_5
Description: NF1836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1836_low_5
NF1836_low_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-727)||(47092268-47092967)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 608; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 608; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 47092967 - 47092268
Alignment:
Q  19 tatgtaggacaaaatgttgggatgtggtttaaggtgtctcttacctcgagtttatcatgtttaagaatcagttttataaatcaaacaccataaaattaaa 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  47092967 tatgtaggacaaaatattgggatgtagtttagggtgtctcttacctcgagtttatcatgtttaagaaacagttttataaatcaaacaccttaaaactaaa 47092868  T
Q  119 ttttcatgtcttgtccttannnnnnnaacggatcaatcaatgcaggtaaggtaaagaaagttacctctggctccaaacggctaagccatcatctccacgg 218  Q
    |||||||||||||||||||       |||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47092867 ttttcatgtcttgtccttatttttttaacggatcat---------gtaaggtaaagaaagttacctctggctccaaacggctaagccatcatctccacgg 47092777  T
Q  219 ctcctatcagcatagaaccctccggcccatctttctgacttattatagggagtaacccacacttgatactttgtataagtagctcttctttgtggataat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47092776 ctcctatcagcatagaaccctccggcccatctttctgacttattatagggagtaacccacacttgatactttgtataagaagctcttctttgtggataat 47092677  T
Q  319 catcatcgtccaacaaagaactaaccggttgtccactaatcaaccggtaacccacctgattacctaactttgtcatttcattagggttaactattaacag 418  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47092676 catcatcgtccaacaaagaactgaccggttgtccactaatcaaccggtaacccacttgattacctaactttgtcattttattagggttaactattaacag 47092577  T
Q  419 ctcatttggctctaagccgagcgtaattctagcctcagcttcccttttgacagcttctttattaaccgtccagtaactttttcttggtgttccaaaccca 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47092576 ctcatttggctctaagccgagcgtaattctagcctcagcttcccttttgacagcttctttattaaccgtccagtaactttttcttggtgttccaaatcca 47092477  T
Q  519 cttgctttgaccttttgcaactttgcattgatgaaagagtttgcattatcatcaatgtcaaggtcaagataatatgttacaaggtgatcatgataattgg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47092476 cttgctttgaccttttgcaactttgcattgatgaaagagtttgcattatcatcaatgtcaaggtcaagataatatgttacaaggtgatcatgataattgg 47092377  T
Q  619 ctatggtgttttctgccactaaggttccaaatactctttcttttatttgatttttatgtgtgtatgggactgctttcatttctaatacacctgttagagc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47092376 ctatggtgttttctgccactaaggttccaaatactctttcttttatttgatttttatgtgtgtatgggactgctttcatttctaatacacctgttagagc 47092277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University