View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18372_low_1 (Length: 832)

Name: NF18372_low_1
Description: NF18372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18372_low_1
NF18372_low_1
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (18-816)||(1629944-1630746)
chr3 (18-647)||(1607121-1607753)
chr3 (18-647)||(1624142-1624761)
chr3 (202-645)||(10819711-10820160)
chr3 (656-816)||(10820598-10820754)
chr3 (37-151)||(10819521-10819635)
chr3 (50-144)||(1602996-1603086)
chr3 (773-816)||(1606646-1606689)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (287-636)||(18785179-18785528)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (422-628)||(12803384-12803590)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 1630746 - 1629944
Alignment:
Q  18 taatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1630746 taatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatatt 1630647  T
Q  118 caatattttaggtatataatgttttaattttttcctnnnnnnnntgttaaaattttgtaatctccagatttacatttgattcatatgataatattgatgt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  1630646 caatattttaggtatataatgttttaattttttcctaaaaaaaatgttaaaattttgtaatctccagatttacatttgattcatataataatattgaagt 1630547  T
Q  218 cataacactatcgcttatgtacttttatatgaatatatatagtcatattaatcaaaatatctggattcgtcacttgcagaaacagaagaagggtcatttc 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1630546 catagcactatcgcttatgtacttttatatgaatatatatagtcatactaatcaaaaattttggattcgtcacttgcagaaacagaagaagggtcatttt 1630447  T
Q  318 caaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccagtaaagtacaatcttgtggtggcaaaagatggttctggtcagtacaagac 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1630446 caaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccagtaaagtacaatcttgtggtggcaaaagatggttctggacagtacaagac 1630347  T
Q  418 tgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgtttatagagagaacattgaggttgct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1630346 tgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgtttatagagagaacattgaggttgct 1630247  T
Q  518 gttcataatgacaatattatgctggttggtgatggtatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaaggtggttataccacttatagctctg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1630246 gttcataatgacaatattatgctggttggtgatgggatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaaggtggttataccacttatagctctg 1630147  T
Q  618 caacagcaggtgagttatattccatctcctttaatctctttttattttatcatttgaagttctaaatttttataataagataggtttataatatttaaat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1630146 caacagcaggtgagttatattccatctcctttaatctctttttattttatcatttgaagttctaaatttttataataagataggtttataatatttaaat 1630047  T
Q  718 tatacttgaggctttctta----catacaattactttaattttttattttaaataattactcttggatcatttaaatttaggtattgatggacttcactt 813  Q
    |||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1630046 tatacttgaggctttcttacatgcatacaattactttcattttttattttaaataattactcttggatcatttaaatttaggtattgatggacttcactt 1629947  T
Q  814 cat 816  Q
    |||    
T  1629946 cat 1629944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 1607753 - 1607121
Alignment:
Q  18 taatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1607753 taatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataacaagacacaaagagcaattataatttgtagatgttcaagtatctt 1607654  T
Q  118 caatattttaggtatataatgttttaattttttcctnnnnnnnntgttaaaattttgtaatctccagatttacatttgattcatatgataatattgatgt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1607653 caatattttaggtatataatgttttaattttttcttaaaaaaaatgttaaaattttgtaatctccagatttaaatttgattcatatgataatattgatgt 1607554  T
Q  218 cataacactatcgcttatgtactttt-atatgaatatatata--gtcatattaatcaaaatatctggattcgtcacttgcagaaacagaagaagggtcat 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1607553 cataacactatcgcttatgtactttttatatgaatatatatatagtcatactaatcaaaatttctggattcgtcacttgcagaaacagaagaagggtcat 1607454  T
Q  315 ttccaaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccagtaaagtacaatcttgtggtggcaaaagatggttctggtcagtacaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1607453 ttccaaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtcaaagggtccagtaaagtacaatcttgtggtggcaaaagatggttctggacagtacaa 1607354  T
Q  415 gactgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgtttatagagagaacattgaggtt 514  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1607353 gactgtgcaggctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgtttatagagagaacattgaggtt 1607254  T
Q  515 gctgttcataatgacaatattatgctggttggtgatggtatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaaggtggttataccacttatagct 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1607253 gctgttcataatgacaatattatgctggttggtgatgggatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaaggtggttttaccacttatagct 1607154  T
Q  615 ctgcaacagcaggtgagttatattccatctcct 647  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  1607153 ctgcaacagcaggtgaattatatttcatttcct 1607121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 1624761 - 1624142
Alignment:
Q  18 taatataaatatgatagggttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1624761 taatataaatatgatagggttaaaaatgggtatataaaaatgaattttaaaataagaagacaca--gagcaattataatttgtagatgttcaagtatctt 1624664  T
Q  118 caatattttaggtatataatgttttaattttttcctnnnnnnnntgttaaaattttgtaatctccagatttacatttgattcatatgataatattgatgt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  1624663 caatattttaggtatataatgttttaattttttcttaaaaaaaatgttaaaattttgtaatctccagatttaaatttaattcatatgataatattgatgt 1624564  T
Q  218 cataacactatcgcttatgtacttttatatgaatatatatagtcatattaatcaaaatatctggattcgtcacttgcagaaacagaagaagggtcatttc 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1624563 cataacactatggcttatgtacttttatat--------atagtcatactaatcaaaatttctggatccgtcacttgcagaaacagaagaagggtcatttc 1624472  T
Q  318 caaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccagtaaagtacaatcttgtggtggcaaaagatggttctggtcagtacaagac 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1624471 caaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtcaaagggtccagtaaagtacaatcttgtggtggcaaaagatggttctggtcagtacaagac 1624372  T
Q  418 tgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgtttatagagagaacattgaggttgct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1624371 tgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgtttatagagagaacattgaggttgct 1624272  T
Q  518 gttcataatgacaatattatgctggttggtgatggtatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaaggtggttataccacttatagctctg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1624271 gttcataatgacaatattatgctggttggtgatgggatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaaggtggttttaccacttatagctctg 1624172  T
Q  618 caacagcaggtgagttatattccatctcct 647  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  1624171 caacagcaggtgaattatatttcatttcct 1624142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 202 - 645
Target Start/End: Original strand, 10819711 - 10820160
Alignment:
Q  202 atgataatattgatgtcataacactatcgcttatgtactttt-atatgaatatatatagtcatattaatcaaaatatctggattcgtcacttgcagaaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  10819711 atgataatattgatgtcataacactatcgcttatgtactttttatataaatatatatagtcatactaatctaaatttctggatccgtca-ttgcagaaac 10819809  T
Q  301 agaa------gaagggtcatttccaaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccagtaaagtacaatcttgtggtggcaaaa 394  Q
    ||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||    
T  10819810 agaaatagaagaagggtcacttccaaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccaatgaagttcaatcttgtggtggcaaaa 10819909  T
Q  395 gatggttctggtcagtacaagactgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgttt 494  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  10819910 gatggttctggacagtacaagactgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatacaagacaaggtatgtgatacatgtgaagaaaggtgttt 10820009  T
Q  495 atagagagaacattgaggttgctgttcataatgacaatattatgctggttggtgatggtatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaagg 594  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10820010 ataaagagaacattgaggttgctgttcataatgataacattatgttggtcggtgatggaatgcaaaataccatcataacaagttctagaagtgttcaagg 10820109  T
Q  595 tggttataccacttatagctctgcaacagcaggtgagttatattccatctc 645  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10820110 tggttttaccacttatagctctgcaacagccggtgagttatattccatctc 10820160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 656 - 816
Target Start/End: Original strand, 10820598 - 10820754
Alignment:
Q  656 tttttattttatcatttgaagttctaaatttttataataagataggtttataatatttaaattatacttgaggctttcttacatacaattactttaattt 755  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| || |    
T  10820598 tttttattttatattttgaagttctaaaattttatactaagataggtttataatatttaaattataattgtggctttcttacctacaattactttcatat 10820697  T
Q  756 tttattttaaataattactcttggatcatttaaatttaggtattgatggacttcacttcat 816  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820698 ----ttttaaataattactcttggatcatttaaatttaggtattgatggacttcacttcat 10820754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 37 - 151
Target Start/End: Original strand, 10819521 - 10819635
Alignment:
Q  37 ttgaaaatgggaagataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataa 136  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10819521 ttgaaaacgggaagctaaaaaagaattttaaaatatgaagacacaaagaacaattataatttgtagatgatgaagtttcttcaattttttaggtatataa 10819620  T
Q  137 tgttttaattttttc 151  Q
     ||||||||||||||    
T  10819621 agttttaattttttc 10819635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 1603086 - 1602996
Alignment:
Q  50 gataaaaatgaattttaaaataagaagacacaaagagcaattataatgtgtagatgttcaagtatcttcaatattttaggtatataatgttttaa 144  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||||||||    ||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1603086 gataaaaaataattttaaaatatgaagacaca----gcaattataatttgtatatgatgaagtatcttcaattttttaggtatataatgttttaa 1602996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 773 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 1606689 - 1606646
Alignment:
Q  773 ctcttggatcatttaaatttaggtattgatggacttcacttcat 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606689 ctcttggatcatttaaatttaggtattgatggacttcacttcat 1606646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 287 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 18785528 - 18785179
Alignment:
Q  287 tcacttgcagaaacagaagaagggtcatttccaaattggttttctgtgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccagtaaagtacaatcttgtgg 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18785528 tcacttgcagaaacagaagaagggtcatttccaaattggttttctatgcatgaaaggaagcttttgcagtctaagtctccagtaaagtacaatattgtgg 18785429  T
Q  387 tggcaaaagatggttctggtcagtacaagactgtgcaagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaa 486  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18785428 tggcaaaagatggttctggacagtacaagactgtgcaagctgctctaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgtgaagaa 18785329  T
Q  487 aggtgtttatagagagaacattgaggttgctgttcataatgacaatattatgctggttggtgatggtatgcaaaataccataataacaagttctagaagt 586  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18785328 aggtgtttataaagagaacattgaggttgcggttcacaatgataacattatgttggttggtgatgggatgcaaaataccataataacaagttctagaagt 18785229  T
Q  587 gttcaaggtggttataccacttatagctctgcaacagcaggtgagttata 636  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18785228 gttcaaggtggttttaccacttatagctctgcaacagcaggtgaattata 18785179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 422 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 12803590 - 12803384
Alignment:
Q  422 caagctgctttaaatgctgctgctaagagaaaatataagacaaggtttgtgatacatgttaagaaaggtgtttatagagagaacattgaggttgctgttc 521  Q
    |||| |||| ||||||||||||  | |||||  | ||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |       
T  12803590 caagatgctataaatgctgctgggaggagaaggtttaaaacaagatttgttatacgtgtgaagaaaggtgtttatagagagaatattgtggttg-ggaag 12803492  T
Q  522 at-aatgacaatattatgctggttggtgatggtatgcaaaataccataataacaagttctagaagtgttcaaggtggttataccacttatagctctgcaa 620  Q
    || ||||| ||||||||| |||| |||||||| |    ||||||  | |||||||||  ||||| |||||||| ||||| ||| || ||||||||||| |    
T  12803491 atgaatgataatattatgttggtaggtgatggaagtagaaatacagtgataacaagtaatagaaatgttcaagctggttttactacctatagctctgcca 12803392  T
Q  621 cagcaggt 628  Q
    | ||||||    
T  12803391 ctgcaggt 12803384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University