View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18375_low_4 (Length: 781)

Name: NF18375_low_4
Description: NF18375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18375_low_4
NF18375_low_4
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (323-765)||(33663968-33664407)
chr6 (323-765)||(33685758-33686209)
chr6 (323-765)||(33674568-33675019)
chr6 (16-300)||(33686202-33686486)
chr6 (16-300)||(33664400-33664684)
chr6 (525-765)||(33692985-33693225)
chr6 (39-248)||(33693394-33693610)
chr6 (191-249)||(33675064-33675122)
chr6 (43-118)||(33675152-33675228)
[»] scaffold0016 (4 HSPs)
scaffold0016 (326-765)||(103028-103462)
scaffold0016 (503-765)||(86524-86793)
scaffold0016 (62-301)||(102793-103030)
scaffold0016 (148-238)||(86271-86362)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 323 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 33664407 - 33663968
Alignment:
323 ttaattataaatttgtaataatcta-ttccttaatggataattataatttgtaattggaacccctttatataccacctaactccaactcctcctatcaca 421  Q
    |||||||||||||| | |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
33664407 ttaattataaatttatcataatctaatttcttagtggataattataatttgtaattggaacccctttatataccacctaactccaactc-tcctatcaca 33664309  T
422 aacacaaaccatatcacaaaccaatcacatacgttcacacattctcattctctctctcaacaaaacnnnnnnnncactcacaaactcatcaaaccgttac 521  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||| |||||||||||||    
33664308 aacacaaaccatatcacaatccaattacacacgttcacacattctcattctctctctcaacaaaacaaaaa---cactcacaaacttatcaaaccgttac 33664212  T
522 aacaatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacattgccaaa 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
33664211 aacaatggaaattgaaacaaaccaaacaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttcttcatgtttacaaaaaacattgccaaa 33664112  T
622 agcaaaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccaccactcgacta 721  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
33664111 agcaaaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccaccactcgactg 33664012  T
722 cctccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 765  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33664011 cctccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 33663968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 323 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 33686209 - 33685758
Alignment:
323 ttaattataaatttgtaataatcta-ttccttaatggataattataatttgtaattggaacccctttatataccacctaactccaactcctcctatcaca 421  Q
    |||||||||||||| | |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
33686209 ttaattataaatttatcataatctaatttcttagtggataattataatttgtaattggaacccctttatataccacctaactccaactc-tcctatcaca 33686111  T
422 aacacaaaccatatcacaaaccaatcacatacgttcacacattctcattctctctctcaa-------caaaacnnnnnnnn--cactcacaaactcatca 512  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||       ||||||          |||||||||||||||||    
33686110 aacacaaaccatatcacaatccaatcacatacgttcacctattctcattctttctctcaagtctctacaaaacaaaaaaaaaacactcacaaactcatca 33686011  T
513 aaccgttacaacaatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaac 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33686010 aaccgttacaacaatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaac 33685911  T
613 attgccaaaagcaaaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccacc 712  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33685910 atagccaaaagcaaaatggtagcacaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccacc 33685811  T
713 actcgactacctccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 765  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33685810 actcgactgcctccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 33685758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 323 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 33675019 - 33674568
Alignment:
323 ttaattataaatttgtaataatcta-ttccttaatggataattataatttgtaattggaacccctttatataccacctaactccaactcctcctatcaca 421  Q
    |||||||||| ||| | |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
33675019 ttaattataattttatcataatctaatttcttagtggataattataatttgtaattggaacccctttatataccacctaactccaactc-tcctatcaca 33674921  T
422 aacacaaaccatatcacaaaccaatcacatacgttcacacattctcattctctctctcaa-------caaaacnnnnnnnn--cactcacaaactcatca 512  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||       ||||||          |||||||||||||||||    
33674920 aacacaaaccatatcacaatccaatcacatacgttcacctattctcattctttctctcaagtctctacaaaacaaaaaaaaaacactcacaaactcatca 33674821  T
513 aaccgttacaacaatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaac 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33674820 aaccgttacaacaatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaac 33674721  T
613 attgccaaaagcaaaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccacc 712  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
33674720 atagccaaaagcaaaatggtagcacaatttaatctcttgctaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagctatagccaacactctcactctccgccacc 33674621  T
713 actcgactacctccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 765  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
33674620 actcgtcttcctccttcgtctcaccccacgactacgagttcagctgcagcaac 33674568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 33686486 - 33686202
Alignment:
16 tgaatgagtaaaaaagataaggttatctatgtaaataacttttgttttttagctcatgaagaaaaaggagtgttctatttttctaacaaggtaaaaagca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
33686486 tgaatgagtaaaaaagataaggttatctatgtaaataacttttgttttttagctcatgaagaaaaaggagtgtactatttttctaacaaggtaaaaagca 33686387  T
116 gtgtgccattcttttgtacaattttcaacagttataatttggcaaccgcaatataactgaatttgtatagctatagcagtcaatgctcatacattggaaa 215  Q
     |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||    
33686386 ctgtgccattcctttgtacaattttgaacagttataatttggcaaccacaatataactgaatttgtatagccatagcagtcattgctcatacattgaaaa 33686287  T
216 agttgaacttttaagtaagtgttgttctcttttgtttcnnnnnnnggcaggtagtgttgttatctttttagaaatgcttaattat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
33686286 agttgaacttttaagtaagtgttgttctcttttgtttctttttttggcaggtagtgttgttatctttttagaaacgattaattat 33686202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 33664684 - 33664400
Alignment:
16 tgaatgagtaaaaaagataaggttatctatgtaaataacttttgttttttagctcatgaagaaaaaggagtgttctatttttctaacaaggtaaaaagca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
33664684 tgaatgagtaaaaaagataaggttatctatgtaaataacttttgttttttagctcatgaagaaaaaagagtgtactatttttctaacaaggtaaaaagca 33664585  T
116 gtgtgccattcttttgtacaattttcaacagttataatttggcaaccgcaatataactgaatttgtatagctatagcagtcaatgctcatacattggaaa 215  Q
     |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
33664584 ctgtgccattcctttgtacaattttgaacagttataatttggcaaccacaatataactgaatttgtatagccatagcagtcaatgctcatacattggaaa 33664485  T
216 agttgaacttttaagtaagtgttgttctcttttgtttcnnnnnnnggcaggtagtgttgttatctttttagaaatgcttaattat 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
33664484 agttgaacttttaagttagtgttgttatcttttgtttctttttttgacaggtagtgttgttatctttttagaaacgattaattat 33664400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 525 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 33693225 - 33692985
Alignment:
525 aatggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacattgccaaaagc 624  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33693225 aatggatattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacattgccaaaagc 33693126  T
625 aaaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccaccactcgactacct 724  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |  |||    
33693125 aaaatggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtggcaaactcgccgctatcaaagccatagccaacactctcactctccgccaccactcgtccgcct 33693026  T
725 ccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 765  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
33693025 cctttgtctctccccacgactatgagttcagctgcagcaac 33692985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 39 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 33693610 - 33693394
Alignment:
39 tatctatgtaaataacttttgttttttagctcatgaagaaaaagga--gtgttctatttttctaacaaggtaaaaagcagtgtgccattcttttgtacaa 136  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||     |||| |||||||||| |||||||||  |  ||||||| ||| |||||  |||    
33693610 tatctatgtaaataacatttgtttttttgctcataaagaaaaatttatgtgtactatttttctgacaaggtaagcaatagtgtgctattgttttgaccaa 33693511  T
137 ttttcaacagttataa----tttggcaaccgcaatataactgaatttgtatagctatagc-agtcaatgctcatacattggaaaagttgaacttttaagt 231  Q
    |||||||| |||| ||    ||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||   ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||     
33693510 ttttcaactgttaaaaagaatttggcaactgcgatataactgaatttctatggctataaatagtcaatgctcattcattgcaaaagttgaacttttaagg 33693411  T
232 aagtgttgttctctttt 248  Q
     ||||| ||| ||||||    
33693410 tagtgtggttatctttt 33693394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 191 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 33675122 - 33675064
Alignment:
191 gcagtcaatgctcatacattggaaaagttgaacttttaagtaagtgttgttctcttttg 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
33675122 gcagtcaatgctcatacattggaaaagttgaacttttaagttagtgttgttatcttttg 33675064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 33675228 - 33675152
Alignment:
43 tatgtaaataacttttgttttttagctcatgaagaaaaag-gagtgttctatttttctaacaaggtaaaaagcagtg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||| || |||||||||||| |||||    
33675228 tatgtaaataacttttgtttttttgctcatgaagaaaaagtaagtgtactattttactgacaaggtaaaaaacagtg 33675152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 4)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 326 - 765
Target Start/End: Original strand, 103028 - 103462
Alignment:
326 attataaatttgtaataatctattccttaatggataattataatttgtaattggaacccctttatataccacctaactccaactcctcctatcacaaaca 425  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
103028 attataaatttataataatctatttcttaatgaatagttataatttgtaattggaacccctttatataccacctaaccccaactc-tcctatcacaaaca 103126  T
426 caaaccatatcacaaaccaatcacatacgttcacacattctcattctctctctcaacaaaacnnnnnnnncactcacaaactcatcaaaccgttacaaca 525  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||  |||||  |||| |||||||||||||        ||| | ||||||||||||||||||||||||    
103127 caaaccatatcacaatccaatcacacacattctca--ttctc--tctccctctcaacaaaacaaaaaaaacacacgcaaactcatcaaaccgttacaaca 103222  T
526 atggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgttcatgtttacaaaaaacattgccaaaagca 625  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||    
103223 atggaaattgaaacaacccaaccaatgatagtaacaaagaaagtatggaacacactacgtctaattttgttaatgttaaaaaaaaacatagccaaaagca 103322  T
626 aaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacactctagctctccgccaccactcgactacctc 725  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||  |    ||||    
103323 aaaaggtagcacaattaaatctcttgctaaaacgtagcaagctcgccgctatcaaagccatagccaaccctctcaccctccgccaccacctgttcgcctc 103422  T
726 cttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 765  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
103423 cttcatctctcccaacgactacgagttcagctgcagcaac 103462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 503 - 765
Target Start/End: Original strand, 86524 - 86793
Alignment:
503 aaactcatcaaaccgttacaacaa-------tggaaattgaaacaaaccaagcaatggtagttacaaagaaagtatggaacacactacgtataattttgt 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
86524 aaactcatcaaaccgttacaacaaacaagaatggaaattgaaacaaaccaactaattatagtaacaaagaaagtatggaacacactgcgtataattttgt 86623  T
596 tcatgtttacaaaaaacattgccaaaagcaaaatggtagcagaattaaatctcttgttaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacac 695  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
86624 tcatgttaacaaaaaacatagctaaaagcaaaatggtagcagaattaaatctcttgctaaaacgtagcaaactcgccgccatcaaagccatagccaacac 86723  T
696 tctagctctccgccaccactcgactacctccttcgtctctccccacgactacgagttcagctgcagcaac 765  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
86724 tctagctctccgccaccactcgtccgcctccttcgtctctcccaacgactacgagttcagctgcagcaac 86793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 62 - 301
Target Start/End: Original strand, 102793 - 103030
Alignment:
62 ttttagctcatgaagaaaaaggagtgttctatttttctaacaaggtaaaaagcagtgtgccattcttttgtacaattttcaacagttataatttggcaac 161  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
102793 tttttgctcatgaagaaagagcagtgtaccatttttctaacgaggtaaaaagcagtgtgccattgttttgtacaattttcaacagttataatttggcaac 102892  T
162 cgcaatataactgaatttgtatagctatagcagtcaatgctcatacattggaaaagttgaacttttaagtaagtgttgttctcttttgtttcnnnnnnng 261  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||        |    
102893 cgcaatacaactgaatttgtatagctatagcagtcaatgctcatacattggaaaagttgaaactttaagttagtgttgttatattttgttt--ttttttg 102990  T
262 gcaggtagtgttgttatctttttagaaatgcttaattatt 301  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
102991 acaggtagtgttgttatctttttagagacgcttaattatt 103030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 238
Target Start/End: Original strand, 86271 - 86362
Alignment:
148 tataatttggcaaccgcaatataactgaatttgtatagctat-agcagtcaatgctcatacattggaaaagttgaacttttaagtaagtgtt 238  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
86271 tataatttggcaactgcgatataattgaatttgtatggctattaataatcaatgctcattcattggaaaagttgaacttttaaattagtgtt 86362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University