View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1837_low_2 (Length: 632)

Name: NF1837_low_2
Description: NF1837
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1837_low_2
NF1837_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-613)||(36150862-36151462)
chr8 (13-613)||(36154248-36154848)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (196-475)||(5273544-5273832)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 613
Target Start/End: Original strand, 36150862 - 36151462
Alignment:
Q  13 catcatctccatcaccacccttaccatcaacaacagcatcaacaccattaccagcaacaacagcaacagcgccatcaccaggattaagcacagttccact 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36150862 catcatctccatcaccacccttaccatcaacaacagcatcaacaccattaccagcaacaacagcaacagcgccatcaccaggattaagcacagttccact 36150961  T
Q  113 tgttccaacaacaccaactggtgcaccatcacccaccataacagtcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggttc 212  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36150962 tgttccaacaacaccagctggtgcaccatcacccaccataacagtcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggttc 36151061  T
Q  213 tccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcacagctggtatcatcgccatcaggttccggagggttaaccatttttg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36151062 tccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcgcagctggtatcatcgccatcaggttccggtgggttaaccatttttg 36151161  T
Q  313 caccagaagattctgcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgcttc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36151162 caccagaagattctgcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgcttc 36151261  T
Q  413 attcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtggc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36151262 attcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtggc 36151361  T
Q  513 agtcaagttagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaggttgataaggtactta 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36151362 agtcaagttagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaggttgataaggtactta 36151461  T
Q  613 t 613  Q
    |    
T  36151462 t 36151462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 613
Target Start/End: Original strand, 36154248 - 36154848
Alignment:
Q  13 catcatctccatcaccacccttaccatcaacaacagcatcaacaccattaccagcaacaacagcaacagcgccatcaccaggattaagcacagttccact 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  36154248 catcatcaccctcaccacccttaccatcaacaacagcatcaccaccattaccagcaacaacagcaacagcaccatcaccaggattaagtacagttccgct 36154347  T
Q  113 tgttccaacaacaccaactggtgcaccatcacccaccataacagtcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154348 tgttccaacaacaccaactggtgcaccatcacccaccataacagtcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggttc 36154447  T
Q  213 tccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcacagctggtatcatcgccatcaggttccggagggttaaccatttttg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154448 tccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcgcagctggtatcatcgccatcaggttccggagggttaaccatttttg 36154547  T
Q  313 caccagaagattctgcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgcttc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154548 caccagaagattctgcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgcttc 36154647  T
Q  413 attcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtggc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154648 attcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtggc 36154747  T
Q  513 agtcaagttagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaggttgataaggtactta 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154748 agtcaagttagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaggttgataaggtactta 36154847  T
Q  613 t 613  Q
    |    
T  36154848 t 36154848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 5e-30; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 196 - 475
Target Start/End: Original strand, 5273544 - 5273832
Alignment:
Q  196 aaaaagccaaaaggttctccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcacagctggt---atcatcgccatcaggttc 292  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||   ||||||  |||||| |||    
T  5273544 aaaaagcaaaaagattctcagttctcattcgtcttctcaaaacaactcagttaataaaccaactcaactcacaactagttacatcatcatcatcagattc 5273643  T
Q  293 c------ggagggttaaccatttttgcaccagaagattctgcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaa 386  Q
           || || |||||| ||||||||||||||||   ||| || || ||||||||| |||| ||||| || ||||||| ||| ||||| ||||| |||    
T  5273644 tagcagtggtggcttaaccctttttgcaccagaagacaatgccttttcaaaactcaaaccaggtttccttaattccctcagtgacagacacaaagtagaa 5273743  T
Q  387 ctcttacagtttcactcccttgcttcattcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatga 475  Q
    || ||||| || ||| | ||| | |||||| | || || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5273744 ctgttacaattccacacactttcctcattcatctcaatctcgaacttcgacaccttaaccaacccggttcaaacacaagccggtgatga 5273832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University