View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18381_low_1 (Length: 757)

Name: NF18381_low_1
Description: NF18381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18381_low_1
NF18381_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-741)||(24260013-24260729)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 741
Target Start/End: Original strand, 24260013 - 24260729
Alignment:
Q  16 attttttcaacagtttcttgtgttgattaattt-ttgttttgatatgttacagagataaaagacaaagtgatcaagagcaatgaagattttgtttggtca 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24260013 attttttcaacagtttcttgtgttgattaatttcttgttttgatatgatacagagataaaagacaaagtgatcaagagcaatgaagattttgtttggtca 24260112  T
Q  115 attgaggttccactgtctggaaaattcatcattgatgttgatttccttgatttgaagattgcaggcccagatgtatatgctcaagacttatcttttatta 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24260113 attgaggttccactgtctggaaaattcatcattgatgttgatttccttgatttgaagattgcaggcccagatgtatatgctcaagacttatcttttatta 24260212  T
Q  215 ttattgattttctatgatattcactgcaaatgataatcatttagatacaattagaatgtgacagtatagctaaaatcaattttggggtagtaattggatt 314  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  24260213 ttattgattttctattatattcactgcaaatgataatcatttagatacaattagaatgtgacagtatagctaaaatcaattttggggtagtaat------ 24260306  T
Q  315 tagtaatccccttttataatcatgagcatttaattaattc-tatgttcataatcaccaatgatgaatcagaatgattagtgata--ataggttatagtac 411  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  24260307 -------ccccttttataatcatgagcatttaattaattcctttgttcataatcaccaatgatgaatcagaatgattagtgatataataggttatagtac 24260399  T
Q  412 atcaaacaggggaggtttcattatcttgacaagtatagtaacacagctgtaagctctctccatagtcatcatgactctaaaatttcaatctctgacattg 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  24260400 atcaaacaggggaggtttcattatcttgacaagtatagtaacacagctgtaagctctctccatagtcatcatgactctaagatttaaatctctgacattg 24260499  T
Q  512 ttgataaattttgtttgggcagcagttcattggattttgattgcctgtagtcggagtcctgtgtattcaggacatcgacggatgttggatcaagatcaga 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24260500 ttgataaattttgtttgggcagcagttcattggattttgattgcctgtagtcggagtcctgtgtattcaggacatcgacggatgttggatcaagatcaga 24260599  T
Q  612 caattcagattttaaaaaatatcaaaatcagcatgttttctgcacaattcaatcctgatccaacaattatcaatgctaaaaattcaagaacgcagagatg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24260600 caattcagattttaaaaaatatcaaaatcagcatgttttctgcacaattcaatcctgatccaacaattatcaatgctaaaaattcaagaacacagagatg 24260699  T
Q  712 ttggctgcatgcaaccaaaatccggttcat 741  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24260700 ttggctgcatgcaaccaaaatccggttcat 24260729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University