View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18387_high_7 (Length: 527)

Name: NF18387_high_7
Description: NF18387
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18387_high_7
NF18387_high_7
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (73-511)||(4653381-4653819)
chr7 (79-511)||(4845814-4846249)
chr7 (79-512)||(4711874-4712310)
chr7 (73-511)||(4696986-4697424)
chr7 (73-512)||(4666795-4667240)
chr7 (73-502)||(4863792-4864221)
chr7 (79-470)||(4662893-4663284)
chr7 (79-511)||(4630788-4631220)
chr7 (79-506)||(4783637-4784064)
chr7 (79-506)||(4816066-4816493)
chr7 (99-370)||(4636859-4637130)
chr7 (73-244)||(4672831-4673002)
chr7 (79-231)||(4643848-4644000)
chr7 (422-506)||(4672542-4672626)
chr7 (252-511)||(4643532-4643791)
chr7 (258-373)||(4672675-4672790)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (79-511)||(18925544-18925976)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 4653819 - 4653381
Alignment:
Q  73 ctggtttgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataa 172  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653819 ctggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataa 4653720  T
Q  173 aaacaatacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653719 aaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaat 4653620  T
Q  273 ttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatattta 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653619 ttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatattta 4653520  T
Q  373 tccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctga 472  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4653519 tacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatggagcaatgctcgtttgattcctgttcataaggattatgttgtgactatgcactctga 4653420  T
Q  473 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653419 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaat 4653381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 79 - 511
Target Start/End: Original strand, 4845814 - 4846249
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaa 175  Q
    ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  || || ||   ||||||| ||||||  |||    
T  4845814 tgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaa 4845913  T
Q  176 caatacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttc 275  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4845914 caatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttc 4846013  T
Q  276 gaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatatttatcc 375  Q
    |||||||| || |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4846014 gaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatca 4846113  T
Q  376 atgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaaga 475  Q
    ||||| | |||||||||| | ||||||| |||||||  |||||   || |    || |||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| || |    
T  4846114 atgatattttggctgaactatatgctgatgtgattttttggagtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgtgaaaatctactctcaaaa 4846213  T
Q  476 aggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaat 511  Q
     |||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  4846214 tggaagctctgaaattgaaagagttaatctttcaat 4846249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 79 - 512
Target Start/End: Original strand, 4711874 - 4712310
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaa 175  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | || ||| ||||||||| ||||||||||| || || || ||   ||||||  ||||||  |||    
T  4711874 tgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaa 4711973  T
Q  176 caatacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttc 275  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4711974 caataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttc 4712073  T
Q  276 gaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatatttatcc 375  Q
     ||||||| || |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4712074 aaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatca 4712173  T
Q  376 atgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaaga 475  Q
    ||||| | |||||||||| | | ||||| |||||||  |||||   || |    || |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| || |    
T  4712174 atgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatttactggagtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgtgaaaatgtactctcaaaa 4712273  T
Q  476 aggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatt 512  Q
     |||||| || |||||||||||||||| ||| |||||    
T  4712274 tggaagctctgaaattgaaagagttaacctttcaatt 4712310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 73 - 511
Target Start/End: Original strand, 4696986 - 4697424
Alignment:
Q  73 ctggtttgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataa 172  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||  | ||||||| |||||| |    
T  4696986 ctggtatgtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaactatga 4697085  T
Q  173 aaacaatacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaat 272  Q
    |||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||| || |||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  4697086 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaat 4697185  T
Q  273 ttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatattta 372  Q
    |||||||||||       |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||  || |||||| |||| |||||||||||| || || ||||| |    
T  4697186 ttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatattca 4697285  T
Q  373 tccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctga 472  Q
    |   | ||   ||||| ||   ||| ||||| |||||||| ||||| | | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  4697286 tagctaatactttggcggagataaacgctgatgtgatttcttggagtactactcctatggttcctgttcataaagattatgctgtgtctatgcactctca 4697385  T
Q  473 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaat 511  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4697386 agaaggaagctctcaaattgaaagacttaatctttcaat 4697424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 73 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 4667240 - 4666795
Alignment:
Q  73 ctggtttgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaacta 169  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||| |||||| |    ||||||  |||||    
T  4667240 ctggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaacta 4667141  T
Q  170 taaaaacaatacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttgg 269  Q
    |  | | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||| || |||| |||| ||||| || |||    
T  4667140 tttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatgg 4667041  T
Q  270 aatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatat 369  Q
    |||||  ||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |    
T  4667040 aattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagattt 4666941  T
Q  370 ttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagca---atgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgca 466  Q
    ||||  ||||| |  ||||||||||||  ||||||||| |||  ||||| |    || |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  4666940 ttatagatgatattatggctgaaccaagggctgacgtgctttattggagtagtggtgttcgtatggttcctgttcataaggattatgccttgactatgga 4666841  T
Q  467 ctctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatt 512  Q
     ||| ||| ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4666840 ttctcaaggagggagccgtcaaattgaaagagttaatctttcaatt 4666795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 73 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 4864221 - 4863792
Alignment:
Q  73 ctggtttgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataa 172  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||  | ||||||| |||||| |    
T  4864221 ctggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaactatga 4864122  T
Q  173 aaacaatacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaat 272  Q
    |||||| || |||| |||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||| |||  | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4864121 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaat 4864022  T
Q  273 ttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatattta 372  Q
    || |||||||| || |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |  ||| |  ||||||||||||||||  || ||||| || |    
T  4864021 tttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagattttca 4863922  T
Q  373 tccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctga 472  Q
    |   | ||    |||||||   ||| ||||| |||||    ||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||    
T  4863921 tagttaatagtatggctgaggaaaacgctgatgtgatacggtggagcggttctcgtatggttcctgttcataaggattatactgtgtctataaactctga 4863822  T
Q  473 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaa 502  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4863821 agaaggaagctctcaaattgaaagagttaa 4863792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 79 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 4663284 - 4662893
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaa 178  Q
    |||||||| ||||||| |  |||| |||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||  ||||||    
T  4663284 tgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttggagatcatctaaactatttaaacaa 4663185  T
Q  179 tacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaa 278  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  4663184 taccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgag 4663085  T
Q  279 gttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatatttatccatg 378  Q
    ||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |  |||||  ||||||||||||||| | || ||||| |||||  |||    
T  4663084 gttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttatagatg 4662985  T
Q  379 atttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactct 470  Q
    ||   || | ||||  |   || || |||||    ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4662984 ataatttagttgaagaattagccgatgtgataaggtggagtaatggtcgtatggttcctgttcataaggattatggtgtgactatgtactct 4662893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 79 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 4631220 - 4630788
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaa 178  Q
    ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||  ||||||    
T  4631220 tgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagttattttggacatcatctaaactatttaaacaa 4631121  T
Q  179 tacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaa 278  Q
    ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4631120 taccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaa 4631021  T
Q  279 gttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttg-attggcgtatcaaga-ataaaggtgatagagttttccagatatttatcca 376  Q
    ||||| ||  | |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||| | || || || |||| || ||||||||||||| || ||||| || ||       
T  4631020 gttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttgaaatgacg-at-aagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagc 4630923  T
Q  377 tgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaa 476  Q
    | |  |  | |||||   ||| ||||| |||||    |||||   ||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||  |||| ||||| |||||    
T  4630922 taacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgcttatgtactctcaagaa 4630823  T
Q  477 ggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaat 511  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4630822 ggaagctctcaaattgaaagagttaatctttcaat 4630788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 79 - 506
Target Start/End: Original strand, 4783637 - 4784064
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaa 178  Q
    |||||||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||| | || |||   |||||||||||||| |||  | || | || |  |||||||||||    
T  4783637 tgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaa 4783736  T
Q  179 tacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaa 278  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  4783737 tgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaa 4783836  T
Q  279 gttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatatttatccatg 378  Q
    ||||| ||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |  | ||||||||| |||| ||||| || ||  |||    
T  4783837 gttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatg 4783936  T
Q  379 atttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaagg 478  Q
    ||   ||||||||||    |||||| |||||    |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| |||  ||    
T  4783937 atagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcaaggcgg 4784036  T
Q  479 aagcactcaaattgaaagagttaatctt 506  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  4784037 aagctctcaaattgaaaaagttaatctt 4784064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 79 - 506
Target Start/End: Original strand, 4816066 - 4816493
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaa 178  Q
    |||||||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||| | || |||   |||||||||||||| |||  | || | || |  |||||||||||    
T  4816066 tgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaa 4816165  T
Q  179 tacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaa 278  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  4816166 tgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaa 4816265  T
Q  279 gttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatatttatccatg 378  Q
    ||||| ||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |  | ||||||||| |||| ||||| || ||  |||    
T  4816266 gttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatg 4816365  T
Q  379 atttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaagg 478  Q
    ||   ||||||||||    |||||| ||||| |  |||||   ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| | |  ||    
T  4816366 atagtttggctgaactttttgctgatgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctcatggcgg 4816465  T
Q  479 aagcactcaaattgaaagagttaatctt 506  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  4816466 aagctctcaaattgaaaaagttaatctt 4816493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 4637130 - 4636859
Alignment:
Q  99 gattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacattg 198  Q
    |||||||||| |||||| |||||| | || |||   |||||||||||||| |||  | || | || |  ||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  4637130 gattttcctctttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattg 4637031  T
Q  199 caccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttactta 298  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||| |||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||  | ||||||||    
T  4637030 caccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttactta 4636931  T
Q  299 catggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatatt 370  Q
     ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  4636930 tatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 73 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 4673002 - 4672831
Alignment:
Q  73 ctggtttgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataa 172  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |  |||||||||||| |      
T  4673002 ctggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaatatccacttagtgtatcaagtgagtatatgcatcatctcaacttttt 4672903  T
Q  173 aaacaatacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgt 244  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4672902 aaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaataaatgt 4672831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 79 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4644000 - 4643848
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaa 178  Q
    |||||||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| || | ||||||| ||||||  ||| ||    
T  4644000 tgtttcgtaattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaacatcatctaaactatttaaaaaa 4643901  T
Q  179 tacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagtt 231  Q
    | | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||    
T  4643900 tgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 422 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 4672626 - 4672542
Alignment:
Q  422 tgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatctt 506  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4672626 tgctcgtatggttcctgttcataaggattatgctgtcactatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctt 4672542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 252 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 4643791 - 4643532
Alignment:
Q  252 gattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtg 351  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |  ||| |  ||||||||||    
T  4643791 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtg 4643692  T
Q  352 atagagttttccagatatttatccatgatttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggatta 451  Q
    ||||||| || |||||||| ||  || |    |||| ||||  ||| || || |||||    |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4643691 atagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtttggttcctgttcataaggatta 4643592  T
Q  452 tgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaat 511  Q
    |||  || ||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  4643591 tgcaatgtctatggactatcaagaaggaagctctcaacttgaaagagctaatctttcaat 4643532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 258 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672675
Alignment:
Q  258 aatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagag 357  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||  | || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| |||||  |||| |||||||||||    
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgatagag 4672691  T
Q  358 ttttccagatatttat 373  Q
      || ||||| |||||    
T  4672690 cctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 79 - 511
Target Start/End: Original strand, 18925544 - 18925976
Alignment:
Q  79 tgtttcgtaattgggatagcgattttcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaa 178  Q
    |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | || |||||||||||| ||||||    
T  18925544 tgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatataaacaa 18925643  T
Q  179 tacaattccaaattacattgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaa 278  Q
    ||| |||||||| ||||  |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18925644 taccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaa 18925743  T
Q  279 gttgactcaacatttacttacatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaagaataaaggtgatagagttttccagatatttatccatg 378  Q
    ||||| ||  | ||||||||  |||| || || |||||||| || |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  |||    
T  18925744 gttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatg 18925843  T
Q  379 atttcttggctgaaccaaatgctgacgtgatttcatggagcaatgctcgtttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaagg 478  Q
    ||   |||||||||| ||||||||| ||||||   |||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||    
T  18925844 ataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcattggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgtgactatgtactctcgagaagg 18925943  T
Q  479 aagcactcaaattgaaagagttaatcttacaat 511  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||| ||||    
T  18925944 aagctcgcaaattaaaagagttaatctttcaat 18925976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University