View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18387_low_2 (Length: 773)

Name: NF18387_low_2
Description: NF18387
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18387_low_2
NF18387_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-758)||(27567121-27567877)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 682; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 682; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 27567877 - 27567121
Alignment:
Q  1 ttgttcatgttatttgttttgctttaatttgtttctttgtagtttacttttggtctaaaatgtctagaaaatgagacttatgaatttaaagacagctccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27567877 ttgttcatgttatttgttttgctttaatttgtttctttgtagtttacttttggtctaaaatgtctagaaaatgagacttaagaatttaaagacagctccc 27567778  T
Q  101 tggttgtaatattttacttaaggtctcttttgacgactcatatgacatgattttgtaactttgttgtaaagagagaactctgaaatcttttgtaggtttc 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27567777 tggttgtaagattttacttaaggtctcttttgatgactcatatgacatgattttgtaactttgttgtaaagagagaactctgaaatcttttgtaggtttc 27567678  T
Q  201 aaaatatatctgacttttgaattatagttattgagtatatggtatagtttattagcnnnnnnnnggataagaagaaagaatatatggcatagttaaagta 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27567677 aaaatatatccgacttttgaattatagttattgagtatatggtatagtttatcagcaaaaaaaag-ataagaagaaagaatatatggcatagttaaagta 27567579  T
Q  301 ggtattctatttgaaagaaggttgtatagtttactaactgtatacctctcgataaaataatgttaagtgttgtggataagaactgagaataaacatgcct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27567578 ggtattctatttgaaagaaggttgtatagtttactaactgtatacctctcaataaaataatgttaagtgttgtggataagaactgagaataaacatgcct 27567479  T
Q  401 taagtatagaatttgaattactgaataaatcaccccaaaggttaccaactgagaatttatgcgcctgaaaaagtgttcgcagtcaaacgagattgaatcg 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27567478 taggtatagaatttgaattactgaataaatcaccccaaaggttaccaactgagaatttatgcgcctgaaaaagtgttcgcagtcaaacgagattgaatcg 27567379  T
Q  501 ttgccacaatgtggtttttgaagaagcagaacatattgctattgtgtatgtttatacaacataaaagaatgcaatgtcgaggatgatcctagtcattggt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  27567378 ttgccacaatgtggtttttgaagaagcagaacatattgctattgtgtatgtttatacaacataaaagaatgtaatgtcgaggatgatcctcgtcattggt 27567279  T
Q  601 ttcaatagaaaattgggaaatgaaattagaccatgcatcaaattaaggaccatcacgtgtgtgaatgaagacccttagttcctttcactcatttcttctg 700  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27567278 ttcaatagcaaattgggaaaagaaattagaccatgcatcaaattaaggaccatcacgtgtgtgaatgaagacccttagttcctttcactcatttcttctg 27567179  T
Q  701 ctctgtgaactacatggtgaacaagtgttacttgggcattgattttgacggccctttg 758  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27567178 ctctgtgaactacatggtgaacaagtgttacttgggcattgattttgacggccctttg 27567121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University