View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18389_low_9 (Length: 250)

Name: NF18389_low_9
Description: NF18389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18389_low_9
NF18389_low_9
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (11-250)||(9302036-9302267)
chr5 (11-247)||(9352184-9352416)
chr5 (26-249)||(9367215-9367435)
chr5 (13-247)||(9332459-9332691)
chr5 (13-247)||(9305658-9305889)
chr5 (15-247)||(9309579-9309807)
chr5 (15-247)||(9355985-9356215)
chr5 (11-240)||(9288679-9288902)
chr5 (11-247)||(9373126-9373356)
chr5 (206-247)||(9293217-9293258)
chr5 (15-247)||(9348615-9348845)
chr5 (11-92)||(9297949-9298030)
chr5 (39-120)||(9293313-9293395)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 11 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9302267 - 9302036
Alignment:
Q  11 agaatatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctc 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302267 agaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg-----acatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctc 9302173  T
Q  111 tacaccatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 210  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302172 tacaccatca---ctaacaagtgctgcatattttattaatttcattattatatcaatttaacaattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 9302076  T
Q  211 aaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302075 aaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttc 9302036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9352416 - 9352184
Alignment:
Q  11 agaatatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctc 110  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  9352416 agaatatcacatgcagtatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatgtaacaagcttaccatatttaaagg-aaatcatgcaggcaccacatgctc 9352318  T
Q  111 tacaccatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 210  Q
    ||||||||||   |||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9352317 tacaccatca---ctaacaagtgctgtttattttattaatttcattatcatatgaatttaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttatat 9352221  T
Q  211 aaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9352220 aaatagagattcaagaacttggtaacatcacacaaac 9352184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 26 - 249
Target Start/End: Original strand, 9367215 - 9367435
Alignment:
Q  26 atatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctctacaccatcagcact 125  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |       
T  9367215 atatcattcaaatattcacaatgttgggaaaacatctaacaagcttaccatattcaaaggggaatcatgcaggcaccacatgctctacaccatcaccg-- 9367312  T
Q  126 aacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaag 225  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9367313 -acaagtgcttcatattttattaatttcattatcatatgaatttaataattctcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagagagtcaag 9367411  T
Q  226 aacttggtaacatcacacaaactt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9367412 aacttggtaacatcacacaaactt 9367435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9332691 - 9332459
Alignment:
Q  13 aatatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcctgcaggcaccacatgctcta 112  Q
    |||| |||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  9332691 aataccacatgcgataccattcacatattcacaatgctgggaaaacatctaacaaggttactatattcaaaaggaaatcatacaggcaccacatgctcta 9332592  T
Q  113 caccatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcat-tattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatata 211  Q
     ||||||| ||   |||||| ||||||| ||||| || ||  | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9332591 aaccatcatca---acaagtactgcatattttatcaacttattatattatatgaattaaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttatata 9332495  T
Q  212 aatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
    ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  9332494 aatagagcatcaagaacttggtaacatcacacaaac 9332459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9305889 - 9305658
Alignment:
Q  13 aatatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctct 111  Q
    ||||||||| ||| ||||||| | | ||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| |||||||||| | || |||| |||||||||||    
T  9305889 aatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctct 9305790  T
Q  112 acaccatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatt-tcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatat 210  Q
    |||||||||   ||||||||||||| ||| ||||||||   ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9305789 acaccatca---ctaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatat 9305693  T
Q  211 aaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
    |||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9305692 aaata--gagtcaagaccttggtaacataacacaaac 9305658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Original strand, 9309579 - 9309807
Alignment:
Q  15 tatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctac 113  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |  |   ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  9309579 tatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagaggtatgacaagcttaccatattcaaagggaaatccatgcaggcaccacatgctctaa 9309678  T
Q  114 accatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaa 213  Q
    |||||    | ||||||||| |   || |||||||||||  ||||||||| || |||||||| | ||||||||    || ||||||  |||||||||||     
T  9309679 accat---gattaacaagtgataactattttattaatttacttattatatgaaattaataatcagcaaccaatatcgatcatgaatggctcttatataa- 9309774  T
Q  214 tagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
     || |||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  9309775 -agagagtcaggaacttgggaacaccacacaaac 9309807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Original strand, 9355985 - 9356215
Alignment:
Q  15 tatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctac 113  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||   ||||  |||||||||| ||| |||||| | ||||| || |||||||||||     
T  9355985 tatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatggaaattcatgcagccagcacatgctctaa 9356084  T
Q  114 accatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaa 213  Q
    ||||| |    ||||||||| | | || ||||| |||||| ||||||||| || |||||||| | ||||||||    || ||||||  ||||||||||||    
T  9356085 accatgat---taacaagtgatacctattttatcaatttccttattatatgaaattaataatcagcaaccaatatcaatcatgaatggctcttatataaa 9356181  T
Q  214 tagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
     || |||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  9356182 gagagagtcaggcacttggtaacaccacacaaac 9356215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 9288902 - 9288679
Alignment:
Q  11 agaatatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgct 109  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| | | |||| |||||||||   |||||  |||||| |||||||||| ||| || |||   || ||||||||||||||    
T  9288902 agaataacacatgcagtatcattaataaattctcaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaatttatgtaggcaccacatgct 9288803  T
Q  110 ctacaccatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttata 209  Q
    ||||||||||     |||||| |||||  || |||||||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||    || |||| || ||||||||    
T  9288802 ctacaccatcct---taacaactgctgtctattttattaattttgttattatatgaacataataattatcaaccaat----atcatgattagctcttata 9288710  T
Q  210 taaatagggagtcaagaacttggtaacatca 240  Q
    |||| || |||||||| ||||||||| ||||    
T  9288709 taaagagagagtcaagcacttggtaatatca 9288679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 247
Target Start/End: Original strand, 9373126 - 9373356
Alignment:
Q  11 agaatatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaa-tcctgcaggcaccacatgct 109  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| | | ||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| ||||| ||| || || ||||||||||||||    
T  9373126 agaataacacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggaaaattcatgtaggcaccacatgct 9373225  T
Q  110 ctacaccatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttata 209  Q
    |||| ||||   || |||||| |||    || |||||| ||||| ||  ||||| || || ||||||||||||    |||||| |||| || ||||||||    
T  9373226 ctactccat---cattaacaactgccctctattttattcatttcctttctatatgaacttgataattatcaac----caatatcatgattagctcttata 9373318  T
Q  210 taaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
    |||| || ||||| || ||||||||| |||| ||||||    
T  9373319 taaagagagagtctagcacttggtaatatcaaacaaac 9373356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9293258 - 9293217
Alignment:
Q  206 tatataaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9293258 tatataaatagagagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 9293217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Original strand, 9348615 - 9348845
Alignment:
Q  15 tatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaa-tcctgcaggcaccacatgctctac 113  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||   ||||  |||||||||| ||| ||||| || ||||| || |||||||||||     
T  9348615 tatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatggaaattcatgcagccagcacatgctctaa 9348714  T
Q  114 accatcagcactaacaagtgctgcatagtttattaatttcattattatatcaatttaataattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaa 213  Q
    |||||    | ||||||||| | | || ||||| |||||| ||||||||| |  |||||||| | | ||||||    || ||||||   |||||||||||    
T  9348715 accat---gattaacaagtgatacctattttatcaatttccttattatatgagattaataatcagctaccaatatcaatcatgaatggatcttatataaa 9348811  T
Q  214 tagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaac 247  Q
     || |||| | |||||||||||||  ||||||||    
T  9348812 gagagagtaaggaacttggtaacacaacacaaac 9348845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 9298030 - 9297949
Alignment:
Q  11 agaatatcacacgcaatatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc 92  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  9298030 agaataacacatgcagtatcattaatatattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaatcc 9297949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 9293395 - 9293313
Alignment:
Q  39 attcacaatgttgggaaaacatcaaacaagattaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctacaccatca 120  Q
    ||||||||||||||   |||||  |||||| |||||||||| ||| || ||| | || |||||||||||||||||||||||||    
T  9293395 attcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaattcatgtaggcaccacatgctctacaccatca 9293313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University