View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18391_high_2 (Length: 772)

Name: NF18391_high_2
Description: NF18391
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18391_high_2
NF18391_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (29-755)||(33193120-33193851)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 33193851 - 33193120
Alignment:
Q  29 ttagagagtgctttcataacacccactagaca-------ctagaaagcatatatgaattctgaaaactcaccctcaaccattacaataatgacttgaaga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33193851 ttagagagtgctttcataacacccactagacagtagacactagaaagcatatatgaattctgaaaactcaccctcaaccattacaataatgacttgaaga 33193752  T
Q  122 gcannnnnnnn-cactactagtagtatcaaagagtatagc------atatagaaatagcaaaggaaatgtgggttgctccaataccacctactaaatgac 214  Q
    |||         ||||||||||||||||||||||||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33193751 gcatttttttttcactactagtagtatcaaagagtatagctatagcatataaaaatagcaaaggaaatgtgggttgctccaataccacctactaaatgac 33193652  T
Q  215 tatatatatgcaaaaataaattggttttgttgaataacgtgaatccaacgcgattcccatataagtaccactaattaatcacatcacaacacaacacaac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  33193651 tatatatatgcaaaaataaattggttttgttgaataacgtgaatccaacgcgattcccatataagtaccactaattaatcacatcacaacacaaca---- 33193556  T
Q  315 attaaacattgtcgtgacatgtttttaggtatgttatccaaaagtgtaattgcatgcatatgatatgacacagctactactagtactaagcttagatcca 414  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33193555 -ttaaacatggtcgtgacatgtttttaggtatgttatccaaaagtgtaattgcatgcatatgatatgacacagctactactagtactaagcttagatcta 33193457  T
Q  415 ttcccacactactctgtcccaagacaaacaggtagtaggttttggtttcccaagatgttcttttccaacttgcgttatcttcttctcagggaaatgctcc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33193456 ttcccacactactctgtcccaagacaaacaggtagtaggttttggtttcccaagatgttcttttccaacttgcgtcatcttcttctcagggaaatgctcc 33193357  T
Q  515 aaatccaacaaagccatgctaagtgctaacaaccagcccggttacatttgacattaatcaattactactattcttcttataaacacgtgagtgaacgtga 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33193356 aaatccaacaaagccatgctaagtgctaacaaccagcccggttacatttgacattaatcaattactactattctttttataaacacgtgagtgaacgtga 33193257  T
Q  615 aatggagagagtatgtataagaaagatatactagttaaatcaataaagttaacgtatttcgtcaaaaattttacttaaatacatccatttttgttgatta 714  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  33193256 aatggagagagtatgtat----aagatatactagttaaatcaacaaagttaacgtattttgtcaaattttttaactaaatacatccatttttgttgatta 33193161  T
Q  715 aactttattttatatataaaatcgtttaaagtaaacatatt 755  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33193160 aactttattttatatataaaatcgattaaagtaaacatatt 33193120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University