View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18392_low_1 (Length: 655)

Name: NF18392_low_1
Description: NF18392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18392_low_1
NF18392_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-638)||(37563349-37563975)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 37563975 - 37563349
Alignment:
Q  10 catcatcatcagcagccttgcagcaaaagtcatataagtcctcaaaaaactgagcctcgtctataccaataacatccaactgcatcaaaaataataacac 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37563975 catcttcatcagcagccttgcagcaaaagtcatataagtcctcaaaaaactgagcctcgtctataccaataacatccaactgcatcaaaaataataacac 37563876  T
Q  110 attcagcaaatagtttatgaacaaaagctataactctacatcaaaccatatattatgttattaattaacaattaatgctaccaagatttttaaaaacctt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37563875 attcagcaaatagtttatgaacaaaagctataactctacatcaaaccatatattatgttattaattaacaattaatgctaccaagattttaaaaaacctt 37563776  T
Q  210 acatcaattttaaccacaacaccaaatttctaatatatccccaaccacatcactgacatagtaacattaagcagatattatatgaaaagctataactcta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37563775 acatcaattttaaccacaacaccaaatttctaatatatccccaaccacatcactgacatagtaacattaagcagatattatatgaaaagctataactcta 37563676  T
Q  310 cttcaaatcatacattatgctattaatttacaatcaatgctatcgtgatttaaaaaacctttagtgataccaattgtaacatcaagatttcttttcttat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37563675 cttcaaatcatacattatgctattaatttacaatcaatgctatcgtgatttaaaaaacctttagtgataccaattgtaacatcaagatttcttttcttat 37563576  T
Q  410 gcaggcacaaccgaatcacaaccataatagcaattgcaacaataacactttactataagctttcagagtattatgaatcgcaacataaacaaaatgacat 509  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37563575 gcaaccacaaccgaatcacaaccataatagcaattgcaacaataacactttactataagctttcagagtattataaatcgcaacataaacaaaatgacat 37563476  T
Q  510 tggcaattgcttaaaaccttgagccctacnnnnnnncttttgaaaactcactgtccagcctaaggaccgatttatccaaggggtccaatccaatcgtcca 609  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37563475 tggcaattgctt--aacattgagccctactttttttcttttgaaaactcactttccagcctaaggaccaatttatccaaggggtccaatccaatcgtcca 37563378  T
Q  610 cttgtggagcccaattttaagccagagat 638  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37563377 cttgtggagcacaattttaagccagagat 37563349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University