View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18393_low_1 (Length: 686)
Name: NF18393_low_1
Description: NF18393
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18393_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 669
Target Start/End: Original strand, 17753782 - 17754438
Alignment:
| Q |
13 |
agcaaaggagagcacaagatttacatatgggctagaactggacatcttgtgaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcgtggcatc |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
17753782 |
agcaaaggagagcacaagatttacatatgggctagaactggacatcttgtgaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcatggcatc |
17753881 |
T |
|
| Q |
113 |
ctgtacatcctattgttttgtctgtttctttgagtggcatagtttacatctgggccaaagagtacattgagagctggagtgcttttgctcctgatttcat |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17753882 |
ctgtacatcctattgttttgtctgtttctttgagtggcatagtttatatctgggccaaagagtacattgagagctggagtgcttttgctcctgatttcat |
17753981 |
T |
|
| Q |
213 |
agagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacgttatatggtcataggtcat |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
17753982 |
agagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacgttatatggtggtaggtctt |
17754081 |
T |
|
| Q |
313 |
attannnnnnncttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattataac |
412 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17754082 |
attattcttttcttttccattttatggtcttaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattataac |
17754181 |
T |
|
| Q |
413 |
agtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccgatgttcctgaacaggatgac |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17754182 |
agtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccgatgttcctgaacaggatgac |
17754281 |
T |
|
| Q |
513 |
atgttgttagatagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatggacatacgatgagtcatgcgt |
612 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |
|
|
| T |
17754282 |
aggttgttagatagttcttcaaagattggggacagcaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatggacatatgatgagtcgtgcct |
17754381 |
T |
|
| Q |
613 |
caagtccagttgaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattt |
669 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17754382 |
caagtccagttgaaggtaatgtcacgcgatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattt |
17754438 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 669
Target Start/End: Original strand, 17762769 - 17763425
Alignment:
| Q |
13 |
agcaaaggagagcacaagatttacatatgggctagaactggacatcttgtgaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcgtggcatc |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
17762769 |
agcaaaggagagcacaagatttacatatgggctagaactggacatcttgtgaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcatggcatc |
17762868 |
T |
|
| Q |
113 |
ctgtacatcctattgttttgtctgtttctttgagtggcatagtttacatctgggccaaagagtacattgagagctggagtgcttttgctcctgatttcat |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17762869 |
ctgtacatcctattgttttgtctgtttctttgagtggcatagtttatatctgggccaaagagtacattgagagctggagtgcttttgctcctgatttcat |
17762968 |
T |
|
| Q |
213 |
agagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacgttatatggtcataggtcat |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
17762969 |
agagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacgttatatggtggtaggtctt |
17763068 |
T |
|
| Q |
313 |
attannnnnnncttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattataac |
412 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17763069 |
attattcttttcttttccattttatggtcttaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattataac |
17763168 |
T |
|
| Q |
413 |
agtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccgatgttcctgaacaggatgac |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17763169 |
agtcgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccgatgttcctgaacaggatgac |
17763268 |
T |
|
| Q |
513 |
atgttgttagatagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatggacatacgatgagtcatgcgt |
612 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |
|
|
| T |
17763269 |
aggttgttagatagttcttcaaagattggggacagcaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatggacatatgatgagtcgtgcct |
17763368 |
T |
|
| Q |
613 |
caagtccagttgaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattt |
669 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17763369 |
caagtccagttgaaggtaatgtcacgcgatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattt |
17763425 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 661
Target Start/End: Original strand, 15735736 - 15736381
Alignment:
| Q |
16 |
aaaggagagcacaagatttacatatgggctagaactggacatcttgtgaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcgtggcatcctg |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15735736 |
aaaggagagcacaagatttacatatgggatagagctggacatcttgtaaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcgtggcatcctg |
15735835 |
T |
|
| Q |
116 |
tacatcctattgttttgtctgtttctttgagtggcatagtttacatctgggccaaagagtacattgagagctggagtgcttttgctcctgatttcataga |
215 |
Q |
| |
|
||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
15735836 |
tacgtccaattgttgtatctgtttctttgagtggcatagtttatatctgggccaaagattacattgagaactggagtgcttttgctcctgatttcaaaga |
15735935 |
T |
|
| Q |
216 |
gattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacgttatatggtcataggtcatatt |
315 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
15735936 |
gatcgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaatactgagactgataaggtatgtgaacgttatatggtcatagtacttatt |
15736035 |
T |
|
| Q |
316 |
annnnnnncttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattataacagt |
415 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
15736036 |
attctttcattttccattttatggtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaaggatctgatgtcaatgaagacgaggacgttgacattgagacagt |
15736135 |
T |
|
| Q |
416 |
cgagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccgatgttcctgaacaggatgacatg |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| | |||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
15736136 |
agagaaggatcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctgccagcatctccctgccgcgatgttcctgaacaggaagacagg |
15736235 |
T |
|
| Q |
516 |
ttgttagatagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatggacatacgatgagtcatgcgtcaa |
615 |
Q |
| |
|
|| ||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15736236 |
tttttagaaagttcttcaaagattggggacagcaataactccggatcaccattttccgaagaagtggtagcaaatggacatatgatgagtcatgcctcaa |
15736335 |
T |
|
| Q |
616 |
gtccagttgaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaaca |
661 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15736336 |
gtccagttgaaggtaatgtcatgccattcaaaatatgcttgtaaca |
15736381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 13 - 316
Target Start/End: Original strand, 17739628 - 17739931
Alignment:
| Q |
13 |
agcaaaggagagcacaagatttacatatgggctagaactggacatcttgtgaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcgtggcatc |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17739628 |
agcaaaggagagcacaagatttacatatgggatagagctggacatcttgtgaaaatccttgaagggcctaaggaagcccttattgatttagcgtggcatc |
17739727 |
T |
|
| Q |
113 |
ctgtacatcctattgttttgtctgtttctttgagtggcatagtttacatctgggccaaagagtacattgagagctggagtgcttttgctcctgatttcat |
212 |
Q |
| |
|
|||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17739728 |
ctgtacgtccaattgttgtgtctgtttctttgtgtggcatagtttatatctgggccaaagagtacattgagaactggagtgcttttgctcctgatttcaa |
17739827 |
T |
|
| Q |
213 |
agagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaagcctgacactgataatgtatgtgaacgttatatggtcataggtcat |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
17739828 |
agagattgaggaaaatgaggagtatgtggagcgagaagatgaatttgatttgaatcctgacactgataatgtatgtgaacattatatggtcataggtctt |
17739927 |
T |
|
| Q |
313 |
atta |
316 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
17739928 |
atta |
17739931 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 324 - 669
Target Start/End: Original strand, 17740109 - 17740454
Alignment:
| Q |
324 |
cttttccattttatagtctcaaccaagttcatatccttgcaggtaaaagtatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattataacagtcgagaagg |
423 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
17740109 |
cttttcctttttatggtctcaatcaagttcatatccttgcaggtaaaaggatctgatgtcaatgaagatgaggacgttgacattgtgacagtcgagaagg |
17740208 |
T |
|
| Q |
424 |
atcctgctttcagcgactctgatatgtccgaggaagagctatgttatctaccggtatctcccattcccgatgttcctgaacaggatgacatgttgttaga |
523 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| |
|
|
| T |
17740209 |
atcctaatttcagcgactctgatatgtctgaggaagagctacgttatctaccagtatctcccattcccgatgttcctgaacaggaagacaggcttttaga |
17740308 |
T |
|
| Q |
524 |
tagtttttcaaatattggggacaacaataactctggatcaccattttcggaagaagtggtagcaaatggacatacgatgagtcatgcgtcaagtccagtt |
623 |
Q |
| |
|
||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| || |
|
|
| T |
17740309 |
tagttcttcaaagattggggacagcaataactctggatcaccattttcagaagaagtggtagcaaatggacacatgatgagtcatgcctcaagtccactt |
17740408 |
T |
|
| Q |
624 |
gaaggtaatgtcacgccatgcaaaatatgcttgtaacagtgtattt |
669 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
17740409 |
gaaggtaatgtcacaccatgcaaaatatgcttgtaacggagtattt |
17740454 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University