View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18394_low_3 (Length: 487)

Name: NF18394_low_3
Description: NF18394
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18394_low_3
NF18394_low_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-478)||(44733767-44734237)
chr8 (338-477)||(44731786-44731925)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (45-475)||(45338223-45338653)
chr2 (336-475)||(45336202-45336341)
chr2 (384-455)||(14662318-14662389)
chr2 (337-448)||(17648811-17648923)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (45-475)||(32799970-32800400)
chr5 (337-475)||(32797950-32798088)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (18-455)||(48025197-48025644)
chr3 (18-455)||(48024086-48024531)
chr3 (45-455)||(48024637-48025051)
chr3 (337-478)||(28784457-28784598)
chr3 (337-478)||(48707754-48707901)
chr3 (18-208)||(48027073-48027271)
chr3 (315-399)||(5907696-5907781)
chr3 (384-455)||(48027377-48027448)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (45-455)||(13108909-13109321)
chr7 (337-455)||(13111202-13111321)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (336-475)||(1550099-1550238)
chr1 (337-475)||(9535199-9535337)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (337-478)||(22804553-22804696)
chr4 (384-455)||(7231049-7231118)
chr4 (337-399)||(44640115-44640179)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (379-455)||(6723446-6723522)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 44733767 - 44734237
Alignment:
Q  18 aaaaagattatagaaaaggatgttgatt----------tgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733767 aaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatg 44733866  T
Q  108 cagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733867 cagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttctgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatc 44733966  T
Q  208 atcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagataaagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggtttgaaagatgagatcaatgtttgga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44733967 atcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagatacagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggttggaaagatgagatcaatgtttgga 44734066  T
Q  308 gttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44734067 gttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggagattgatatttttctgatttaaaaattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttg 44734166  T
Q  408 cttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgatgtc 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  44734167 cttgtttaagtttaagtgtcatagttaggttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgtc 44734237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 338 - 477
Target Start/End: Original strand, 44731786 - 44731925
Alignment:
Q  338 gttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagat 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731786 gttggagattgatatttttctgatttaaaaattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagat 44731885  T
Q  438 tgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgatgt 477  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  44731886 tgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgt 44731925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 475
Target Start/End: Original strand, 45338223 - 45338653
Alignment:
Q  45 ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgt 144  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338223 ttgatgcctctctttatgacttgtgtttttttcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgctgaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgt 45338322  T
Q  145 tttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagat 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338323 tttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaatttgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagat 45338422  T
Q  245 aaagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggtttgaaagatgagatcaatgtttggagttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggag 344  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338423 acagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggttggaaagatgagatcaatgtttggagttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggag 45338522  T
Q  345 attgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgct 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338523 attgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgct 45338622  T
Q  445 tatttggtaagcaagagtcctaggtgatgat 475  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  45338623 tatttggtaagtaagagtcctaggtaatgat 45338653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 336 - 475
Target Start/End: Original strand, 45336202 - 45336341
Alignment:
Q  336 gtgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttag 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  45336202 gtgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtgtaagtttaagtgtcatatttag 45336301  T
Q  436 attgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgat 475  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  45336302 attgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgat 45336341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 384 - 455
Target Start/End: Original strand, 14662318 - 14662389
Alignment:
Q  384 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaag 455  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  14662318 ttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtataagtgtcataattagatcgttgcttatttagtaag 14662389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 337 - 448
Target Start/End: Original strand, 17648811 - 17648923
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgt--tg-ttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagtt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||  || |  ||||||||||||||||   |||||||||||||||||  | ||||||| ||    
T  17648811 tgttggagattgatatttttctgttttgttaattacttgtgtgctgctgtttttctgtcataattagcttgttgcttgtttaagtt--aatgtcataatt 17648908  T
Q  434 agattgttgcttatt 448  Q
    |||||||||||||||    
T  17648909 agattgttgcttatt 17648923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 475
Target Start/End: Original strand, 32799970 - 32800400
Alignment:
Q  45 ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgt 144  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799970 ttgatgcctctctttatgacttgtgtttttttcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgctgaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgt 32800069  T
Q  145 tttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagat 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800070 tttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaatttgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagat 32800169  T
Q  245 aaagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggtttgaaagatgagatcaatgtttggagttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggag 344  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800170 acagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggttggaaagatgagatcaatgtttggagttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggag 32800269  T
Q  345 attgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgct 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32800270 attgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattagattgttgct 32800369  T
Q  445 tatttggtaagcaagagtcctaggtgatgat 475  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  32800370 tatttggtaagtaagagtcctaggtaatgat 32800400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 337 - 475
Target Start/End: Original strand, 32797950 - 32798088
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32797950 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattaga 32798049  T
Q  437 ttgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgat 475  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  32798050 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgat 32798088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 48025644 - 48025197
Alignment:
Q  18 aaaaagattatagaaaaggatgttgatt----------tgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  48025644 aaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgtttt--tcaagatgaaagtggagacctcctagtttatg 48025547  T
Q  108 cagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatc 207  Q
     ||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  48025546 tagatagcgacgatgtcaagattgcttctgattgtgttttttcatttggttgtgttgtgtctggttggaattcaaagaagcaagaacggatcacccaatc 48025447  T
Q  208 atcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagat-aaagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggtttgaaagatgagatcaatgtttgg 306  Q
     |||||||||| | | |||||| ||  ||||||| || ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||| ||||    
T  48025446 ttcaactaaagttgagtgtgttaccaatgcaacaaatcaaaaaaacttggccaatgaagttttatcagatgaaggttgaagagatgaggtcaatgcttgg 48025347  T
Q  307 agttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggagattgatatttttctgatttaataatta-attgtgttgttattttctgtcataattaatgtgt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  || |  || | ||||||||||||||||| ||||    
T  48025346 agttttttcaagaaaaatatcaaggatgagtgttggagattgatatttttctgttttgttaattattttctactgctgttttctgtcataattaaagtgt 48025247  T
Q  406 tgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaag 455  Q
    |||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  48025246 tgcttgtttatgtataaatgtcataattagattgttgcttatttagtaag 48025197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 48024531 - 48024086
Alignment:
Q  18 aaaaagattatagaaaaggatgttgatt----------tgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| | |||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  48024531 aaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctttatctatgacttgtgtgtgtttcaaaatgaaagtggagacctcctagtttatg 48024432  T
Q  108 cagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatc 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  48024431 cagaaagcgacgatgtcaagactgcttctgattgtgtttttttatttggttgtgttgtgtctggttggaattcaaagaagcaagaacggatcacccaatc 48024332  T
Q  208 atcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacaga-taaagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggtttgaaagatgagatcaatgtttgg 306  Q
    ||||||| ||    | |||||| ||| ||||||| |  ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||  | ||| | | |||||| ||||    
T  48024331 atcaactgaa----attgtgttaccgatgcaacaaaccaaaaaaaattggccaatgaagttttatcagatgaatgttgaagagacggggtcaatgcttgg 48024236  T
Q  307 agttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggagattgatatttttctgatttaataatta-attgtgttgttattttctgtcataattaatgtgt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||  || |  || | ||||||||||||||||| ||||    
T  48024235 agttttttcaagaaaaatatcaaggatgagtgttggagattgatatttttctcttttgttaattattttctactgctgttttctgtcataattaaagtgt 48024136  T
Q  406 tgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaag 455  Q
    | |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  48024135 tacttgtttatgtataagtgtcataattagattgttgcttatttagtaag 48024086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 45 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 48025051 - 48024637
Alignment:
Q  45 ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgt 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48025051 ttgatgcctctgtttatgacttgtgtgttttccaaaatgaaagtggagatctcctagtttatgcagaaagtgatgatgtcaagactgcttctgattgtgt 48024952  T
Q  145 tttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtt--tccgctgcaacag 242  Q
    |||||||||||||  |||||| | ||  | |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||   ||| |||||||     
T  48024951 tttttcatttggttgtgttgtatatggatagaattcaaagaaggaagaacggatcacccaatcatcaactaaagttgattgtgttacaccgatgcaacaa 48024852  T
Q  243 a-taaagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggtttgaaagatgagatcaatgtttggagttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttg 341  Q
    |  ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||  | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48024851 accaaaaaaaattggccaatgaagttttatcagatgaatgttgaagagatgaggtcaatgcttggagttttttcaagaaaaatatcaaggatgagtgttg 48024752  T
Q  342 gagattgatatttttctgatttaataatta-attgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgt 440  Q
    ||||||||||||||| || |||  ||||||  || |  || | |||||||||||||||||  |||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  48024751 gagattgatatttttatgttttgttaattattttctactgctgttttctgtcataattaaaatgttgcatgtttatgtataagtgtcataattagattgt 48024652  T
Q  441 tgcttatttggtaag 455  Q
    ||||||||| |||||    
T  48024651 tgcttatttagtaag 48024637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 337 - 478
Target Start/End: Original strand, 28784457 - 28784598
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28784457 tgttggagattgatatttttctgatttaaaaattaattgtgttgttattttctctcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgttatagttaga 28784556  T
Q  437 ttgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgatgtc 478  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  28784557 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgtc 28784598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 337 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 48707901 - 48707754
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagttt------aagtgtcata 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||    
T  48707901 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtttaagtgtcata 48707802  T
Q  431 gttagattgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgatgtc 478  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  48707801 gttagattgttgtttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgatgtc 48707754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 48027271 - 48027073
Alignment:
Q  18 aaaaagattatagaaaaggatgttgatt----------tgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  48027271 aaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgtttt--tcaaaatgaaaatgaagacctcctagattatg 48027174  T
Q  108 cagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatc 207  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  48027173 cagaaagcgacgatgtctagactgcatctgattgtgttttttcatttggttgtgttgtgtccggttggaattcaaagaagcaagaacggatcacccaatc 48027074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 315 - 399
Target Start/End: Original strand, 5907696 - 5907781
Alignment:
Q  315 caagaaaaatatcaaggaggagtgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtg-ttgttattttctgtcataatta 399  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  5907696 caagaaaaatattaaggatgagtgttggagattgatatttttctggtttaataattacttgtgtttgtaattttctgtcataatta 5907781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 384 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 48027448 - 48027377
Alignment:
Q  384 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaag 455  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  48027448 ttttctgccataatttaagtgttgcttgtttatgtataagtgtcataattagattgttgcttatttagtaag 48027377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 45 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 13109321 - 13108909
Alignment:
Q  45 ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgt 144  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  13109321 ttgatgcctctgtttatgacttgtgtgtttttcaaaatgaaagtggagacctcctagattatgcaaaaagcgacgatgtcaagactacatttgattgtgt 13109222  T
Q  145 tttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagat 244  Q
    ||||||||||||   ||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | | |||||| ||||||||||| ||    
T  13109221 tttttcatttgggtgtgttgtgtccggttggaattcaaagaagcaagaacggatcacccaattatcaactaaagttgagtgtgttaccgctgcaacaaat 13109122  T
Q  245 aaagaaatttggccagtgaagttttatcagatgaaggtttgaaagatgagatcaatgtttggagttttttcaagaaaaatatcaaggaggagtgttggag 344  Q
      | ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||  | ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13109121 ccaaaaacttgaccaatgaagttttatcagatggaggttgaagagatgaggtcaatgcttgaagttttttcaagagaaatatcaaggaggagtgttggag 13109022  T
Q  345 attgatat-ttttctgatttaataatta-attgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttg 442  Q
    |||||||| |||| || |||  ||||||  ||   ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||    
T  13109021 attgatattttttttgttttgttaattattttccattgttgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatttataagtgtcataattagattgttg 13108922  T
Q  443 cttatttggtaag 455  Q
    ||||||| |||||    
T  13108921 cttatttagtaag 13108909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 337 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 13111321 - 13111202
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgt-tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttag 435  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| || |   || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||| ||||    
T  13111321 tgttggagattgatatttttctgttttgttaattactttttactgctgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttatgtagaagtgccataattag 13111222  T
Q  436 attgttgcttatttggtaag 455  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  13111221 attgttgcttatttagtaag 13111202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 336 - 475
Target Start/End: Original strand, 1550099 - 1550238
Alignment:
Q  336 gtgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttag 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1550099 gtgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttatgtcataattaatgtgttgcttgtataagtttaagtgtcatagttag 1550198  T
Q  436 attgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgat 475  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  1550199 attgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgat 1550238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 337 - 475
Target Start/End: Original strand, 9535199 - 9535337
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 436  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9535199 tgttggagattgatatttttctggtttaataattaattgtgttgttattttctgtcaaaattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcataattaga 9535298  T
Q  437 ttgttgcttatttggtaagcaagagtcctaggtgatgat 475  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9535299 ttgttgcttatttggtaagtaagagtcctaggtaatgat 9535337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 7e-50; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 337 - 478
Target Start/End: Original strand, 22804553 - 22804696
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaataattaattgtgttgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttaga 436  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  22804553 tgttggagattgatatttttctggtttaataattaattgtgttgttattttctctcataattaatgcgttgcttgtttaagtttaagtgccataattaga 22804652  T
Q  437 ttgttgcttatttggtaag--caagagtcctaggtgatgatgtc 478  Q
    ||| |||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  22804653 ttgctgcttatttggtaagtaaaagagtcctaggtaatgatgtc 22804696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 384 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 7231118 - 7231049
Alignment:
Q  384 ttttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaag 455  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  7231118 ttttctgtcataattagattgttgcttgtttaagtt--agtgtcataattagattgctgcttatttagtaag 7231049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 399
Target Start/End: Original strand, 44640115 - 44640179
Alignment:
Q  337 tgttggagattgatatttttctgatttaat-aattaattgtgttgtt-attttctgtcataatta 399  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  44640115 tgttggagattgatatttttctggtttaataaatgatttgtgttgttgtttttctgtcataatta 44640179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 379 - 455
Target Start/End: Original strand, 6723446 - 6723522
Alignment:
Q  379 tgttattttctgtcataattaatgtgttgcttgtttaagtttaagtgtcatagttagattgttgcttatttggtaag 455  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  6723446 tgttgttttctgtcataattaaagtgttgcttgtttaagtgtaagtgtcataattagattgttgcttatttagtaag 6723522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University