View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18396_high_2 (Length: 747)

Name: NF18396_high_2
Description: NF18396
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18396_high_2
NF18396_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-732)||(10461009-10461725)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 732
Target Start/End: Original strand, 10461009 - 10461725
Alignment:
Q  16 catagggacaagattagcttttcaattttataccttttaattttaaaagttcaattttatacatgaatagcagacacacagatgcctaatactactaaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461009 catagggacaagattagcttttcaattttataccttttaattttaaaagttcaattttatacatgaatagcagacacacagatgcctaatactactaaag 10461108  T
Q  116 aaggggaacaaattaaaaggcctaaccgaaaaccaaaagatagcataggaaattaggacgacaagcaaaacaccatctattatgtttgaaattccaaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461109 aaggggaacaaattaaaaggcctaaccgaaaaccaaaagatagcataggaaattaggacgacaagcaaaacaccatctattatgtttgaaattccaaata 10461208  T
Q  216 tcaaatttacacgtaagcttctatagtttgaaattttgattattggattctgctttcctattcatcaatgagtctggccataaaatgattgtaacatcaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461209 tcaaatttacacgtaagcttctatagtttgaaattttgattattggattctgctttcctattcatcaatgagtctggccataaaatgattgtaacatcaa 10461308  T
Q  316 attatttgattcataatttaatgggaatttaataacaatatatcatgtaaataaaggacatttaggtacagagcatagtactatactgtaccttgaccac 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461309 attatttgattcataatttaatgggaatttaataacaatatatcatgtaaataaaggacatttaggtacagagcatagtactatactgtaccttgaccac 10461408  T
Q  416 acaatcttttttattttggggaacattgttcagtaatgaaatcaaaccaaacaaaaccatgttatatttaattcagggcctaaataaatgcatgtgattg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461409 acaatcttttttattttggggaacattgttcagtaatgaaatcaaaccaaacaaaaccatgttatatttaattcagggcctaaataaatgcatgtgattg 10461508  T
Q  516 taattagtacgtcaaaacaatcatcagtgacacaagaagaagacagaattatagtgaagagtgataattaattatagtaacaagctgtaatctccaggtc 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461509 taattagtacgtcaaaacaatcatcagtgacacaagaagaagacagaattatagtaaagagtgataattaattatagtaacaagctgtaatctccaggtc 10461608  T
Q  616 atcccctgttttgtctttggatgcactgatataagacaagtatagctatagcatcaattgatatatttaagagcagaaaatattcaaaggggaattgtca 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461609 atcccctgttttgtctttggatgcactgatataagacaagtatagctatagcatcaattgatatatttaagagcagaaaatattcaaaggggaattgtca 10461708  T
Q  716 aacaatgattaaataat 732  Q
    |||||||||||||||||    
T  10461709 aacaatgattaaataat 10461725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University