View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18400_high_10 (Length: 412)

Name: NF18400_high_10
Description: NF18400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18400_high_10
NF18400_high_10
[»] chr4 (52 HSPs)
chr4 (11-396)||(27570003-27570388)
chr4 (18-375)||(27420213-27420573)
chr4 (11-387)||(27425614-27425989)
chr4 (18-396)||(27415432-27415807)
chr4 (102-382)||(27412562-27412836)
chr4 (11-375)||(27565926-27566289)
chr4 (101-380)||(27423113-27423392)
chr4 (16-387)||(27563309-27563688)
chr4 (196-374)||(27468303-27468481)
chr4 (196-396)||(27475533-27475733)
chr4 (194-375)||(27506682-27506863)
chr4 (215-375)||(27503927-27504087)
chr4 (207-375)||(27524521-27524689)
chr4 (102-350)||(27444794-27445033)
chr4 (176-387)||(27497285-27497496)
chr4 (196-374)||(27514877-27515055)
chr4 (166-375)||(27585644-27585853)
chr4 (194-375)||(27527145-27527322)
chr4 (196-375)||(27508838-27509017)
chr4 (194-396)||(27478837-27479039)
chr4 (106-350)||(27557394-27557629)
chr4 (189-358)||(17970278-17970447)
chr4 (169-350)||(27500338-27500519)
chr4 (194-369)||(27485924-27486099)
chr4 (169-350)||(27526112-27526293)
chr4 (196-346)||(27489946-27490096)
chr4 (169-350)||(27486942-27487123)
chr4 (174-324)||(27554273-27554423)
chr4 (174-349)||(27498379-27498554)
chr4 (169-333)||(27502824-27502988)
chr4 (189-350)||(27431148-27431309)
chr4 (169-350)||(27476646-27476827)
chr4 (169-350)||(27479860-27480041)
chr4 (169-350)||(27505702-27505883)
chr4 (169-350)||(27513776-27513957)
chr4 (194-350)||(27424514-27424670)
chr4 (169-348)||(27501276-27501455)
chr4 (169-350)||(27523403-27523584)
chr4 (191-333)||(27414321-27414463)
chr4 (169-350)||(27469419-27469600)
chr4 (242-350)||(27411456-27411564)
chr4 (103-148)||(27498326-27498371)
chr4 (242-358)||(27567287-27567403)
chr4 (194-349)||(27571607-27571762)
chr4 (272-350)||(27460540-27460618)
chr4 (294-360)||(27495620-27495686)
chr4 (272-349)||(27473954-27474031)
chr4 (103-148)||(27501228-27501273)
chr4 (103-148)||(27516793-27516838)
chr4 (266-350)||(27540063-27540147)
chr4 (194-350)||(27556379-27556535)
chr4 (302-350)||(27559240-27559288)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (188-372)||(1756735-1756919)
chr5 (194-363)||(1754672-1754841)
chr5 (193-348)||(1754243-1754398)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (176-357)||(38024868-38025049)
chr3 (176-357)||(38031320-38031501)
chr3 (189-363)||(50909939-50910113)
chr3 (176-358)||(55084752-55084934)
chr3 (189-350)||(50904792-50904953)
chr3 (176-356)||(50911863-50912043)
chr3 (189-356)||(38043882-38044049)
chr3 (189-357)||(38040074-38040242)
chr3 (189-357)||(38028759-38028927)
chr3 (189-351)||(38036792-38036954)
chr3 (176-358)||(38033767-38033953)
chr3 (188-358)||(48840704-48840873)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (189-358)||(3073548-3073717)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (176-360)||(21607286-21607470)
chr8 (270-358)||(21634603-21634691)
chr8 (189-357)||(21604747-21604915)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 52)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 27570388 - 27570003
Alignment:
Q  11 cacagatcattcacatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacata 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570388 cacaaatcattcacatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacata 27570289  T
Q  111 caaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgc 210  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570288 caaaaatgggttttcgtccccctggtatcatcagaagggcatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgc 27570189  T
Q  211 agtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570188 agtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttc 27570089  T
Q  311 ggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaacgggatatg 396  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570088 ggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaacgggatatg 27570003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Original strand, 27420213 - 27420573
Alignment:
Q  18 cattcacatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagttt---ttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||  ||||||||||||||   ||||||  ||||||||| |||| |||| |||||||||||||     
T  27420213 cattcacatcctaaagcattcagatttcaaaaacttggtctttgcttaaaagtttattttatttttaaaccatttcttctaaagttttaacacatacaac 27420312  T
Q  115 aatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27420313 aatgggttttcgtttccctggtatcatcagaaaggcatcattttctgcaaaccgatcagcttcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagta 27420412  T
Q  215 tatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  27420413 tatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcatttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggat 27420512  T
Q  315 atgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  27420513 atgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataac 27420573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 11 - 387
Target Start/End: Original strand, 27425614 - 27425989
Alignment:
Q  11 cacagatcattcacatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacata 110  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||| || ||||||| | || ||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||    
T  27425614 cacaaatcattcacatcctaaaccattccaatttcaaaaacttgcttcttgcttacaggtctttttttaaaactgaat-attctcaagttttaacacata 27425712  T
Q  111 caaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgc 210  Q
    ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27425713 caacaatgggttttcgttttgctggtatcatcagaaaggcatcattttctgcaaaccgatcagcttcgaaagctgtggacgtgccaaagggatatcttgc 27425812  T
Q  211 agtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttc 310  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||     
T  27425813 agtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcatttcaagacttattgagtcaatttgaggaagagttt 27425912  T
Q  311 ggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaa 387  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  27425913 ggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaggatgtatttcaacatatgacatctcgcttgaa 27425989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 27415432 - 27415807
Alignment:
Q  18 cattcacatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagttt-ttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||  | | ||||||||| ||||||||  ||  | | |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  27415432 cattcacatcctaaagcattcagttttcaaaaacttg-ttattgctacaatttatcttattttaaaacaatttcttctcaagttttaacacatacaacaa 27415530  T
Q  117 tgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtata 216  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| |  ||| ||||||| || ||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27415531 tgggttttcgtgtccctagtatcatcagaaagtcatcattttctgcaagccgagtaatttcaaaagttgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtgta 27415630  T
Q  217 tgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatat 316  Q
    |||||||   ||||| | ||| | |||||||||| |||||||||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27415631 tgttgga---aaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatat 27415727  T
Q  317 gatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaacgggatatg 396  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  27415728 gatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagatgtctttcaacacataacatctcgcttgaacggaatatg 27415807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 102 - 382
Target Start/End: Original strand, 27412562 - 27412836
Alignment:
Q  102 taacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaaggg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||  ||||||||||    
T  27412562 taacacatacaaaaatgggttttcgtttctctggtatcatcagaagggcatcattttctgcaaaccgagcagtttcaaaagctgttgacatgccaaaggg 27412661  T
Q  202 atatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgag 301  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||      ||| |||||||||  |||||||||| | |||||| | ||||||||||||  |||||||||||||     
T  27412662 atatattgccgtgtatgttggagagaaac------ggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtcaagctgaa 27412755  T
Q  302 gaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgc 382  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27412756 gaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataacatctcgc 27412836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 11 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 27566289 - 27565926
Alignment:
Q  11 cacagatcattcacatcctaaagcattcaaatctg-aaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacat 109  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |  ||||||||| || ||||||| |||| ||| ||  ||||||| || ||||||||| | ||| |||    
T  27566289 cacaaatcattcacatcctaaaccattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtctttttt--aaaaccaatttttctcaagtttgaacgcat 27566192  T
Q  110 acaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttg 209  Q
    |||  ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||| |||  |||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  27566191 acagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatcttg 27566092  T
Q  210 cagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagtt 309  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||| | |||||||||| |||||||| | | |||||| |  ||||||||||||||||  |||| ||||||||||      
T  27566091 cagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattgtttcaagacttgctgatacaagttgaggaagagca 27565992  T
Q  310 cggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
     |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||| |||| |||||||||||    
T  27565991 tggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggcgaagatgtcttccaacatataac 27565926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 101 - 380
Target Start/End: Original strand, 27423113 - 27423392
Alignment:
Q  101 ttaacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||  || ||||||| ||||||| ||   |||||||||| |||  ||||||||     
T  27423113 ttaacacatacaacaatgggtatccgtttctctggtattatcagaagggcctcattttctgcaaaccgagcaatatcaaaagctgcggacatgccaaaga 27423212  T
Q  201 gatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctga 300  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||    
T  27423213 gatatcttgctgtatatgttggatagaaacagacacggcatgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtcaagccga 27423312  T
Q  301 ggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctc 380  Q
    ||||||||| || ||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| | || ||||||||||| ||||    
T  27423313 ggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcaccgttccttgcacggaagatgttttccaacatataacttctc 27423392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 27563688 - 27563309
Alignment:
Q  16 atcattcacatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttat---------ttaaaaaccatttattctcaagtgttaaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |         |||||||    || ||||||||| ||||||    
T  27563688 atcattcacatcctaaagcattcaaatttcaaaaacttggttattgcttaaaagtttttttgttctttttttaaaaa----ttcttctcaagttttaaca 27563593  T
Q  107 catacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctt---tttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggat 203  Q
    ||  ||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| |   || ||  || |||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| |    
T  27563592 cactcagcaatgggttttcgtttacctggtatcattagaaggtcatcatcgtttacttcaagccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggct 27563493  T
Q  204 atcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgagga 303  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||| | | |   ||||||||||||||||||||| | |||| | |  |||||||| |||||||||||||| || ||    
T  27563492 atcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaaga 27563393  T
Q  304 agagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaa 387  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  27563392 agagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaa 27563309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 196 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 27468481 - 27468303
Alignment:
Q  196 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaa 295  Q
    |||||| ||| |||| || |||||||||||||||| |  ||||| |||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27468481 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27468382  T
Q  296 gctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataa 374  Q
     | |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  27468381 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtcttccaacatataa 27468303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 196 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 27475733 - 27475533
Alignment:
Q  196 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaa 295  Q
    |||||| ||| |||| || |||||||||||||||  | |||||| |||  | || ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27475733 aaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27475634  T
Q  296 gctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaacgggatat 395  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| || |||| ||| |||    
T  27475633 gccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgggctat 27475534  T
Q  396 g 396  Q
    |    
T  27475533 g 27475533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 194 - 375
Target Start/End: Original strand, 27506682 - 27506863
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||| |  |||||||| |||||   ||    
T  27506682 ccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27506781  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
    |||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  27506782 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagatgtctttcaacacataac 27506863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 215 - 375
Target Start/End: Original strand, 27503927 - 27504087
Alignment:
Q  215 tatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggat 314  Q
    |||||||||||||||  | |||||| |||  | || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27503927 tatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggat 27504026  T
Q  315 atgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  27504027 atgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgtcttccaacacataac 27504087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 207 - 375
Target Start/End: Original strand, 27524521 - 27524689
Alignment:
Q  207 ttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaaga 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||   |  | || |||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  27524521 ttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaaga 27524620  T
Q  307 gttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  27524621 gtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccgaagatgtcttccaacatataac 27524689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 102 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27445033 - 27444794
Alignment:
Q  102 taacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaaggg 201  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||         ||| ||||| | || |||||||||  |||||||||||||||||    
T  27445033 taacacatacaagaatgggttttcgtttaaccggtatcatcagaaggg---------ctgcaaaccaaacatcttcaaaaggcgtggatgtgccaaaggg 27444943  T
Q  202 atatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgag 301  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||  || | ||| |||||||||  |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||  ||| |||||| |||    
T  27444942 atatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatcatcatttcaagaattattgaatcaagccgag 27444843  T
Q  302 gaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||    
T  27444842 gaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27444794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 176 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 27497496 - 27497285
Alignment:
Q  176 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 275  Q
    |||||| |||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||  | |||||||||| |||||| |  |    
T  27497496 tcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgt 27497397  T
Q  276 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
    ||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| || |||| ||||  |||||    
T  27497396 ttcaatatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataac 27497297  T
Q  376 atctcgcatgaa 387  Q
     |||||| ||||    
T  27497296 ttctcgcttgaa 27497285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 196 - 374
Target Start/End: Original strand, 27514877 - 27515055
Alignment:
Q  196 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaa 295  Q
    |||||| ||| |||| || |||||||||||||||| |  ||||| |||  |||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27514877 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27514976  T
Q  296 gctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataa 374  Q
     | |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||| || |||||||    
T  27514977 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagatgtcttccagcatataa 27515055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 166 - 375
Target Start/End: Original strand, 27585644 - 27585853
Alignment:
Q  166 ccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagc 265  Q
    |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |  ||||| || ||||| | | | | ||||||||||||||||||||| | |    
T  27585644 ccgatcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatctcgcagtgtgcgttggtgataaacaaaagagatttgtgatccccgtatcatacttgaac 27585743  T
Q  266 caaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttc 365  Q
    ||||| |  |||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||| ||||||  |||      
T  27585744 caaccattgtttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattccttgcacagaagatgccttca 27585843  T
Q  366 aacatataac 375  Q
    ||||||||||    
T  27585844 aacatataac 27585853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 194 - 375
Target Start/End: Original strand, 27527145 - 27527322
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||  |||| |||||||||  ||||| |||||| |||||| || |||| ||| ||||||||||    
T  27527145 ccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctgagtc 27527244  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||| | ||||||||||  |||||| |||| |||||||||||    
T  27527245 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg----atcccaattccttgcagtgaagatgtcttccaacatataac 27527322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 196 - 375
Target Start/End: Original strand, 27508838 - 27509017
Alignment:
Q  196 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaa 295  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||  | || || ||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  27508838 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcag 27508937  T
Q  296 gctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 375  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||| |||||||| | || |||||||||||    
T  27508938 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataac 27509017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 194 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 27479039 - 27478837
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||  |||||||||| | |||||| |  |||||||| |||||   ||    
T  27479039 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27478940  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataacatctcgcatgaacgggat 393  Q
    |||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||| ||| || |||| ||| |    
T  27478939 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttgaatgggct 27478840  T
Q  394 atg 396  Q
    |||    
T  27478839 atg 27478837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 106 - 350
Target Start/End: Original strand, 27557394 - 27557629
Alignment:
Q  106 acatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatat 205  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||         ||||| | || ||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  27557394 acatataagaatgggttttcgtttacctgttatcatcagaagggcatc---------aaaccaagcatcttcaaagggtgtggatgtgccaaggggatat 27557484  T
Q  206 cttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaag 305  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||  || | ||| |||||||||  | |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||     
T  27557485 cttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaaccatcatttcaagaattgctgaatcaagctgaggaac 27557584  T
Q  306 agttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    | || | ||||| |||||| ||||||||  |||| ||||| ||||    
T  27557585 aatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgca 27557629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 189 - 358
Target Start/End: Original strand, 17970278 - 17970447
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||  || ||||| |||||||||    |||||||| | |||| ||||||||||| |||||||    
T  17970278 atgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgct 17970377  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagat 358  Q
    |||||  || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  17970378 gagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagat 17970447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27500519 - 27500338
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| |||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||  || ||| | |||||||||  |||||||||||| ||||    
T  27500519 atcatcttcaaaatctgtggacgtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaa 27500420  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
      |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  27500419 agttcattccaagaattgctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggtggcatcactattccttgca 27500338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 194 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 27486099 - 27485924
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||  |||||||||| | |||||| |  |||||||| |||||   ||    
T  27486099 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27486000  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaaca 369  Q
    |||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   ||||||||||    
T  27485999 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaaggcgtctttcaaca 27485924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27526293 - 27526112
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  || ||||| |||||| || ||||||||||| | ||||    
T  27526293 atcatcttcaaaaggtgtcgatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27526194  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
     | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||| | || | |||||||||||| | ||||||  |||| ||||||||||    
T  27526193 acctcattccaagaattgttgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgca 27526112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 196 - 346
Target Start/End: Original strand, 27489946 - 27490096
Alignment:
Q  196 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaa 295  Q
    |||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| |  |||| |||  |||| || |||||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||| ||||    
T  27489946 aaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaa 27490045  T
Q  296 gctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattcct 346  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  27490046 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcct 27490096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Original strand, 27486942 - 27487123
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || |||||||||  || ||||| |||||||||  |||||||||||| ||||    
T  27486942 atcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaa 27487041  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    || || |||||||| ||| |||  |||||||| ||| | || | |||||||||||| ||||||||  | || ||||||||||    
T  27487042 ccatcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttgca 27487123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 174 - 324
Target Start/End: Original strand, 27554273 - 27554423
Alignment:
Q  174 cttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttc 273  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||||||  |  | || |  ||||||||||| ||    
T  27554273 cttcaaaaggagtggatgtgccaaagggataccttgcagtatatgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagccaaccatc 27554372  T
Q  274 atttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcc 324  Q
     |||||||| ||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  27554373 gtttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatcatcc 27554423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 174 - 349
Target Start/End: Original strand, 27498379 - 27498554
Alignment:
Q  174 cttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttc 273  Q
    |||||||||  |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||  || | |||||||||  |||||||||| | |||||| ||    
T  27498379 cttcaaaaggcgtggacatgccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatc 27498478  T
Q  274 atttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgc 349  Q
     || ||||||||| |||  ||||| |||||| | |||| |||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  27498479 gttccaagacttgttgaaccaagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 27498554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 169 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 27502988 - 27502824
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| |||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||   || ||||| |||||| ||  | ||||| || |  |||    
T  27502988 atcatcttcaaaaggcttggatgtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaa 27502889  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtgg 333  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  27502888 acttcatttcaagacttgctgagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtgg 27502824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 189 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27431309 - 27431148
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||  || | ||| |||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| ||| |    
T  27431309 atgtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgtt 27431210  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    || |||||| |||||| | || |||||||| ||||| |  |||||  |||| ||||||||||    
T  27431209 gaatcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgca 27431148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Original strand, 27476646 - 27476827
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| |||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  || ||||| |||||| || ||||||||||| | ||||    
T  27476646 atcatcttcaaaaaccgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27476745  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
     | ||||| |||||  ||||||| |||  ||||||| | || | |||||||||||| ||||||||  | || ||||||||||    
T  27476746 acctcattccaagaactgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgca 27476827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Original strand, 27479860 - 27480041
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||  || ||| | |||||| || ||||||||||| | ||||    
T  27479860 atcatcttcaaaaggtttggacgtgccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27479959  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
     | ||||| ||| | ||| |||  |||||||||||| | || | |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  27479960 acatcattccaaaagttgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgca 27480041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27505883 - 27505702
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| ||||||||| | |||| ||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||  || ||||| |||||| || ||||||||||| | ||||    
T  27505883 atcatcttcaaaaggtttggaggtgccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27505784  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
     | ||||| ||||| ||| |||  |||||||||||| | || | |||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||    
T  27505783 acctcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgca 27505702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27513957 - 27513776
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||  || ||||| |||||||||  |||||||||| | ||||    
T  27513957 atcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaa 27513858  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
     | || || ||||| ||| |||  |||||||| ||| | |  | |||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||    
T  27513857 acctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 27513776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 194 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27424670 - 27424514
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||||||  ||  || ||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| | ||    
T  27424670 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatc 27424571  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    || |||| ||||| |  |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||    
T  27424570 aatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattccgtgca 27424514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 169 - 348
Target Start/End: Original strand, 27501276 - 27501455
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| ||||||||| ||| || || |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||  ||  |||| |||||||||  |||||||||||| ||||    
T  27501276 atcatcttcaaaaggtgtcgaggttccaaagggatgtctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaa 27501375  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttg 348  Q
    || |  |||||||||||| |||  ||||| |||||| | || | ||| |||||||| | ||||||  |||| ||||||||    
T  27501376 ccattgtttcaagacttgttgaaccaagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttg 27501455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27523584 - 27523403
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || |||||||||  || ||||| |||||| || |||||||| || | ||||    
T  27523584 atcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaa 27523485  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
     ||||||| ||||| ||| ||||  |||| |||||| | || | |||||| ||||| ||||||||  | || ||||||||||    
T  27523484 acttcattccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctaactattccttgca 27523403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 27414463 - 27414321
Alignment:
Q  191 gtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctga 290  Q
    |||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||  ||  |||| |||||| || ||||||||||| | |||||| ||||||||||| || || |    
T  27414463 gtgccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaaatgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattactaa 27414364  T
Q  291 gtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtgg 333  Q
     |||| | || ||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  27414363 atcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtgg 27414321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 350
Target Start/End: Original strand, 27469419 - 27469600
Alignment:
Q  169 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 268  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || |||||||||  || ||||| |||||||||  ||||||| || |  |||    
T  27469419 atcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaa 27469518  T
Q  269 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
     | ||||| |||||  || |||| |||||||| ||| | || | |||||| ||||| ||||||||  | || ||||||||||    
T  27469519 acatcattacaagaactgttgagccaagctgaagaacaatttgaatatgaacatccaatgggtggtctaactattccttgca 27469600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27411564 - 27411456
Alignment:
Q  242 gtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcacca 341  Q
    ||||| || ||||||||||| | |||||| || |||||||| || || | |||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||  |||| |    
T  27411564 gtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaa 27411465  T
Q  342 ttccttgca 350  Q
    |||||||||    
T  27411464 ttccttgca 27411456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 103 - 148
Target Start/End: Original strand, 27498326 - 27498371
Alignment:
Q  103 aacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagg 148  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  27498326 aacacatacgaaaatgggttttcgtttaccaggtatcatcagaagg 27498371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 358
Target Start/End: Original strand, 27567287 - 27567403
Alignment:
Q  242 gtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcacca 341  Q
    ||||| || ||||||||||| | |||||| || |||||||| || || | |||| | || ||||| || || ||||||||||| ||||||||  |||| |    
T  27567287 gtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaaacagaagaagaatttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaa 27567386  T
Q  342 ttccttgcaccgaagat 358  Q
    ||||||||| |||||||    
T  27567387 ttccttgcagcgaagat 27567403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 194 - 349
Target Start/End: Original strand, 27571607 - 27571762
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| | |  || |||||  ||||| || |||||||| || ||||| || || |||||||| || || | ||    
T  27571607 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27571706  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgc 349  Q
    || | || ||||| || |||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  27571707 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgc 27571762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 350
Target Start/End: Original strand, 27460540 - 27460618
Alignment:
Q  272 tcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||  ||||||| | || | |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  27460540 tcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgca 27460618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 294 - 360
Target Start/End: Original strand, 27495620 - 27495686
Alignment:
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatat 360  Q
    ||||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||||  |||||||||||||||  ||||||||    
T  27495620 aagctgaagaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagatat 27495686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 272 - 349
Target Start/End: Original strand, 27473954 - 27474031
Alignment:
Q  272 tcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgc 349  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||  ||||||| | || | |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  27473954 tcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgc 27474031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 148
Target Start/End: Original strand, 27501228 - 27501273
Alignment:
Q  103 aacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagg 148  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  27501228 aacacatacaagaatgggttttcgtttacctggtatcctaagaagg 27501273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 27516838 - 27516793
Alignment:
Q  103 aacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagg 148  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  27516838 aacacatacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaagg 27516793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 266 - 350
Target Start/End: Original strand, 27540063 - 27540147
Alignment:
Q  266 caaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||| || || ||  ||||||| ||||||||  | |||||||||||||    
T  27540063 caaccttcatttcaagacttgctaagcaaggcagaggaagaatttgggtaccatcatccaatgggtggactaaccattccttgca 27540147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27556535 - 27556379
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||  || ||| | |||||| ||| | ||||  || | |||||||||||||||||| || ||   ||    
T  27556535 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattcccatttcattattgaaccaaccttcatttcaagaattactacatc 27556436  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    |||| || ||||| || |||||||||||| | ||||||||  |||| ||||| ||||    
T  27556435 aagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgca 27556379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27559288 - 27559240
Alignment:
Q  302 gaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||    
T  27559288 gaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27559240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 188 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 1756919 - 1756735
Alignment:
Q  188 gatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgc 287  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||| | |||||| || |||||| |||||     
T  1756919 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgt 1756820  T
Q  288 tgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatat 372  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  1756819 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatat 1756735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 194 - 363
Target Start/End: Original strand, 1754672 - 1754841
Alignment:
Q  194 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtc 293  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||| |  ||||| || ||||||  |||| ||||||    
T  1754672 ccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtc 1754771  T
Q  294 aagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctt 363  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||    
T  1754772 aagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtctt 1754841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 193 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 1754398 - 1754243
Alignment:
Q  193 gccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagt 292  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||  ||  || ||||| ||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||| | ||||| |      
T  1754398 gccaaaaggatatctagctgtatatgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaac 1754299  T
Q  293 caagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttg 348  Q
     || |||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||    
T  1754298 aaatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggtggtctcactattccttg 1754243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 176 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 38025049 - 38024868
Alignment:
Q  176 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 275  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||| |||||| | |||||||| | |||| |||| |    
T  38025049 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 38024950  T
Q  276 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaaga 357  Q
    ||||| ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  38024949 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38024868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 176 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 38031501 - 38031320
Alignment:
Q  176 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 275  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||| |||||| | |||||||| | |||| |||| |    
T  38031501 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 38031402  T
Q  276 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaaga 357  Q
    ||||| ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  38031401 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38031320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 189 - 363
Target Start/End: Original strand, 50909939 - 50910113
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  |  ||||| ||| |||||| | |||||||| | |||| ||||||||||| ||||| |    
T  50909939 atgtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgtt 50910038  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatatctt 363  Q
    || |||||  |||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  50910039 gaatcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtctt 50910113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 176 - 358
Target Start/End: Original strand, 55084752 - 55084934
Alignment:
Q  176 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 275  Q
    |||||| ||||| |||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||  || ||||| |||||||||  | || ||||| | |||||| ||||    
T  55084752 tcaaaatctgtgaatgtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaaccatcat 55084851  T
Q  276 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagat 358  Q
    ||||||||||| ||||||  || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  55084852 ttcaagacttgttgagtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagat 55084934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 189 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 50904953 - 50904792
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||  || ||||| ||||||||   | || ||||| | |||| ||||||||||||||||| |    
T  50904953 atgtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgtt 50904854  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgca 350  Q
    ||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  50904853 gagtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 50904792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 176 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 50912043 - 50911863
Alignment:
Q  176 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 275  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||   ||  |||| ||||||||||   |||||||| | |||| ||||||    
T  50912043 tcaaaagttgtgaatgtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcat 50911944  T
Q  276 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaag 356  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||| ||||    
T  50911943 ttcaaaacttgttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcacagaag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 189 - 356
Target Start/End: Original strand, 38043882 - 38044049
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||  |||||||| ||  || ||||| |||||||||  | |||||||| |  ||| |||| ||||||||||||||    
T  38043882 atgtgccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgct 38043981  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaag 356  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  38043982 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcaccgaag 38044049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 189 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 38040242 - 38040074
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||  || ||| | ||| ||||||   |||||||| | |||| ||||||||||| || || |    
T  38040242 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgtt 38040143  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaaga 357  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  38040142 gagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaaga 38040074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 189 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 38028927 - 38028759
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||  || ||| | ||| ||||||   |||||||| | |||| ||||||||||| || || |    
T  38028927 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgtt 38028828  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaaga 357  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  38028827 gagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaaga 38028759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 38036954 - 38036792
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||  ||  |||| |||  ||||| |  ||||||| | |||| ||||||||||| | ||| |    
T  38036954 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgtt 38036855  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcac 351  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||    
T  38036854 gagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 38036792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 176 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 38033953 - 38033767
Alignment:
Q  176 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 275  Q
    ||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| ||  || ||||| ||| ||||||   |||||||| | |||| ||||||    
T  38033953 tcaaaagcattgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcat 38033854  T
Q  276 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcc----catgggtggcatcaccattccttgcaccgaagat 358  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||| || |||||||| |||||     ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  38033853 ttcaaaacttgttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaattaatgggcggcatcacaattccctgcacagaagat 38033767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 188 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 48840873 - 48840704
Alignment:
Q  188 gatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || || |||||| |   || ||| | ||| |||||| |  ||||||| | |||| | |||||||||||||||     
T  48840873 gatgtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgt 48840774  T
Q  288 tgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagat 358  Q
    ||||| |||  ||| |||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  48840773 tgagt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagat 48840704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 189 - 358
Target Start/End: Original strand, 3073548 - 3073717
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||  || ||||| |||||||||    |||||||| | |||| ||||||||||| |||||||    
T  3073548 atgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgct 3073647  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagat 358  Q
    |||||  || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  3073648 gagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagat 3073717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 176 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 21607470 - 21607286
Alignment:
Q  176 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 275  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||| ||| |||||| | |||||||| | || | |||| |    
T  21607470 tcaaaagttgtgaatgtaccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagcttcct 21607371  T
Q  276 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagatat 360  Q
    ||||| ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||    
T  21607370 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcacagaagatat 21607286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 270 - 358
Target Start/End: Original strand, 21634603 - 21634691
Alignment:
Q  270 cttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaagat 358  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  21634603 cttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttgcaccgaagat 21634691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 189 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 21604915 - 21604747
Alignment:
Q  189 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgct 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || || |||||| ||  || ||| | ||| ||||||   |||||||| | |||| ||||||||||| || || |    
T  21604915 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgtt 21604816  T
Q  289 gagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcatcaccattccttgcaccgaaga 357  Q
    ||||||||  |||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  21604815 gagtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaaga 21604747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University