View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18401_low_1 (Length: 1083)

Name: NF18401_low_1
Description: NF18401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18401_low_1
NF18401_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-1065)||(7036665-7037728)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (944-1035)||(18943225-18943316)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (946-1016)||(24828175-24828245)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1036; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1036; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 1065
Target Start/End: Complemental strand, 7037728 - 7036665
Alignment:
Q  2 cagagacacagttggctttcatattcggtagaatatttttggataggatccttatagctaaagaaattatggatgaggcaaaaaggtagaaaaaagaagt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037728 cagagacacagttggctttcatattcggtagaatatttttggataggatccttatagctaaagaaattatggatgaggcaaaaaggtagaaaaaagaagt 7037629  T
Q  102 gctcatgtttaaagtagacttcgaaaaggcgtatgacttagttgattgaaatttcctgactttgtcatgttgaaatggggtttcatgaaacatgaaggaa 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037628 gctcatgtttaaagtagacttcgaaaaggcgtatgacttagttgattgaaatttcctgactttgtcatgttgaaatggggtttcatgaaacatgaaggaa 7037529  T
Q  202 atggatcttaaaatgcttgaagacaacgtcaatttccatattggcgaatggaagccccgctaaggaatttgaaatgggtcttcgattgagacgaggcgat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  7037528 atggatcttaaaatgcttgaagacaacgtcaatttccatattggcgaatggaagccccattaaggaatttgaaacgggtcttcgattgagacaaggtgat 7037429  T
Q  302 cctttgttgccgtttttgtttctcatagttgctgaaggatttcatatgttgatgaggagatctgtggagttgagtttgttcacaagtttcaaatttgatg 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037428 cctttgttgccgtttttgtttctcatagttgctgaaggatttcatatgttgatgaggagatctgtggagttgagtttgttcacaagtttcaaatttgatg 7037329  T
Q  402 atgaaggctatgctcgcctacaatacacagattatatgttaatcattggaggaaagggatgggggaatattcgaattataaaggaaaaataggatcttca 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037328 atgaaggctatgctcgcctacaatacacagattatatgttaatcattggaggaaagggatgggggaatattcgaattataaaggaaaaataggatcttca 7037229  T
Q  502 ccttttaagtatcttaggctacctggcaaccagttatagatgcggtttgtttaatattgtcaaattggaagaataatcagttgtccatcggtggttgcat 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037228 ccttttaagtatcttaggctacctggcaaccagttatagatgcggtttgtttaatattgtcaaattggaagaataatcagttgtccatcggtggttgcat 7037129  T
Q  602 ggttattattaaatcaggattgtcagctctcctagtctattttctctctttttattcccaatagaagagggggattgggaataaataatttggggattta 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037128 ggttattattaaatcaggattgtcagctctcctagtctattttctctctttttattcccaatagaagagggggattgggaataaataatttggggattta 7037029  T
Q  702 atgcccttctaggaaaatgaaagttgaaattaagaaatgagggtttttggcattggtacagtgttctatcaaatagatatggtgagaaagagatggggtg 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037028 atgcccttctaggaaaatgaaagttgaaattaagaaatgagggtttttggcattggtacagtgttctatcaaatagatatggtgagaaagagatggggtg 7036929  T
Q  802 tttagagagggttggagaggcaattcggtatggtggaacgatatatgcaatatatatacacgttcaggacacacgaaatatgtattcggtaaaagaaacg 901  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036928 tttagagagggttggagaggcaattcggtatggtggaacgatatatgcaatatatatacacgttcaagacacacgaaatatgtattcggtaaaagaaacg 7036829  T
Q  902 tataaaatgttgatggagggattgataagtgttcctaatcaatcatggtcgaaggcttggcataaatcaatcccgttaaaagttgcgtgcttagcttgga 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7036828 tataaaatgttgatggagggattgataagtgttcctaatcaatcatggtcgaaggcttggcataaatcaatcccgttaaaagttgtgtgcttagcttgga 7036729  T
Q  1002 gattatttcagaataaaatagctaccaaagataacttatttagaagaggagtcgtaggtcaagg 1065  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036728 gattatttcagaataaaatagctaccaaagataacttatttagaagaggagtcgtaggtcaagg 7036665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 944 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 18943316 - 18943225
Alignment:
Q  944 tcatggtcgaaggcttggcataaatcaatcccgttaaaagttgcgtgcttagcttggagattatttcagaataaaatagctaccaaagataa 1035  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||||||| |||| || ||||||||| | ||||| |||| | ||||||| ||||||||    
T  18943316 tcatggtcgagggcttggcataaagcagttccgtcaaaagtttcgtgttttgcttggagagtgtttcaaaatagagtagctacaaaagataa 18943225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 946 - 1016
Target Start/End: Original strand, 24828175 - 24828245
Alignment:
Q  946 atggtcgaaggcttggcataaatcaatcccgttaaaagttgcgtgcttagcttggagattatttcagaata 1016  Q
    |||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||| | || ||||  |||||||||||||| ||||    
T  24828175 atggtcaaaagcttggcataaatcggtcccgttaaaagtttcatgtttagtgtggagattatttcaaaata 24828245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University