View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18403_low_4 (Length: 493)

Name: NF18403_low_4
Description: NF18403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18403_low_4
NF18403_low_4
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (8-477)||(49203376-49203844)
chr3 (8-475)||(49188540-49189007)
chr3 (21-475)||(49213393-49213847)
chr3 (25-475)||(49208553-49209003)
chr3 (15-475)||(49192276-49192736)
chr3 (205-421)||(29622865-29623081)
chr3 (34-141)||(29622725-29622834)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (8-475)||(37031051-37031518)
chr1 (19-475)||(51825061-51825517)
chr1 (19-475)||(32591817-32592273)
chr1 (19-475)||(31527658-31528114)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-475)||(26756919-26757378)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 49203844 - 49203376
Alignment:
Q  8 tattctcatcaaagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203844 tattctcatcaaagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaa 49203745  T
Q  108 gttcaagctatgagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgcca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203744 gttcaagctatgagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttgacgatcaggaaagccttctcaaatacgcca 49203645  T
Q  208 aacttatttcaccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203644 aacttatttcaccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccat 49203545  T
Q  308 ggaggaggttttcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203544 ggaggaggttttcagaggaacgaaacagtttaaacaagaa-tattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaat 49203446  T
Q  408 gttaagcaattggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatggagg 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203445 gttaagcaattggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatggagg 49203376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 49189007 - 49188540
Alignment:
Q  8 tattctcatcaaagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaa 107  Q
    |||| ||||||||||||| |||||   |||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  49189007 tattttcatcaaagacatcaaactcaaaaagaaagcatggatttttcccggtcaatcctgcactgtcttggacctctcaccggtaaactacacctttgaa 49188908  T
Q  108 gttcaagctatgagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgcca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49188907 gttcaagctatgagtgccgagaaacttccttttgttctccccgccgtcttcacaattggtcctcgtgttgacgatcaggaaagccttctcaaatacgcca 49188808  T
Q  208 aacttatttcaccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccat 307  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  49188807 aacttatttcacctcatgatcgacactccaatcacgttaatgaactcgttcaaggaatcatcgaaggggagacacgtgtcctcgctgcttccatgaccat 49188708  T
Q  308 ggaggaggttttcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  49188707 ggaggaggttttcagaggaacgaaacagtttaaacaagaagtatttgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcgaat 49188608  T
Q  408 gttaagcaattggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  49188607 gttaagcaattggtggatgtgcccggtcatgagtatttctcatatttgggtcaaaagacgcagatgga 49188540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 49213847 - 49213393
Alignment:
Q  21 gacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaagttcaagctatga 120  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||| | |||||||| || ||| | ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  49213847 gacataaaactccaaaagaaagcatggattttccccggtcaatcatgcacggtcttcgacctttcaccggtgaactataccttcgaagttcaagccatga 49213748  T
Q  121 gtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgccaaacttatttcacc 220  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49213747 gtgccgaaaaactccctttcgttctccctgctgtcttcactatcggtcctcgtgttgacgatcaggaaagcctcctcaaatacgccaaacttatttcacc 49213648  T
Q  221 acatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccatggaggaggttttc 320  Q
     |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  49213647 ccatgatagacactccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggtgagacacgtgtcctagctgcctccatgactatggaggaggttttc 49213548  T
Q  321 agaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaatgttaagcaattgg 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  49213547 agaggaacaaaacagtttaaacaagaagtatttgataaagttcaacttgagttgaatcaattcgggttattgatttataatgcgaatgttaagcaattgg 49213448  T
Q  421 tggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49213447 tggatgtgcctggtcacgagtatttctcatatctgggacaaaagacgcagatgga 49213393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 25 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 49209003 - 49208553
Alignment:
Q  25 taaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaagttcaagctatgagtgc 124  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49209003 taaagcttgaaaagaaagcatggatttttccaggtcaatcctgcactgtcttcgacctctcaccggtgaactacaccttcgaagttcaagccatgagtgc 49208904  T
Q  125 cgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgccaaacttatttcaccacat 224  Q
     || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||    
T  49208903 tgaaaaactccctttcgtcctccctgccgtcttcacaatcggtcctcgtgttgacgattacgaaagcctcctcaaatatgccaaactaatttcccctcat 49208804  T
Q  225 gatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccatggaggaggttttcagag 324  Q
    |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || | |||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  49208803 gataaactctccaatcacgttaatgaacttgttcaaggaatcatcgaaggcgagacacgtgtcctcgttgcttcaatgacgatggaagaggttttcagag 49208704  T
Q  325 gaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaatgttaagcaattggtgga 424  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  49208703 gaacaaaagaatttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgaattgaaccaattcggattatggatttacaacgccaatgttaagcaattggtgga 49208604  T
Q  425 tgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  49208603 tgtgccgggtcatgaatatttctcatatttgggacaaaagacgcaaatgga 49208553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 15 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 49192736 - 49192276
Alignment:
Q  15 atcaaagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaagttcaag 114  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  49192736 atcaaagacataaagctcgcaaagaaagcatggattctacccggtcaatcctactccgtcttcgacctctcacctgtaaattacacctttgaagttcaag 49192637  T
Q  115 ctatgagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgccaaacttat 214  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49192636 caatgagcgcagagaaacttccttttgttctccccgctgtcttcactatcggtcctcgtgtggatgataaggaaagccttctcaaatacgccaaacttat 49192537  T
Q  215 ttcaccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccatggaggag 314  Q
    |||||| || |||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||| |||    
T  49192536 ttcaccgcacgataaactctccaatcatgttaaggaactcgttcaaggaatcatcgaaggcgagacacgtgtcctcgctgcatcaatgaccatggaagag 49192437  T
Q  315 gttttcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaatgttaagc 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||  | || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  49192436 gttttcagaggaacaaaagagtttaaacaagaagtatttggaaaagttcaactcgaactaaaccaattcggtttattgatttacaatgctaatgttaaac 49192337  T
Q  415 aattggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    | || || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||    
T  49192336 agttagttgatgtgccaggtcatgagtatttctcatatttgggtcaaaagacacaaatgga 49192276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 205 - 421
Target Start/End: Original strand, 29622865 - 29623081
Alignment:
Q  205 ccaaacttatttcaccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgac 304  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||  |||||| ||||| || |||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||| ||| || || |||||||||||    
T  29622865 ccaaactaatttccccacacgataaactctcaaatcacgtcaatgaacttgttcagggaaacatcgaaggtgagacacatgtcctcgcagcttccatgac 29622964  T
Q  305 catggaggaggttttcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgca 404  Q
     ||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||   |  ||||||||||||  ||||||||||||||||      
T  29622965 tatggaagaggtttttagaggaacagaagagtttaaacaagaagtattcaagaaagttcaacacaaactgaatcaattcgagttattgatttacaatgtg 29623064  T
Q  405 aatgttaagcaattggt 421  Q
    ||||| || ||||||||    
T  29623065 aatgtcaaacaattggt 29623081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 141
Target Start/End: Original strand, 29622725 - 29622834
Alignment:
Q  34 caaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctct--caccggtaaactacaccttcgaagttcaagctatgagtgccgagaaa 131  Q
    |||||||| |||| ||| ||||| | || |||||| ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||    
T  29622725 caaagaaatcatgaattcttcccaggcaatcctgcaccgtcttcgacctctctcaccggtgaactacaccttcgaagttcaagcaatgagcgtcgataaa 29622824  T
Q  132 cttccttttg 141  Q
    ||||| ||||    
T  29622825 cttccctttg 29622834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 37031518 - 37031051
Alignment:
Q  8 tattctcatcaaagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaa 107  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37031518 tattctgatcaaagacatcaaacttgcaaagaaagcatggattcttcccggtcaatcctgctctgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaa 37031419  T
Q  108 gttcaagctatgagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgcca 207  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37031418 gttcaagctatgagcgcggagaaacttccttttgttctccccgctgtcttcactattggtcctcgtgtggatgataaggaaagccttctcaaatacgcca 37031319  T
Q  208 aacttatttcaccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccat 307  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||    
T  37031318 aacttatttcaccgcatgctagacactccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcatcgaaggggagacacgtgtcctcgctgcttccatgacgat 37031219  T
Q  308 ggaggaggttttcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37031218 ggaggaggttttcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcgaat 37031119  T
Q  408 gttaagcaattggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  37031118 gttaagcaattggtggatgtgcgcggtcatgagtatttctcatatttgggtcaaaagacgcagatgga 37031051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 51825517 - 51825061
Alignment:
Q  19 aagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaagttcaagctat 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| | || ||||| || | | | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  51825517 aagacatcaaacttgcaaagaaatcatggattttccctggtcaatcttccactgtcttcgacctctcaccggtgaactacaccttcgaagttcaagccat 51825418  T
Q  119 gagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgccaaacttatttca 218  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||     
T  51825417 gagtgccgaaaaactgcctttcgttcttcctgcggtcttcacaattggtcctcgtgttgacgatcacgaaagcctcctcaaatacgctaaactgatttcc 51825318  T
Q  219 ccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccatggaggaggttt 318  Q
    || ||||||  |||||| || || || || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  51825317 cctcatgataaactctcgaaccacgtcaaggaactcgttcaaggaatcattgaaggtgagacacgtgtcctcgctgcttcgatgaccatggaagaggttt 51825218  T
Q  319 tcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaatgttaagcaatt 418  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51825217 tcaaaggaacaaaagagtttaaacaagaagtattcgagaaagttcaactcgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcgaatgttaagcaatt 51825118  T
Q  419 ggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  51825117 ggtggacgtgcctgggcatgaatatttctcatatttagggcaaaagacgcaaatgga 51825061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 32591817 - 32592273
Alignment:
Q  19 aagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaagttcaagctat 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| || | || ||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  32591817 aagacatcaaacttgcaaagaaatcatgggttttccctggtcaatcttgcaccgtcttcgacctctcaccggtgaactataccttcgaagttcaagccat 32591916  T
Q  119 gagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgccaaacttatttca 218  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||     
T  32591917 gagtgctgaaaaactgcctttcgttcttcccgctgtcttcacaattggtcctcgtgttgatgatcaggaaagcctcctcaaatacgctaaactgatttcc 32592016  T
Q  219 ccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccatggaggaggttt 318  Q
    || ||||||  |||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  32592017 cctcatgataaactctcgaatcatgtcaaggaactcgttcaaggaatcattgaaggggagacacgtgtcctcgctgcttcgatgaccatggaagaggttt 32592116  T
Q  319 tcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaatgttaagcaatt 418  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32592117 tcagaggaacaaaagagtttaaacaagaagtattcgagaaagttcaactcgaactaaaccaattcgggttattgatttacaatgcgaatgttaagcaatt 32592216  T
Q  419 ggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||    
T  32592217 ggtggatgtgcctggtcatgaatatttctcctatttagggcaaaagacgcaaatgga 32592273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 31528114 - 31527658
Alignment:
Q  19 aagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaagttcaagctat 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| | || ||||| || ||| |||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  31528114 aagacatcaaacttgcaaagaaatcatggattttccctggtcaatcttgcaccgttttcgacctctctccggtgaactacaccttcgaagttcaagccat 31528015  T
Q  119 gagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgccaaacttatttca 218  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||     
T  31528014 gagtgccgaaaaactgcctttcgttcttcccgctgtcttcacaattggtcctcgtgttgacgatcaggaaagcctcctcaaatacgctaaactgatttcc 31527915  T
Q  219 ccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccatggaggaggttt 318  Q
    || ||||||  |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||    
T  31527914 cctcatgataaactctcgaatcacgttaaggaactcgttcaaggaatcatcgaaggtgagacacgtgtcctcgctgcttcgatgaccatggaagaagttt 31527815  T
Q  319 tcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaatgttaagcaatt 418  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||  | || ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31527814 tcagaggaacaaaagagtttaaacaagaaatattcaagaaagttcaactcgaactaaaccaatttgggttattgatttacaatgcgaatgttaagcaatt 31527715  T
Q  419 ggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||    
T  31527714 ggtggatgtgcctggtcatgaatatttctcctatttagggcaaaagacgcaaatgga 31527658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 15 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 26757378 - 26756919
Alignment:
Q  15 atcaaagacataaaacttgcaaagaaagcatggattattcccggtcagtcctgctccgtcttggacctctcaccggtaaactacaccttcgaagttcaag 114  Q
    ||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| |||||||| | || | |  ||| ||  || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  26757378 atcaaagacatcaaactcgtaaacaaagcatggattcttcccggtaaatcgtacagcgttttcaac-tctcaccagtaaactacaccttcaaagttcaag 26757280  T
Q  115 ctatgagtgccgagaaacttccttttgttctccctgccgttttcactattggtcctcgtgttaacgatcaggaaagccttctcaaatacgccaaacttat 214  Q
    | |||||||| || ||||| || || |||||||| || || |||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26757279 caatgagtgctgaaaaactcccattcgttctccccgctgtgttcactataggtcctcgtgtggacgatcatgaaagccttctcaaatacgccaaactaat 26757180  T
Q  215 ttcaccacatgatcgactctccaatcatgttaatgaacttgttcaaggaatcattgaaggggaaacacgtgtactggctgcttccatgaccatggaggag 314  Q
    |||||  |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||    
T  26757179 ttcacagcatgatagacactccaatcacgttaatgaacttgttcaaggaatcatcgaaagcgagacacgtgtcctcgctgcttccatgactatggaagag 26757080  T
Q  315 gttttcagaggaacaaaacagtttaaacaagaagtattcgacaaagttcaacttgagttgaatcaattcggattattgatttacaatgcaaatgttaagc 414  Q
    || ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||| | ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  26757079 gtcttcagaggaacaaaagagtttataaaagaagtattcaagaaagttcaactcgaactgaattagttcgggttattgatttacaatgtgaatgttaagc 26756980  T
Q  415 aattggtggatgtgcctggtcatgagtatttctcatatctggggcaaaagacgcagatgga 475  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||  | ||||||||||| || |||||    
T  26756979 aattggtagatgttccaggtcacgagtatttctcttacttagggcaaaagacacaaatgga 26756919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University