View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18404_high_48 (Length: 437)

Name: NF18404_high_48
Description: NF18404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18404_high_48
NF18404_high_48
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (15-422)||(14191479-14191886)
chr8 (18-397)||(14182542-14182921)
chr8 (21-391)||(40717304-40717674)
chr8 (18-401)||(14200496-14200879)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-400)||(34645597-34645979)
chr5 (18-400)||(34665291-34665673)
chr5 (18-401)||(19649565-19649948)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (133-400)||(45644907-45645175)
chr4 (28-329)||(1389888-1390191)
chr4 (53-103)||(45644853-45644903)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (28-400)||(34302265-34302637)
chr6 (309-391)||(33889723-33889805)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (231-397)||(28402637-28402803)
chr2 (231-397)||(45396682-45396848)
chr2 (252-397)||(44491536-44491681)
chr2 (34-96)||(44491758-44491820)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 422
Target Start/End: Original strand, 14191479 - 14191886
Alignment:
Q  15 atctgtttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14191479 atctgtttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactc 14191578  T
Q  115 aaaacaaataccaattgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgt 214  Q
    |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14191579 aaaataaataccaatattttgtcgatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgt 14191678  T
Q  215 aattcccgatatcggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggctt 314  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14191679 aatccccgatatcggcgagtatctaatgacctattcagttggtacaccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggctt 14191778  T
Q  315 caatgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttgcccatcaatgttgt 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14191779 caatgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttgcccatcaaagttgt 14191878  T
Q  415 gtcaatct 422  Q
    ||||||||    
T  14191879 gtcaatct 14191886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 14182542 - 14182921
Alignment:
Q  18 tgtttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaa 117  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||  ||||||| ||||    
T  14182542 tgtttcattatttctctttctcatgctctaaacaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactcctcaaaatcaccactataccaacctacacaaa 14182641  T
Q  118 acaaataccaattgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaat 217  Q
    |||||||||||    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||  | ||||  |||| | ||||||||||||||||||    
T  14182642 acaaataccaacatattgtcaatgccgcacgccgttctatcaatcgtgccaatcatttctacaaaactgccctcacaaacacacctcaatcaactgtaat 14182741  T
Q  218 tcccgatatcggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaa 317  Q
     ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  14182742 ccccgatcatggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggcattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaa 14182841  T
Q  318 tgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattcc 397  Q
    || ||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || || |||||||||| |||||||||||||||    
T  14182842 tgcgagccttgcaaagaatgttacaatcaaacaactcctaagtttaaaccatcaaaatcgtcaacttacaaaaacattcc 14182921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 391
Target Start/End: Original strand, 40717304 - 40717674
Alignment:
Q  21 ttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaaaca 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||| |||||||    
T  40717304 ttcattgcttctttttctcatgcgctaaacaatggttttagcgttgaacttatccaccgcgactcttcaaaatcaccattctaccaacctacacaaaaca 40717403  T
Q  121 aataccaattgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaattcc 220  Q
    | ||||||    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||| ||| |  |||| |||||| |||||| ||    
T  40717404 agtaccaaaaagttgtgaatgccgcacgtcgttctatcaaccgtgctaatcatttctacaaaaattcacttacaagttcacctgaatcaaatgtaatccc 40717503  T
Q  221 cgatatcggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgt 320  Q
     ||||  || |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||     
T  40717504 tgataatggtgagtatctgatgacctattcaattggtagcccaccatttaagttatatggcattgttgacacaggtagtgacattgtttggcttcaatgc 40717603  T
Q  321 gagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaa 391  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| |||| |||||||||    
T  40717604 gagccttgtgaacaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaaaccatcaaaatcatcaacttacaaaaa 40717674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 401
Target Start/End: Original strand, 14200496 - 14200879
Alignment:
Q  18 tgtttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaa 117  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||| ||| |||||||| | | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||  ||||||| ||||    
T  14200496 tgtttcattatttcactttctcatgctctaaacaatggtttcactcttgaactcatccatcgcgactcttcaaaatcaccattctaccaacctacacaaa 14200595  T
Q  118 acaaataccaattgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaat 217  Q
    |||||||| ||    ||| |||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||  | | || |||||||||||||||||     
T  14200596 acaaatacgaacgcattgccaatgcggtgcgtcgttccatcaaccgtgtcaaccatttctacaaatattctctcactagtacacctcaatcaactgtaaa 14200695  T
Q  218 tcccgatatcggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaa 317  Q
      | ||||  || |||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  14200696 ctctgataaaggtgagtatctcatgagttattcaattggtactccaccatttaaggtatttggctttgttgatacaggtagtgaccttgtttggcttcaa 14200795  T
Q  318 tgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttgc 401  Q
    |||||||||||| || ||||||||  ||||| ||| ||||| ||| | || ||   ||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  14200796 tgtgagccttgtaaacaatgttacccccaaatcacacctatatttgacccttcattatcatcaagttaccaaaacataccttgc 14200879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Original strand, 34645597 - 34645979
Alignment:
Q  18 tgtttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaa 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||  ||| ||||||||  |||    
T  34645597 tgtttcattgcttctttttctcatgctctaagcaatggttttagtgttgaactcatccaccgtgactccccaaaatcaccatactacaaacctaccgaaa 34645696  T
Q  118 acaaataccaattgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaat 217  Q
    | |||||||||   |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||| ||||     ||| || |||| |||||||||||||    
T  34645697 ataaataccaacactttgtcgatgcagcacgtcgttccatcaatcgtgccaatcatttctttaaagattctgacacaagtacacctgaatcaactgtaat 34645796  T
Q  218 tcccgatatcggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaa 317  Q
     |||||||  || |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  34645797 ccccgataggggtggttatctcatgacctattcagttggtacccctccaactaagatatatggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaa 34645896  T
Q  318 tgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttg 400  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  34645897 tgcgagccttgtgaacaatgttacaaccaaaccactcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaacattccttg 34645979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Original strand, 34665291 - 34665673
Alignment:
Q  18 tgtttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaa 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||  ||| ||||||||  |||    
T  34665291 tgtttcattgcttctttttctcatgctctaagcaatggttttagtgttgaactcatccaccgtgactccccaaaatcaccatactacaaacctaccgaaa 34665390  T
Q  118 acaaataccaattgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaat 217  Q
    | |||||||||   |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||| ||||     ||| || |||| |||||||||||||    
T  34665391 ataaataccaacactttgtcgatgcagcacgtcgttccatcaatcgtgccaatcatttctttaaagattctgacacaagtacacctgaatcaactgtaat 34665490  T
Q  218 tcccgatatcggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaa 317  Q
     |||||||  || |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  34665491 ccccgataggggtggttatctcatgacctattcagttggtacccctccaactaagatatacggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaa 34665590  T
Q  318 tgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttg 400  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  34665591 tgtgagccttgtgaacaatgttacaaccaaaccactcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaacattccttg 34665673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 19649948 - 19649565
Alignment:
Q  18 tgtttcattgtttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaa 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||| |   ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  19649948 tgtttcattatttctttttctcattctctacgcaatagttttagttttgaactcatccaccgcgattcttcaaaatcaccactctacaaacctgcacaaa 19649849  T
Q  118 acaaataccaattgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaat 217  Q
    |||||| |||     |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |  ||| |||||||  | |||| |||| ||||||| |||      
T  19649848 acaaattccagcatgttgtcaatgctgcacgtcggtccatcaatcgtgccaatcgtttatttaaagattccctctccaatacacctgaatcaaccgtata 19649749  T
Q  218 tcccgatatcggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaa 317  Q
    |  | ||   || |||||| | ||||| ||||| |||||||| || || |||||  |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19649748 tgtcaatggaggtgagtatttgatgacttattcggttggtacacctccgtttaatgtatatggtgttgttgatacaggtagtgacattgtttggcttcaa 19649649  T
Q  318 tgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttgc 401  Q
    ||| |||||||| || |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  19649648 tgtaagccttgtgaacaatgctacaagcaaaccactcctatatttaatccttcaaaatcatcaagttacaaaaatattccttgc 19649565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 133 - 400
Target Start/End: Original strand, 45644907 - 45645175
Alignment:
Q  133 ttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaattcccgatatcggcga 232  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||  |||| ||||||||| || ||| |||| || |||| || |||| |||||||||| || ||| |||  ||       
T  45644907 ttgtcaatgcagcacatcgttccatcattcgtgtcaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttc 45645006  T
Q  233 gtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagtt-atatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtca 331  Q
     |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  45645007 ttatctcatgaactattgagttggtaccccaccatttaagtttatatggtattatcgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaa 45645106  T
Q  332 agaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttg 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  45645107 acaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaatccatcaaaatcatcaagttacataaacattccttg 45645175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 329
Target Start/End: Original strand, 1389888 - 1390191
Alignment:
Q  28 tttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaaacaaatacca 127  Q
    ||||| |||||  ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||    
T  1389888 tttctctttctactgctctaaacaatggctttagtgttgaactcatccaccgtgactcttcaaaatcaccactctaccaacctacacaaaataaatacca 1389987  T
Q  128 attgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaattcccgatatc 227  Q
    |  || ||||||||||   | |||||||||  | |||| | ||||||| ||| || |||||||| | || | |||| |||| ||||| || |||| ||      
T  1389988 a-cgtgtgtcaatgccatgcatcgttccattgatcgtgtcgatcatttctactaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaa 1390086  T
Q  228 ggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaag---ttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagc 324  Q
    || |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||    
T  1390087 ggtgagtttcttatgacctattcagtcggtaccccaccattaaagttattatatggtattgttgatacaggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagc 1390186  T
Q  325 cttgt 329  Q
    |||||    
T  1390187 cttgt 1390191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 103
Target Start/End: Original strand, 45644853 - 45644903
Alignment:
Q  53 tggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactcta 103  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  45644853 tggttttagtgttgaacttattcaccgcgactcctcaaaatcaccactcta 45644903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 28 - 400
Target Start/End: Original strand, 34302265 - 34302637
Alignment:
Q  28 tttctttttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaaacaaatacca 127  Q
    ||||||||||||| |||  ||  || ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| | |||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  34302265 tttctttttctcaagctgtaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaatacca 34302364  T
Q  128 attgtttgtcaatgccgcacgtcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaattcccgatatc 227  Q
    |    ||||| |||| | || |||||| ||||| |||| |||||| | | ||||| |||| ||||||| || |||| |||||||||||||  |  ||       
T  34302365 acatgttgtcgatgcagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcactctaacaaaaattctcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgag 34302464  T
Q  228 ggcgagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagcctt 327  Q
    || || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  34302465 ggtgattatatcatgagctattcagttggcaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagcctt 34302564  T
Q  328 gtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttg 400  Q
    || || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || || || ||||||||||||||| ||||    
T  34302565 gtgaacaatgttacaatcaaaccactcctaagtttaatccatcaaagtcatcgagttacaaaaacatttcttg 34302637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 309 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33889805 - 33889723
Alignment:
Q  309 tggcttcaatgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaa 391  Q
    ||||| |||||| ||||||||||    |||| ||| |||||| ||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  33889805 tggctccaatgtcagccttgtcatacctgtttcaatcaaacctctcctatatttaatccttcaaaatcttcaagttacaaaaa 33889723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 231 - 397
Target Start/End: Original strand, 28402637 - 28402803
Alignment:
Q  231 gagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtc 330  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||| |||||  | |||||| || | ||||| |||||| | || ||||||||||||||  |||||||||    
T  28402637 gagtatctcattagttactcagttggtaccccaccctttaaagtttatggttttatggatacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagccttgtc 28402736  T
Q  331 aagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattcc 397  Q
    |   ||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||    
T  28402737 atacatgtttcaatcaaacctctcctatatttaatccttcaaaatcttcaagttacaaaaatattcc 28402803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 231 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 45396848 - 45396682
Alignment:
Q  231 gagtatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtc 330  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||| |||||  | || ||| || | ||||| |||||| | || ||||||||||||||  ||||||||     
T  45396848 gagtatctcattagttactcagttggtaccccaccctttaaagtttaaggttttatggatacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagccttgta 45396749  T
Q  331 aagaatgttacaaccaaaccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattcc 397  Q
    |   ||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||    
T  45396748 atacatgtttcaatcaaacctctcctatatttaatccttcaaaatcttcaagttacaaaaatattcc 45396682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 44491681 - 44491536
Alignment:
Q  252 gttggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtcaaga-atgttacaaccaaacc 350  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||  | | ||||| ||||||||  | ||||||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||| ||||||    
T  44491681 gttggtaccccaccatttaaggtctacggttctatagatacaggtagtgacttagtttggcttcaatgcaagccttg-caatatatgttacaagcaaacc 44491583  T
Q  351 actcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattcc 397  Q
     | ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  44491582 tcgcctatatttaatccttcaaaatcttcaagttacaaaatcattcc 44491536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 44491820 - 44491758
Alignment:
Q  34 tttctcatgctcaaaagaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcac 96  Q
    |||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  44491820 tttctcatgctttaaacaatggtttcagtgttgaactcatccaccgagattcttttaaatcac 44491758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University