View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18404_high_5 (Length: 810)

Name: NF18404_high_5
Description: NF18404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18404_high_5
NF18404_high_5
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (19-579)||(20409838-20410393)
chr7 (19-479)||(20444950-20445408)
chr7 (242-465)||(20426761-20426979)
chr7 (19-285)||(20443852-20444118)
chr7 (581-757)||(20410419-20410595)
chr7 (282-479)||(20433013-20433208)
chr7 (282-479)||(20439486-20439681)
chr7 (152-349)||(20408602-20408797)
chr7 (19-248)||(20425246-20425477)
chr7 (207-349)||(20424129-20424269)
chr7 (19-143)||(20429723-20429847)
chr7 (19-157)||(20408824-20408962)
chr7 (28-157)||(20424309-20424438)
chr7 (481-579)||(20433260-20433358)
chr7 (481-579)||(20439733-20439831)
chr7 (481-579)||(20445460-20445558)
chr7 (19-143)||(20432124-20432240)
chr7 (186-407)||(20372988-20373207)
chr7 (481-576)||(20427043-20427138)
chr7 (278-349)||(20443219-20443288)
chr7 (708-757)||(20452698-20452747)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (50-171)||(5875758-5875879)
chr1 (49-171)||(5881769-5881891)
chr1 (50-171)||(5879647-5879769)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 579
Target Start/End: Original strand, 20409838 - 20410393
Alignment:
Q  19 gtaacattaagaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagt 118  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20409838 gtaacactgagaaaatgacctgctctttgctgttgttagccatcttaataacaactacttttgttgacaactaaattattccataaccaatatcaaaagt 20409937  T
Q  119 tatttaacatggtttaaggtgtgatggtgtatttatatacatgaagagtaaaaaattttatcacacctcatgaaatacatcacatttgatatctaagtgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20409938 tatttaacatggtttaaggtgtgatagtgtatttatatacataaagagtaaaaaacattatcacacctcatgaaatacatcacatttgatatctaagtgt 20410037  T
Q  219 ttcattttctcattgaacatttgaataatattagttgctatgtatagcgcactttgattgttgcagtcctagaaatttaatctctagagatctgtcagag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20410038 ttcattttctcattgaacatttgaataatattagttgctatgtatagtgcactttgattgttgcagtcctagaaatttaatctct--agatctgtcagag 20410135  T
Q  319 cttagaatataacccatcaatgcaacttattatatctctgagtaagagaaaacaaaatcagtgagctacttagattttcattaaacagatgtatgaccaa 418  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  20410136 cttagaatataacacatcaatgcaacttattatatctctgagtaagagaaaagaaaaccagtgagctacttagattttctttacagagatgtatgaccaa 20410235  T
Q  419 atgaagcaagtattcacgagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacgttggtgaatctctcgatttgatgagcattgataaaatcaattaagcacaatt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20410236 atgaagcaagtattcacgagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacatcggtgattctctcgatttgatgagcattgataaaatcaattaagcacaatt 20410335  T
Q  519 gtcattttttctcaagatttatttaagacagaaaacaaaaacaataggaaatagaaaagaa 579  Q
    ||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20410336 gtca---tttctcaagatttatttatgacagaaaacaaaaacaataggaaatagaaaagaa 20410393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 19 - 479
Target Start/End: Original strand, 20444950 - 20445408
Alignment:
Q  19 gtaacattaagaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagt 118  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  20444950 gtaacactgagaagatgacctgctctttgccgttgttagaaatcttgataataactacttttgttgagaactaaagtactcactaaccaataacaaaagt 20445049  T
Q  119 tatttaacatggtttaaggtgtgatggtgtatttatatacatgaagagtaaaaaattttatcacacctcatgaaatacatcacatttgatatctaagtgt 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||    
T  20445050 tatgtaacatggtttaaggtgtgatagtgtatttatatatatgaagagtaaaaaaaattatcacacctcacaaactacatcacagttgatatctaagtgt 20445149  T
Q  219 ttcattttctcattgaacatttgaataatattagttgctatgtatagcgcactttgattgttgcagtcctagaaatttaatctctagagatctgtcagag 318  Q
    || |||| || || |||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20445150 ttaatttgctaatagaacgtttaaataatattggttcctatgtatagcgcactttgattgttgcaatcttagaaatttaatctct--agatctgtcagag 20445247  T
Q  319 cttagaatataacccatcaatgcaacttattatatctctgagtaagagaaaacaaaatcagtgagctacttagattttcattaaacagatgtatgaccaa 418  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20445248 cttagaatataatccatcaatgcaacttattatatctctgagtaagagaaaaacaaatcagtgagctacttagattttcattaaacagatgtatgaccaa 20445347  T
Q  419 atgaagcaagtattcacgagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacgttggtgaatctct 479  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  20445348 atgaagcaaggattcaggagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacatcggtgaagctct 20445408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 242 - 465
Target Start/End: Original strand, 20426761 - 20426979
Alignment:
Q  242 aataatattagttgctatgtatagcgcactttgattgttgcagtcctagaaatttaatctctagagatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgc 341  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  20426761 aataatattagttgccatgtagagcgcattttgattgttgcagtcttagaaatttaatctctaga--tctgttagagcttagaatataacccat--atgc 20426856  T
Q  342 aacttattatatctctgagtaagagaaaacaaaatcagtgagctacttagattttcattaaacagatgtatgaccaaatgaagcaagtattcacgagaac 441  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20426857 aacttattatatcgctgattaagagaaaa-aaaatcagtgagctacttagattttcattaaacaaatgtttgaccaaatgaagcaagtattcacgagaac 20426955  T
Q  442 cggccttgtctgcgtcacaaaaac 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  20426956 cggccttgtctgcgtcacaaaaac 20426979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 20444118 - 20443852
Alignment:
Q  19 gtaacattaagaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagt 118  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  20444118 gtaacactgagaagatgacctgctctttgctgttgttagccatcttaataacaactacttttgttgacaactaaagtattcactaacctatatcaaaagt 20444019  T
Q  119 tatttaacatggtttaaggtgtgatggtgtatttatatacatgaagagtaaaaaattttatcacacctcatgaaatacatcacatttgatatctaagtgt 218  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| | || |||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||||||||    
T  20444018 tatgtaacatggtttaaggtgtgataatgtatttatatatatgaagagtagataaatttatcacacctcacgaactacatcgcagttgatatctaagtgt 20443919  T
Q  219 ttcattttctcattgaacatttgaataatattagttgctatgtatagcgcactttgattgttgcagt 285  Q
    ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  20443918 ttcattcgctcatagaacatttaaataatattagttgcaatgtagagcgcattttgattgttgcagt 20443852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 581 - 757
Target Start/End: Original strand, 20410419 - 20410595
Alignment:
Q  581 tagtcttaattggttagcccttagtaatatcattcttccttatgatgattatgaacattatgtaaattatgaatatgccattctaacttctgaggagttg 680  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20410419 tagtcttaattggttagcccttagtaatttcattcttcctgatgatgattatgaaaattatgtaaattattaatatgccatgctaacttctgaggagttg 20410518  T
Q  681 gtcattgtgtcgcttgatatggtgacagagacatacacaatgttgcttccacctaaaggttttgattatagaactcc 757  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  20410519 gtcattgtgtcgcttgatatggtgacagagacatacacaatgttgcttccacatcaaggttttgattatagaactcc 20410595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 282 - 479
Target Start/End: Original strand, 20433013 - 20433208
Alignment:
Q  282 cagtcctagaaatttaatctctagagatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttattatatctctgagtaagagaaaacaaaatcagtg 381  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  20433013 cagtcttagaaatttaatctctaca--tctgtcagatcttagaatataacccatcaatgcaacttattatatctctgactaagacaaaacaatatcagtg 20433110  T
Q  382 agctacttagattttcattaaacagatgtatgaccaaatgaagcaagtattcacgagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacgttggtgaatctct 479  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  20433111 agccacttagattttcattaaacaaatgtatgaccaaatgaagaaagtattcaggagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacattggtgaagctct 20433208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 282 - 479
Target Start/End: Original strand, 20439486 - 20439681
Alignment:
Q  282 cagtcctagaaatttaatctctagagatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttattatatctctgagtaagagaaaacaaaatcagtg 381  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  20439486 cagtcttagaaatttaatctctaca--tctgtcagatcttagaatataacccatcaatgcaacttattatatctctgactaagacaaaacaatatcagtg 20439583  T
Q  382 agctacttagattttcattaaacagatgtatgaccaaatgaagcaagtattcacgagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacgttggtgaatctct 479  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  20439584 agccacttagattttcattaaacaaatgtatgaccaaatgaagaaagtattcaggagaaccggccttgtctgcgtcacaaaaacattggtgaagctct 20439681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 152 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 20408797 - 20408602
Alignment:
Q  152 tatatacatgaagagtaaaaaattttatcacacctcatgaaatacatcacatttgatatctaagtgtttcattttctcattgaacatttgaataatatta 251  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  20408797 tatatatatgaagagtagaaaaatttatcacacctcacgaactacatcgcagttgatatctaagtgattcattttctcatagaacatttaaataatatta 20408698  T
Q  252 gttgctatgtatagcgcactttgattgttgcagtcctagaaatttaatctctagagatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttatt 349  Q
    ||||| || || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20408697 gttgccatctagagcgcattttgattgttgcagtcttagaaatttaatctct--agatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttatt 20408602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 248
Target Start/End: Original strand, 20425246 - 20425477
Alignment:
Q  19 gtaacattaagaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagt 118  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20425246 gtaacactgagaagatgacctgctctttgctgttgttagcgatcttaagaacaactacttttgttgacaactaaagtattcactaaccaatatcaaaagt 20425345  T
Q  119 tatttaacatggtttaaggtgtgatggtgtatt--tatatacatgaagagtaaaaaattttatcacacctcatgaaatacatcacatttgatatctaagt 216  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| | ||| || ||| || |||||||||||||    
T  20425346 tatgtaacatggtttaaggtgtgatagtgaattcatatatatatgaagagtagaaaagtttatcacaccttacgaactagatctcagttgatatctaagt 20425445  T
Q  217 gtttcattttctcattgaacatttgaataata 248  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  20425446 gtttcatttgctcatagaacatttaaataata 20425477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 207 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 20424269 - 20424129
Alignment:
Q  207 atatctaagtgtttcattttctcattgaacatttgaataatattagttgctatgtatagcgcactttgattgttgcagtcctagaaatttaatctctaga 306  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||  |    
T  20424269 atatataagtgtttcatttgctcatagaacatttaaataatattagttgccatgtagagcgcattgtgattgttgcagtcatagaaatttaatctct--a 20424172  T
Q  307 gatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttatt 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20424171 gatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttatt 20424129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 20429847 - 20429723
Alignment:
Q  19 gtaacattaagaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagt 118  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20429847 gtaacactgagaagatgacctactctttgctgttgttagccatcttgataacaactacttttgttgagaactaaagtattcactaaccaatatcaaaagt 20429748  T
Q  119 tatttaacatggtttaaggtgtgat 143  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||    
T  20429747 tatgtaacatggtttaagatgtgat 20429723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 20408962 - 20408824
Alignment:
Q  19 gtaacattaagaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagt 118  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20408962 gtaacactgagaagatgacctgctctttgctgttgtttgtcatcttaataacaactacttttgttgacaactaaagtattcactaaccaatatcaaaagt 20408863  T
Q  119 tatttaacatggtttaaggtgtgatggtgtatttatata 157  Q
    ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  20408862 tatgtaacatggtttaaggtatgatagtgtatttatata 20408824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 20424438 - 20424309
Alignment:
Q  28 agaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagttatttaaca 127  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||    
T  20424438 agaagatgacctgctctttgctgttgttagccatcttaagaacaactacttttgttgacaactaaagtattcacgaaccaatatcaaaagttatgtaaca 20424339  T
Q  128 tggtttaaggtgtgatggtgtatttatata 157  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  20424338 tggtttaaggtgtgatagtgtgtatatata 20424309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 481 - 579
Target Start/End: Original strand, 20433260 - 20433358
Alignment:
Q  481 gatttgatgagcattgataaaatcaattaagcacaattgtcatttttt-ctcaagatttatttaagacagaaaacaaaaacaataggaaatagaaaagaa 579  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20433260 gatttgatgagcattgatata-tcatttaagcacaattgtcatttttttctaaagatttatttaagacagaaaacaaaaacattaggaaatagaaaagaa 20433358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 481 - 579
Target Start/End: Original strand, 20439733 - 20439831
Alignment:
Q  481 gatttgatgagcattgataaaatcaattaagcacaattgtcatttttt-ctcaagatttatttaagacagaaaacaaaaacaataggaaatagaaaagaa 579  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20439733 gatttgatgagcattgatata-tcatttaagcacaattgtcatttttttctaaagatttatttaagacagaaaacaaaaacattaggaaatagaaaagaa 20439831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 481 - 579
Target Start/End: Original strand, 20445460 - 20445558
Alignment:
Q  481 gatttgatgagcattgataaaatcaattaagcacaattgtcatttttt-ctcaagatttatttaagacagaaaacaaaaacaataggaaatagaaaagaa 579  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20445460 gatttgatgagcattgatata-tcatttaagcacaattgtcatttttttctaaagatttatttaagacagaaaacaaaaacattaggaaatagaaaagaa 20445558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 143
Target Start/End: Original strand, 20432124 - 20432240
Alignment:
Q  19 gtaacattaagaagatgagctgctctttgccgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagt 118  Q
    |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||     |||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20432124 gtaacactgagaagatgacctgctctttgccgttgttagcta-----ataac---tacttttgttgtgaactaaagtattcactaaccaatatcaaaagt 20432215  T
Q  119 tatttaacatggtttaaggtgtgat 143  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  20432216 tatgtaacatggtttaaggtgtgat 20432240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 186 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 20373207 - 20372988
Alignment:
Q  186 tcatgaaatacatcacatttgatatctaagtgtttcattttctcattgaacatttgaataatattagttgctatgtatagcgcactttgattgttgcagt 285  Q
    ||||||| ||||||||| |  ||| ||||||||||  ||| || |  ||||||  ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  20373207 tcatgaactacatcacagtcaatacctaagtgtttagtttgctaaaagaacataagaataattttaattgctacgtatagcgcactttgattgtttcagt 20373108  T
Q  286 cctagaaatttaatctctagagatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttattatatctctgagtaagagaaaacaaaatcagtgagct 385  Q
    | |||| | |||||||||  |||||||| ||| || ||||   ||| |||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||     
T  20373107 cttagacaattaatctct--agatctgtgagaactgagaaggcaactcatcaaagccacttataataactctgagtaagagaaaacaaaatcagtttgcc 20373010  T
Q  386 acttagattttcattaaacaga 407  Q
    || |||| ||| ||||||||||    
T  20373009 acatagaattttattaaacaga 20372988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 481 - 576
Target Start/End: Original strand, 20427043 - 20427138
Alignment:
Q  481 gatttgatgagcattgataaaatcaattaagcacaattgtcat-tttttctcaagatttatttaagacagaaaacaaaaacaataggaaatagaaaa 576  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20427043 gatttgatgggcattaa-aaaatcatttaagcacaattgtcatgtttttctaaagttttatttaagacagaaaacaaaaacattaggaaatagaaaa 20427138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 278 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 20443288 - 20443219
Alignment:
Q  278 gttgcagtcctagaaatttaatctctagagatctgtcagagcttagaatataacccatcaatgcaacttatt 349  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20443288 gttgcagtcttagaaatttaatctctaga--tctgtcagagcttagaatataacccatcaaagcaacttatt 20443219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 708 - 757
Target Start/End: Original strand, 20452698 - 20452747
Alignment:
Q  708 gagacatacacaatgttgcttccacctaaaggttttgattatagaactcc 757  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  20452698 gagacatacacaatgttgcttccacatcaaggttttgattatagaactcc 20452747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 78; Significance: 7e-36; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 50 - 171
Target Start/End: Original strand, 5875758 - 5875879
Alignment:
Q  50 gttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagttatttaacatggtttaaggtgtgatggtgta 149  Q
    |||||| || ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||    
T  5875758 gttgtttgccatcttgataacaactaattctgttgagaactaaagtattcactaaccaataacaaaagttatgtaacatggtttaaggtgtgatagggta 5875857  T
Q  150 tttatatacatgaagagtaaaa 171  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  5875858 tttatacacatgaagagtaaaa 5875879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 171
Target Start/End: Original strand, 5881769 - 5881891
Alignment:
Q  49 cgttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagttatttaacatggtttaaggtgtgatggtgt 148  Q
    ||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || | ||    
T  5881769 cgttgtttgccatcttaataacaactacttttgttgagaaccaaagtaatcactaaccaatagcaaaagttatgtaacatggtttaaggtgtaatagggt 5881868  T
Q  149 atttatatacatgaagagtaaaa 171  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5881869 atttatatacatgaagagtaaaa 5881891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 171
Target Start/End: Original strand, 5879647 - 5879769
Alignment:
Q  50 gttgttagctatcttgataacaattacttttgttgagaactaaagtattccctaaccaatatcaaaagttatttaacatggtttaaggtgtgat--ggtg 147  Q
    |||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  ||| || ||||||||||| ||  || |    
T  5879647 gttgtttgccattttgataacaactacttttgt-gagaactaaagtattcactaaccaatgtcagaagttaagtaatattgtttaaggtgtcataggggg 5879745  T
Q  148 tatttatatacatgaagagtaaaa 171  Q
    ||||||||  ||||||||||||||    
T  5879746 tatttatactcatgaagagtaaaa 5879769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University