View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18404_high_82 (Length: 347)

Name: NF18404_high_82
Description: NF18404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18404_high_82
NF18404_high_82
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (1-312)||(19951123-19951434)
chr3 (1-328)||(20036408-20036738)
chr3 (4-312)||(26647003-26647311)
chr3 (1-328)||(26653135-26653462)
chr3 (4-312)||(19956083-19956394)
chr3 (1-327)||(19812264-19812590)
chr3 (1-327)||(19818541-19818867)
chr3 (1-312)||(19838392-19838706)
chr3 (1-328)||(19848973-19849303)
chr3 (1-321)||(20016006-20016329)
chr3 (1-321)||(20046113-20046433)
chr3 (105-311)||(19858072-19858281)
chr3 (91-301)||(19853522-19853735)
chr3 (91-311)||(19943720-19943939)
chr3 (1-312)||(19989521-19989835)
chr3 (1-303)||(30914651-30914956)
chr3 (91-311)||(24839869-24840092)
chr3 (1-60)||(19832123-19832182)
chr3 (91-200)||(19971725-19971834)
chr3 (1-127)||(17114900-17115026)
chr3 (1-41)||(19853764-19853804)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-312)||(26354732-26355046)
chr5 (1-326)||(9815022-9815347)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-312)||(1717213-1717517)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (91-317)||(22689550-22689779)
chr8 (84-200)||(22651781-22651897)
chr8 (231-312)||(22652126-22652207)
chr8 (155-291)||(22685642-22685778)
chr8 (108-312)||(11564046-11564253)
chr8 (1-41)||(22689481-22689521)
chr8 (84-129)||(22685596-22685641)
chr8 (1-41)||(11544343-11544383)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-312)||(6398260-6398574)
chr4 (1-312)||(6397544-6397857)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-279)||(12497241-12497518)
chr7 (1-279)||(12521106-12521383)
chr7 (72-279)||(12581424-12581631)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 19951434 - 19951123
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||  ||||||||| ||||||||||    
T  19951434 ctctcccaaatccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggatatctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaa 19951335  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |   ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |     
T  19951334 ttgcttttttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggagccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaatagcaataggtag 19951235  T
Q  201 tgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaa 300  Q
     |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19951234 cgaataactcctcaccaatttattattaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtaacaaggaaggcttcatgttcaatttcactacctttatcagtgaaa 19951135  T
Q  301 atatccatccat 312  Q
    ||||||||||||    
T  19951134 atatccatccat 19951123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 20036408 - 20036738
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||  |||||||| |||||||  | ||||||| ||||||||||    
T  20036408 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaaggaagtctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcaacaa 20036507  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||  | ||||||||||||    
T  20036508 ttgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatatacagcaataggaaa 20036607  T
Q  201 tgaataacttctcacca---atctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 297  Q
      || ||||| ||||||   |  | |||| |||||||||||||   |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20036608 caaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 20036707  T
Q  298 aaaatatccatccattttgatgtggtagcca 328  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  20036708 aaaatatccatccagtatgatgtgctagcca 20036738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 26647311 - 26647003
Alignment:
Q  4 tcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaatga 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |  ||||   ||||||||||       
T  26647311 tcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaaggatatctatcaccaccatcagaaatttttttcaaatcaacaagtg 26647212  T
Q  104 ttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaatga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||  |    
T  26647211 ttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaacagccggtgccaaagcaattggattccctctagcaagatgaacagcaataggaaacaa 26647112  T
Q  204 ataacttctcaccaatctattattaggaaaaaca-aaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaaat 302  Q
    | ||||| |||||||  |   || |||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  26647111 acaacttttcaccaaatttagatgaggaaaaacataaact-gacaaccaagtagaaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatccatgaaact 26647013  T
Q  303 atccatccat 312  Q
    ||| ||||||    
T  26647012 atcgatccat 26647003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 26653462 - 26653135
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||| ||| ||||||    
T  26653462 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagattaacttccaaaggaaatctatcaccaccaacataatattttgacaaaccaacaa 26653363  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||||||| | || ||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  26653362 ttgttttcttaaacaaagtcaagtccttatatatactagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaacagcaatagaaaa 26653263  T
Q  201 tgaataacttctcaccaa-tctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaa 299  Q
      || ||||| |||| || |||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  26653262 caaagaacttttcactaattcta-tatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagctgcaaggaatgcatcatgttcaatttcactaccttagtcaatgaa 26653164  T
Q  300 aatatccatccattttgatgtggtagcca 328  Q
    ||||||||| ||| ||| |||| ||||||    
T  26653163 aatatccattcatgttggtgtgttagcca 26653135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 19956394 - 19956083
Alignment:
Q  4 tcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaatga 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||  |      
T  19956394 tcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctgaaggatatctatcaccacccacaggatattttgacaaatcaactgttt 19956295  T
Q  104 ttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaatga 203  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||||  |    
T  19956294 ttttctttaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaacaacaataggaaacaa 19956195  T
Q  204 ataacttctcac----caatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaa 299  Q
    ||||||| ||||     ||| | |||| ||| ||||||||| | |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19956194 ataacttttcacggaagaatat-ttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaaagcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaa 19956096  T
Q  300 aatatccatccat 312  Q
    |||||||||||||    
T  19956095 aatatccatccat 19956083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 19812590 - 19812264
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19812590 ctctcccaaacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaacaggatattttgacaaatcaacaa 19812491  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || | ||| |||||||||||||||| ||  ||||| |||||| ||||||| || |||||    
T  19812490 ttgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggataccctctagcaagaagaatagcgatcggaaa 19812391  T
Q  201 tgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaa 300  Q
      || |  || |||||||    |||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  19812390 caaagactttttcaccaaatatttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttaccaacgaaa 19812291  T
Q  301 atatccatccattttgatgtggtagcc 327  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||    
T  19812290 atattgatccattttgatgtggtagcc 19812264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 19818867 - 19818541
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |    
T  19818867 ctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggaaatctatcaccaccaacagaatattttgacaaatcaacta 19818768  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||| | | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| || ||||| ||||||    
T  19818767 tttttttcttaaacaaacttaaatctttataaatgttagccaaaacagccggtgccaaagcaataggattccctctagcaagattaacagcaacaggaaa 19818668  T
Q  201 tgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaa 300  Q
       |||| || |||||||  | |||| ||||||||||||| | || ||||||| |||||| || |||||||||||||||||  |||||||| |||| |||    
T  19818667 cagataatttttcaccaaattcttatgaggaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaagaaaagcttcatgttcaatttcggtacctttaccaataaaa 19818568  T
Q  301 atatccatccattttgatgtggtagcc 327  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  19818567 atttccatccattttgatgtggtagcc 19818541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 19838706 - 19838392
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| || |||||| ||||||||      
T  19838706 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatgtatcacaaccaacaggatgttttgacaaatcaactg 19838607  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  ||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||    
T  19838606 tttttttctttaacaaagttaaatcattatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatgaacaacaattggaaa 19838507  T
Q  201 tgaataacttctcac-caa-tctatt-attaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 297  Q
      || | ||| |||| |||   | || |||||||||||||||| | |||||||||| ||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  19838506 caaaaagcttttcacgcaagagtgttgattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagctagaaaagcttcatgttcaatttcgctacctttatcgatg 19838407  T
Q  298 aaaatatccatccat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  19838406 aaaatatccatccat 19838392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 19849303 - 19848973
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||| ||| ||||||||| |||||||  | ||||||| ||||||   |    
T  19849303 ctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatttaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcagtga 19849204  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||  | ||||||||||||    
T  19849203 ttgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatatacagcaataggaaa 19849104  T
Q  201 tgaataacttctcacca---atctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 297  Q
      || ||||| ||||||   |  | |||| |||||||||||||   |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19849103 caaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 19849004  T
Q  298 aaaatatccatccattttgatgtggtagcca 328  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  19849003 aaaatatccatccagtatgatgtgctagcca 19848973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 20016006 - 20016329
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||  ||||||||| ||||||||||    
T  20016006 ctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaa 20016105  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || | ||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  20016106 ttgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaa 20016205  T
Q  201 tgaataacttctcac--caatcta-ttattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 297  Q
      || ||||| ||||   |   || |||| ||| ||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  20016206 caaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcagcg 20016305  T
Q  298 aaaatatccatccattttgatgtg 321  Q
    || |||||||||||  ||||||||    
T  20016306 aacatatccatccacattgatgtg 20016329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 20046433 - 20046113
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||| | |||| ||||||||| |||||| | ||||||| | | ||||| ||    
T  20046433 ctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaaccggatattttaacagatcaataa 20046334  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  | |||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  20046333 ttgtgttcttaaataaacttaaatccttatatatgctacccaaaacagcaggtgccaaagcaattggatttcctctagcaagattaatagcaatagaaaa 20046234  T
Q  201 tgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaa 300  Q
      || || || ||||||   | |||| ||||||||||||| | |||||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  20046233 caaacaatttttcaccatatttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaaggcttcgtgttcaatttcactacctttatcgatgaac 20046134  T
Q  301 atatccatccattttgatgtg 321  Q
    ||||||||||||  |||||||    
T  20046133 atatccatccataatgatgtg 20046113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 105 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 19858281 - 19858072
Alignment:
Q  105 tttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaatgaa 204  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||  ||    
T  19858281 tttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcgatagtatttcctctagcaagaccaatagcaataggaaacaaa 19858182  T
Q  205 taacttctcacc--aatctat-tattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaaa 301  Q
     | ||| ||||   ||  ||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19858181 gatcttttcacattaaagtatctattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactacctttatcgatgaaaa 19858082  T
Q  302 tatccatcca 311  Q
    ||||||||||    
T  19858081 tatccatcca 19858072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 91 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 19853735 - 19853522
Alignment:
Q  91 aaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatag 190  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||    
T  19853735 aaatcaacaatttttttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattacctctagcaagacgaatag 19853636  T
Q  191 caataggaaatgaataacttctcac--caatctat-tattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacc 287  Q
    ||||||||||  || | ||| ||||   ||  ||| ||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19853635 caataggaaacaaagatcttttcacaataaagtatctatgaggaaaaacaaaaatagacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 19853536  T
Q  288 tttatcaatgaaaa 301  Q
    |||| ||| |||||    
T  19853535 tttaccaaagaaaa 19853522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 91 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 19943939 - 19943720
Alignment:
Q  91 aaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatag 190  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| | | ||||| |||||||||| ||    
T  19943939 aaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagccataggaatccctctagcaagatgaacag 19943840  T
Q  191 caataggaaatgaataacttctcac--caatctat-tattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacc 287  Q
    ||||||||||   | ||||| ||||  || | ||| ||| ||||||||||||  | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19943839 caataggaaa--cagaacttttcaccacattgtatctatgaggaaaaacaaa--ttgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 19943744  T
Q  288 tttatcaatgaaaatatccatcca 311  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  19943743 tttatcgatgaaaatatccatcca 19943720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 19989835 - 19989521
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || | ||||  |||  |||||||| |||||||| |  |||||| |||| ||| |    
T  19989835 ctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgaagaatagcctccatgggaagtctatcaccaccaacaggaagttttgacaaattaacta 19989736  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
      || |||||||  |||| |||||||||||| || ||||| ||||  |||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  19989735 atatgttcttaagtaaacctaaatccttatacaaactagccaaaactgcaggtgctaatgcaataggatttcctctagcaagatgaatagcaacacgaaa 19989636  T
Q  201 tgaataacttctcacca---atctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 297  Q
      || ||||  |||| |     || |||| ||||  ||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  19989635 gaaagaactattcacaacacgacttttataaggatgaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaagttcattacctttatcaatg 19989536  T
Q  298 aaaatatccatccat 312  Q
    |||| ||||||||||    
T  19989535 aaaacatccatccat 19989521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30914956 - 30914651
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||||||| ||||||   ||||||||| ||| |||| |    
T  30914956 ctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtgagtgaagagtaacctccataggacatctatcaccaccaacttgatattttgacaaaccaacta 30914857  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaata---gcaatagg 197  Q
    |  |||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||  |    ||||| || |||| |   || ||||| ||||||||||||   ||||||||    
T  30914856 ttgttttcttaaacaaacttaaatctttgtatatgctagccaatttttttggtgctaatgcaacaatgttccctctagcaagatgaataggcgcaatagg 30914757  T
Q  198 aaatgaataacttctcacc-aatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaat 296  Q
    |||  || ||||| ||||| ||||| || | ||| ||||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30914756 aaacaaaaaacttttcaccaaatct-ttgtgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaatgcttcatgttcaatttcactaactttatcaat 30914658  T
Q  297 gaaaata 303  Q
    |||||||    
T  30914657 gaaaata 30914651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 91 - 311
Target Start/End: Original strand, 24839869 - 24840092
Alignment:
Q  91 aaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatag 190  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||| || ||||||| ||    
T  24839869 aaatcaacaattgtgttcttaaacaaccttaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 24839968  T
Q  191 caataggaaatgaataacttctcacca---atctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacc 287  Q
    ||| ||||||  || ||| | |||| |   |    |||| ||| ||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  24839969 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 24840068  T
Q  288 tttatcaatgaaaatatccatcca 311  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  24840069 tttatcgatgaaaatatccatcca 24840092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 19832182 - 19832123
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaagga 60  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  19832182 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaagga 19832123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 91 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 19971834 - 19971725
Alignment:
Q  91 aaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatag 190  Q
    |||||||||||   ||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| ||| |||||  | | ||||||||    
T  19971834 aaatcaacaatttgtttcttaaacagagttcaatccttatataagctagccaaaacagttggtgccaaagcaatagtattgcctctaaccaaatgaatag 19971735  T
Q  191 caataggaaa 200  Q
    ||||||||||    
T  19971734 caataggaaa 19971725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 17115026 - 17114900
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||   | ||  || |||||| |||||| ||||||||| |  ||||| || |||||| ||||||| ||    
T  17115026 ctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaagggcattcgacgagcaacttctaaaggaaatctatcaccataaacaggattttttgacaaatcaataa 17114927  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatcct 127  Q
    |  |||||||||||||| | |||||||    
T  17114926 tagttttcttaaacaaagtcaaatcct 17114900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 19853804 - 19853764
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 41  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  19853804 ctctcccacacccaagcttgtaccaagtaaaagggtgattg 19853764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 176; Significance: 9e-95; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 26354732 - 26355046
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  26354732 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaacagataattttgacaaatcaacaa 26354831  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    || ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26354832 tggttttcttaaacacgcttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatgaatagcaataggaaa 26354931  T
Q  201 tgaataacttctcacca--atctattat-taggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 297  Q
      || ||||| ||||||  ||  ||| | |||||||||||||| | || ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  26354932 caaagaacttttcaccaacatgcattttctaggaaaaacaaaaattgataaccaagcaacaatgaatgcttcatgttcaacttcactacctttatccatg 26355031  T
Q  298 aaaatatccatccat 312  Q
    |||| ||||||||||    
T  26355032 aaaacatccatccat 26355046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9815347 - 9815022
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||   ||||||| |||| ||| |    
T  9815347 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaacagataattttgacaaattaacta 9815248  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  9815247 ttgttttcttaaacaaacttaaatcgttataaatactagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaa 9815148  T
Q  201 tgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaa 300  Q
      || ||||| |||||||    |||| ||  ||||||||  | |||||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  9815147 caaagaacttttcaccaaagatttatgagttaaaacaaagattgacaaccacgtagcaatgaacgcttcatgctcaatttcactacctttgtcgatgaaa 9815048  T
Q  301 atatccatccattttgatgtggtagc 326  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||    
T  9815047 aaatccatccattttgacgcggtagc 9815022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1717517 - 1717213
Alignment:
Q  8 acacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaatgatttt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  || | ||||||| | |||||||| ||||||||| ||| |||| ||  ||||    
T  1717517 acacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagactaacctccttagaaaatctatcgccaccaacaggatattttgacaaaccaactattgtttt 1717418  T
Q  108 cttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaatgaataa 207  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  || |     
T  1717417 cttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaacagcaataggaaacaaagat 1717318  T
Q  208 cttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaaatatcca 307  Q
     || |||||||    |||| |||||||||| ||   |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  1717317 tttttcaccaaagctttatgaggaaaaacataaaccgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacaaaaacatcca 1717218  T
Q  308 tccat 312  Q
    |||||    
T  1717217 tccat 1717213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 91 - 317
Target Start/End: Original strand, 22689550 - 22689779
Alignment:
Q  91 aaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatag 190  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||    
T  22689550 aaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatatatgctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattgcctctagccagatgaatag 22689649  T
Q  191 caataggaaatgaataacttctcaccaatcta---ttattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacc 287  Q
     ||||| |||  || ||||| | ||| |  ||   |||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  22689650 aaatagtaaacaaagaacttttgaccgacatatttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaaattcattacc 22689749  T
Q  288 tttatcaatgaaaatatccatccattttga 317  Q
     ||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  22689750 attatcgatgaaaacatccatccactttga 22689779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 84 - 200
Target Start/End: Original strand, 22651781 - 22651897
Alignment:
Q  84 ttttgataaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaaga 183  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22651781 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatacatgctagccaaaacagctggtgcaaaagcaataggatttcctctagcaaga 22651880  T
Q  184 tgaatagcaataggaaa 200  Q
    |||| ||||||||||||    
T  22651881 tgaacagcaataggaaa 22651897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 231 - 312
Target Start/End: Original strand, 22652126 - 22652207
Alignment:
Q  231 aaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaaatatccatccat 312  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22652126 aaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcgatgaaaatatccatccat 22652207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 155 - 291
Target Start/End: Original strand, 22685642 - 22685778
Alignment:
Q  155 ccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaatgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagc 254  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||   | || || |||||||  | |||| |||||||||||||   |||||||||||    
T  22685642 ccaaagcaataggattccctctagcaagatgaatagcaatcggaaacatagaagttttcaccaaaattttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagc 22685741  T
Q  255 agcaaggaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 291  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22685742 agcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttta 22685778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 312
Target Start/End: Original strand, 11564046 - 11564253
Alignment:
Q  108 cttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaatgaataa 207  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||| | ||  |  ||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||  || ||    
T  11564046 cttaaacaaacgcaaatccttatataagcaagccagaaccgacggtgctaaagcaataggttttcctctagcaagatgaacagcaataggaaacaaagaa 11564145  T
Q  208 ctt---ctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatgaaaatat 304  Q
    |||    ||| ||| || |||| ||||||||||||| |||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||   |||||||  |    
T  11564146 cttttgatcaacaagcttttatgaggaaaaacaaaaatggaaagccatgcagaaatgaatgcttcatgttcaattttactagctttactcatgaaaaatt 11564245  T
Q  305 ccatccat 312  Q
    ||||||||    
T  11564246 ccatccat 11564253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Original strand, 22689481 - 22689521
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 41  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22689481 ctctcccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 22689521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 129
Target Start/End: Original strand, 22685596 - 22685641
Alignment:
Q  84 ttttgataaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatcctta 129  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  22685596 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaaaaaacttaaatcctta 22685641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 11544383 - 11544343
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 41  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  11544383 ctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgattg 11544343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 76; Significance: 4e-35; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 6398574 - 6398260
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||    | ||||| ||| | |||| ||||||||  | |||||  ||||||||| | ||||| ||    
T  6398574 ctctcccacacctaaacttgaaccacgtaaaaaggtgacaacagagtaaattcaacaggaaatctatcatcatcaacatgatattttgacatatcaataa 6398475  T
Q  101 -tgattttcttaaacaaacttaaatcct--tatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaatagg 197  Q
     |  |||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||||||||||| ||| ||||||||| | || | ||||||||| || |||| || ||||||||     
T  6398474 ttttttttcttaaataaagttaaatccttatatatatgctagctaaaacagctggtgccaaaccgattggatttcctctagcgagattaacagcaataga 6398375  T
Q  198 aaatgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatg 297  Q
    |||  || ||||| |||||| | | ||| |||||||||||||| |  ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||     
T  6398374 aaacaaacaacttttcaccattgttttactaggaaaaacaaaaattaacaaccaattagcaaggaaggcttcatgttcaatttcactacctttatagata 6398275  T
Q  298 aaaatatccatccat 312  Q
    || ||||||||||||    
T  6398274 aacatatccatccat 6398260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 6397544 - 6397857
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||| | | || || |||||  |||||||  |||||| || ||||||| ||    
T  6397544 ctcttccacgcccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgatagaagagtaaattcaacatgaaatttatcatcaccaacaagatatttcgacaaatcaataa 6397643  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||| |||  |||||||||||||| | |||| |||| ||  |||||||||||||| | |||| |||| ||||||| || |  ||||| ||     
T  6397644 ttgttttcttaaataaagataaatccttatatatgatagccaaaacagatggtgccaaagcaattggattttctctagcaagattaacattaatagaaag 6397743  T
Q  201 tgaataa--cttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatga 298  Q
      || ||  ||| |||||| | | |||  ||||||| || || | |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6397744 caaacaaaacttttcaccatttttttaggaggaaaagcacaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatttcactacctttatcgatga 6397843  T
Q  299 aaatatccatccat 312  Q
    | ||||||||||||    
T  6397844 acatatccatccat 6397857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 12497518 - 12497241
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| | || | || ||| |  ||||| |  || |||||| | ||||| ||    
T  12497518 ctctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattatcaccaataagatgttttgacagatcaataa 12497420  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||| ||| ||||||| |||| || |||||| |||| ||| || | ||||| |||   ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  12497419 ttgttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaa 12497320  T
Q  201 tgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatt 279  Q
      |||||||| |||||| | |  ||| ||||||||||||| | |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  12497319 caaataacttatcaccatttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 12497241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 12521383 - 12521106
Alignment:
Q  1 ctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaaaagtaacttccaaaggatatctatcactaccaacagtatattttgataaatcaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| | || | || ||| |  ||||| |  || |||||| | ||||| ||    
T  12521383 ctctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattatcaccaataagatgttttgacagatcaataa 12521285  T
Q  101 tgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaatttcctctggcaagatgaatagcaataggaaa 200  Q
    |  |||||||||| ||| ||||||| |||| || |||||| |||| ||| || | ||||| |||   ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  12521284 ttgttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaa 12521185  T
Q  201 tgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcatgttcaatt 279  Q
      |||||||| |||||| | |  ||| ||||||||||||| | |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  12521184 caaataacttatcaccatttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 12521106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 72 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 12581631 - 12581424
Alignment:
Q  72 accaacagtatattttgataaatcaacaatgattttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaatagcaggtgccaaagcaatagaattt 171  Q
    |||||||  ||||||||| | ||||| |||  |||||||||| ||| |||||||||||| || |||||| |||| ||   | | ||||| |||   ||||    
T  12581631 accaacaagatattttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacagtttgcggcaaagtaattcgattt 12581532  T
Q  172 cctctggcaagatgaatagcaataggaaatgaataacttctcaccaatctattattaggaaaaacaaaactggacaaccaagcagcaaggaatgcttcat 271  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||| |||  |||||||| |||||| | |  ||  ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  12581531 cttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttttcaccatttttctacgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaaggcttcat 12581432  T
Q  272 gttcaatt 279  Q
    ||||||||    
T  12581431 gttcaatt 12581424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University