View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18404_low_14 (Length: 653)

Name: NF18404_low_14
Description: NF18404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18404_low_14
NF18404_low_14
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-255)||(3595321-3595557)
chr5 (520-639)||(3594138-3594257)
chr5 (249-430)||(3594313-3594494)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (23-280)||(29130742-29131000)
chr7 (26-279)||(13593665-13593919)
chr7 (25-252)||(22909906-22910134)
chr7 (73-253)||(26753674-26753852)
chr7 (23-70)||(15026252-15026299)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (36-280)||(15746691-15746936)
chr2 (216-253)||(18580666-18580703)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (26-280)||(53580014-53580269)
chr3 (23-280)||(20672283-20672543)
chr3 (23-253)||(8725677-8725908)
chr3 (23-253)||(9077564-9077795)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (23-280)||(48027229-48027487)
chr4 (23-252)||(21753949-21754179)
[»] scaffold0913 (1 HSPs)
scaffold0913 (23-251)||(2413-2642)
[»] scaffold0898 (1 HSPs)
scaffold0898 (23-251)||(2959-3188)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (23-253)||(10257786-10258017)
chr8 (23-113)||(8780953-8781043)
chr8 (143-295)||(8782401-8782553)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (23-251)||(32751315-32751544)
chr6 (26-253)||(15608888-15609116)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (107-251)||(32109226-32109371)
chr1 (58-251)||(12969863-12970057)
chr1 (143-252)||(32921962-32922070)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 3595557 - 3595321
Alignment:
Q  19 agagtggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggactt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3595557 agagtggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttacaagacaagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgacttttggactt 3595458  T
Q  119 aagtctaactttgtatgacgaagctatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgta 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3595457 aagtctagctttgtatgacgaagctatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgta 3595358  T
Q  219 taacaagtgaattgcaaatgatgttacacttatccta 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3595357 taacaagtgaattgcaaatgatgttacacttatccta 3595321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 520 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 3594257 - 3594138
Alignment:
Q  520 tggaaacatacgtttgtatcatttgtggatctacttattcctcttcctcatttaaataattttataattccctttcacatgaatgaacatgttcatactg 619  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3594257 tggaaacatacgtttgtataatttgtggatctacttattcctcttcctcatttaaataattttataattccctttcacatgaatgaacatgttcatactg 3594158  T
Q  620 taagcattcaattcgattcc 639  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3594157 taagcattcaattcgattcc 3594138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 249 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 3594494 - 3594313
Alignment:
Q  249 tatcctatatgctaatagagatattcctctagattacataagagtct-ctattgcattttgtagcaaacaattagtgaacttagtgactagaacccacan 347  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  3594494 tatcctacatgctaatagagatattcctctagattacataagagtctggtattgcattttgtagccaacaattagtgaatttagtgactagaacccacat 3594395  T
Q  348 nnnnnnnnccgacaatagaacccacacatttttaaacggtagttgaacctcacctctgcatataatatgcagtatatccctac 430  Q
             |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3594394 tttttttttcgacaatagaacccacacatttttaaac-gtagttgaacctcgcctctgcatataatatgcaatatatccctac 3594313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 23 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 29131000 - 29130742
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  29131000 tggagacttatgataaatcctgattcgttggtagctcgactttataaggcaaaatactatcctaggtgcaatttctttgagtcgactttgggacataagc 29130901  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
    ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||  | |||| |||| || |||||| | ||||||| | || |  |||| ||||||    
T  29130900 ctagctttgtatggcgaagcatatgtaattctaaatttattctgaaagttgaaagtagatagaagataggtgatggtgaggatatctcagtttggtataa 29130801  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttatcctatatgctaatagagatattcctctag 280  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||| || || |||||||||    
T  29130800 caagtggattgcaaatgatgttacacttatcccgcatgctaatggacattttcctctag 29130742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 26 - 279
Target Start/End: Original strand, 13593665 - 13593919
Alignment:
Q  26 agacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagtcta 125  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||    
T  13593665 agacttatgacaaatcccatttcgttggtagctagactttacaaggaaagatattatcgcaagtgcaatttctttgagtcgactttaggacataagccta 13593764  T
Q  126 actttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataacaa 224  Q
     ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||| | ||||||  | || | ||||| |||||||||    
T  13593765 gctttgtatagcgaagcatatgtaattctaaatttattctcaaagctggaagcagatggaggataggtgatggtgatgatatctcggtttggtataacaa 13593864  T
Q  225 gtgaattgcaaatgatgttacacttatcctatatgctaatagagatattcctcta 279  Q
    ||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  13593865 gtggattacaaatgatattacacttatcctacatgctgatggagattttcctcta 13593919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 25 - 252
Target Start/End: Original strand, 22909906 - 22910134
Alignment:
Q  25 gagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagtct 124  Q
    ||||||||||||||||  || ||| ||||||| | |||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || ||    
T  22909906 gagacttatgacaaattctggttcattggtagctcgactttataaggcaaaatattatcctaggtgcaatttctttgagtcgactttgggacattagcct 22910005  T
Q  125 aactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataaca 223  Q
    | ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||   ||||||| | |  |  || | ||||||||    
T  22910006 agctttgtatggcgaaacatatgtaattctaaatttattctcaaagctggaagcagatggaggataggtaatggtgaggatacctcagtatggtataaca 22910105  T
Q  224 agtgaattgcaaatgatgttacacttatc 252  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  22910106 agtggattgaaaatgatgttacacttatc 22910134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 73 - 253
Target Start/End: Original strand, 26753674 - 26753852
Alignment:
Q  73 aagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagtctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaact 171  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  26753674 aagatactatccaaggtgcaatttct--gagtcgactttgggacataagcctagctt-gtattgcgaagcatatgtaattctaaatttattttgaaagct 26753770  T
Q  172 aaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataacaagtgaattgcaaatgatgttacacttatcc 253  Q
     |||| |||||||||||||| | ||||||| | || |  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26753771 gaaagtagatggaggataggtgatggtgaggatatctcagtttggtataacaagtggattgcaaatgatgttacacttatcc 26753852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 70
Target Start/End: Original strand, 15026252 - 15026299
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataag 70  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  15026252 tggagacttatgacaaatcatggttcgttggtagctcgactttataag 15026299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 36 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 15746936 - 15746691
Alignment:
Q  36 caaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagtctaactttgtatg 135  Q
    |||||| || ||||||||||| | |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  15746936 caaatcctggttcgttggtagctcgactttataaggcaaaatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacataagcctagctttgtatg 15746837  T
Q  136 acgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataacaagtgaattgca 234  Q
     |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||   ||||||| | || |  ||||  ||||||||||| ||||||    
T  15746836 gcgaaacatatgtaattctaaatttattctcaaagctggaagtagatggaggataggtaatggtgaggatatctcagtttgatataacaagtggattgca 15746737  T
Q  235 aatgatgttacacttatcctatatgctaatagagatattcctctag 280  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||  ||||| | |||||||    
T  15746736 aatgatgttacacttatcccacatgctaacggagatttccctctag 15746691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18580703 - 18580666
Alignment:
Q  216 gtataacaagtgaattgcaaatgatgttacacttatcc 253  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  18580703 gtataacaagtaaattgcaaatgatgttacatttatcc 18580666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 280
Target Start/End: Original strand, 53580014 - 53580269
Alignment:
Q  26 agacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagtcta 125  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  53580014 agacttatgacaaatcctgattcgttggtagctcgactttataaggcaagatactatcctagttgcaatttctttgagtcgactttgggacataagccta 53580113  T
Q  126 actttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataacaa 224  Q
     |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||| |||||| | ||||||  | || |   ||| |||||||||    
T  53580114 gctttgtatgacgaagcataagcaattctaaatttattctcaaagccggaagcagatggatgataggtgatggtgatgatatctcaatttggtataacaa 53580213  T
Q  225 gtgaattgcaaatgatgttacacttatcctatatgctaatagagatattcctctag 280  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||  |||| |||||||||    
T  53580214 gtggattgcaaatgaagttacacttatcgcacatgctaatgaagattttcctctag 53580269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 280
Target Start/End: Original strand, 20672283 - 20672543
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttata--agataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaa 120  Q
    ||||||||||||| ||||| || || |||||||| | |||||||||  ||  |||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20672283 tggagacttatgataaatcttggtttgttggtagctcgactttatataagtcaagatactatgctaggtgtaatttctttgagtcgactttgggacataa 20672382  T
Q  121 gtctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtat 219  Q
     | ||||||||| || |||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||  | ||||||| | || |  |||| ||||    
T  20672383 atttaactttgtttggcgaagcatatttagttctaaatttattctcaaagctagaagcagatggaggatagttgatggtgaggatatctcagtttggtat 20672482  T
Q  220 aacaagtgaattgcaaatgatgttacacttatcctatatgctaatagagatattcctctag 280  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||    
T  20672483 aacaagtggatcggaaatgatgttacacttatcccgcatgctaatggagattttcctctag 20672543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 253
Target Start/End: Original strand, 8725677 - 8725908
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||  ||| |||  |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||     
T  8725677 tggagacttatgacaaatcctatttccttggtagctagaacttacaaggaaagatactatcttagatgcattttctttgagtcgactttgggatgtaagc 8725776  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
        ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||   | |  ||| || | || |  |||| ||||||    
T  8725777 gaggctttgtatggcgacgcatatgtaattctaaatttattctcaaaactggaagtaaatggatgaatagtgagggttaggatatctcagtttggtataa 8725876  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttatcc 253  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8725877 caagtggattgcaaatgatgttacacttatcc 8725908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 253
Target Start/End: Original strand, 9077564 - 9077795
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||  ||| |||  |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||     
T  9077564 tggagacttatgacaaatcctatttccttggtagctagaacttacaaggaaagatactatcttagatgcattttctttgagtcgactttgggatgtaagc 9077663  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
        ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||   | |  ||| || | || |  |||| ||||||    
T  9077664 gaggctttgtatggcgacgcatatgtaattctaaatttattctcaaaactggaagtaaatggatgaatagtgagggttaggatatctcagtttggtataa 9077763  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttatcc 253  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9077764 caagtggattgcaaatgatgttacacttatcc 9077795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 48027487 - 48027229
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||  || ||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  48027487 tggagacttatgacaaatcatgattatttggtagctagactttataaggcaaaatattatcccaggtacaatttctttgagtcgactttaggacataagc 48027388  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
     || ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||| ||||||  | || |  |||| ||||||    
T  48027387 atagctttgtatggcgaagcatatgtaactctaaatttattctcaaagctggaagcagatggaggataggcgatggtgatgatatctcagtttggtataa 48027288  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttatcctatatgctaatagagatattcctctag 280  Q
    ||| || |||||||||||| || ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||||    
T  48027287 caactggattgcaaatgatatttcacttatcccacatgctgatggagattttcctctag 48027229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 21754179 - 21753949
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    ||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||| |||  || ||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  21754179 tggagacttatgacaacccatgattaattggtagctagactttacaaggcaaaatattataccaggtgcaatttctttgagtcgactttaggacataagc 21754080  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
    ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||||| || |||  | || |  |||| || |||    
T  21754079 ctagctttgtatggcgaagcatatgtaattctaaatttattctcaaagctgaaagcagaaggaggataggcgatgctgatgatatctctgtttggtgtaa 21753980  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttatc 252  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21753979 caagtggattgcaaatgatgttacacttatc 21753949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0913 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0913
Description:

Target: scaffold0913; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 23 - 251
Target Start/End: Original strand, 2413 - 2642
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||  |||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||     
T  2413 tggaaacttatgacaaatcttgattcgttggtagctaaactttacaaggcaagatactatcctaaatgaaatttctttcagtcgactttgagacataagc 2512  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||  |  ||| |||| ||||||| | |  |||||| | |||| ||||| ||||||    
T  2513 ctagctttgtatgacaaagcatatgtaattcgaaatttattctcaaagttggaagcagatagaggatatgtgacggtgaggatatttaggtttggtataa 2612  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttat 251  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2613 caagtgcattgcaaatgatgttacacttat 2642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0898 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0898
Description:

Target: scaffold0898; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 23 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 3188 - 2959
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||  |||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||     
T  3188 tggaaacttatgacaaatcttgattcgttggtagctaaactttacaaggcaagatactatcctaaatgaaatttctttcagtcgactttgagacataagc 3089  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||  |  ||| |||| ||||||| | |  |||||| | |||| ||||| ||||||    
T  3088 ctagctttgtatgacaaagcatatgtaattcgaaatttattctcaaagttggaagcagatagaggatatgtgacggtgaggatatttaggtttggtataa 2989  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttat 251  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2988 caagtgcattgcaaatgatgttacacttat 2959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 6e-42; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 253
Target Start/End: Original strand, 10257786 - 10258017
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||  || ||||||||  || || |||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  10257786 tggagacttatgacaaatcctgattctttggtagctagactttacaaggcaaaatattatctcaggtgtaatttctttgagtcgactttaggacataagc 10257885  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
    |||  |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||| |  |||  | || ||| |||  |||||    
T  10257886 ctagatttgtatggcgaagcatatgtaactctaaatttattctcaaagctggaagcagatggaggataggcgatcatgatgatatcttgatttgttataa 10257985  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttatcc 253  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10257986 caagtggattgcaaatgatattacacttatcc 10258017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 113
Target Start/End: Original strand, 8780953 - 8781043
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgg 113  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  8780953 tggagacttatgacaaattctaattcgttagtagatagaatttataaggtaagatattatcctaagtgcaatttctttgagtcaactttgg 8781043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 295
Target Start/End: Original strand, 8782401 - 8782553
Alignment:
Q  143 tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataacaagtgaattgcaaatgatgt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |  ||| ||||||| |||||| | ||||||| | || | ||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  8782401 tatgtaattctaaatttattctcaatgttggaagcagatggatgataggtgatggtgaggatatctcggtttggtataacaaatggattgcaaatgatgt 8782500  T
Q  243 tacacttatcctatatgctaatagagatattcctctagattacataagagtct 295  Q
    |||||||| || | | ||| || || || ||||||||| | || |||||||||    
T  8782501 tacacttaacccacaggctgatggaaattttcctctagctgacctaagagtct 8782553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 32751544 - 32751315
Alignment:
Q  23 tggagacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||  |||||  ||||||| ||||||||| |||  |||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  32751544 tggagacttatgacaaatactgattttttggtagctagactttacaaggcaagatattatcccagataaaatttatttgagtcgacttggggacataagt 32751445  T
Q  123 ctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataa 221  Q
    ||| | || |||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||| |||||| | ||||||| | || | | ||| ||||||    
T  32751444 ctagccttctatggcgaagcatgtgtaattctaagtttattctcaaagctagaaacagatggaagataggtgatggtgaggatatctcgatttggtataa 32751345  T
Q  222 caagtgaattgcaaatgatgttacacttat 251  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  32751344 caattggatttcaaatgatgttacacttat 32751315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 26 - 253
Target Start/End: Original strand, 15608888 - 15609116
Alignment:
Q  26 agacttatgacaaatcatgattcgttggtagttagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagtcta 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| | |   |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||    
T  15608888 agacttatgacaaatcatgattagtttgtagctagactttacatggccagatattatcctatgtgcaatttctttgagtcgactttaggacataagccta 15608987  T
Q  126 actttgtatgacgaa-gctatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataacaa 224  Q
     |||| |||| ||||   || |||||| ||||||||||||||||  |  ||  |||||||||||||| | || |||  | || | ||||| |||||||||    
T  15608988 gctttttatggcgaattatacgtaattataaatttattctcaaagttggaatcagatggaggataggtgatgatgatgatatctcggtttggtataacaa 15609087  T
Q  225 gtgaattgcaaatgatgttacacttatcc 253  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  15609088 gtggattgcaactgatgttacacttatcc 15609116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 58; Significance: 5e-24; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 107 - 251
Target Start/End: Original strand, 32109226 - 32109371
Alignment:
Q  107 actttgggacttaagtctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaa 205  Q
    |||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||| | ||||||| | |    
T  32109226 actttgggacataagcctagctttatatgacgaagcatatgtaactctaaatttattctcaaagctgaaagcagatggaagataggtgatggtgaggata 32109325  T
Q  206 ttttggttttgtataacaagtgaattgcaaatgatgttacacttat 251  Q
    | | | ||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  32109326 tctcgatttagtataacaaatatattgcaaatgatgttacacttat 32109371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 251
Target Start/End: Original strand, 12969863 - 12970057
Alignment:
Q  58 tagactttataagataagatattatcctagatgcaatttctttgagtcgactttgggacttaagtctaactttgtatgacgaagc-tatgtaattctaaa 156  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||  ||  | |  |||||||| | | |  ||||||||||| |     
T  12969863 tagactttacaaggcaagatattatcctagatgtaatttttttgagtggattttgggacacaatccaagttttgtatggcaatgtatatgtaattctcag 12969962  T
Q  157 tttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataaca-agtgaattgcaaatgatgttacacttat 251  Q
    ||||||||||||    |||| |||||||||||||| | ||||||| | || | ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12969963 tttattctcaaagtggaaagcagatggaggataggtgatggtgaggatatctcggttttgtatatcataatga-ttgcaaatgatgttacacttat 12970057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 252
Target Start/End: Original strand, 32921962 - 32922070
Alignment:
Q  143 tatgtaattctaaatttattctcaaaactaaaagaagatggaggataggcggtggtgagaaaattttggttttgtataacaagtgaattgcaaatgatgt 242  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |   ||| | || ||||||||| | ||||||| | || | |||||  |||||||| || ||||||||||||||    
T  32921962 tatgtaattttaaatttattctcaaagccggaagca-atagaggataggtgatggtgaggatatctaggtttgatataacaaatggattgcaaatgatgt 32922060  T
Q  243 tacacttatc 252  Q
    ||||||||||    
T  32922061 tacacttatc 32922070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University