View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18404_low_34 (Length: 523)

Name: NF18404_low_34
Description: NF18404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18404_low_34
NF18404_low_34
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (232-507)||(3461726-3462003)
chr2 (101-205)||(42237204-42237309)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (237-507)||(43087102-43087374)
chr7 (237-507)||(43090773-43091045)
chr7 (278-507)||(35894415-35894647)
chr7 (237-507)||(35898550-35898817)
chr7 (237-507)||(26023150-26023423)
chr7 (103-205)||(32865217-32865320)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (237-507)||(50778029-50778301)
chr1 (238-484)||(50781135-50781383)
chr1 (101-229)||(27899682-27899814)
chr1 (237-269)||(29295408-29295440)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (237-505)||(11748696-11748966)
chr3 (264-507)||(25810023-25810269)
chr3 (158-205)||(21747306-21747353)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (320-507)||(43305424-43305613)
chr4 (237-273)||(43305389-43305425)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (101-205)||(35246892-35246997)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 232 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 3462003 - 3461726
Alignment:
232 atgtaagaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagag 331  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
3462003 atgttagaacagtcactttgttcatgcgcaacaaaagtgcttattaagataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagag 3461904  T
332 agaataatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgc 431  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
3461903 agaataatggagagaattactgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagtcttttataggcaaaatggttacttgcttgc 3461804  T
432 ta--caagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3461803 tatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 3461726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 101 - 205
Target Start/End: Original strand, 42237204 - 42237309
Alignment:
101 gacggaagagaagagagacgtcggatggagggtctccggaggaaaa-aggggagaacggtgatgcggccatgaaaggcatcgcacgaccataacaaacat 199  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||    
42237204 gacggaagaggagagaaacgtcggaaggagggtcgtcggaggaaaaaaggggagaacggtgatgctgccatgaaaggcatcgcaccaccacaacaagcat 42237303  T
200 ctacat 205  Q
    ||||||    
42237304 ctacat 42237309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 237 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 43087374 - 43087102
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagagagaat 336  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| | || ||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
43087374 agaacaatcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataaattgtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagagagaat 43087275  T
337 aatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgc--tac 434  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||    
43087274 aatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatac 43087175  T
435 aagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
43087174 aagttaactctctaagtaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaat 43087102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 237 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 43091045 - 43090773
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagagagaat 336  Q
    |||||| | ||||||||||||| || ||||||||||| | |  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
43091045 agaacagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattatgataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagagagaat 43090946  T
337 aatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgcta--c 434  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |    
43090945 aatggaaagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatgc 43090846  T
435 aagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
43090845 aagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaat 43090773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 278 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 35894647 - 35894415
Alignment:
278 aaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagagagaataatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattag 377  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
35894647 aaataagcagtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattag 35894548  T
378 ttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgcta--caagttaactctctaactaataggaaaaatt-aaaacatact 474  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||    
35894547 ttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgttatgcaagttaactctctaactaatagaaaaaattaaaaacaaact 35894448  T
475 taaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
35894447 taaccaaattagttacaagcagttattattaat 35894415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 237 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 35898817 - 35898550
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagagagaat 336  Q
    ||||||||||||||||||| |||      |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
35898817 agaacaattactttgttcaagca------aagtgcttatgaaaataagcagtttctaagcaagatgattataacataaagttgttatgagaagagagaat 35898724  T
337 aatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgcta--c 434  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |    
35898723 aatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgcttattagttatcaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgttatgc 35898624  T
435 aagttaactctctaactaataggaaaaatt-aaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
35898623 aagttaactctctaactaataggacaaattaaaaacaaacttaaccaaattacttacaagcagttattattaat 35898550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 237 - 507
Target Start/End: Original strand, 26023150 - 26023423
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaa-gttgttatgagaagagagaa 335  Q
    |||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
26023150 agaacaatcactttattcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaaagttgttatgagaagagagaa 26023249  T
336 taatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgcta-- 433  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||||  |  ||||||||  ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||      
26023250 taatggatagaatttttgtgtaatgtgaatgttattcattagtaatgaggttcataattacaaaaccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatg 26023349  T
434 caagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||    
26023350 caagttaactctctaactaataggaaaattaaaaacaaacttaaccctattagttacatgcagttattattaat 26023423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 103 - 205
Target Start/End: Original strand, 32865217 - 32865320
Alignment:
103 cggaagagaagagagacgtcggatggagggtctccggaggaaaa-aggggagaacggtgatgcggccatgaaaggcatcgcacgaccataacaaacatct 201  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||    
32865217 cggaagaggagagaaacgtcggaaggagggtcgccggaggaaaaaaggggagaacggtaatgcggccatgaaaggcatcgcaccaccacagcaagcatct 32865316  T
202 acat 205  Q
    ||||    
32865317 acat 32865320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 237 - 507
Target Start/End: Original strand, 50778029 - 50778301
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagagagaat 336  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
50778029 agaacaattattttgttcatgcacaacaaaagtgcttatgaaaataagcagtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttaaaagaagagagaat 50778128  T
337 aatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgc--tac 434  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  | |    
50778129 aatggggagaattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggtcacttgcttgcaatgc 50778228  T
435 aagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
50778229 aagttaactctctaactaatagaaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagaagttattattaat 50778301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 238 - 484
Target Start/End: Original strand, 50781135 - 50781383
Alignment:
238 gaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagagagaata 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
50781135 gaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttatgaaaataagcagtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagagagaata 50781234  T
338 atggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgcta--ca 435  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||    
50781235 atggggagaattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttatagacaaaatggttacttgcttgctatgca 50781334  T
436 agttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaatt 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
50781335 agttaactctctaactaataggaaaaactaaaacaaacttaaccaaatt 50781383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 101 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 27899814 - 27899682
Alignment:
101 gacggaagagaagagagacgtcggatggagggtctccggaggaaaaaggggagaacggtgatgcggccatgaaaggcatcgcacgaccataacaaacatc 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
27899814 gacgaaagagaagagagacgtcggatggagggtctccggaggaaaagggggagaacggtaatgcggccatgaaaggcatcgcaccaccacaacaaacatc 27899715  T
201 tacattg----atattgatgattataatcaaaa 229  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||    
27899714 tacattgatacatattgatgattataatcaaaa 27899682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 269
Target Start/End: Original strand, 29295408 - 29295440
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagt 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
29295408 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagt 29295440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 237 - 505
Target Start/End: Original strand, 11748696 - 11748966
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaagttgttatgagaagagagaat 336  Q
    |||||| | ||||| ||||||| || ||||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
11748696 agaacagtcactttcttcatgcgcatcaaaagtgcttattaagataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaaattgttatgagaagagagaat 11748795  T
337 aatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgcta--c 434  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |    
11748796 aatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatgc 11748895  T
435 aagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattatta 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
11748896 aagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaactaaattagttacaagcagttattatta 11748966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 264 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 25810269 - 25810023
Alignment:
264 aaaagtgcttgtgaaaataagctatttctaagcaagatgattataatagaaa-gttgttatgagaagagagaataatggagagaattattgtataatgtg 362  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||    
25810269 aaaagtgcttatgaagataagctatttttaagcaagatgattgaaacagaaaagttgttatgagaagagagaatgagggatagaattattgtgtaatgtg 25810170  T
363 aatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgattacttgcttgcta--caagttaactctctaactaataggaaa 460  Q
    |||| |  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
25810169 aatattattcattagttatgaggttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaa 25810070  T
461 aattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    | | |||||| | ||||| | |||||||| |  ||||||||||||||    
25810069 attaaaaacaaatttaacaatattagttatatgcagttattattaat 25810023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 21747353 - 21747306
Alignment:
158 gtgatgcggccatgaaaggcatcgcacgaccataacaaacatctacat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||    
21747353 gtgatgcggccatgaaaggcatcgcaccaccacagcaagcatctacat 21747306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 320 - 507
Target Start/End: Original strand, 43305424 - 43305613
Alignment:
320 ttatgagaagagagaataatggagagaattattgtataatgtgaatacttctcattagttttgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatga 419  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
43305424 ttatgagaagagagaacaatggagataattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatgg 43305523  T
420 ttacttgcttgcta--caagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacatacttaaccaaattagttacaaacagttattattaat 507  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
43305524 ttacttacttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaat 43305613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 273
Target Start/End: Original strand, 43305389 - 43305425
Alignment:
237 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgctt 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43305389 agaacaattactttgttcatgcacaacaaaagtgctt 43305425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 101 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 35246997 - 35246892
Alignment:
101 gacggaagagaagagagacgtcggatggagggtctccggaggaaaaa-ggggagaacggtgatgcggccatgaaaggcatcgcacgaccataacaaacat 199  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||| |||    
35246997 gacggaagaggagagaaacttcggaaggagggtcgctggaggaaaaaaggggagaacagtgatgcggccatgaaaggcatcacaccaccacagcaagcat 35246898  T
200 ctacat 205  Q
    ||||||    
35246897 ctacat 35246892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University