View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18404_low_42 (Length: 473)

Name: NF18404_low_42
Description: NF18404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18404_low_42
NF18404_low_42
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-473)||(3800324-3800796)
chr7 (1-473)||(3789311-3789780)
chr7 (1-414)||(3767975-3768388)
chr7 (1-423)||(3780253-3780675)
chr7 (146-426)||(3755472-3755755)
chr7 (57-117)||(3755383-3755443)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 3800796 - 3800324
Alignment:
Q  1 attccatccacaatgactcataaagcaagcaatggctggatgattcaatattttactttgtggtgcccaaccaacaattttacctttacttccatggaaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3800796 attccatccacaatgacttataaagcaagcaatggctggatgattcaatattttactttgtggtgcccaaccaacaattttacctttacttccatggaag 3800697  T
Q  101 tcattagggtatgcatagtttaccttgttgtcattactaggacgaacaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaa 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800696 tcattagggtatgtatagtttaccttattgtcattactaggacgaacaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaa 3800597  T
Q  201 attggttttggtccattactaccaagctaccaaaggaaacatatatgacagattgaggtgcttgtttatctaaccaatctaagcaagttgtgtcttcttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3800596 attggttttggtccattactaccaagctaccaaaggaaacatatatgacagattgaggtgcttgtttatctaaccaatctaagcaagttgagtcttcttg 3800497  T
Q  301 ccataatgaacttttgttgttgttactttccatcaatggaccaattggtagaaactttggtgatatggaaaatacaccaggctcaagatcacaagtagtg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800496 ccataatgaacttttgttgttgttactttccatcaatggaccaattggtaggaactttggtgatatggaaaatacaccaggctcaagatcacaagtagtg 3800397  T
Q  401 ttgcaaagccaccattctccaaaattatttaaagtttgcatctcttgcaccatattatcaaataagatcttat 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3800396 ttgcaaagccaccattctccaaaattatttaaagtttgcatctcttgcaccatattatcaaataagatcttat 3800324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Original strand, 3789311 - 3789780
Alignment:
Q  1 attccatccacaatgactcataaagcaagcaatggctggatgattcaatattttactttgtggtgcccaaccaacaattttacctttacttccatggaaa 100  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3789311 attccatccacagtgacttatgaagcaagcaatggctggatggttcaatattttactttgtggtgcccaaccaacaattttacctttacttccatggaag 3789410  T
Q  101 tcattagggtatgcatagtttaccttgttgtcattactaggacgaacaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaa 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3789411 tcattagggtatgtatagtttaccttattgtcattactaggacgaacaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaa 3789510  T
Q  201 attggttttggtccattactaccaagctaccaaaggaaacatatatgacagattgaggtgcttgtttatctaaccaatctaagcaagttgtgtcttcttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  3789511 attggttttggtccattactaccaagctaccaaaggaaacatatatgactgattgaggtgcttgtttatctaaccattctaagcaagttgagtcttcttg 3789610  T
Q  301 ccataatgaacttttgttgttgttactttccatcaatggaccaattggtagaaactttggtgatatggaaaatacaccaggctcaagatcacaagtagtg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3789611 ccataatgaacttttgttgttgttactttccatcaatggaccaattggtaggaactttggtgatatggaaaatacaccaggctcaagatcacaagtagtg 3789710  T
Q  401 ttgcaaagccaccattctccaaaattatttaaagtttgcatctcttgcaccatattatcaaataagatcttat 473  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||| |||||| ||||||||||| | || |||||| ||||||||||    
T  3789711 ttgcaaagccaccattctccaaa---atttatagtttgtatctcttgcacaaaatgatcaaagaagatcttat 3789780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 3767975 - 3768388
Alignment:
Q  1 attccatccacaatgactcataaagcaagcaatggctggatgattcaatattttactttgtggtgcccaaccaacaattttacctttacttccatggaaa 100  Q
    |||||| ||||||||||| || || ||||| || || ||||| |||||||| ||  | || ||| |||||| ||| || || |||||| ||||  ||||     
T  3767975 attccaaccacaatgactaatgaaacaagctatagcaggatggttcaatatcttcttctgcggtacccaactaacgatctttcctttagttccgaggaat 3768074  T
Q  101 tcattagggtatgcatagtttaccttgttgtcattactaggacgaacaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3768075 tcatcagggtatgcatagtttaccttgttgtcattactaggacgaacaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaa 3768174  T
Q  201 attggttttggtccattactaccaagctaccaaaggaaacatatatgacagattgaggtgcttgtttatctaaccaatctaagcaagttgtgtcttcttg 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| | || ||| ||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||    
T  3768175 attggttttggtccattactgccaaactaccgaaggaaacatatacgaccgattgtgatggttgcttatctagccaatctaaggaagtcatgtcttcttg 3768274  T
Q  301 ccataatgaacttttgttgttgttactttccatcaatggaccaattggtagaaactttggtgatatggaaaatacaccaggctcaagatcacaagtagtg 400  Q
    ||| ||||||||||||||| | | | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    || |||| | |||| |||| |||    
T  3768275 ccagaatgaacttttgttgctatcattttccatcaatgggccaattggtaggaactttggtgagatggagaatgttgcatgctctaaatcataagttgtg 3768374  T
Q  401 ttgcaaagccacca 414  Q
    ||||||||||||||    
T  3768375 ttgcaaagccacca 3768388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 3780253 - 3780675
Alignment:
Q  1 attccatccacaatgactcataaagcaagcaatggctggatgattcaatattttactttgtggtgcccaaccaacaattttacctttacttccatggaaa 100  Q
    ||||||||| |||||||| || || |||||||| || || || |||||||| ||  |||| || ||||| |||||||| || |||||| ||||| | ||     
T  3780253 attccatccgcaatgactaatgaaacaagcaatagcagggtggttcaatatcttcttttgcggcgcccatccaacaatctttcctttagttccaagaaat 3780352  T
Q  101 tcattagggtatgcatagtttaccttgttgtcattactaggacgaacaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaa 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  3780353 tcatcagggtatgcatagtttaccttattatcattgctcggacgaacaacccaaataaaaggtttatcaagaagatcaagtcctaaagctagttcgttaa 3780452  T
Q  201 attggttttggtccattactaccaagctaccaaaggaaacatatatgacagattgaggtgcttgtttatctaaccaatctaagcaagttgtgtcttcttg 300  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||  | || ||| | ||||||||| || |||| |||||||||    
T  3780453 attggttttggtccattacggccaaactaccaaaggaaacatatgcgacggattgaggtggatattgatcgagccaatctaaacatgttgcgtcttcttg 3780552  T
Q  301 ccataatgaacttttgttgttgttactttccatcaatggaccaattggtagaaactttggtgatatggaaaatacaccaggctcaagatcacaagtagtg 400  Q
    ||| ||||||||| ||||||  |   ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || |||| |||| | |||| |||    
T  3780553 ccagaatgaacttgtgttgtcttcgattgacatgaatggaccaattggtagaaactttggtgatatggaaaatgttgcatgctcgagattataagttgtg 3780652  T
Q  401 ttgcaaagccaccattctccaaa 423  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  3780653 ttgcaaagccaccaatctccaaa 3780675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 426
Target Start/End: Original strand, 3755472 - 3755755
Alignment:
Q  146 acaacccaaagaaaaggcttgtcaagaagatcaagtcctagggctagttcattaaattggttttggtccattactaccaagctaccaaaggaaacatata 245  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||| |  | |||  ||  || |||||||| ||||||||||    
T  3755472 acaacccaaagaaaaggcctttcaagaagatcaagccctagagctaattctttgaattgatttggaccaattgatattaaactaccaaatgaaacatata 3755571  T
Q  246 tgacagattgaggtgcttgtttatctaaccaatctaagcaagttgtgtcttcttgccataatgaacttttgttgttgtt---actttccatcaatggacc 342  Q
    ||||||||| |||||  | || ||||||||| |||| ||| |||   ||||||||||| || || |   ||||||| |    | ||||||| ||||||||    
T  3755572 tgacagatttaggtggatattgatctaaccattctatgcatgtttcatcttcttgccacaaagatcccatgttgttatgctcattttccattaatggacc 3755671  T
Q  343 aattggtagaaactttggtgatatggaaaatacaccaggctcaagatcacaagtagtgttgcaaagccaccattctccaaaatt 426  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| | |  ||| |||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  3755672 aattggtagaaattttggtgataaggaaattgcttcagcctcaagatccatactagtgttacaaagccaccattctcccaaatt 3755755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 57 - 117
Target Start/End: Original strand, 3755383 - 3755443
Alignment:
Q  57 tttgtggtgcccaaccaacaattttacctttacttccatggaaatcattagggtatgcata 117  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||| ||| | |||||||||||    
T  3755383 tttgtggtgaccaacctacaattttaccttgacttcctttgaattcacttgggtatgcata 3755443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University