View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18411_low_2 (Length: 821)

Name: NF18411_low_2
Description: NF18411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18411_low_2
NF18411_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-805)||(16533168-16533967)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 805
Target Start/End: Original strand, 16533168 - 16533967
Alignment:
Q  9 agcaaaggtaaattcagaaaatcctctttcaagg-atatcatcttctagcgattttgatgaaaagtgctagtgcattctactcat---aaccgtaagaca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||    
T  16533168 agcaaaggtaaattcagaaaatcctctttcaagggatatcatcttctagagattttgatgaaaagtgctagtgcattcttctcatgataaccgtaagaca 16533267  T
Q  105 ccatacaagaccatgggctgattgatgccatggcgttagagagatgtgcgtctatcaccagattttagaaacaccaaatccaattgaaaacgtatgtgaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||  | ||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  16533268 ccatacaagaccatgggctgatggatgccatggtgttagagagatgtgcatttatcaccagattgcaaaaacaccaagttcaattggaaacgtatgtgaa 16533367  T
Q  205 tcagaaattcggtgagtgctcgaattgtgactaaacgatggattcaaagcatggtggcggcgctcaaattccgtgagtgctctaattatagtctaactaa 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16533368 tcagaaattcggtgagtgctcgaattgtgactaaacgatggattcaaagtatggtggcggcgctcaaattccgtgagtgctctaattatagtctaactaa 16533467  T
Q  305 tgcggctgcatctcagatttgttctgaagtgtttcaccannnnnnnnnnaaacaactgattttattaatcaaaagctggcatcaaattgattgccatacc 404  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16533468 tgcagctgcatctcagatttgttctgaagtgtttcaccatttatttt--aaacacctgattttattaaccaaaagctggcatcaaattgattgccatacc 16533565  T
Q  405 aaccgaaatacaaggagtctcttcaatccaaacaaaatcatattacgatgaaattgcaaatttggctaaataatgtgcgcttggtttgccacatgacgaa 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16533566 aaccgaaatacaaggagtctcttcaatccaaacaaaatcatattacgaagaaattgcaaatttggctaaataatgtgcgcttggtttgccacatgacgaa 16533665  T
Q  505 catgggaaa-ctcaaaagtattgaagctagagaaaagctttttgcagtcttgagcaattgtccccaagtaaaagtgttgaggtcgagtctctttgagaac 603  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16533666 catgggaaaactcaaaagtattgaagctagagaaaagctttttgcagtcttgagcaattgtccccaagtaaaagtgttgaggtcgagtctctttgagaac 16533765  T
Q  604 gtttatgacatttgaagaatccgattcaaccgtaagatttagaaagagcatgtccttagcaaaatctagccctttatacactgccttacactctgatata 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16533766 gtttatgacatttgaagaatccgattcaaccgtaagatttagaaagagcatgtccttagcaaaatctagccctttatacactgccttacacgctgatata 16533865  T
Q  704 tcttattctaggatcaaggcatacaccaacaagctgcagcgacaacaatttcttctgagcctcggattacagcaaacaatcaccattttccgtcttcatt 803  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  16533866 tcttattctgggatcaaggcatacaccaacaagccgcagcaacaacaattccttttgaatctcggattacagaaaacaatccccattttccgtcttcatt 16533965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University