View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18412_low_2 (Length: 717)

Name: NF18412_low_2
Description: NF18412
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18412_low_2
NF18412_low_2
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (272-669)||(11050330-11050731)
chr5 (17-249)||(11050105-11050334)
chr5 (285-440)||(10218537-10218690)
chr5 (17-266)||(10749248-10749497)
chr5 (55-376)||(10562648-10562965)
chr5 (47-349)||(10719161-10719460)
chr5 (19-258)||(10765350-10765589)
chr5 (17-372)||(10609332-10609686)
chr5 (23-222)||(9838567-9838763)
chr5 (54-341)||(10742972-10743253)
chr5 (26-108)||(19608107-19608189)
chr5 (33-117)||(7190878-7190962)
chr5 (597-664)||(10218761-10218831)
chr5 (60-108)||(10598974-10599022)
chr5 (26-104)||(10590669-10590747)
chr5 (26-104)||(10602642-10602720)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (32-376)||(12897185-12897526)
chr6 (32-376)||(12904804-12905147)
chr6 (32-376)||(12955698-12956039)
chr6 (32-376)||(12929896-12930237)
chr6 (32-266)||(12946368-12946602)
chr6 (115-376)||(12955420-12955678)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (32-293)||(17925654-17925915)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-110)||(31469392-31469479)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 272 - 669
Target Start/End: Original strand, 11050330 - 11050731
Alignment:
Q  272 caaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggcttcattcggtttaggagaaaggtttatgctgtatagttttgtt 371  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11050330 caaaaaagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgataagaaagaaaaaggcttcattcggtttaggagaaaggtttatgctgtatatttttgtt 11050429  T
Q  372 tgtgtggaaaaattatgttggaatagagaagaaacatatgcatttaaattatagtggtaagaggtagcactgaatgagaattttaattttaatcatcttc 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11050430 tgtgtggaaaaattatgttggaatagagaagaaacatatgcatttaaattatagtggtaagagggagcactgaatgagaattttaattttaattatcttc 11050529  T
Q  472 gcattcnnnnnnnntaatgcagagtcaagtcaattgatacaacagacaaagaagcacgacacatgcatgggagcaaaagtgaatcacaaaattcacaatg 571  Q
    ||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11050530 gcattcaaaaagattaatgcagagtcaagtcaattgatacaacagacaaagaagcacgacacatgcatgggagcaaaagtgaatcacaaaattcacaatg 11050629  T
Q  572 ttatatggact-----ttgatgannnnnnngtttggtagataaaagaaacgacaaagttattaaaaacttacatacacaaatgaaatagtcggagttcaa 666  Q
    |||||||||||     |||||||        ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11050630 ttatatggactttttattgatgatatttttatttggtagataaaagaaac-acaaagttgttaaaaactcacatacacaaatgaaatagtcggaattcaa 11050728  T
Q  667 aca 669  Q
    |||    
T  11050729 aca 11050731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 249
Target Start/End: Original strand, 11050105 - 11050334
Alignment:
Q  17 acatagggtgatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcaga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  11050105 acatagggtgatattgatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcaga 11050204  T
Q  117 aatggatggaagagttccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgc 216  Q
    ||||||||||||| |||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| |    
T  11050205 aatggatggaagaattccaag---attcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatgatctgtttggtttcc 11050301  T
Q  217 taatgcttgtgccacaattttgtttgggcaaaa 249  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  11050302 taatgcttgtgcaacaactctgtttgggcaaaa 11050334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 285 - 440
Target Start/End: Original strand, 10218537 - 10218690
Alignment:
Q  285 gaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggcttcattcggtttaggagaaaggtttatgctgtatagttttgtttgtgtggaaaaat 384  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  10218537 gaagggatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggcttcattcggtttaggagaaaggtttatgctatata-ttttgtttgtgtggaaaaat 10218635  T
Q  385 tatgttggaatagagaagaaacatatgcatttaaattatagtggtaagaggtagca 440  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||| |||||    
T  10218636 tatg-tggaacagagaagaagcatatgcgttcaaattctagtggtaagagctagca 10218690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 266
Target Start/End: Original strand, 10749248 - 10749497
Alignment:
Q  17 acatagggtgatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcaga 116  Q
    |||| ||||||||  |||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  10749248 acatggggtgataaagatccatgtaaatgatatccttctaagttcaactttgtaactctttcatgcatgggtttgcatgtgattccatgccacttgcaga 10749347  T
Q  117 aatggatggaagagttccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgc 216  Q
    | ||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||||||||   |||||| |||||| || ||  ||||||| |||||||||||||| ||| |    
T  10749348 agtggatggaagaattccaag---attcaagagctttatttgggtcactcgatattgattctttaaatttgtgcaatgccaaatgatctgtttggtttcc 10749444  T
Q  217 taat---gcttgtgccacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaagg 266  Q
    ||||   ||   ||||||  ||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  10749445 taatgcagccactgccacggttttgtttgtgccaaacgacattaaatttaagg 10749497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 55 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 10562965 - 10562648
Alignment:
Q  55 taggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagttccaagattattcaagagctcta 154  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |  |||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||||  |     
T  10562965 taggttcaactctataactctttgatgcatggggttgcaagtgattccctgccacttgcagaagtggatggaagaattccaag---attcaagagcattg 10562869  T
Q  155 tttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgccacaattttgtttgggcaaaacc 251  Q
    | ||| |||| | |||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| |||||   ||   |||||| |||||||||| |  |||||    
T  10562868 tatggatcactggatattgattctttgaatttgagcaatgctaaatgatctgtttggtttcctaatgcagccactgccaccattttgtttgtggtaaacc 10562769  T
Q  252 acattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggcttcattcggtttaggagaaa--g 349  Q
    ||||||||||||||| |||   ||| |||| ||||||||||      |||||||||| |||||   ||||||||| | | ||| ||||||| |||||  |    
T  10562768 acattaaatttaaggtaaaaagaaaaagaagatgaaggtat------aaaagtatagatgacaacgaagaaaaagacataatttggtttagaagaaagtg 10562675  T
Q  350 gtttatgctgtatagttttgtttgtgt 376  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  10562674 gtttatgctgtttagttttgtttgtgt 10562648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 47 - 349
Target Start/End: Original strand, 10719161 - 10719460
Alignment:
Q  47 tatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagttccaagattattcaa 146  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||   |||    
T  10719161 tatcctcctaggttcaactctgtaactctttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaattccaagatt---caa 10719257  T
Q  147 gagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgccacaattttgtttgg 243  Q
    |||||  || ||| |||| |  ||||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||  |||||   ||   |||||||||||||||||     
T  10719258 gagcttcatatggatcactggttattcattctttgaatttgagcaatgctaaatgatctgtttggttacctaatgcagccactgccacaattttgtttgt 10719357  T
Q  244 gcaaaaccac---attaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggcttcattcggttt 340  Q
    || |||||||   ||||||||||||| |||   ||| |||| ||||||||||      |||||| ||| |||||  |||||||||| ||||||| |||||    
T  10719358 gccaaaccacattattaaatttaaggtaaaaagaaaaagaagatgaaggtat------aaaagtgtagatgacaacaaagaaaaagacttcatttggttt 10719451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 258
Target Start/End: Original strand, 10765350 - 10765589
Alignment:
Q  19 atagggtgatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaa 118  Q
    |||||| ||||  |||||||| || || |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||     
T  10765350 atagggagataaagatccatgtaactgatatcctgctaggttcaactctgtaaccctttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccactttcaaaag 10765449  T
Q  119 tggatggaagagttccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgcta 218  Q
    ||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||| ||||   |||||| ||||||||| || |||||||| || ||||||| ||| ||| |||    
T  10765450 tggatggaagaattccaag---attcaagagctttatatggatcacttgatattgattctttgaatttgagcaatgccaattgatctgattggtttccta 10765546  T
Q  219 at---gcttgtgccacaattttgtttgggcaaaaccacattaa 258  Q
    ||   ||   |||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  10765547 attgagccactgccaccattttgtttgtgccaaaccacattaa 10765589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 10609686 - 10609332
Alignment:
Q  17 acatagggtgatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcat-gagactgcatgtgattccatgccactcgcag 115  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||  ||     
T  10609686 acatatggtgatatggatccatgcaactgatatccttcaaggttcaactctataactctttgttgcatagag-ctgcatgtgactccacgccacttacat 10609588  T
Q  116 aaatggatggaagagttccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttg 215  Q
    |||||||||||| | ||||||||  ||  |||| ||| |||||| |||  | |||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||| |||     
T  10609587 aaatggatggaaaaattccaaga--atctaaga-ctccatttggatcattggatattgattctttgaatttaagcaatgacaaataatcagtttggtttc 10609491  T
Q  216 ctaatgcttgtgccacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacag 315  Q
    |||||||   ||||||| |||||||||  | ||||||||||| |||||||| ||||  ||| |||| |||||||| ||   ||| ||||||   |||||     
T  10609490 ctaatgccactgccacagttttgtttgtaccaaaccacattatatttaaggtaaacagaaaaagaagatgaaggtgtatgtacataagtatccttgacaa 10609391  T
Q  316 gaaagaaaaaggcttcattcggtttaggagaa--aggtttatgctgtatagttttgttt 372  Q
    | ||||||| | |||||||  |||||||| ||  ||||||||| |  ||||||||||||    
T  10609390 gcaagaaaatgacttcattttgtttaggacaaagaggtttatgataaatagttttgttt 10609332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Original strand, 9838567 - 9838763
Alignment:
Q  23 ggtgatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatgga 122  Q
    ||||| || ||||||||||| |  ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  9838567 ggtgacatggatccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtgga 9838666  T
Q  123 tggaagagttccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaatgc 222  Q
    | ||||| ||||||||  ||  |||| ||| ||||||||||| | |||||| ||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||| ||| |||||||    
T  9838667 tagaagaattccaaga--atctaaga-ctccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaatgc 9838763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 54 - 341
Target Start/End: Original strand, 10742972 - 10743253
Alignment:
Q  54 ctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagttccaagattattcaagagctct 153  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||   | ||||||||| |    
T  10742972 ctaggtccaactctataactctttgatgcatggggttgcatgtgattccataccacttgcagaagtggatggaagaattccaag---actcaagagcttt 10743068  T
Q  154 atttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgccacaattttgtttgggcaaaac 250  Q
    || ||| ||||   |||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||| ||| |||||   ||   |||||| |||||||||| || ||||    
T  10743069 atatggatcacttgatattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatctgattggtttcctaattgagccactgccaccattttgtttgtgccaaac 10743168  T
Q  251 cacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggcttcattcggttta 341  Q
      ||||||||| |||| |||   ||| |||| ||||||||||      |||||| ||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||    
T  10743169 tgcattaaattcaaggtaaaaagaaaaagaagatgaaggtat------aaaagtgtagatgacaccaaagaaaaagacttcatttggttta 10743253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 108
Target Start/End: Original strand, 19608107 - 19608189
Alignment:
Q  26 gatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgcca 108  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  19608107 gatattgatccatgcaattcatatccttgtaggttcaattctataactctttgatgcatggggctgcatgtgattccatgcca 19608189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 7190962 - 7190878
Alignment:
Q  33 atccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaa 117  Q
    |||||||||  || |||||||| | ||| ||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7190962 atccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaa 7190878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 664
Target Start/End: Original strand, 10218761 - 10218831
Alignment:
Q  597 gtttggtagataaaagaaacgac---aaagttattaaaaacttacatacacaaatgaaatagtcggagttc 664  Q
    |||||||| ||||||||||||||   || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  10218761 gtttggtaaataaaagaaacgacgacaacgctattaaaaactcacatacacaaatgaaatagtcgaagttc 10218831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 10599022 - 10598974
Alignment:
Q  60 tcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgcca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  10599022 tcaactttgtaactctttgatgcttgggattgcatatgattccatgcca 10598974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 104
Target Start/End: Original strand, 10590669 - 10590747
Alignment:
Q  26 gatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccat 104  Q
    ||||| ||||||||||| |  ||||||   || |||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  10590669 gatatggatccatgcaacttgtatcctgacagcttcaacttggtaactctttgatgcttgggactgcatatgattccat 10590747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 10602720 - 10602642
Alignment:
Q  26 gatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccat 104  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||  |  ||||| |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||    
T  10602720 gatattgatccatgcaatttgtacccttgcaacttcaagtttgtaactctttgatgcttgggaccgcatatgattccat 10602642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 73; Significance: 6e-33; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 32 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12897526 - 12897185
Alignment:
Q  32 gatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagt 131  Q
    |||||||| || || |||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  12897526 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 12897427  T
Q  132 tccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgc 228  Q
    ||||||   ||||||||||  | | |||||||| | | |||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||| ||| |   ||   |||    
T  12897426 tccaag---attcaagagcattgtatgggtcactggaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttcctattgcagccaatgc 12897330  T
Q  229 cacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggc 328  Q
    |  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |  ||| ||   ||||||||||      |||||| |||||||||  |||||||||| |    
T  12897329 cctaattttgtttggaccaaaccacattaaatttaaggtaagcataaaaaggggatgaaggtat------aaaagtgtaggtgacaacaaagaaaaagac 12897236  T
Q  329 ttca-ttcggtttaggagaaa--ggtttatgctgtatagttttgtttgtgt 376  Q
    |||| || ||||||| |||||  |||||||||| | || ||||||||||||    
T  12897235 ttcattttggtttagaagaaagtggtttatgctatttaattttgtttgtgt 12897185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 32 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12905147 - 12904804
Alignment:
Q  32 gatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagt 131  Q
    |||||||| || || |||| ||||||| |||||| |||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  12905147 gatccatgtaactgatatctttctaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 12905048  T
Q  132 tccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgc 228  Q
    ||||||   ||||||||||  | | ||||||||    ||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||| ||| |   ||   |||    
T  12905047 tccaag---attcaagagcattgtatgggtcactagttattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttcctattgcagccactgc 12904951  T
Q  229 cacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggc 328  Q
    |  ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| || |  ||| || | ||||||||||      ||||||  ||||||||  ||||||||||||    
T  12904950 cgtaattttgattggacaaaaccacattaaattgaaggtaagcagaaaaaggagatgaaggtat------aaaagtggaggtgacaacaaagaaaaaggc 12904857  T
Q  329 ttca-ttcggtttaggagaaa----ggtttatgctgtatagttttgtttgtgt 376  Q
    |||| || ||||||| |||||    |||||||||| | | |||||||||||||    
T  12904856 ttcattttggtttagaagaaaaagtggtttatgctatttcgttttgtttgtgt 12904804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 32 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12956039 - 12955698
Alignment:
Q  32 gatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagt 131  Q
    |||||||| || || |||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  12956039 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccttgccacttgcagaaatggatggaagaat 12955940  T
Q  132 tccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaatgc---ttgtgc 228  Q
    ||||||   ||||||||||  | | ||||||||   | |||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||| ||| |||      |||    
T  12955939 tccaag---attcaagagcattgtatgggtcacttgaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttcctattgcagtcattgc 12955843  T
Q  229 cacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggc 328  Q
    |  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || | |||| || | ||||||||||      ||||||  ||||||||  |||||||||  |    
T  12955842 cttaattttgtttggaccaaaccacattaaatttaaggtaagcaaaaaaaggagatgaaggtat------aaaagtggaggtgacaacaaagaaaaatac 12955749  T
Q  329 ttca-ttcggtttaggagaaa--ggtttatgctgtatagttttgtttgtgt 376  Q
    |||| || ||||||| |||||  |||||||||| | |||||||||||||||    
T  12955748 ttcattttggtttagaagaaaatggtttatgctatttagttttgtttgtgt 12955698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12930237 - 12929896
Alignment:
Q  32 gatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagt 131  Q
    |||||||| || || |||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  12930237 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctacatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaat 12930138  T
Q  132 tccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgc 228  Q
    ||||||   |||||||||   | | ||||||||    ||||| ||||||||| || |||||||| | |||||| ||||| ||| ||| |   ||   |||    
T  12930137 tccaag---attcaagagtattgtatgggtcactagttattgattctttgaatttgagcaatgccagatgatcagtttgctttcctattgcagccactgc 12930041  T
Q  229 cacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtgacaggaaagaaaaaggc 328  Q
    |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |  ||| || | ||||||||||      |||||| |||||||||  |||||||||| |    
T  12930040 cctaattttgtttggacaaaaccacattaaatttaaggtaatcataaaaaggagatgaaggtat------aaaagtgtaggtgacaacaaagaaaaagac 12929947  T
Q  329 ttca-ttcggtttaggagaaa--ggtttatgctgtatagttttgtttgtgt 376  Q
    |||| || ||||||| |||||  |||||||||| | |||||||||||||||    
T  12929946 ttcattttggtttagaagaaagtggtttatgctatttagttttgtttgtgt 12929896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 32 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 12946602 - 12946368
Alignment:
Q  32 gatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagt 131  Q
    |||||||| || || |||| ||||||  |||||| |||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| || |    
T  12946602 gatccatgtaactgatatctttctagagtcaactgtgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaagtgaatggatgaat 12946503  T
Q  132 tccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgc 228  Q
    ||||||   ||||||||||| | | |||||||| | | |||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||| ||| |   ||   |||    
T  12946502 tccaag---attcaagagctttgtatgggtcactggaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttcctattgcagccactgc 12946406  T
Q  229 cacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaagg 266  Q
    |   ||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  12946405 ccttattttgtttggaccaaaccacattaaatttaagg 12946368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 115 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12955678 - 12955420
Alignment:
Q  115 gaaatggatggaagagttccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgattt 214  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||   |||||||  | | ||||||||   | |||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||    
T  12955678 gaaatggatggaagaattccaagatt---caagagcattgtatgggtcactagaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggttt 12955582  T
Q  215 gctaatgcttg---tgccacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtatacaaacaaaagtataggtg 311  Q
     ||| |||      ||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || | |||| || | ||||||||||      ||||||  |||||    
T  12955581 cctattgcagtcactgccgtaattttgtttggaccaaaccacattaaatttaaggtaagcaaaaaaaggagatgaaggtat------aaaagtggaggtg 12955488  T
Q  312 acaggaaagaaaaaggcttca-ttcggtttaggagaaa--ggtttatgctgtatagttttgtttgtgt 376  Q
    |||  |||||||||  ||||| || ||||||| |||||  |||||||||| | |||||||||||||||    
T  12955487 acaacaaagaaaaatacttcattttggtttagaagaaaatggtttatgctatttagttttgtttgtgt 12955420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 32 - 293
Target Start/End: Original strand, 17925654 - 17925915
Alignment:
Q  32 gatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccactcgcagaaatggatggaagagt 131  Q
    |||||||| || || |||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  17925654 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 17925753  T
Q  132 tccaagattattcaagagctctatttgggtcacggtatattgtttctttgaaattaagcaatgcaaaatgatctgtttgatttgctaat---gcttgtgc 228  Q
    ||||||   ||||||||||| | | ||||||||   | |||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||| ||| |   ||   |||    
T  17925754 tccaag---attcaagagctttgtatgggtcactagaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttcctattgcagccactgc 17925850  T
Q  229 cacaattttgtttgggcaaaaccacattaaatttaaggaaaaccaaaatagaaaatgaaggtata 293  Q
    |  |||||||||||| | ||||||||||||||| |||| || | |||| || | |||||||||||    
T  17925851 cctaattttgtttggaccaaaccacattaaattgaaggtaagcaaaaaaaggagatgaaggtata 17925915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 110
Target Start/End: Original strand, 31469392 - 31469479
Alignment:
Q  17 acatagggtgatattgatccatgcaattgttatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgagactgcatgtgattccatgccact 110  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||    
T  31469392 acataaggtgatatagatccatgcaacttatatccttctagtttcaattctgtaactctttgattca------tgcatgtgattccatgccact 31469479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University