View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18415_high_1 (Length: 1316)

Name: NF18415_high_1
Description: NF18415
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18415_high_1
NF18415_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-1316)||(43365353-43366669)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1226; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1226; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1316
Target Start/End: Original strand, 43365353 - 43366669
Alignment:
Q  1 cacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365353 cacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggt 43365452  T
Q  101 aaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365453 aaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaa 43365552  T
Q  201 ctcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365553 ctcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaatta 43365652  T
Q  301 aggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365653 aggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagac 43365752  T
Q  401 ctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccaca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365753 ctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccaca 43365852  T
Q  501 aacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365853 aacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaa 43365952  T
Q  601 aatcctaattgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcaatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcct 700  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365953 aatcctaattgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcgatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcct 43366052  T
Q  701 atacttttttgcaaatgaccacggt-ccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactc 799  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366053 atacttttttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactc 43366152  T
Q  800 agaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatact 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366153 agaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatact 43366252  T
Q  900 ttaacctcactgaactccttccttta----tatttatttgatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagctta 995  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366253 ttaacctcactgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagctta 43366352  T
Q  996 cccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaa 1095  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366353 cccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaa 43366452  T
Q  1096 taaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggactagctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcattactgca 1195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43366453 taaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaagga----ctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcataactgca 43366548  T
Q  1196 ggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaa 1295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366549 ggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaa 43366648  T
Q  1296 cataacaagaaatgcataaaa 1316  Q
    |||||||| ||||| ||||||    
T  43366649 cataacaaaaaatgaataaaa 43366669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University