View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18417_high_20 (Length: 442)
Name: NF18417_high_20
Description: NF18417
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18417_high_20 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 428
Target Start/End: Original strand, 22603451 - 22603866
Alignment:
| Q |
12 |
atgaagaaacaacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
111 |
Q |
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| T |
22603451 |
atgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgagtgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttttgtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
22603550 |
T |
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| Q |
112 |
ttttatatttatccattgattctattatgtccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgttttcattattgtaggg |
211 |
Q |
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| T |
22603551 |
ttttatatttatccattgtttctattatatccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttt-gccttcattattgtaggg |
22603649 |
T |
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| Q |
212 |
gaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccaaggacatcgcatcacattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaattacaaacaccaacttcag |
311 |
Q |
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| T |
22603650 |
gaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccagggacatcgtgtcacattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaaatacaaacaccaacttcag |
22603749 |
T |
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| Q |
312 |
tgcttgcaggtcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaa |
411 |
Q |
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| T |
22603750 |
tgcttgcaggtcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaatccctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaa |
22603849 |
T |
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| Q |
412 |
atgttgttgttgacttt |
428 |
Q |
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| T |
22603850 |
atgttgttgttgacttt |
22603866 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 428
Target Start/End: Original strand, 45621930 - 45622346
Alignment:
| Q |
12 |
atgaagaaacaacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
111 |
Q |
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| T |
45621930 |
atgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaactctttagcga |
45622029 |
T |
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| Q |
112 |
ttttatatttatccattgattctattatgtccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgttttcattattgtaggg |
211 |
Q |
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| T |
45622030 |
atttatatttatccattgtttctattatatccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggg |
45622129 |
T |
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| Q |
212 |
gaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccaaggacatcgcatcacattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaattacaaacaccaacttcag |
311 |
Q |
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|
| T |
45622130 |
gaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccagggacatcgggtcgcattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaaatacaaacaccaacttcgg |
45622229 |
T |
|
| Q |
312 |
tgcttgcaggtcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaa |
411 |
Q |
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| T |
45622230 |
tgcttgtaggtcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaa |
45622329 |
T |
|
| Q |
412 |
atgttgttgttgacttt |
428 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |
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| T |
45622330 |
atgttgttgttgacttt |
45622346 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 15214447 - 15214038
Alignment:
| Q |
12 |
atgaagaaacaacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
111 |
Q |
| |
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|
| T |
15214447 |
atgaagaaataacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
15214348 |
T |
|
| Q |
112 |
ttttatatttatccattgattctattatgtccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgttttcattattgtaggg |
211 |
Q |
| |
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|
| T |
15214347 |
ttttatatttatccattgtttctattatatccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggg |
15214248 |
T |
|
| Q |
212 |
gaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccaaggacatcgcatcacattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaattacaaacaccaacttcag |
311 |
Q |
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| T |
15214247 |
gaggagtggcctggatagtgagatagggaaccagggacatcgtgccacattctttttctagggtaacgtgcaacaggtaaaata-------caacttcag |
15214155 |
T |
|
| Q |
312 |
tgcttgcaggtcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaa |
411 |
Q |
| |
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| T |
15214154 |
tgctagcaggtcgggtttttatgaacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaatgaa |
15214055 |
T |
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| Q |
412 |
atgttgttgttgacttt |
428 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||| |
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| T |
15214054 |
atgatgttgttgacttt |
15214038 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 15253666 - 15253257
Alignment:
| Q |
12 |
atgaagaaacaacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
111 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15253666 |
atgaagaaataacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
15253567 |
T |
|
| Q |
112 |
ttttatatttatccattgattctattatgtccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgttttcattattgtaggg |
211 |
Q |
| |
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|
| T |
15253566 |
ttttatatttatccattgtttctattatatccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggg |
15253467 |
T |
|
| Q |
212 |
gaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccaaggacatcgcatcacattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaattacaaacaccaacttcag |
311 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
15253466 |
gaggagtggcctggatagtgagatagggaaccagggacatcgtgccacattctttttctagggtaacgtgcaacaggtaaaata-------caacttcag |
15253374 |
T |
|
| Q |
312 |
tgcttgcaggtcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaa |
411 |
Q |
| |
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| T |
15253373 |
tgctagcaggtcgggtttttatgaacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaatgaa |
15253274 |
T |
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| Q |
412 |
atgttgttgttgacttt |
428 |
Q |
| |
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||| ||||||||||||| |
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| T |
15253273 |
atgatgttgttgacttt |
15253257 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 12 - 428
Target Start/End: Original strand, 20188258 - 20188667
Alignment:
| Q |
12 |
atgaagaaacaacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtga |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20188258 |
atgaagaaacaccccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcactgcaataaacaattctttagtga |
20188357 |
T |
|
| Q |
112 |
ttttatatttatccattgattctattatgtccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgttttcattattgtaggg |
211 |
Q |
| |
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|
| T |
20188358 |
ttttatatttatgcattgtttctattatatccttcatttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggg |
20188457 |
T |
|
| Q |
212 |
gaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccaaggacatcgcatcacattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaattacaaacaccaacttcag |
311 |
Q |
| |
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|
| T |
20188458 |
gaggagtggcctagatagtgagatagggaaccagggacatcgcgctgcattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaaata-------caacttcag |
20188550 |
T |
|
| Q |
312 |
tgcttgcaggtcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaa |
411 |
Q |
| |
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|
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| T |
20188551 |
tgcttgcagatcgggtttttatgtacgacacacttcagaaaggatttggtgaccgatgattgaaattcctagagaaatgttgtttcttttgatcaattaa |
20188650 |
T |
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| Q |
412 |
atgttgttgttgacttt |
428 |
Q |
| |
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||| ||||||||||||| |
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|
| T |
20188651 |
atgatgttgttgacttt |
20188667 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Original strand, 51091612 - 51091788
Alignment:
| Q |
55 |
ggtgcatgcatttttcttttgatt----tcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatatttatccattgattctattatgtccttcattt |
150 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
51091612 |
ggtgcatgcatttttcttttaattaatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatattcatcaattgtttctattatatcctacattt |
51091711 |
T |
|
| Q |
151 |
ctttcctattat-gttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgttttcattattgtaggggaggcgtggcctaga |
226 |
Q |
| |
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|
|
| T |
51091712 |
ctttcctattatatttatcaaccatttttttttcttcaaattttgccttcattattgtgggggaggagtgacctaga |
51091788 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 366 - 417
Target Start/End: Original strand, 24630537 - 24630588
Alignment:
| Q |
366 |
gatgattggaattcctagagaaatgttgtttcttttgagcaattaaatgttg |
417 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
24630537 |
gatgattggaattcctagataaatgttgtttcttttgagcaattcaatgttg |
24630588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 22845848 - 22845740
Alignment:
| Q |
197 |
ttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagtgagatagggaaccaaggacatcgcatcacattctttttctagggtaatgtgcaacaggtaaattac |
296 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| | |||||| || | ||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
22845848 |
ttcattattatcggggaggagtgacctagacagtgagatagggaacaagagacatcacaccg-atttttttactagggtaaggtgcaacaagtaaaatac |
22845750 |
T |
|
| Q |
297 |
aaacaccaac |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
22845749 |
aaacaccaac |
22845740 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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