View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18417_high_7 (Length: 607)

Name: NF18417_high_7
Description: NF18417
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18417_high_7
NF18417_high_7
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (281-588)||(38252619-38252925)
chr2 (281-588)||(43156617-43156923)
chr2 (18-282)||(38254598-38254862)
chr2 (18-282)||(43154681-43154944)
chr2 (22-283)||(8158497-8158757)
chr2 (52-231)||(39648778-39648957)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (281-588)||(11473941-11474247)
chr1 (217-506)||(50019454-50019742)
chr1 (281-588)||(28245804-28246095)
chr1 (18-282)||(11472004-11472268)
chr1 (18-199)||(50026731-50026912)
chr1 (18-206)||(28246859-28247047)
chr1 (521-583)||(50019301-50019363)
chr1 (46-227)||(10467087-10467268)
chr1 (46-227)||(43736739-43736920)
chr1 (46-227)||(7283690-7283871)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (281-588)||(25382054-25382360)
chr5 (18-282)||(25380110-25380366)
chr5 (22-283)||(17514609-17514869)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (281-588)||(19307481-19307787)
chr6 (18-282)||(19309474-19309738)
chr6 (18-282)||(10125681-10125945)
chr6 (541-588)||(10124031-10124078)
chr6 (281-319)||(10124077-10124115)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (18-282)||(22490962-22491226)
chr7 (30-283)||(37163593-37163846)
chr7 (46-227)||(27978396-27978577)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-268)||(26282475-26282725)
chr4 (18-87)||(48793472-48793541)
chr4 (506-562)||(48794087-48794140)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (46-227)||(5909265-5909446)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 281 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 38252925 - 38252619
Alignment:
281 ataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtgagttcggatgttatgcaagcaaaggggtttaggggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 380  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
38252925 ataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcaggg-tacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 38252827  T
381 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38252826 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 38252727  T
481 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 580  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38252726 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 38252627  T
581 gcgcctac 588  Q
    ||||||||    
38252626 gcgcctac 38252619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 281 - 588
Target Start/End: Original strand, 43156617 - 43156923
Alignment:
281 ataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtgagttcggatgttatgcaagcaaaggggtttaggggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 380  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
43156617 ataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcaggg-tacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 43156715  T
381 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43156716 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 43156815  T
481 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 580  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43156816 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 43156915  T
581 gcgcctac 588  Q
    ||||||||    
43156916 gcgcctac 43156923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 38254862 - 38254598
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
38254862 ttaggttctttggatagtttgatcaaatatgacatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataag 38254763  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
38254762 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggagttagagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagatggtagcgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 38254663  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
38254662 gtaaggaagggctaaaaaggaaggagaaaagatacgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 38254598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Original strand, 43154681 - 43154944
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
43154681 ttaggttctttggatagtttgatcaaatatgacatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataag 43154780  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
43154781 ttttg-cttgcttatagtttccgtgtgggcttcggagttagagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagatggtagcgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 43154879  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
43154880 gtaaggaagggctaaaaaggaaggagaaaagatacgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 43154944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 8158757 - 8158497
Alignment:
22 gttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaatttt 121  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| || |  ||| || ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||    
8158757 gttccttgg-tagtttgatcaaacatagcatctacaaatgttgattggaagccagaggttggaatgggatttgataatatggaagaggctaaacaatttt 8158659  T
122 ggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaa 221  Q
    |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||  |||| | ||||||| | |||||| | ||||||||||||||    
8158658 ggcttgtttatggtttacgtgtgggcttcggaattagagtacgttttacaaacaagaagaaagatggtagtgtaacatcatgtaggttggtttgttgtaa 8158559  T
222 ggaagggctaaa-aagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgata 283  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| | | ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
8158558 ggaagggctaaagaataaagg-gaacaaaaatgcatatgaaggaaaatatgagagagccgata 8158497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 231
Target Start/End: Original strand, 39648778 - 39648957
Alignment:
52 tcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaattttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcg 151  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||   ||||||||| ||||||   || |||  |||||  | ||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |    
39648778 tcttcaaatgttgattggaagccaagacttggaatggaatttgacaatagggataaggcttgtcaattttatcttgcttatagtttacgtgtgggctttg 39648877  T
152 gaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaaggaagggcta 231  Q
    || ||||| |||||   |||||||| ||  ||| || |||| ||||||||  | | || |||||||||||||||||||||    
39648878 gagttagaatacgtaatgaaaacaagaagaaagtcggtagtatatcgtcagttaggttagtttgttgtaaggaagggcta 39648957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 281 - 588
Target Start/End: Original strand, 11473941 - 11474247
Alignment:
281 ataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtgagttcggatgttatgcaagcaaaggggtttaggggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 380  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
11473941 ataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcaggg-tacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 11474039  T
381 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11474040 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 11474139  T
481 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 580  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11474140 tgttttaattttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 11474239  T
581 gcgcctac 588  Q
    ||||||||    
11474240 gcgcctac 11474247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 217 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 50019742 - 50019454
Alignment:
217 tgtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtga 316  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
50019742 tgtaaggaagggctaaaaaggaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgataacggtgataatggtggtcgttcagaaattgtga 50019643  T
317 gttcggatgttatgcaagcaaaggggtttaggggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgcta 416  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
50019642 gttcagatgttctgcaagcaaaggggttcaggg-tacgacccggttcaaagcgaattaagcgacacaaaagttttctggaaaaccagcaaagtcgcgcta 50019544  T
417 catctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtacttgttttagttttacttgttttggtga 506  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
50019543 catctagttgcgctccacgtaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttggtatttagagtacttgttttaattttacttgttttggtga 50019454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 281 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 28246095 - 28245804
Alignment:
281 ataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtgagttcggatgttatgcaagcaaaggggtttaggggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 380  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
28246095 ataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcaggg-tacaacccggttcaaagcgaattaagcgac 28245997  T
381 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28245996 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgct---------------ccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 28245912  T
481 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
28245911 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgtttt 28245812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Original strand, 11472004 - 11472268
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
11472004 ttaggttctttggatagtttgatcaaatatgacatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataag 11472103  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
11472104 ttttggcttgcttatagttttcgtgtgggcttcggagttagagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagatggtagcgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 11472203  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
11472204 gtaaggaagggctaaaaaggaaggagaaaagatacgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 11472268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 50026912 - 50026731
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
50026912 ttaggttccttggatagtttgatcaaatatggcatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgagatttgattctatggaagaggctaataaa 50026813  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgt 199  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
50026812 ttttggcttgcttatagtttctgtgtgggcttcggagttagagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagacggtagtgtatcgt 50026731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 28247047 - 28246859
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
28247047 ttaggttctttggatagtttgatcaaatatggcatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataag 28246948  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
28246947 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggctttggagttagagtacgtttcgcaaacaaaagagaagatggtagtgtatcgtcatgtcg 28246859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 521 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 50019363 - 50019301
Alignment:
521 catgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttctgcg 583  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
50019363 catgtatcttagcttaataattttacataatcattttagtttgatggagtatcttgttctgcg 50019301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 10467268 - 10467087
Alignment:
46 atggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaattttggcttgcttatagtttccgtgtgg 145  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||| ||||   ||||||||| ||||||  |||  ||||||||| |  | ||||  ||||||||| |||| |||| ||    
10467268 atggcttcttcaaatgatgattggaagccaagacttggaatggaatttgacactagagaagaggctgaacagttttatcttgcttatggtttacgtgagg 10467169  T
146 gcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaaggaagg 227  Q
    |||||||| |||||||||| ||   ||||   ||  |||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
10467168 gcttcggagttagagtacgctttacaaactggaagaaagacggtagtgtatcgtcatgtaggtttgtttgttgtaaggaagg 10467087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 43736920 - 43736739
Alignment:
46 atggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaattttggcttgcttatagtttccgtgtgg 145  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||| ||||   ||||||||| ||||||  |||  ||||||||| |  | ||||  ||||||||| |||| |||| ||    
43736920 atggcttcttcaaatgatgattggaagccaagacttggaatggaatttgacactagagaagaggctgaacagttttatcttgcttatggtttacgtgagg 43736821  T
146 gcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaaggaagg 227  Q
    |||||||| |||||||||| ||   ||||   ||  |||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
43736820 gcttcggagttagagtacgctttacaaactggaagaaagacggtagtgtatcgtcatgtaggtttgtttgttgtaaggaagg 43736739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 7283871 - 7283690
Alignment:
46 atggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaattttggcttgcttatagtttccgtgtgg 145  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||| ||||   ||||||||  ||||||  |||  ||||||||| |  | ||||  ||||||||| |||| |||| ||    
7283871 atggcttcttcaaatgatgattggaagccaagacttggaatgaaatttgacactagagaagaggctgaacagttttatcttgcttatggtttacgtgagg 7283772  T
146 gcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaaggaagg 227  Q
    |||||||| |||||||||| ||   ||||   ||  |||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
7283771 gcttcggagttagagtacgctttacaaactggaagaaagacggtagtgtatcgtcatgtaggtttgtttgttgtaaggaagg 7283690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 281 - 588
Target Start/End: Original strand, 25382054 - 25382360
Alignment:
281 ataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtgagttcggatgttatgcaagcaaaggggtttaggggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 380  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
25382054 ataacggtgataatggtgctcgtccagaaattgtgagttcgaatgttatgcaagcaaaggggttcaagg-tacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 25382152  T
381 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
25382153 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctagccgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttggtatttaaagtact 25382252  T
481 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 580  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25382253 tgttttaattttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 25382352  T
581 gcgcctac 588  Q
    ||||||||    
25382353 gcgcctac 25382360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Original strand, 25380110 - 25380366
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
25380110 ttaggttctttggatagtttgatcaaatatgtcatcttcaaatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagagg-------- 25380201  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
25380202 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggctttggagttagagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagatggtagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 25380301  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 282  Q
    | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25380302 gaaaggaagggttaaaaaggaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 25380366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 17514869 - 17514609
Alignment:
22 gttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaatttt 121  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||  ||| || |||||||||||||  || || |||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||    
17514869 gttccttgg-tagtttgatcaaacatggtatctacaaatgttgattggaagtcagaggttggaatgggatttgataatatggaagaggctaaacaatttt 17514771  T
122 ggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaa 221  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||   |||||| ||  |||| | ||||||| | |||||| | ||| ||||||||||    
17514770 ggcttgcttatggtttacgtgtggacttcggaattagagtacgttttacaaacaagaagaaagatggtagtgtaacatcatgtaggttgttttgttgtaa 17514671  T
222 ggaagggctaaa-aagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgata 283  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| | | ||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
17514670 ggaagggctaaagaataaagg-gaacaaaaatgcatatgaaggaaaatatgagagaaccgata 17514609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 281 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 19307787 - 19307481
Alignment:
281 ataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtgagttcggatgttatgcaagcaaaggggtttaggggtacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 380  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
19307787 ataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtttggattttatgcaagcaaaggggttcaggg-tacgacccggttcaaagcgaattaagcgac 19307689  T
381 acaaaagttgtctggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 480  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19307688 acaaaagttgtttggaaaaacagcatagtcgcgctacatctaggcgcgctccacctaaagaaaaaagttcacaggtatatgagttgttatttaaagtact 19307589  T
481 tgttttagttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttct 580  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
19307588 tgttttatttttacttgttttggtgactgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgtttt 19307489  T
581 gcgcctac 588  Q
    ||||||||    
19307488 gcgcctac 19307481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 19309738 - 19309474
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
19309738 ttaggttctttggatagtttgatcaaatatggcatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataag 19309639  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
19309638 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggagttagagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagatggtagcgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 19309539  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
19309538 gtaaggaagggctaaaaaggaaggagaaaagatacgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 19309474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 10125945 - 10125681
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
10125945 ttaggttcttttgatagtttgatcaaatatggcatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataag 10125846  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
10125845 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggagttatagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagatggtagcgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 10125746  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
10125745 gtaaggaagggctaaaaaggaaggagaaaagatacgcatatgaaggaaaatatacaagagccgat 10125681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 541 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 10124078 - 10124031
Alignment:
541 tttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttctgcgcctac 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
10124078 tttgacataatcattttaggttgatggagtatcttgttatgcgcctac 10124031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 281 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 10124115 - 10124077
Alignment:
281 ataacggtgataatggtggtcgtccagaaattgtgagtt 319  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
10124115 ataacggtgataatggtgctcgtccagaagttgtgagtt 10124077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 22491226 - 22490962
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||     
22491226 ttaggttctttggatagtttgatcaaatatggcatcttcagatgttgattgtaaaccaaagattggaatggtatttgattctatggaagaggttaataag 22491127  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
22491126 ttttggcttgcttatagtttatgtgtgggcttcggagttagagtacgtttcgcaaacaaaaaagaagacggtagcgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 22491027  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
22491026 gtaaggaagggctaaaaaggaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagtcgat 22490962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 283
Target Start/End: Original strand, 37163593 - 37163846
Alignment:
30 gatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaattttggcttgct 129  Q
    ||||||| ||||||| ||||  ||| || ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||    
37163593 gatagtttgatcaaacatggcatctacaaatgttgattggaagccagaggttggaatgagatttgataatatggaagaggctaaacaattttggcttgct 37163692  T
130 tatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaaggaagggc 229  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||  |||| | ||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||    
37163693 tatggtttacgtgtgggcttcggaattagagtacgttttacaaacaagaagaaagatggtagtgtaacatcatgtaggttggtttgttgtaaggaagggc 37163792  T
230 taaa-aagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaatatacgagagccgata 283  Q
    |||| || ||||| ||| | | ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
37163793 taaagaataaagg-gaacaaaaatgcatatgaaggaaaatatgagagagccgata 37163846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 227
Target Start/End: Original strand, 27978396 - 27978577
Alignment:
46 atggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaattttggcttgcttatagtttccgtgtgg 145  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||| ||||   ||||||| | ||||||  |||  ||||||||| |  | ||||  ||||||||| |||| |||| ||    
27978396 atggcttcttcaaatgatgattggaagccaagacttggaatagaatttgacactagagaagaggctgaacagttttatcttgcttatggtttacgtgagg 27978495  T
146 gcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaaggaagg 227  Q
    ||||| || |||||||||| ||   |||||  ||  |||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
27978496 gcttcagagttagagtacgctttacaaacaggaagaaagacggtagtgtatcgtcatgtaggtttgtttgttgtaaggaagg 27978577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 9e-44; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 26282725 - 26282475
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaa 117  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| ||||  |||||| |||||||||| || |||||  ||| |||| ||||||||  |||||| || |||| ||||    
26282725 ttagcttccttggatagtttgatcaaacatggcatcttcaaatgttgattgtaagccaaaccttgaaatgagatttgataatatggacgatgctagtaaa 26282626  T
118 ttttggcttgcttatagtttccgtgtgggcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || |||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||| |||||||||| | ||| ||| ||    
26282625 ttttggcttgcttatagtttatgtgtgggattcagagttagagtacgttttacaaacaagaaagaagacggtagtgaatcgtcatgtaggttgatttttt 26282526  T
218 gtaaggaagggctaaaaagaaaggagaaaagatatgcatatgaaggaaaat 268  Q
    ||||||||   ||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||||    
26282525 gtaaggaaatcctaaagaggaaagagaaaagataagcatatgaaagaaaat 26282475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 87
Target Start/End: Original strand, 48793472 - 48793541
Alignment:
18 ttaggttccttggatagttcgatcaaatatggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatg 87  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48793472 ttaggttccttgaatagtttgatcaaatatggcatcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatg 48793541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 506 - 562
Target Start/End: Original strand, 48794087 - 48794140
Alignment:
506 actgccataattttacatgtatcttagcttaataatttgacataatcattttaggtt 562  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||||||    
48794087 actgccatgattttacatgtatcttagtt---taattttacataatcattttaggtt 48794140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 46 - 227
Target Start/End: Original strand, 5909265 - 5909446
Alignment:
46 atggattcttcagatgttgattggaaaccaaagattggaatgggatttgattctatggaagaggctaataaattttggcttgcttatagtttccgtgtgg 145  Q
    |||| ||||||| |||  |||||||| ||||   ||||||||| ||||||  |||  ||||||||| |  ||||||  ||||||||| |||| |||| ||    
5909265 atggcttcttcaaatgaggattggaagccaagacttggaatggaatttgacactagagaagaggctgaacaattttatcttgcttatggtttacgtgagg 5909364  T
146 gcttcggaattagagtacgtttcgaaaacaaaaaagaagacgatagtgtatcgtcatgtcgattggtttgttgtaaggaagg 227  Q
    |||||||| |||||||||| ||   |||||  ||  |||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
5909365 gcttcggagttagagtacgctttacaaacaggaagaaagacggtagtgtatcgtcatgtaggtttgtttgttgtaaggaagg 5909446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University