View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18417_low_2 (Length: 777)

Name: NF18417_low_2
Description: NF18417
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18417_low_2
NF18417_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (15-758)||(29946070-29946814)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 29946814 - 29946070
Alignment:
Q  15 cacagagcaggtaattgaattgatgtaatgttgttgttgagtgtgagcaaacgtttgaagtgtgtgtaatggtttcggttttgttgtacaggttttggag 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  29946814 cacacagcaggtaattgaattgatgaaatgttgttgttgagtgtgagcaaacgtttgaagtgtgtgtaatggttttggttttgttgtacaggttttagag 29946715  T
Q  115 cagttgccgagagtaatatcgtcgctggatgcacacatggaaaatgggttgcaaaagttagaatcttttcttctctaattgataagtcattatgactgtg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946714 cagttgccgagagtaatatcgtctctggatgcacacatggaaaatgggttgcaaaagttagaatcttttcttctctaattgataagtcattatgactgtg 29946615  T
Q  215 ttgttttattatcgttatacatgtatattttgaactcaagtggcttttgaaatgttattatcatgagctttaacttcgtgctgaaactgttatattcatc 314  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946614 ttgtattattatcgttatacatgtatattttgaattcaagtggcttttgaaatgttattatcatgagctttaacttcgtgctgaaactgttatattcatc 29946515  T
Q  315 ttgaatatatattctatcgatggctactgattacgtaaaacagcgatttgttcaaattagtatattacataatagcactatagcgcctgcctatgtaact 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946514 ttgaatatatattctatcgatggctactgattacataaaacagcgatttgttcaaattagtatgttacataatagcactatagcgcctgcctatgtaact 29946415  T
Q  415 gctatttgacaacactttttattaatcccgtgttgcataataaaagtggtttgttcaaattatgttaagctatagccgctattttgacaacattgattcg 514  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946414 gctatttggcaacactttttattaatcccgtgttgcataataaaagtggtttgttcaaattatgttaagctatagccgctattttgacaacattgattcg 29946315  T
Q  515 aagtcgctgcagttattttcttttaactttgtatcagtgtaggatatgt-ttttatatattgctgatttgagttccgaatttgtagtgttccacagctga 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  29946314 aagtcgctgcagttattttcttttaactttgtatcagtgtaggatatgttttttatatattgctgatttgagttcaaaatttgtagtgttccacagctga 29946215  T
Q  614 agactgtcgttcagttacttgcaaatatggaaagcagccagcttagttcactatcccgaacccatgttcttgagaaggtatggatatgatgatagttttg 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946214 agactgtcgttcagttacttgcaaatatggaaagtagccagcttagttcactatcccgaacccatgttcttgagaaggtatggatatgatgatagttttg 29946115  T
Q  714 tcgttgatttagtcgtaaatattcgccttatgattgcgaccgagg 758  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29946114 tcgttgatttagtcgtaaatattcgccttatgattgtgaccgagg 29946070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University