View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18425_low_1 (Length: 954)

Name: NF18425_low_1
Description: NF18425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18425_low_1
NF18425_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-947)||(52971632-52972557)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 887; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 887; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 52972557 - 52971632
Alignment:
Q  19 ttaactctgattgaagttgttcatcgctcaccatccaactactttgcgtcttgtggatatcttcaaacatggaattgaaacacttaaacctctctctcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52972557 ttaactctgattgaagttgttcatcgctcaccatccaactactttgcgtcttgtggatatcttcaaacatggaattgaaacacttaaacctctctctcaa 52972458  T
Q  119 aacctgcttagacaccttgttcccttgttgatgaaggccatctgggttaaggcactgcaacaccttagtccaagtctctctctgataactcttatggtgg 218  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52972457 aacctgcttagagaccttgttcccttgttgatgaaggccatctgggttaaggcactgcaacaccttagtccaagtctctctctgataactcttatggtgg 52972358  T
Q  219 aacttcaaacttgtttgcctcctcctgcaccagttatcacccatggactcatgaagatcaacacaccctttaatcttttgcactatgtatctcccattgt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52972357 aacttcaaacttgtttgcctcctcctacaccagttatcacccatggactcatgaagatcaacacaccctttaatcttttgcactatgtatctcccattgt 52972258  T
Q  319 tcattagaaaaacacatcgtaaagccatatccctatataacttggacttcctttcggtattttcatctaaaaggtccataattgtcatcaattgaactac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52972257 tcattagaaaaacacatcgtaaagccatatccctatataacttggacttcctttcggtattttcatctaaaaggtccataattgtcatcaattgaactac 52972158  T
Q  419 aaaaggtgatttgttaggctccccatctaaattttgatcccttgttttatcattgttttcttcgttttgaatatctgcagtggatgtggatgtaccctta 518  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52972157 aaaaggtgatttgttaggctctccatctaaattttgatcccttgttttatcgttgttttcttcgttttgaatatctgcggtggatgtggatgtaccctta 52972058  T
Q  519 ttattattattactatcatcaacataatggtgtcctatagtagcaagataatcatctgaacaatattggtaaaacacttgctccaacgtcactttgtatt 618  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52972057 ttatt---attactatcatcaacataatggtgtcctatagtagcaagataatcatctgaacaatattggtaaaacacttgctccaacgtcactttgtatt 52971961  T
Q  619 cacatgcatatttaagataattcatgacataacgagtcaatggatgaaccgctccatatgggacgggaatcctttcattatcacccttgatggagttttc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52971960 cacatgcatatttaagataattcatgacataacgagtcaatggatgaaccgctccatatgggacgggaatcctttcattatcacccttgatggagttttc 52971861  T
Q  719 caaatcataaaacatcgaaacgacagcctttattattccatgctttgtcatagtcatctcgtatgccaaatccttggcacattgctctaagccatcatca 818  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  52971860 caaatcataaaacatcgaaacgacagcctttattattccatgctttgtcatagtcatctcgtatgccaaatccttggcacattgctctaaaccatcacca 52971761  T
Q  819 ttaatgagtgtaatgacaggttccacgtcatccctcaaggtctcatacatatctaggaatttgaacaatttctctgatgatggcttggttaaaaccactg 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52971760 ttaatgagtgtaatgacaggttccacgtcatccctcaaggtctcatacatatctaggaatttgaacaatttctctgatgatggcttggttaaaaccactg 52971661  T
Q  919 cttgagcaaaattgagaaaattgatgatg 947  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52971660 cttgagcaaaattgagaaaattgatgatg 52971632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University