View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18425_low_4 (Length: 759)

Name: NF18425_low_4
Description: NF18425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18425_low_4
NF18425_low_4
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (11-743)||(5382577-5383309)
chr1 (16-604)||(35755770-35756363)
chr1 (145-604)||(26907717-26908183)
chr1 (238-537)||(23550168-23550471)
chr1 (16-206)||(23550475-23550664)
chr1 (643-743)||(35756510-35756610)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (65-743)||(7786507-7787181)
chr3 (16-604)||(36433788-36434381)
chr3 (79-475)||(9308228-9308624)
chr3 (16-316)||(46280051-46280350)
chr3 (92-580)||(13329518-13329990)
chr3 (148-386)||(23484847-23485077)
chr3 (322-603)||(13978313-13978603)
chr3 (421-603)||(9294424-9294612)
chr3 (16-231)||(13953242-13953456)
chr3 (643-743)||(9294759-9294859)
chr3 (406-586)||(23484666-23484850)
chr3 (627-735)||(23484529-23484637)
chr3 (628-743)||(9307877-9307992)
chr3 (628-743)||(13978729-13978844)
chr3 (16-127)||(37919701-37919811)
chr3 (549-604)||(9308123-9308177)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (54-728)||(9417741-9418420)
chr8 (45-728)||(24097242-24097933)
chr8 (16-604)||(7836402-7836995)
chr8 (16-604)||(7806977-7807571)
chr8 (11-522)||(24268399-24268918)
chr8 (35-473)||(31576430-31576871)
chr8 (286-604)||(997050-997374)
chr8 (35-735)||(12765789-12766465)
chr8 (92-735)||(42713782-42714399)
chr8 (92-564)||(20028467-20028923)
chr8 (92-561)||(20036231-20036684)
chr8 (16-179)||(988048-988210)
chr8 (628-728)||(24268039-24268139)
chr8 (616-735)||(20036085-20036204)
chr8 (628-727)||(31576887-31576986)
chr8 (628-743)||(7836155-7836270)
chr8 (616-733)||(20025924-20026041)
chr8 (628-743)||(996807-996919)
chr8 (628-733)||(7806740-7806845)
chr8 (684-741)||(15968858-15968915)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (153-739)||(14097214-14097789)
chr6 (92-604)||(2850098-2850617)
chr6 (329-735)||(17513874-17514272)
chr6 (628-743)||(2847086-2847201)
chr6 (628-743)||(2849853-2849968)
chr6 (92-243)||(17513686-17513838)
chr6 (35-148)||(14099909-14100023)
[»] scaffold0091 (2 HSPs)
scaffold0091 (88-602)||(15725-16246)
scaffold0091 (628-743)||(16378-16493)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (35-604)||(11221911-11222478)
chr5 (35-604)||(42733584-42734150)
chr5 (134-739)||(26648948-26649542)
chr5 (134-739)||(26920533-26921127)
chr5 (153-604)||(2640946-2641403)
chr5 (111-270)||(26649558-26649717)
chr5 (111-270)||(26921143-26921302)
chr5 (35-116)||(26651730-26651811)
chr5 (35-116)||(26923315-26923396)
chr5 (689-740)||(11221679-11221730)
chr5 (689-740)||(42734337-42734388)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (35-604)||(9735483-9736050)
chr7 (35-604)||(4314180-4314731)
chr7 (54-743)||(32816454-32817130)
chr7 (73-420)||(48712669-48713008)
chr7 (93-418)||(2890506-2890825)
chr7 (115-602)||(8980556-8981048)
chr7 (628-743)||(28343532-28343647)
chr7 (610-743)||(4314933-4315065)
chr7 (625-739)||(48714444-48714555)
chr7 (690-743)||(9735242-9735295)
chr7 (476-586)||(48714311-48714417)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (16-604)||(25514635-25515227)
chr4 (16-603)||(50065830-50066420)
chr4 (16-577)||(11480852-11481422)
chr4 (16-604)||(28069377-28069966)
chr4 (16-604)||(50518181-50518777)
chr4 (153-475)||(9243808-9244130)
chr4 (102-602)||(7580352-7580858)
chr4 (291-475)||(34495225-34495409)
chr4 (209-451)||(9204004-9204249)
chr4 (209-451)||(9208223-9208468)
chr4 (276-475)||(28257548-28257737)
chr4 (628-743)||(50518908-50519023)
chr4 (16-116)||(25538477-25538576)
chr4 (628-743)||(11477889-11478004)
chr4 (691-743)||(28069131-28069183)
chr4 (47-218)||(28257320-28257489)
chr4 (529-602)||(9243722-9243795)
chr4 (628-743)||(25514390-25514505)
chr4 (690-743)||(50066614-50066667)
chr4 (405-475)||(9245659-9245729)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (16-604)||(14271716-14272306)
chr2 (54-603)||(29910080-29910636)
chr2 (178-721)||(18577306-18577832)
chr2 (106-735)||(35875600-35876202)
chr2 (106-735)||(35883089-35883691)
chr2 (106-735)||(36722802-36723404)
chr2 (411-604)||(33402872-33403072)
chr2 (628-743)||(33402627-33402742)
chr2 (628-743)||(14271471-14271586)
chr2 (54-155)||(18577840-18577941)
[»] scaffold0482 (2 HSPs)
scaffold0482 (311-604)||(11412-11710)
scaffold0482 (628-743)||(11842-11957)
[»] scaffold0753 (3 HSPs)
scaffold0753 (153-475)||(2893-3215)
scaffold0753 (187-475)||(841-1133)
scaffold0753 (529-602)||(3228-3301)
[»] scaffold0206 (1 HSPs)
scaffold0206 (92-564)||(397-853)
[»] scaffold0959 (1 HSPs)
scaffold0959 (182-475)||(2625-2921)
[»] scaffold0135 (7 HSPs)
scaffold0135 (209-451)||(2087-2332)
scaffold0135 (209-451)||(6302-6547)
scaffold0135 (209-451)||(10517-10762)
scaffold0135 (209-451)||(14732-14977)
scaffold0135 (209-451)||(18947-19192)
scaffold0135 (209-451)||(23162-23407)
scaffold0135 (209-451)||(27377-27622)
[»] scaffold0771 (1 HSPs)
scaffold0771 (16-231)||(5382-5596)
[»] scaffold0186 (3 HSPs)
scaffold0186 (182-293)||(3501-3613)
scaffold0186 (625-739)||(3110-3224)
scaffold0186 (357-418)||(3422-3483)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (610-739)||(3040-3164)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 743
Target Start/End: Original strand, 5382577 - 5383309
Alignment:
Q  11 agattattcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatg 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5382577 agattattcttatgaaacattttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatccaatggggatg 5382676  T
Q  111 ttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcata 210  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5382677 ttttcttgtctttgtatgtccataatgatatttttaggaacgtgagaaacctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctactctccaaatcata 5382776  T
Q  211 tcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaa 310  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5382777 tcttgaatagtgatgaaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaa 5382876  T
Q  311 caatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5382877 caatatcattaatgagtgaattaataaataacttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactgatttc 5382976  T
Q  411 gagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctatgacaatatattcttggttaattaacattgaattat 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  5382977 gagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacattctttcatcggagttgataatgttctcttctatgacaatatattcttcgttaattaaccttgaattat 5383076  T
Q  511 tttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtc 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5383077 tttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgattgcacacaatgtttcttgtccattgagtatctttgagatgttttagtttaggaatgtc 5383176  T
Q  611 ttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactca 710  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  5383177 ttttcttccttgatacttttaaggcattgttgaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcaaaaagttcaccttcttgttgaatcttcattca 5383276  T
Q  711 acactcatttgattcaaagaatattctttttat 743  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5383277 acactcatttgattcaaacaatattttttttat 5383309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Original strand, 35755770 - 35756363
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || | ||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35755770 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactcgtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttc 35755868  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  35755869 ttcattttgtatgaccaaaatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaatttctttgattgatttatgttctccaaatcatatcttg 35755968  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaata 315  Q
    |||| |||| || ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  | |||||    
T  35755969 aatagtgatagaggattcttagaccatcataaatattttatgatagaatctcaaagcatatgatcatgaattttcttctttgatcattctcagatcaata 35756068  T
Q  316 tcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtg 415  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  35756069 tcataaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattgatttctctttaaagctgattctaatcatttttatgaaatgatgagaataatttctagtg 35756168  T
Q  416 taatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaatt 508  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||    
T  35756169 taatatgcatcctcatcatgaaaacattctttcatcggagttgataatgttttcttctatatgggatgacaatacattctcggttaactaacctttaatt 35756268  T
Q  509 attttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| ||  | |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35756269 attttgttgatgatgcaatttatctcatagttcatgttggtgattgcacgcaatgtttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 35756363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 145 - 604
Target Start/End: Original strand, 26907717 - 26908183
Alignment:
Q  145 taggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcc-aaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatc 243  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||    
T  26907717 taggaacatgagaaacatttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttatattctcccaaaacatatcttgaatagtgatgaaagattcttagactatc 26907816  T
Q  244 ataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt 343  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  26907817 ataagtcttttatgatagaatctccaagcatatgatcatgaattttcttctatgatatttctccaatcaatatcattaatgaatgacttaataaataatt 26907916  T
Q  344 tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacata 443  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  26907917 cattcatgatttggtttctcttcaaagttgattctgatcattttgatgaaatgatgaga-taattttgagtgtaatatgcatcttcatcatgagaacctt 26908015  T
Q  444 ctttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcat 536  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||| ||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||| ||     
T  26908016 ctttcatcggagttgataatgttttcttctatatgagatgacgatacattctcggttgattaacattaaattatttggttgatgatgcaatttatcacac 26908115  T
Q  537 aatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26908116 aattcctcttggtgattgcacacaatgtatcttgtccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 26908183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 238 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 23550471 - 23550168
Alignment:
Q  238 accatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataa 337  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  23550471 accatcataagtattttatgatagaatctcaaagcatatgatcatgaattttcttctttgatcattctccgatcaatatcataaatgaatgacttaataa 23550372  T
Q  338 ataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgag 437  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||   ||| ||||||    
T  23550371 ataattcattcatgaattgatttatctttaaagctgattctaatcattttgatgaaatgatgagaataatttctggtgtaatatgca---tcaccatgag 23550275  T
Q  438 aacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgattta 530  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||    
T  23550274 aacattctttcatcggagttgataatgttctcttctatatgggatgacaatacattctcggttaattaacctttaattattttgttgatgatgcaattta 23550175  T
Q  531 tctcata 537  Q
    |||||||    
T  23550174 tctcata 23550168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 23550664 - 23550475
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  23550664 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactagtagataacaaaataataatcttaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgtttcc 23550566  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaat 206  Q
    |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| | | |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23550565 ttcattttgtatgaccaaaatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagttaaaatttctttgattgatttctgttctccaaat 23550475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 643 - 743
Target Start/End: Original strand, 35756510 - 35756610
Alignment:
Q  643 aaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattcttttta 742  Q
    |||||||||||||||  | ||||  ||||||  ||| ||| || | |||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  35756510 aaaaccatgtggtgacgaggatgtgtcaattgatcataaaatttatcttcttgttgaatctttaatcaacacttatttgattcaaacaatattcttttta 35756609  T
Q  743 t 743  Q
    |    
T  35756610 t 35756610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 743
Target Start/End: Original strand, 7786507 - 7787181
Alignment:
Q  65 ataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagccttt 164  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| | |||| |||||    
T  7786507 ataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgatgatattttcttcactttgtatgaccagaatgatatttgtaggaacataagaaaccttt 7786606  T
Q  165 ctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaac 264  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7786607 ctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctatttttcaaatcatatcgtgaatagtgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaat 7786706  T
Q  265 ctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctct 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7786707 ctccaagcatatgatcatgaattttct---ttgatatttcctcaaccaatatcattaatgaatgaattaataaataattcattcatgaattggtttctct 7786803  T
Q  365 tcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatg 464  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7786804 tcaaagttgattctaatctttttaatgaaatgatgagacaaatttcgagtgtaatatgcatcttcatcacgagaacattctttcatcggagttgataatg 7786903  T
Q  465 ttctcttctatgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgt 564  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  7786904 ttctcttctatgacaatatattctcggttaattaaccttgaattattttgttggtgatgtgatttatctcataacttctcatggtgattgcacacaatgt 7787003  T
Q  565 ttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgat 664  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7787004 ttcttgtacattgagtatctttgagatgttttagtttaggcatgtcttttctttcttgaatc-tttaaggcattgttcaaaaccatgtggtgagaatgat 7787102  T
Q  665 gaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattctttttat 743  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  7787103 gaatcaattactcaaaaggttcatcttcttgttgaatctttactcaacactcatttgattccaacaatattctttttat 7787181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Original strand, 36433788 - 36434381
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || | ||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36433788 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacacttgtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttc 36433886  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    |||  |||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36433887 ttcattttgtatgaccaaaatgataattgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctgttctccaaatcatatcttg 36433986  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaata 315  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||| |    
T  36433987 aatagtgatagaggattcttggaccatcataagtattttacgatagaatctcaaagcatatgatcatgaattttcttctttgatcattctccgatcaaca 36434086  T
Q  316 tcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtg 415  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  36434087 tcataaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattgatttctttttaaagctgattctaatcattttgatgaaatgatgagaataatttctagtg 36434186  T
Q  416 taatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaatt 508  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||       ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||    
T  36434187 taatatgcatcctcataatgagaacattctttcaccggagttgataatgttctattctatatgggatgacaatacattctcggttaattaacctttaatt 36434286  T
Q  509 attttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36434287 attttgttgatgatgcaatttatctcatagttcatgttggtgattgcacacaatgtttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 36434381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 79 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9308624 - 9308228
Alignment:
Q  79 tttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaat 178  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||||| ||| || ||||||||||| ||| |||    
T  9308624 tttgttatcttttaaaacattaaatgaggatgttttcttcattttgtatgaccaaaatgatatatgtaggaacatgaaaaacctttctcaaagtcaaaat 9308525  T
Q  179 tcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatga 278  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  9308524 tcctttgattgatttctcttctccaaattatattttgaatagtgatagaggattcttggaccatcataagtattttatgatagaatcttaaagcatatga 9308425  T
Q  279 tcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattct 378  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  9308424 tcatgaattttcttctttgatcattctccgatcaatatcataaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattgatttctctttaaagctgattct 9308325  T
Q  379 aatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9308324 aatcattttgatgaaatgatgagaataatttcttgtgtaatatgcatcctcatcatgagaacattctttcatcggagttgataatgttctcttctat 9308228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Original strand, 46280051 - 46280350
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||   |||||||||    
T  46280051 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactagtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaattatgatgttttc 46280149  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  46280150 ttcactttgtatgaccaaaatgatatttgtaggaacatgagaaacttttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttttgttctccaaatcatatcttg 46280249  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaata 315  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||| |||  |||||| | |||||    
T  46280250 aatagtgatagaggattcttggaccatcataagtattttatgatagagtctcaaaccatatgatcatgaattttcttcttggatcattctccgatcaata 46280349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 92 - 580
Target Start/End: Original strand, 13329518 - 13329990
Alignment:
Q  92 aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgat 191  Q
    ||||||| || || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | ||| || |||| |||||| | ||||||||| | | ||||||||||||||||    
T  13329518 aaaacataaagtgaggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttgtaagaacatgagaatcttttctcaaagtaaaaattcctttgattgat 13329617  T
Q  192 ttctattctc-caaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttc 290  Q
    |||||||||| | ||||||||||| || | |||||||||||||||||  |||| || || | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  13329618 ttctattctcgcgaatcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggttcatcctatgtttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttc 13329717  T
Q  291 ttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgat 390  Q
    ||| |||||| ||||||                     ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  13329718 ttccttgataattctcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagttgattcgaattatttcgat 13329796  T
Q  391 gaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaata 482  Q
    ||| | |||||| |||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  13329797 gaagtaatgagaataatttcgagtgtaataatcatcttcaccatgagaacattcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatagaagaagacaata 13329896  T
Q  483 tattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagt 580  Q
    | |||||||| ||| ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  || ||||||| ||||| |||||  |||||||||| |||||| ||||||||    
T  13329897 tcttcttggtcaatcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttcccataattcctcttagtgattccacacaatgtgtcttgttcattgagt 13329990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 148 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 23485077 - 23484847
Alignment:
Q  148 gaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcc-aaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcata 246  Q
    |||| |||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| |||| ||    
T  23485077 gaacatgagaaacctttctcaaagtaaaaattccttttattgatttctattctcccaaattatatcttgaaaaatgattgaagattcttggatcatccta 23484978  T
Q  247 agtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttat 346  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||         |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  23484977 agtcttttatgatagaatcttcatgcatatgatcatgatttgtcttccttgatagttctcca---------attaatgaatgacttaataaataatttat 23484887  T
Q  347 tcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattt 386  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23484886 tcatcggttggtttctcttcaaagttgattctaattattt 23484847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 322 - 603
Target Start/End: Original strand, 13978313 - 13978603
Alignment:
Q  322 atgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatat 421  Q
    |||| ||| ||||| |||| || ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||   |||| | || ||| ||||||| |||||||||     
T  13978313 atgaatgacttaatgaatagttcattcatggatttgtttatcttcaaagttgattctaatcatttccgtgaagtaataagaataatttcaagtgtaataa 13978412  T
Q  422 gcatcctcatcatgagaacatacttt-catcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattcttggttaattaacattgaattatttt 513  Q
     |||| |||||| |||| ||| |||| ||||  ||||||||| |||||||| |||       |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  13978413 tcatcatcatcacgagaccattcttttcatcaaagttgataaggttctcttttatatgagaagacaatatcttcttggtcaattaaccttgaattatttt 13978512  T
Q  514 gtt-ggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttag 603  Q
    ||  |||| || ||||| |||||||||| ||||  |||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  13978513 gtccggtggtgtgatttttctcataattcctctcagtgatttcacacaatgtttcttgcccattgagtatctttgaaatgttttagtttag 13978603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 421 - 603
Target Start/End: Original strand, 9294424 - 9294612
Alignment:
Q  421 tgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattcttggttaattaacattgaattatttt 513  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||       ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  9294424 tgcatcatcatcatgagaacattttttcatcggagttgataatgttctattatatataggatgacaatacattcttggttaattaacttttaattatttt 9294523  T
Q  514 gttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttag 603  Q
    |||| |||||| |||||||||||| ||  | || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9294524 gttgatgatgcaatttatctcatagttcatgttagtgattgcacataatgtttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttag 9294612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 16 - 231
Target Start/End: Original strand, 13953242 - 13953456
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||  |||| ||   |||||  ||| |||||||||| ||  |||||| ||    
T  13953242 attctcatgaaaca-tttctcacaaaattcattagtagataacgagataataaatgtaa-ataagtgttatctttaaaaacatcaagtgaagatgttctc 13953339  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattct-ccaaatcatatctt 214  Q
    ||| ||||||||  ||| |||| | ||| || |||| |||||| ||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13953340 ttcactttgtataaccagaatgttctttgtaagaacatgagaaacctttctcaaagtaaaaattcatttgattgatttctattctcccaaatcatatctt 13953439  T
Q  215 gaatattgatggaagat 231  Q
    ||| | |||||||||||    
T  13953440 gaaaaatgatggaagat 13953456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 643 - 743
Target Start/End: Original strand, 9294759 - 9294859
Alignment:
Q  643 aaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattcttttta 742  Q
    |||||||||||||||  | ||||  ||||||  ||| ||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9294759 aaaaccatgtggtgaccaggatgtgtcaattgatcataaaatttatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaaacaatattcttttta 9294858  T
Q  743 t 743  Q
    |    
T  9294859 t 9294859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 406 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 23484850 - 23484666
Alignment:
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatacttt-catcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattcttggttaatt 497  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | |||| ||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||| |||||||| ||||    
T  23484850 atttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaatatcttcttggtcaatt 23484751  T
Q  498 aacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttcttt 586  Q
    ||| ||||||| |    ||| |||| | |||  ||||||| || ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  23484750 aaccttgaattgt----ttgatgatacaattcttctcatagttcctcttagtgattccacacaatgtttcttgttcattaagtgtcttt 23484666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 627 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 23484637 - 23484529
Alignment:
Q  627 ttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattca 726  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  23484637 ttttaatgctttgttgaaaaccatgtggtgatgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttgttgaatcttcaatcaatactcatttgattca 23484538  T
Q  727 aagaatatt 735  Q
    || ||||||    
T  23484537 aacaatatt 23484529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 9307992 - 9307877
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||||  | ||||  ||||||  ||| ||| || | |||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9307992 tttaaggctttgatgaaaaccatgtggtgatgaggatgtgtcaattgatcataaaatttatcttcttgttaaatcttcaatcaacacttatttgattcaa 9307893  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  9307892 acaatattctttttat 9307877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Original strand, 13978729 - 13978844
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||  | ||||| |||| || ||| ||| |||| |||||| |||||||| || | ||||||| |||||||||     
T  13978729 tttaaggctttgttgaaaaccatgtggtgacgaggatgagtcaaataatcataaaattcatcttcttgttgaatctacaataaacactcttttgattcac 13978828  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
      ||||||||||||||    
T  13978829 gcaatattctttttat 13978844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 37919811 - 37919701
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || || || ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  37919811 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactaatagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgtgttc 37919713  T
Q  116 ttctctttgtat 127  Q
    |||  |||||||    
T  37919712 ttcattttgtat 37919701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 549 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 9308177 - 9308123
Alignment:
Q  549 tgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  9308177 tgattgcacacaatgtttctt-tccattgagtatctttgatatgttttagtttagg 9308123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 9418420 - 9417741
Alignment:
Q  54 ataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgt 153  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  || |||||||||| ||||||| |    
T  9418420 ataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttcttcactttatatgagcagaatgatatttgtaggaacat 9418321  T
Q  154 gagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttt 253  Q
    || || ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  9418320 gataaacctttcttaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaaattatatcttgaatgt-gatggaagattcttggaccatcataaatattt 9418222  T
Q  254 tatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaa 353  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||||||| ||| |||||    
T  9418221 tatgatagaatctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaatcaatatcattaatgaacgacttaataaataattcatttatgaa 9418122  T
Q  354 ttggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcgg 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9418121 ttggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgattagaataatttcgagtgtaatatgcatcttcatcatgagaacattctttcatcgg 9418022  T
Q  454 agttgataatgttctcttc-------tatgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctctt 546  Q
    |||||||||| ||||||||       |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  9418021 agttgataattttctcttctatatgatatgacaatacattctcggttaattaaccttgaattattttgttgatgatgcaatttatctcataatttttctt 9417922  T
Q  547 ggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaa 646  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  9417921 ggtgattgcacacaatgtttcttgtccattgagtacctttaagatgttttagtttatgcatgccttttcttccttgaatc-tttaaggcattgttgaaaa 9417823  T
Q  647 ccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaa 728  Q
    ||||| |||||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||  | ||||||| |||  |||||| |||||||||||    
T  9417822 ccatgcggtgatgatgatgaataaattactcataaagttcgtcttctcgtggaatctttactgcacactcttttgattcaaa 9417741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 45 - 728
Target Start/End: Original strand, 24097242 - 24097933
Alignment:
Q  45 cattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttt 144  Q
    |||||||  ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||| | | ||||||     
T  24097242 cattagtggataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttcttcactctatatgaccagattaatatttg 24097341  T
Q  145 taggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttga----ttgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggacc 240  Q
    ||||||| ||| |  | ||||||||| ||| ||||| |||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |    
T  24097342 taggaacatgaaagacttttctcaaagtcaaaattcatttgagtaattgatttctattctccaaatcatatcttgaatagtgatggatgattcttggatc 24097441  T
Q  241 atcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaata 340  Q
    ||  |||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||| ||||    
T  24097442 atgctaagtcttgtatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttcttctttgataattctccaatcaacatcatgaatgaatgacttaatgaata 24097541  T
Q  341 atttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaac 440  Q
    ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||     
T  24097542 attcatttatggattggtttctcttcaaagttgattctaattattttgatgaaatgatgagaataatttcaagtgtaatagccatccttatcatgagaaa 24097641  T
Q  441 atactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatct 533  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||  |||| ||||||| ||| ||| |||||||||||  |||||| ||||||||    
T  24097642 attctttcatcagagttgataatgttctcttctatatgagatgacaataccttctcggttaatgaaccttggattattttgttaatgatgcaatttatct 24097741  T
Q  534 cataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaag 633  Q
    ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||| || ||||||    
T  24097742 cataatacatcttggtgattgcacacaatgtttcttgtccattgagtatttttgagatgttttaaattagacatgtcttttcttccttgaatc-tttaag 24097840  T
Q  634 gcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaa 728  Q
     | ||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  24097841 acgttgttgaaaatcatgtggtgacgatgatgaatcaattaatcataaagttcatcttcttgttgaatcttcactcaagact--tttgattcaaa 24097933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 7836995 - 7836402
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  7836995 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacaccagtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgtcttc 7836897  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||    
T  7836896 ttcactttgtatgaccaaaatgatatttgttggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgattgttgttctccaaatcatatattg 7836797  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaata 315  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||| | |||||    
T  7836796 aatagtgatagaggattcttggaccatcatgagtattttatgatagaatctcaaagcatatgatcatgattttttttctttgatcattctccgatcaata 7836697  T
Q  316 tcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtg 415  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||    
T  7836696 tcataaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattgatttctctttaaagctgattctaatcattttgatgaaacgatgataataatttccagtg 7836597  T
Q  416 taatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaatt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  7836596 taatatgcatcctcatcatgagaacattctttcatcggagttgataatgttctcttctatatgggatgacaatatattctcggttaattaacctttaatt 7836497  T
Q  509 attttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||||||| |||||| | |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7836496 attttgttgatgatgcaaattatctcatagttcatgttggtgattgcacacaatatttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 7836402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 7807571 - 7806977
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  7807571 attctcatgaaaca--ttttcacaaaacacactagtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgtcttc 7807474  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||    
T  7807473 ttcactttgtatgaccaaaatgatatttgttggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgattgttgttctccaaatcatatattg 7807374  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatga--attttcttctttgatatttctccaaacaa 313  Q
    |||| |||| || ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   |||| |||||||||  |||||| | |||    
T  7807373 aatagtgatagaggattcttagaccatcatgagtattttatgatagaatctcaaagcatatgatcatgattttttttttctttgatcattctccgatcaa 7807274  T
Q  314 tatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgag 413  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  7807273 tatcataaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattgatttctctttaaagctgattctaatcattttgatgaaacgatgagaataatttctag 7807174  T
Q  414 tgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaa 506  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  7807173 tgtaatatgcattctcatcgtgagaacattctttcatcggagttgataatgttctcttctatataggatgacaatatattctcggttaattaacctttaa 7807074  T
Q  507 ttattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7807073 ttattttgttgatgatgcaaattatctcatagttcatgttggtgattgcacacaatatttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 7806977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 11 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 24268918 - 24268399
Alignment:
Q  11 agattattcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatg 110  Q
    |||| ||||| |||||||| ||| ||||||||  |||||||| |||||||||| ||||  |||| || | |||||  ||| |||||||||| || |||||    
T  24268918 agatcattctcatgaaaca-tttatcacaaaacacattagtagataacaagataataaatgtaa-atatgtgttatctttaaaaacatcaagtgaggatg 24268821  T
Q  111 ttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcca-aatcat 209  Q
    || ||||| |||||| || ||| |||| | ||| || | |  |||||| ||| ||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  24268820 ttctcttcactttgtctgaccagaatgttctttgtaaggatatgagaaacctctctcaaagtaaaaattcgtttgattgatttctattctcccgaatcat 24268721  T
Q  210 atcttgaatat--tgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcc 307  Q
    ||||| || |   ||||||||||||||| || |||| ||| ||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  24268720 atctttaaaaaaatgatggaagattcttcgatcatcctaaatcttttacgatagaatcatcaagcatgtgatcatgaattttcttcttttatattttttc 24268621  T
Q  308 aaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaat 407  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24268620 aatcaatatcattaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattggtttctcttcaaagttgattataatcattttgatgaaatgatgagaataat 24268521  T
Q  408 ttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaac 500  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24268520 ttcgagtgtaatatgcatcttcattatgagatcattctttcatcggagttgataatgttcgcttctatatgagatgacaataaattctcggttaattaac 24268421  T
Q  501 attgaattattttgttggtgat 522  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  24268420 cttgaattattttgttggtgat 24268399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 35 - 473
Target Start/End: Original strand, 31576430 - 31576871
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaa 134  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||| ||||  |||| || | |||||  ||| |||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |    
T  31576430 tcacaaaacacattagtagataacaagataataaatgtaa-atatgtgttatctttaaaaacatcaagtgaggatgttctcttcactttgtatgaccaga 31576528  T
Q  135 atgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcc-aaatcatatcttg---aatattgatggaaga 230  Q
    ||| | ||| || |||  |||||| ||| ||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    || | ||||||||||    
T  31576529 atgttctttgtaagaatatgagaaacctctctcaaagtaaaaattcatttgattgatttctattctcccaaatcatatcttttaaaaaaatgatggaaga 31576628  T
Q  231 ttcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaa 330  Q
    |||||  | |||| ||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||     
T  31576629 ttcttcaatcatcctaaatcttttatgatagaatcttcaagcatgtgatcatgaattttcttctttgatatttttccaatcaatatcattaatgaatgac 31576728  T
Q  331 ttaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctca 430  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  31576729 ttaataaataattcattcatgaattgatttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagaataatttcgagtgtaatatgcatactca 31576828  T
Q  431 tcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct 473  Q
    | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31576829 ttatgagatcattctttcatcggagttgataatgttcgcttct 31576871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 286 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 997374 - 997050
Alignment:
Q  286 ttttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcatt 385  Q
    ||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  997374 ttttcttctttgatcattctccgatcaatatcataaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattgatttctctttaaagctgattctaatcatt 997275  T
Q  386 ttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gac 478  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  997274 ttgatgaaatgatgagaataatttctagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacattctttcatcggagttgataatgttctcttctatatgggacgac 997175  T
Q  479 aatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattga 578  Q
    |||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  997174 aatacattctcggttaattaacctttaattattttgttgatgatgcaatttatctcatagttcatgttggtgattgcacacaatgtttctt-tccattga 997076  T
Q  579 gtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    || |||||||||||||||||||||||    
T  997075 gtatctttgagatgttttagtttagg 997050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 35 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 12766465 - 12765789
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaa 134  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||| ||||  |||| || | |||||  ||||||||||| || || ||||||| ||||| |||| |||| || ||    
T  12766465 tcacaaaacacattagtagataacaagataataaatgtaa-atatgtgttatcttttaaaacataaagtgaggatgttctcttcactttttatgaccgaa 12766367  T
Q  135 atgatatttt-taggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcc-aaatcatatcttgaatattgatggaagatt 232  Q
    ||| | |||| || |||| |||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  12766366 atgttcttttgtaagaacatgagaaacctttctcaaagtaaaaattccttttattgatttctattctcccaaattatatcttgaaaaatgatggaagatt 12766267  T
Q  233 cttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaatt 332  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||         |||||||| ||| ||    
T  12766266 cttggatcatcctaagtcttttatgatagaatcttcatgcatatgatcatgatttgtcttccttgatagttctcca---------attaatgaatgactt 12766176  T
Q  333 aataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatc 432  Q
    ||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||         ||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||    
T  12766175 aatgaataatttattcatcggttggtttctcttcaaagttgattctaattattt--------cgatgagaataatttcgagtgtaataatcatcttcatc 12766084  T
Q  433 atgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgc 524  Q
    |||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |    ||| |||| |    
T  12766083 atgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaatatcttcttggttaattaaccttgaattgt----ttgatgatac 12765988  T
Q  525 gatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgat 624  Q
     |||  ||||||| || ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | || ||          ||   | ||| |||||  |     
T  12765987 aattcttctcatatttcctcttagtgattccacacaatgtttcttgttcattaagtgtctttcaaatatt----------aa--ccctttattcctcaaa 12765900  T
Q  625 tcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgatt 724  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12765899 tcttttaatgctttgttgaaaaccatgtggtgatgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgatt 12765800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 92 - 735
Target Start/End: Original strand, 42713782 - 42714399
Alignment:
Q  92 aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgat 191  Q
    ||||||| || || ||||||| ||||| ||||| ||| |||  ||| | ||| || |||| |||||| | ||||||||| | | ||||||||||||||||    
T  42713782 aaaacataaagtgaggatgttctcttcactttgaatgaccagtatgttctttgtaagaacatgagaaacttttctcaaagtaaaaattcctttgattgat 42713881  T
Q  192 ttctattctcca-aatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtctt-ttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaatttt 289  Q
    |||||||||||  ||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| || || || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  42713882 ttctattctcccgaatcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggatcatcttatgttttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaatttt 42713981  T
Q  290 cttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttga 389  Q
    |||| |||||| ||||||                     ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||    
T  42713982 cttccttgataattctcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcctcaaagttgattctaattatttcga 42714060  T
Q  390 tgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaat 481  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  42714061 tgaagtaatgagaataatttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaat 42714160  T
Q  482 atattc-ttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagt 580  Q
    || ||| ||||| ||| ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  42714161 atcttctttggtaaatcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttctcataatttctcttagtgattccacacaatgtttcttgttcattgagt 42714256  T
Q  581 ttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcaga 680  Q
     ||||| | || ||          ||  || ||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| |    
T  42714257 gtctttcaaatatt----------aa--tcatttattcctcgaatcttttaaggctttgttgaaaaccatgtggtgacgaggatgagtcaattgatcata 42714344  T
Q  681 aagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatatt 735  Q
    || | || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42714345 aaatacatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaaacaatatt 42714399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 92 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 20028923 - 20028467
Alignment:
Q  92 aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgat 191  Q
    ||||||| || || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | |||||| |||| |||||| | ||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  20028923 aaaacataaagtgaggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttttaagaacatgagaaacttttctcaaggtaaaaattcctttgattgat 20028824  T
Q  192 ttctattctcca-aatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttc 290  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |  || | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  20028823 ttctattttcccgaatcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggaccatcctttgtttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttc 20028724  T
Q  291 ttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgat 390  Q
    ||| |||||| ||||||                     ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  20028723 ttccttgataattctcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagttgattctaattatttcgat 20028645  T
Q  391 gaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaata 482  Q
    ||  | |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  20028644 gaggtaatgagaataatttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaata 20028545  T
Q  483 tattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgt 564  Q
    | |||||||| ||| ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  |||||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  20028544 tcttcttggtcaatcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttctcataatttctcttagtgattccacacaatgt 20028467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 92 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 20036684 - 20036231
Alignment:
Q  92 aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgat 191  Q
    ||||||| || || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | |||||| |||| |||||| | ||||||||  | | | ||||||||||||||    
T  20036684 aaaacataaagtgaggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttttaagaacatgagaaacttttctcaaggtaaaatttcctttgattgat 20036585  T
Q  192 ttctattctcca-aatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttc 290  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||| || || | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  20036584 ttctattttcccgaatcatatcttaaaaaatgatggaagattctttgaccatcctatgtttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttc 20036485  T
Q  291 ttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgat 390  Q
    ||| |||||| ||||||                     ||||||| ||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  20036484 ttccttgataattctcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttgatttctcttcaaagttgattctaattatttcgat 20036406  T
Q  391 gaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaata 482  Q
    ||| | |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  20036405 gaagtaatgagaataatttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaata 20036306  T
Q  483 tattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaa 561  Q
    | |||||||| ||| ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  |||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  20036305 tcttcttggtcaatcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttctcataatttctcttagtgattccacacaa 20036231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 988210 - 988048
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  988210 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactagtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttc 988112  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaatt 179  Q
    |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  988111 ttcattttgtatgaccaaaatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaatt 988048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 628 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 24268139 - 24268039
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||| |  ||||||||||||||| ||| ||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  24268139 tttaaggctttgttcaaaaccatgcggtcacgatgatgaatcaattaatcataaagtccatcttcttgttgaatcttcacttaacactcttttgattcaa 24268040  T
Q  728 a 728  Q
    |    
T  24268039 a 24268039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 616 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 20036204 - 20036085
Alignment:
Q  616 ttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacact 715  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  20036204 ttcctcgaatcttttaaggctttgttgaaatccatgtggtgacgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttgttgaatcttcaatcaacact 20036105  T
Q  716 catttgattcaaagaatatt 735  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  20036104 catttgattcaaacaatatt 20036085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 628 - 727
Target Start/End: Original strand, 31576887 - 31576986
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||| |  |||||||||||| || ||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31576887 tttaaggctttgttcaaaaccatgcggtcacgatgatgaatcaactaatcataaagttcatctttttgttgaatcttcactcaacactcttttgattcaa 31576986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 7836270 - 7836155
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||| || ||||  ||||||  ||| ||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  7836270 tttaaggctttgatgaaaaccatgtggtgacaaggatgtgtcaattgatcataaaatttatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttaattcaa 7836171  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
      ||||||||||||||    
T  7836170 gcaatattctttttat 7836155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 616 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 20026041 - 20025924
Alignment:
Q  616 ttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacact 715  Q
    ||||| || |||||||| || ||||| ||| |||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  20026041 ttcctcgaatcttttaaagctttgttgaaatccatgtggtgacgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttgttgaatcttcaatcaacact 20025942  T
Q  716 catttgattcaaagaata 733  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  20025941 catttgattcaaacaata 20025924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 996919 - 996807
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||  ||| ||| || | | | |||   |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  996919 tttaaggctttgataaaaaccatgtggtgacaaggatgtatcaattgatcataaaatttatcatgtta---aatcttcaatcaacacttatttgattcaa 996823  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  996822 acaatattctttttat 996807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 628 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 7806845 - 7806740
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||| || ||||  ||||||  ||| ||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  7806845 tttaaggctttgatgaaaaccatgtggtgacaaggatgtgtcaattgatcataaaatttatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttaattcaa 7806746  T
Q  728 agaata 733  Q
    | ||||    
T  7806745 acaata 7806740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 684 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 15968915 - 15968858
Alignment:
Q  684 ttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattcttttt 741  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  15968915 ttcatcttcttgttgaatcttcaatcaacacccatttgattcaaacaatattcttttt 15968858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 153 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 14097789 - 14097214
Alignment:
Q  153 tgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtctt 252  Q
    |||||| ||||||  ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14097789 tgagaaacctttcggaaagtcaaaatttctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatagtgatggaagattcttggaccatcataagtctt 14097690  T
Q  253 ttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatga 352  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||    
T  14097689 ttatgatagaatctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaccaatatcattaatgactgacttaataaataattcgttcatga 14097590  T
Q  353 attggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcg 452  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||    
T  14097589 attggtttctcttcaaagttaattctaatcattttgatgaaatgatgagattgatttcgagtgtaatatgcatcctcattacgagaccattctttcatcg 14097490  T
Q  453 gagttgataatgttctcttctatgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgat 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14097489 gagttgataatgttctcttctatgacaatatattctcggttaattaaccttgaattattttgttgttgatgcgatttatctcataatttcttttggtgat 14097390  T
Q  553 cgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg-aatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatg 651  Q
     ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||           ||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  14097389 tgcacacaatatttcctgtccattgagtatctttgagatgttttagtttaggcaat-----------cttgaatc-tttaaggcattgttgaaaaccatg 14097302  T
Q  652 tggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattcttt 739  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  14097301 ttgtgagaatgatgaatcaattactaagaaagttcatcttcttgttaaatcttcagtcaacactcgtttgattcaaacaatattcttt 14097214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 92 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 2850617 - 2850098
Alignment:
Q  92 aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgat 191  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||  ||| |||| | ||| || ||||||||||| ||||||||||| | |  |||||||||||||||    
T  2850617 aaaacatcgagtggggatgttctcttcactttgtataaccataatgttctttgtaagaacgtgagaaacctttctcaaagtaaatattcctttgattgat 2850518  T
Q  192 ttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttct 291  Q
    ||||||||||| || |||||||| || | ||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  2850517 ttctattctcccaaccatatcttaaaaaatgatggaagattcttcgatcatcttaaatcttttatgatagaatcttcaagcatatgatcatgaattttct 2850418  T
Q  292 tctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatg 391  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||     
T  2850417 tctttgatatttttccaatcaatatcattaatgagtgacttaataaataattcattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatccttttaatc 2850318  T
Q  392 aaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatata 484  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||| | |||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||       |||| ||||      
T  2850317 aaatgatgagaataatctcgagtgtaagaggcatcctctttatgagaacgttctttcatcagagttgatgatgttctcttctatataagatgataatacc 2850218  T
Q  485 ttcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttct 584  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  2850217 ttcttgattaattaaccttgaattattttgttgatgatgcaatttatcacataattcctcttggtgattgcacacaatgtatcttgtccattgagtatct 2850118  T
Q  585 ttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2850117 ttgagatgttttagtttagg 2850098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 329 - 735
Target Start/End: Original strand, 17513874 - 17514272
Alignment:
Q  329 aattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcct 428  Q
    ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||| |||||| ||||||||||  |||| |    
T  17513874 aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagttgattcaaattatttcgatgaagtaatgagaataattttgagtgtaataatcatctt 17513973  T
Q  429 catcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtg 520  Q
     ||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| |    ||| ||    
T  17513974 gatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaatatcttcttggtcaatcaaccttgaattgt----ttgatg 17514069  T
Q  521 atgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttcct 620  Q
    |||| |||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||          ||   | ||| |||||    
T  17514070 atgcaattcttctcataattcctcttagtgattccacacaatgtttcttgttcattgagtgtctttcaaatatt----------aa--ccctttattcct 17514157  T
Q  621 tgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcattt 720  Q
     || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||  ||| ||| | || |||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  17514158 cgaatcttttaaggctttgttgaaaaccatgtggtgacaaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttgttgaatcttcaatcaacattcattt 17514257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 2847201 - 2847086
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    ||||||||  |||| ||||||| ||||||| || ||||| ||||||  ||| ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2847201 tttaaggctctgttgaaaaccaagtggtgacaaggatgagtcaattgatcataaaattcatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaa 2847102  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  2847101 acaatattctttttat 2847086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 2849968 - 2849853
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||||  | ||||| ||||||  ||| ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2849968 tttaaggctttgttgaaaaccatgtcgtgacgaggatgagtcaattgatcataaaattcatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaa 2849869  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  2849868 acaatattctttttat 2849853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 92 - 243
Target Start/End: Original strand, 17513686 - 17513838
Alignment:
Q  92 aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgat 191  Q
    ||||||| || || ||||||  ||||| ||||||||| ||| |||| | ||| || |||| |||||| ||||||||||| | | |||| |||||||||||    
T  17513686 aaaacataaagtgaggatgtactcttcactttgtatgaccagaatgttctttgtaagaacatgagaaacctttctcaaagtaaaaatttctttgattgat 17513785  T
Q  192 ttctattct-ccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatc 243  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||    
T  17513786 ttctattctcccgaatcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggatcatc 17513838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 14100023 - 14099909
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacatttt-aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaa 133  Q
    ||||||||  ||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||     
T  14100023 tcacaaaagacattagtgaataaaaatataataattgtaatatttttgttatcttttgaaaacatcaaatgaagatgttttcttcactttgtatgaccat 14099924  T
Q  134 aatgatatttttagg 148  Q
    |||||||||| ||||    
T  14099923 aatgatatttgtagg 14099909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0091 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0091
Description:

Target: scaffold0091; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 602
Target Start/End: Original strand, 15725 - 16246
Alignment:
Q  88 ttttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgat 187  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  15725 ttttaaaacatcaaataaggatgttttcttcactttgtatgaccataatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgat 15824  T
Q  188 tgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaatt 287  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  15825 tgatttctattctccaaattatatcttgaatagtgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaatctccaagcatatgatcatgtatt 15924  T
Q  288 ttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcatttt 387  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15925 ttcttctttgatatttctccaatcaatatcattaatgaatgacataataaataattcattcatgaattggtttctcttcaaagttaattctaatcatttt 16024  T
Q  388 gatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaa 480  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||       |||||||    
T  16025 gatgaaatgatgagaataatttagagtgtaatatgcatcctcatcttgagaacattgtttcatcggagttgatgatgttcttttctatatgagatgacaa 16124  T
Q  481 tatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagt 580  Q
    || ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16125 tacattctcggttaattaaccttgacttattttgttgatgatgcgatttatctcataatttctcttggtggttgcacacaatgtttcttgtccattgagt 16224  T
Q  581 ttctttgagatgttttagttta 602  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  16225 atctttgagatgttttagttta 16246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0091; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Original strand, 16378 - 16493
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||| ||||||  | | ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16378 tttaaggctttgctaaaaaccatgtggtgatgaggatgagtcaattgattataaaattcatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaa 16477  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  16478 acaatattctttttat 16493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 11222478 - 11221911
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaa 134  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| | | |    
T  11222478 tcacaaaacacattagtgaataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgctttcttcactttgtatgacaaga 11222379  T
Q  135 atgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattct 234  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11222378 atgatatttgtaggaacatgagaaacctttttcaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatagtgatgtaagattct 11222279  T
Q  235 tggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaa 334  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||         ||||||||||||||| ||| || |    
T  11222278 tggactatcataagtcttttatgatataatctccaagtatatgatcatgaattttcttttttgatat---------caatatcattaatgaatgacttga 11222188  T
Q  335 taaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcat 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11222187 taaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagaataatttcgagtgtaatatgcatccttatcat 11222088  T
Q  435 gagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgat 527  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||       ||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||    
T  11222087 gagaccattctttcgtcggagttgataatgttttcttctatatgagatgacaatacattctcggttaattaaccgtgaattattttgttgatgatgcaat 11221988  T
Q  528 ttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11221987 ttagcacataatttctcttggtgattgcacacaatgttttttgtccattgagtatctttgagatgttttagcttagg 11221911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 604
Target Start/End: Original strand, 42733584 - 42734150
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaa 134  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||| | | |    
T  42733584 tcacaaaacacattagtgaataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcatatgaggatgctttcttcactttgtatgacaaga 42733683  T
Q  135 atgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattct 234  Q
    ||||||||| ||||||  ||| || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |    
T  42733684 atgatatttgtaggaagatgataaacctttttcaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatagtgatgtaagattat 42733783  T
Q  235 tggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaa 334  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||| ||| || |    
T  42733784 tggactatcataagtcttttatgatataatctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatat---------caatatcattaatgaatgacttga 42733874  T
Q  335 taaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcat 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42733875 taaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgataataatttcgagtgtaatatgcatcctcatcat 42733974  T
Q  435 gagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgat 527  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||    
T  42733975 gagaccattctttcatcggagttgataatgttttcttctatatgagatgacaatacattctcggttaattaaccttgaattattttgttgatgatgcaat 42734074  T
Q  528 ttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  42734075 ttatcacataatttctctt-gtgattgcacacaatgtttcttgtccattgagtatccttgagatgttttagcttagg 42734150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 134 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 26649542 - 26648948
Alignment:
Q  134 aatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattc 233  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  26649542 aatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatctttaatagtgatggaagattc 26649443  T
Q  234 ttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgata-tttctccaaacaatatcattaatgagtgaatt 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  26649442 ttggaccatcataagtcttttatgatagaatctccaaacatatgatcatgaattttcttctttgatattttctccaatcaatatcattaatgaatgactt 26649343  T
Q  333 aataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatc 432  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26649342 aataagtaattcattcatgaattgattt------aaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcaagtgtaatatgcatcttcatc 26649249  T
Q  433 atgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcg 525  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||       ||||||||| | ||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    
T  26649248 atgagaacattctttcaccggagttaataatgttctcttctatatgagatgacaatacactctcgcttaattaaccttgaattattttgttgatgatgtg 26649149  T
Q  526 atttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgatt 625  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||||| | || ||          ||   | ||| ||||| || |    
T  26649148 atttgtctcataatttctcttggtgattgcacacagtgtttcttgttcattgagtgtctttcaaatatt----------aa--ccctttattcctcgaat 26649061  T
Q  626 cttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattc 725  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| |  |  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26649060 cttttaaggctttgttgaaaaccatgtggtgacgaggatgagtcaattgatca-aaaataaatattcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattc 26648962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 134 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 26921127 - 26920533
Alignment:
Q  134 aatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattc 233  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  26921127 aatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatctttaatagtgatggaagattc 26921028  T
Q  234 ttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgata-tttctccaaacaatatcattaatgagtgaatt 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  26921027 ttggaccatcataagtcttttatgatagaatctccaaacatatgatcatgaattttcttctttgatattttctccaatcaatatcattaatgaatgactt 26920928  T
Q  333 aataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatc 432  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26920927 aataagtaattcattcatgaattgattt------aaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcaagtgtaatatgcatcttcatc 26920834  T
Q  433 atgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcg 525  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||       ||||||||| | ||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    
T  26920833 atgagaacattctttcaccggagttaataatgttctcttctatatgagatgacaatacactctcgcttaattaaccttgaattattttgttgatgatgtg 26920734  T
Q  526 atttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgatt 625  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||||| | || ||          ||   | ||| ||||| || |    
T  26920733 atttgtctcataatttctcttggtgattgcacacagtgtttcttgttcattgagtgtctttcaaatatt----------aa--ccctttattcctcgaat 26920646  T
Q  626 cttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattc 725  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| |  |  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26920645 cttttaaggctttgttgaaaaccatgtggtgacgaggatgagtcaattgatca-aaaataaatattcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattc 26920547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 153 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 2641403 - 2640946
Alignment:
Q  153 tgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtctt 252  Q
    |||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | | || || ||||||||||||||||||||| ||    
T  2641403 tgagaaacttttctcaaagtcaaaattcctttgatttatttctgttctccaaatcatatcttgaacagtaatagaggattcttggaccatcataagtatt 2641304  T
Q  253 ttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatga 352  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2641303 ttatgatagaatctcaaagcatatgatcgtgaattttcttctttgatcattctccgatcaatatcataaatgaatgatttaataaataattcattcatga 2641204  T
Q  353 attggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcg 452  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2641203 attgatttctctttaaagctgattctaatcattttgatgaaatgatgagaataatttctggtgtaatatgcatccccatcatgagaacattctttcatcg 2641104  T
Q  453 gagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctct 545  Q
    ||||| |||||||||||||||       ||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||  | |    
T  2641103 gagttaataatgttctcttctatatgggatgacaatacattctcggtaaattaacctttaattattttgttgatgatgcaatttatctcatagttcatgt 2641004  T
Q  546 tggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2641003 tggtgattgcacacaatgtttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 2640946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 111 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 26649717 - 26649558
Alignment:
Q  111 ttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcata 210  Q
    |||||||| ||||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26649717 ttttcttcactttgtataaccagaatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaaatcata 26649618  T
Q  211 tcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaa 270  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26649617 tctttaatagtgatggaagattcttggaccatcataaatcttttatgatagaatctccaa 26649558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 111 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 26921302 - 26921143
Alignment:
Q  111 ttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcata 210  Q
    |||||||| ||||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26921302 ttttcttcactttgtataaccagaatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaaatcata 26921203  T
Q  211 tcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaa 270  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26921202 tctttaatagtgatggaagattcttggaccatcataaatcttttatgatagaatctccaa 26921143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 26651811 - 26651730
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttct 116  Q
    ||||||||  |||||||  ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26651811 tcacaaaacacattagtggataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttct 26651730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 26923396 - 26923315
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttct 116  Q
    ||||||||  |||||||  ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26923396 tcacaaaacacattagtggataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttct 26923315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 689 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 11221730 - 11221679
Alignment:
Q  689 cttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattctttt 740  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11221730 cttcttgttgaatcttcaataaacactcatttgattcaaacaatattctttt 11221679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 689 - 740
Target Start/End: Original strand, 42734337 - 42734388
Alignment:
Q  689 cttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattctttt 740  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42734337 cttcttgttgaatcttcaataaacactcatttgattcaaacaatattctttt 42734388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 35 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 9736050 - 9735483
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaa 134  Q
    ||||||||  ||||||| ||| |||| || ||||| |||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||   | |    
T  9736050 tcacaaaacacattagtgaatgacaaaataataattgtaaaatttttgttctcttttaaaacatcaaatgaggatggtttcttcactttgtatgaagaga 9735951  T
Q  135 atgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattct 234  Q
    ||||||||| || |||| |||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9735950 atgatatttgtaagaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcatttgattgatttctattctccaattcatatcttgaatagtgatgtaagattct 9735851  T
Q  235 tggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaa 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         ||||||||||||||| ||| || |    
T  9735850 tggaccatcataagtcttttatgatataatctccaagcatatgatcataaattttcttctttgatat---------caatatcattaatgaatgacttga 9735760  T
Q  335 taaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcat 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9735759 taaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaaccgttttgatgaaatgatgagaatagtttcgagtgtaatatgcatcctcatcat 9735660  T
Q  435 gagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgat 527  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||    
T  9735659 gagaccattctttcatcggagttgataatgttttcttctatatgagatgacaatacattctcggttaattaacctttaattattttgttgatgatgcaat 9735560  T
Q  528 ttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9735559 ttatcacataatttctcttggtgattgcacacaatgtttcttgtccattgagtatctttgagatgttttagcttagg 9735483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 35 - 604
Target Start/End: Original strand, 4314180 - 4314731
Alignment:
Q  35 tcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaa 134  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| |    
T  4314180 tcacaaaacacattagtgaataacaagataataattatgatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttcttcactttgaatgaccaga 4314279  T
Q  135 atgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattct 234  Q
     |||||||| ||||||  |||||| ||||||| ||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  4314280 gtgatatttgtaggaatatgagaaacctttctgaaagtaaaaattcttttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatagtgatataagattct 4314379  T
Q  235 tggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaa 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||| || |    
T  4314380 tggaccatcataagtcttttatgatataatctccaagcatatgatcatcaattttcttctttgataattctccaatcaatatcattaaagaatgacttga 4314479  T
Q  335 taaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcat 434  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4314480 taaataattcattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaattatgataataatttcgagtgtaatatgcatcctcatcaa 4314579  T
Q  435 gagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctatgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctc 534  Q
    |||||||| |||  ||  |||                  |||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||| |||||| | |||||| ||||||| |    
T  4314580 gagaacattcttctatatgag------------------atgataatacattctcggttaactaaccttgaattgttttgtcgatgatgcaatttatcac 4314661  T
Q  535 ataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4314662 ataattcctcttggggattgcacaaaatttttcttgttcgttgagtatctttgagatgttttagtttagg 4314731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 54 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 32817130 - 32816454
Alignment:
Q  54 ataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaa-aatgatatttttaggaacg 152  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||| ||  ||||||||| |||| |||| | ||| || ||||     
T  32817130 ataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgatgatgtttttttgactttgtatgaccaagaatgttctttgtaagaaca 32817031  T
Q  153 tgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcc-aaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtct 251  Q
    |||||| ||||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| |||    
T  32817030 tgagaaacctttctcaaattaaaaatttatttgattgatttctattctcccaaatcatatcttgaataatgatggaagattcttggatcttcctaactct 32816931  T
Q  252 tttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttc--tttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattca 349  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  | ||||  |||||||         |||||||| ||| |||||  |||||| |||||    
T  32816930 tttatgatagaacctccgtgcatatgatcatgaattttcatccatatgatcattctcca---------attaatgaatgacttaattcataattcattca 32816840  T
Q  350 tgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaaca-tactttc 448  Q
    || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||| | |  |||| | |||| || |||| |  ||||    
T  32816839 tggattggtttttcttcagagttgattctaattattttgatgaagtaatgagaataatttcgagtgtgacaatcatctttatcaagaaaacatttttttc 32816740  T
Q  449 atcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataattt 541  Q
    |||  ||||||||| ||||||||||||       ||||  || |||||||||||||||| |||||||||    ||| |||||| |||  | ||||||||     
T  32816739 atcaaagttgataaggttctcttctatatgagaagacaccatcttcttggttaattaaccttgaattat----ttgatgatgcaattcttatcataattc 32816644  T
Q  542 ctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgtt 641  Q
    ||||  |||||  || ||||| |||||||| |||||||| ||||| | || ||          ||   | ||| ||||| || ||||||||||| |||||    
T  32816643 ctctcagtgattccaaacaatatttcttgtgcattgagtatctttcaaatatt----------aa--ccatttattcctcgaatcttttaaggctttgtt 32816556  T
Q  642 aaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattcttttt 741  Q
     |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| | ||  ||||| |||||||| || |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  32816555 gaaaaccatgtggtgacgaggatgagtcaattgatcataaaatacattttcttgttgaatctacaatcaacattcatttgatacaaacaatattcttttt 32816456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 73 - 420
Target Start/End: Original strand, 48712669 - 48713008
Alignment:
Q  73 aatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaat 172  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||||  |  |||| | ||| || |||| |||||| |||||||| || |    
T  48712669 aatatgtttgttatctttaaaaacatcaagtgaagatgttctcttcactttgtatgatcgtaatgttctttgtaagaacatgagaaacctttctctaagt 48712768  T
Q  173 cacaattcctttgattgatttctattctccaa-atcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaag 271  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||| || || |    
T  48712769 aaaaattcctttgattgatttctattctcccagatcatattttgaataatgatggcagattcttggatcatcctaagtttattatgatagaatcttcatg 48712868  T
Q  272 catatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagt 371  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||         |||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  48712869 catatgattatgaattttcttccttgataattctcca---------attaatgaatgacttaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagt 48712959  T
Q  372 tgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaata 420  Q
    |||||||||| |||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  48712960 tgattctaattatttcgatgaagtaatgagaataatttcgagtgtaata 48713008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 93 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 2890825 - 2890506
Alignment:
Q  93 aaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatt 192  Q
    |||||| || || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | ||| || |||| |||||| ||||||||||| | | ||||| |||||||||||    
T  2890825 aaacataaagtgaggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttgtaagaacatgagaaacctttctcaaagtaaaaattcatttgattgatt 2890726  T
Q  193 tctattctcc-aaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttct 291  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||| || |   ||||||||||||||||||||    
T  2890725 tctattctcctaaatcatatcttgaataatgatggaagatttttggatcttcctaagtcttttatgatagaatcttcgtacatatgatcatgaattttct 2890626  T
Q  292 tc--tttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttga 389  Q
    ||  | ||||  |||||||         |||||| | ||| ||||| ||||||| ||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  2890625 tccatatgatcattctcca---------attaattaatgacttaatgaataattcattcatggattgatttttcttcagagttgattctaattattttga 2890535  T
Q  390 tgaaatgatgagactaatttcgagtgtaa 418  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||||    
T  2890534 tgaagtaatgagaataatttcgagtgtaa 2890506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 115 - 602
Target Start/End: Original strand, 8980556 - 8981048
Alignment:
Q  115 cttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatc-atatct 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | ||  |||   ||||||  |||||||||| ||| ||||  |||| |||||||||||||| | || | ||| ||    
T  8980556 cttctctttgtatgtccaaaatgttctattatggata-tgagaaatctttctcaaagtcaaaattgttttgtttgatttctattcttccaagctataact 8980654  T
Q  214 tgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaa 313  Q
    |||||| ||||| |  ||| ||||| |||| ||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||| | |||    
T  8980655 tgaataatgatgaacaattattggatcatcctaagtccattttgatagaatctccatgcatatgatcaagaatttt-ttatttgataattctccgatcaa 8980753  T
Q  314 tatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgag 413  Q
    |||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||  || |||||| ||||||| |||||| ||| |||  |    
T  8980754 tatcattaatgaatgactgaatgaataatttattcacaaattagtttcttttcaaagttgatttcaaccatttttatgaaataatgagaataaattcagg 8980853  T
Q  414 tgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaa 506  Q
    |||||||  |||| ||||| | |||| || |||||||  ||| | || ||||||||||||       |||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  8980854 tgtaataaacatcttcatcttcagaatattctttcataagag-taattatgttctcttctatatgagatgacaatattttcttggtcaattaactttgaa 8980952  T
Q  507 ttattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagttta 602  Q
    ||||||||| | || | | ||   ||||||||||  |||||||||| ||||||  |||||||| ||| |||| | |||||||||||||| ||||||    
T  8980953 ttattttgtcgatgctacaatacttctcataattcatcttggtgattgcacactctgtttcttatccgttgaatatctttgagatgtttaagttta 8981048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 28343647 - 28343532
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| |||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  28343647 tttaagactttgttgaaaaccatgtggtgaagaggatgagtcaattgatcataaaattcatcttcttgttgaatcttcgatcaacactcatttgattgaa 28343548  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  28343547 acaatattctttttat 28343532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 610 - 743
Target Start/End: Original strand, 4314933 - 4315065
Alignment:
Q  610 cttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactc 709  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||  | ||| ||||||||| ||| | | |||| |||||| |||| |||||| ||    
T  4314933 cttttcttcctagaatcttt-aaggctttgttgaaaaacatgtggtgacgaggataaatcaattaatcatataattcatcttcttgttgattcttcaatc 4315031  T
Q  710 aacactcatttgattcaaagaatattctttttat 743  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  4315032 aacactcttttgatttaaacaatattctttttat 4315065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 625 - 739
Target Start/End: Original strand, 48714444 - 48714555
Alignment:
Q  625 tcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgatt 724  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| | |   ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48714444 tcttttaaggctttgttgagaaccatgtggtgacgaggatgagtcaattgatcataaaatac---ttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgatt 48714540  T
Q  725 caaagaatattcttt 739  Q
    |||| ||||||||||    
T  48714541 caaacaatattcttt 48714555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 690 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 9735295 - 9735242
Alignment:
Q  690 ttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattctttttat 743  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9735295 ttcttgttgaatcttcaataaacactcatttgattcaaacaatattctttttat 9735242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 476 - 586
Target Start/End: Original strand, 48714311 - 48714417
Alignment:
Q  476 gacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccat 575  Q
    |||||||| |||||||||||| | | ||||||| |||    | |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||  |||||||||||| |||| |||    
T  48714311 gacaatatcttcttggttaatcatccttgaattgttt----gatgatgcaatttttctcataattcctcttagtgattccacacaatgtttattgttcat 48714406  T
Q  576 tgagtttcttt 586  Q
    ||||| |||||    
T  48714407 tgagtgtcttt 48714417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 25515227 - 25514635
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25515227 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactagtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttc 25515129  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25515128 ttcattttgtatgaccaaaatgatatttgtaggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctgttctccaaatcatatcttg 25515029  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaata 315  Q
    |||| ||||  | |||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||    
T  25515028 aatagtgatataggatttttggaccatcataagtatattatgatagaatctcaaagcatatgatcatgaattttcttctttgatcattctccgatcaata 25514929  T
Q  316 tcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtg 415  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  |||    
T  25514928 tcataaatgaatgacttaataaataattcattaatgaattgatttctctttaaagttgattctaatcattttgataaaataatgagaataatttcaggtg 25514829  T
Q  416 taatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct------atgacaatatattcttggttaattaacattgaatta 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  25514828 taatatgcatcctcatcatgagaacattctttcatcggagttgataatgttctcttctatatggatgacaatacattctcggttaattaacctttaatta 25514729  T
Q  510 ttttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    |||||||| || | | |||||||||||| ||  | |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25514728 ttttgttgatggtacaatttatctcatagttcatgttggcgattgcacacaatgtttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 25514635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 16 - 603
Target Start/End: Original strand, 50065830 - 50066420
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  50065830 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactagtagataacaaaataataattgtaatatttt-gttatattttaaaacatcaaattaggatgttttc 50065927  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  50065928 ttcattttgtatgaccaaaatgatattgt-aggaacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattcctttgattgatttctgttctccaaatcataccttg 50066026  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaata 315  Q
    |||| |||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||    
T  50066027 aatagtgatagagggttcttggaccatcataagtattttatgatagaatctcaaagcatataatcatgaattttcttctttgatcattctccgatcaata 50066126  T
Q  316 tcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtg 415  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  50066127 tcataaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattgatttctctttaaagctgattctaataattttgatgaaatgatgagaataatttctggtg 50066226  T
Q  416 taatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaatt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||    
T  50066227 taatatgcatcctcatcatgagaacattctttcatcatagttgataatgttctcttctatatgggatgacaatacattctcggttaattaacctttaatt 50066326  T
Q  509 attttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttag 603  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50066327 attttgttgatgatggaatttatctcatagttcatgttggtgattgcacacaatgtttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttag 50066420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 16 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 11481422 - 11480852
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| || | |||||  ||| |||| ||||| || ||||||| ||    
T  11481422 attcttaagaaacaatatctcacaaaaatcattagtagataacaagataataaatgtaa-atatgtgttatctttaaaaaaatcaagtgaggatgttctc 11481324  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatattttt--aggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcc-aaatcatatc 212  Q
    |||  |||||||| ||| ||| || |||||  | |||| |||||| ||| ||||||| | | ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  11481323 ttcagtttgtatgaccataat-atttttttgcaagaacatgagaaacctctctcaaagtaaaaattcatttgattgttttcttttctcctaaatcatatc 11481225  T
Q  213 ttgaatat-tgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaac 311  Q
    || || |  |||||||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  11481224 ttaaaaaaatgatggaagattcttcaatcatcctaaatcttttatgatagaatcttcaaacatatgatcatgaattttcttctttgatatttttccaatc 11481125  T
Q  312 aatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcg 411  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11481124 aatatcattaatgaatggcttaataaataattcattcatgaactagtttatcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagaataatttcg 11481025  T
Q  412 agtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattg 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  11481024 agtgtaatatgcatcctcatcatgagaacattatttcatcggagttgataatgttctcttctatatgagatgacaatatattctcggttaattaaccttg 11480925  T
Q  505 aattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattg 577  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  11480924 aattattttgttgattatgcaatttatcacataatttctcttggtgattgcacacaatgtatcttgtccattg 11480852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 28069966 - 28069377
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| |||||||||| ||  | ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  28069966 attctcatgaaaca-tttctcacaaaacacactagtagataacaaaataataattgtaatattttcgtatcgttt-aaaacatcaaatgaggatgttttc 28069869  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttg 215  Q
    |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||| ||| |||| |||||||| ||| || ||||||||||||||  |||    
T  28069868 ttcattttgtatgaccaaaatgatatttgtaggaacatgagaaacctctctcaaagtcaaaatttctttgattaattactgttctccaaatcataa-ttg 28069770  T
Q  216 aatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaata 315  Q
    |||| |||| || ||||| ||||||||||| | | ||| |||||||||  || ||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||| | |||||    
T  28069769 aatagtgattgaggattcctggaccatcatgattatttcatgatagaatttcaaagcatatgttcatgagttttcttctttgatcattctccgatcaata 28069670  T
Q  316 tcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtg 415  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  28069669 tcataaatgaatgacttaataaataattcatttatgaattgatttctctttaaagctgattctaatcattttgatgaaatgatgagaataatttctagtg 28069570  T
Q  416 taatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaatt 508  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||    
T  28069569 taatatgcatc--catcatgagaacattctttcattggagttgataatgttctcttctatatgggatgacaatacattctcggttaattaacctttaatt 28069472  T
Q  509 attttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28069471 attttgttgatgatgcaatttatctcatatttcatgttggtgattgcacacaatgtttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttagg 28069377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Original strand, 50518181 - 50518777
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  |||||||| |||||||||| |||   |||| || | |||||  ||| |||||||||| || ||||||| ||    
T  50518181 attctcatgaaaca-tttctcacaaaatacattagtagataacaagataatacatgtaa-atatgtgttatctttaaaaacatcaagtgaggatgttctc 50518278  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcc-aaatcatatctt 214  Q
    |||  |||||||| |||||||| | ||  || |||| |||| | ||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50518279 ttcattttgtatgaccaaaatgttcttcgtaagaacatgaggaacctctctcaaaataaaaatttatttgattgatttctattctcccaaatcatatctt 50518378  T
Q  215 gaatat-tgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaa 313  Q
     || |  ||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||| | || |||||||||||||   ||||||||| |||||||||| | | | |||    
T  50518379 aaaaaaatgatggaagattcttcgatcatcctaaatcttttatgatagtatcttcaagcatatgatcccaaattttcttttttgatattttttccatcaa 50518478  T
Q  314 tatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgag 413  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| | |||    
T  50518479 tatcattaatgaatgacttaataaataattcattcatgaattggtttctcttcaaaattgattctaatcattttaatcaaatgatgagaataatcttgag 50518578  T
Q  414 tgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct--------atgacaatatattcttggttaattaacattga 505  Q
    ||||| | |||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| || |        |||||||||  |||||| ||||||||| ||||    
T  50518579 tgtaagaagcatcctcttcatgagaatgttctttcatcggagttgataatgttctttttttatatgagatgacaataccttcttgattaattaaccttga 50518678  T
Q  506 attattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttagg 604  Q
     || |||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  50518679 ttttttttgtcgatgatgcaatttatcacataatttctcttggtgattgcacacaatgtattttgtccattgcatatctttgagatgttttagtttagg 50518777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 153 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9244130 - 9243808
Alignment:
Q  153 tgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattct-ccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtct 251  Q
    |||||| ||||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||     || |  || ||||| |||| ||||| |    
T  9244130 tgagaaacctttctcaatgtcaaaattgctttgtttgatttctattcttccaaatcatattttgaatag----ggcaattttttggatcatcctaagtat 9244035  T
Q  252 tttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattc 348  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| | | | ||| |||||||   |||||    
T  9244034 tttatgatagaatctccatgcatatgatcatgaattttcatctttgataattcttcaatcaatatcattaatgaataactcaatgaataattcaatattc 9243935  T
Q  349 atgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttc 448  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||||||  ||||    
T  9243934 atgaattggtttctcttcaaaattaatcctaatcattttgttgaaataacgagaataatttcgagtgaaataaacatcttcataatgagaacattatttc 9243835  T
Q  449 atcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
    | | |||||||||||||| ||||||||    
T  9243834 accagagttgataatgttatcttctat 9243808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 102 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 7580858 - 7580352
Alignment:
Q  102 atggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctc 201  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | | || ||| || |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||     
T  7580858 atggggatgttc-cttctctttgtatgtccaaaatgttctatt-agggacatgagaaacctttctcaaagtcaaaattgctttgtttgatttctattctt 7580761  T
Q  202 caaatc-atatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgata 300  Q
    | || | ||| |||||||| ||||| |  ||| ||||| |||| ||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||    
T  7580760 ccaagctataacttgaataatgatgaacaattattggatcatcctaagtccattttgatagaatctccatgcatatgatcatgaatttt-ttatttgata 7580662  T
Q  301 tttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatga 400  Q
     ||||   | |||||||| |||||| ||| | ||| |||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||    
T  7580661 attcttggatcaatatcaataatgaatgactcaatgaataatttattcacaaattagtttcttttcaaagttgattccaaccatttttatgaaataatga 7580562  T
Q  401 gactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggtt 493  Q
    || ||| |||  ||||||||  |||| ||||| | |||| || |||||||  ||||| |||||||||||||||       |||||||||| ||||||||     
T  7580561 gaataaattcaggtgtaataaacatcttcatcttcagaatattctttcataagagttaataatgttctcttctatatgagatgacaatatcttcttggtc 7580462  T
Q  494 aattaac-attgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatg 592  Q
    ||||| |  |||||||| ||||| | |||| | ||   ||||||||||  | |||||||| ||||||   ||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  7580461 aattagcttttgaattactttgtcgatgatacaatacttctcataattcatgttggtgattgcacactccgtttcttatccgttgagtatctttgagatg 7580362  T
Q  593 ttttagttta 602  Q
    ||| ||||||    
T  7580361 tttaagttta 7580352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 291 - 475
Target Start/End: Original strand, 34495225 - 34495409
Alignment:
Q  291 ttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgat 390  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34495225 ttctttgataattctccaatcaatatcattaatgaatgacttaatgaataatttattcctggattggtatctcttcaaagttgattcttatcattttgat 34495324  T
Q  391 gaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
    ||| | |||||| ||||||| |||||||||  |||| |||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  34495325 gaagtaatgagaataatttcaagtgtaataatcatcttcatcatgagaatattctttcatcaaagttgataatgttctcatctat 34495409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9204249 - 9204004
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9204249 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 9204150  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  9204149 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 9204050  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  9204049 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 9204004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9208468 - 9208223
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9208468 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 9208369  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  9208368 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatgctaatcaatttgatgaaataacaagaata 9208269  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  9208268 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 9208223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 276 - 475
Target Start/End: Original strand, 28257548 - 28257737
Alignment:
Q  276 tgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgat 375  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||         |||||||  || ||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28257548 tgatcataaattttcttctttgataattctccaa---------ttaatgaacgacttaatgaataactcattcatgaattagtttctcttcaaagttgat 28257638  T
Q  376 tctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
      ||||||||| |||||| | |||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  28257639 a-taatcatttcgatgaagtaatgagaatattttcgagtgtaatagtcatcttcatcatgagaacattctttcattaaagttgataatgttctcttctat 28257737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Original strand, 50518908 - 50519023
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||  ||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||  ||| ||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  50518908 tttaaggttttgctaaaaaccatgtggtgaggaggatgagtcaattgatcataaaattcatcttcttgttgaatcttcaatcaacacttatttgattcaa 50519007  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  50519008 acaatattctttttat 50519023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 116
Target Start/End: Original strand, 25538477 - 25538576
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25538477 attctcatgaaaca-tttatcacaaaacacactagtagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttc 25538575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 11478004 - 11477889
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||||||||||||  ||| ||| |||| |||||| |||||| |||| | |||||| |||||||||||    
T  11478004 tttaaggctttgctaaaaaccatatggtgacgaggatgaatcaattgatcataaaattcatcttcttgttgaatattcaatgaacacttatttgattcaa 11477905  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    |  |||||||||||||    
T  11477904 acgatattctttttat 11477889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 691 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 28069183 - 28069131
Alignment:
Q  691 tcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattctttttat 743  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28069183 tcttgttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaaacaatattctttttat 28069131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 218
Target Start/End: Original strand, 28257320 - 28257489
Alignment:
Q  47 ttagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgtta-cattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatattttt 145  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||||||  ||||||| ||||   |||||||||  | ||||||| || || ||||||||  ||| |||| | ||| |    
T  28257320 ttagtagataacaagataataattgtaatacgtttgttatcattg--aaacatcaagagaggatgttctcctcactttgtataaccataatgttctttgt 28257417  T
Q  146 aggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattct-ccaaatcatatcttgaat 218  Q
    |||||| |||||| | ||| |||   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28257418 aggaacatgagaaacttttttcag--tcaaaattcctttgattgatttctattctcccaaatcatatcttgaat 28257489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 529 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 9243795 - 9243722
Alignment:
Q  529 tatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagttta 602  Q
    ||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||| |||| ||| || ||||||||| ||||||||    
T  9243795 tatctcataatttctctcggtgtttgcacacattgtttcttgttcattaagtatcattgagatgtattagttta 9243722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 25514505 - 25514390
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||  | ||||  ||||||  ||| ||| || | |||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  25514505 tttaaggctttgatgaaaactatgtggtgacgaggatgtgtcaattgatcataaaatttatcttcttgttaaatcttcaatcaacacttatttgattcaa 25514406  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  25514405 acaatattctttttat 25514390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 690 - 743
Target Start/End: Original strand, 50066614 - 50066667
Alignment:
Q  690 ttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatattctttttat 743  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  50066614 ttcttgttaaatcttcaatcaacacttatttgattcaaacaatattctttttat 50066667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 405 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9245729 - 9245659
Alignment:
Q  405 aatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
    ||||||||||||||||  |||  |||||||||||| || |||  ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  9245729 aatttcgagtgtaataaacatattcatcatgagaatattcttcaatcagagttgataattttctcttctat 9245659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 14272306 - 14271716
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||   || | || ||||||| || ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14272306 attctcatgaaacaaattctcacaaaacgaatcaatagataacaaaataataattgtaatatttttgttatcttttaaaacatcaaatgaggatgttttc 14272207  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaa-----------tcacaattcctttgattgatttctattctccaa 204  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||            ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14272206 ttcactttgtatgaccaaaatgatatttgtaggaacatgataaacctttctcaaaggaatttcaaagtcaaaattcctttgattgatttctattctccaa 14272107  T
Q  205 atcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttc 304  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||           ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14272106 atcatatcttgaatagtgattgaagattcttggaccatcat-----------gatagaatctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttc 14272018  T
Q  305 tccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagact 404  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14272017 tccaatcaatatcattaatgaatgacttaataaataatttattcatgaatttgtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagaat 14271918  T
Q  405 aatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaatt 497  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||       ||||||||| ||||| ||||||||    
T  14271917 aatttagagtgtaatatgcatcctcatcttgagaacattctttcatcagagttgatgatgttctcttctatatgagatgacaatacattctcggttaatt 14271818  T
Q  498 aacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgtttta 597  Q
    ||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||     |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14271817 aaccttgaactattttgttgatgatgcgaattatcttataat-----ttggcgattgcacacaatgtttcttgtccattgagtatctttgagatgtttta 14271723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 54 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 29910636 - 29910080
Alignment:
Q  54 ataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgt 153  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||| |||  ||||||| |||||||||  ||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||  ||||||| |    
T  29910636 ataacaaaataataattgtaatattttttttatcttttaaatcatcaaatgaagatattttcttctttttgtatgaccagaatgatattggtaggaacat 29910537  T
Q  154 gagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttt 253  Q
    || || | ||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||| |||||    
T  29910536 gataaacttttctcaaagtcaaaattcctgtgatttatttctattctacaaatcatattttgaatagtgatggaagatttttggatcatcctaaatcttt 29910437  T
Q  254 tatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaa 353  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  29910436 tatgatagaatcttcaagtatatgatcatgaattttcttctttgatatttcttcaatcaatatcattaatgaatgacttaataaataattcattcatgaa 29910337  T
Q  354 ttggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcgg 453  Q
    |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| | |||||||||| | || ||||| |||||||  |    
T  29910336 ttggtttctcttcaaaattgatttttatcattttgatgaaatgatgaaaataattttgagtgtaagaggcatcctcataaagaaaacattctttcattag 29910237  T
Q  454 agttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctctt 546  Q
    ||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||| |||||    
T  29910236 agttgataatgttctcttctatatgtgatgacaatacattcttggttaattaaccttgaattattttgttgatgatgtaatttatcacataattcctctt 29910137  T
Q  547 ggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttag 603  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29910136 ggtgatttcacacaatgtttcttgtccattaagtatctttgagatgttttagtttag 29910080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 178 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18577832 - 18577306
Alignment:
Q  178 ttcctttgattgatttctattctccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatg 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || |||||      ||    
T  18577832 ttcctttgattgatttctattctccaaatcatatctttaatagtgatggaagattcctataccatcataagtcttttatgatataatctcca------tg 18577739  T
Q  278 atcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattc 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  18577738 atcatgaattttcttctttgatatttctccaatcaatattattaatgaattacttaataaataattcattcatgaattggtttctcttgaaaattgattc 18577639  T
Q  378 taatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat-- 475  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||      |||          | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  18577638 taatcattttgatgaaatgatgggaataattt------taaa---------cgtcatgagaacattatttcatcggagttgataatgttcttttctatat 18577554  T
Q  476 -----gacaatatattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttg 570  Q
         ||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||    
T  18577553 gagatgacaatagattctcaattaattaaccttgaattattttgttgatgatgcaatttatctcataatttcttttggtgatttcaca--atgtttcttg 18577456  T
Q  571 tccattgagtttctttgagatgttttagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatca 670  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||  |||||||||||    
T  18577455 tccattgagtatctttgagatgttttagtttagacatgtcttttcttccttgaatc-tttaaggcattgttgaaaaccatatgatgacgatgatgaatca 18577357  T
Q  671 attactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttg 721  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||| ||||    
T  18577356 attaatcataaagttcatcttcttgttgaatcttcaccgaacactcttttg 18577306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 106 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 35876202 - 35875600
Alignment:
Q  106 ggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcca-a 204  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | ||| || |||| |||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  35876202 ggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttgtaagaacatgagaaacttttctcaaagtaaaaattcctttgattgatttctattctcccga 35876103  T
Q  205 atcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttc 304  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| || || | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  35876102 atcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggatcatcctatgtttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttcttccttgataattc 35876003  T
Q  305 tccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagact 404  Q
    |||                     ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| |    
T  35876002 tcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagttgattctaattatttcgatgaagtaatgagaat 35875924  T
Q  405 aatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattc-ttggttaa 495  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||| ||| ||||| ||    
T  35875923 aatttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaatatcttctttggtaaa 35875824  T
Q  496 ttaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttt 595  Q
    | ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||     
T  35875823 tcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttctcataattcctcttagtgattccacacaatgtttcttgttcattgagtgtctttcaaatatt- 35875729  T
Q  596 tagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttctta 695  Q
             ||  || ||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || ||||||     
T  35875728 ---------aa--tcctttattcctcgaatcttttaaggctttgttgaaaaccatgtggcgacgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttg 35875640  T
Q  696 ttgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatatt 735  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35875639 ttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaaacaatatt 35875600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 106 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 35883691 - 35883089
Alignment:
Q  106 ggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcca-a 204  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | ||| || |||| |||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  35883691 ggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttgtaagaacatgagaaacttttctcaaagtaaaaattcctttgattgatttctattctcccga 35883592  T
Q  205 atcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttc 304  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| || || | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  35883591 atcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggatcatcctatgtttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttcttccttgataattc 35883492  T
Q  305 tccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagact 404  Q
    |||                     ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| |    
T  35883491 tcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagttgattctaattatttcgatgaagtaatgagaat 35883413  T
Q  405 aatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattc-ttggttaa 495  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||| ||| ||||| ||    
T  35883412 aatttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaatatcttctttggtaaa 35883313  T
Q  496 ttaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttt 595  Q
    | ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||     
T  35883312 tcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttctcataattcctcttagtgattccacacaatgtttcttgttcattgagtgtctttcaaatatt- 35883218  T
Q  596 tagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttctta 695  Q
             ||  || ||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || ||||||     
T  35883217 ---------aa--tcctttattcctcgaatcttttaaggctttgttgaaaaccatgtggcgacgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttg 35883129  T
Q  696 ttgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatatt 735  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35883128 ttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaaacaatatt 35883089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 106 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 36723404 - 36722802
Alignment:
Q  106 ggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattctcca-a 204  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | ||| || |||| |||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  36723404 ggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttgtaagaacatgagaaacttttctcaaagtaaaaattcctttgattgatttctattctcccga 36723305  T
Q  205 atcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttc 304  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| || || | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  36723304 atcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggatcatcctatgtttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttcttccttgataattc 36723205  T
Q  305 tccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagact 404  Q
    |||                     ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| |    
T  36723204 tcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagttgattctaattatttcgatgaagtaatgagaat 36723126  T
Q  405 aatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattc-ttggttaa 495  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||| ||| ||||| ||    
T  36723125 aatttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaatatcttctttggtaaa 36723026  T
Q  496 ttaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttt 595  Q
    | ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||     
T  36723025 tcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttctcataattcctcttagtgattccacacaatgtttcttgttcattgagtgtctttcaaatatt- 36722931  T
Q  596 tagtttaggaatgtcttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttctta 695  Q
             ||  || ||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || ||||||     
T  36722930 ---------aa--tcctttattcctcgaatcttttaaggctttgttgaaaaccatgtggcgacgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttg 36722842  T
Q  696 ttgaatcttcactcaacactcatttgattcaaagaatatt 735  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36722841 ttgaatcttcaatcaacactcatttgattcaaacaatatt 36722802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 411 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 33403072 - 33402872
Alignment:
Q  411 gagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaatatattcttggttaattaacatt 503  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||       ||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  33403072 gagtgtaacatgcatcctcatcttgagaacattctttcattggagttgatgatgttttcttctatatgagatgacaatacattctcggttaattaacctt 33402973  T
Q  504 gaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttag 603  Q
    ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33402972 gaactattttattgatgatgcgatttatctcatagtttctcttggtgattgcacacaatgcttcttgtccattgagtatctttgagatgttttagtttag 33402873  T
Q  604 g 604  Q
    |    
T  33402872 g 33402872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 33402742 - 33402627
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||| ||||||  | | ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  33402742 tttaaggctttgctaaaaaccatgtggtgacgaggatgagtcaattgattataaaattcatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcttttgattcaa 33402643  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | | ||||||||||||    
T  33402642 acattattctttttat 33402627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 14271586 - 14271471
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||  | ||||| ||||||  | | ||| |||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14271586 tttaaggctttgctaaaaatcatgtggtgacgaggatgagtcaattgattataaaattcatcttcttttttaatcttcaatcaacactcatttgattcaa 14271487  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | |||||| |||||||    
T  14271486 acaatattatttttat 14271471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 54 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 18577941 - 18577840
Alignment:
Q  54 ataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgt 153  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||   || |||||||||| ||||||| |    
T  18577941 ataacaaaataataattgtaatatttttcttatcttttaaaacatcaaatgagggtgttttcttcactttgcataatcagaatgatatttgtaggaacat 18577842  T
Q  154 ga 155  Q
    ||    
T  18577841 ga 18577840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0482 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 2)
Name: scaffold0482
Description:

Target: scaffold0482; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 311 - 604
Target Start/End: Original strand, 11412 - 11710
Alignment:
Q  311 caatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttc 410  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||   |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  11412 caatatcataaatga-tgacttaataaataattcattcatgaatgattttctctttaaagctgattctaatcattttgatgaaacgatgagaataatttc 11510  T
Q  411 gagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttct-------atgacaatatattcttggttaattaacatt 503  Q
     |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  11511 tagtgtaatatgcattctcatcgtgagaacattctttcatcggagttgataatgttctcttctatataggatgacaatatattctcggttaattaacctt 11610  T
Q  504 gaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagtttag 603  Q
     ||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11611 taattattttgttgatgatgcaaattatctcatagttcatgttggtgattgcacacaatatttctt-tccattgagtatctttgagatgttttagtttag 11709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0482; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 628 - 743
Target Start/End: Original strand, 11842 - 11957
Alignment:
Q  628 tttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgattcaa 727  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||| || ||||  ||||||  ||| ||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  11842 tttaaggctttgatgaaaaccatgtggtgacaaggatgtgtcaattgatcataaaatttatcttcttgttgaatcttcaatcaacactcatttaattcaa 11941  T
Q  728 agaatattctttttat 743  Q
    | ||||||||||||||    
T  11942 acaatattctttttat 11957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0753 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 3)
Name: scaffold0753
Description:

Target: scaffold0753; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 153 - 475
Target Start/End: Original strand, 2893 - 3215
Alignment:
Q  153 tgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattct-ccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtct 251  Q
    |||||| ||||||||||  ||| ||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||     ||||  || ||||| | || ||||| |    
T  2893 tgagaaacctttctcaatgtcaaaattgttttgtttgatttctattcttccaaatcatattttgaatag----ggaaattttttggatcgtcctaagtat 2988  T
Q  252 tttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattc 348  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| ||||||||||||||| | | | ||| |||||||   |||||    
T  2989 tttatgatagaatctccatgcatatgatcatgaattttcatctttgataattattcaatcaatatcattaatgaataactcaatgaataattcaatattc 3088  T
Q  349 atgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttc 448  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| ||| |    
T  3089 atgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaataatttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagagcattcttac 3188  T
Q  449 atcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  3189 atcagagttgataatgttatcttctat 3215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0753; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 187 - 475
Target Start/End: Original strand, 841 - 1133
Alignment:
Q  187 ttgatttctattct-ccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaa 285  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||  ||||| || | ||||||| |||| ||||| ||||| |||||||  |||| ||||||||| |||||    
T  841 ttgatttttattcttccaaatcatatattgaatggtgatgtaaaactcttggatcatcctaagtattttacgatagaatatccatgcatatgataatgaa 940  T
Q  286 ttttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataattta---ttcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatc 382  Q
     |||| ||||||||| ||||||||  ||||| |||||||| | | || || |||||||||   || ||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||    
T  941 gtttcatctttgataattctccaattaatattattaatgaataactttatgaataatttaatatttatgaattggtttctcttaaaaattgaacctaatc 1040  T
Q  383 attttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
    || | |||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1041 atatagatgaaataatgagaataatttcgagtgtaataaccatcttcatcatgagaacattcttccatcagagttgataattttctcttctat 1133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0753; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 529 - 602
Target Start/End: Original strand, 3228 - 3301
Alignment:
Q  529 tatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgtttcttgtccattgagtttctttgagatgttttagttta 602  Q
    ||||||||||||| ||| |||| | ||||||| ||||||| || |||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  3228 tatctcataatttttctcggtgtttgcacacattgtttctcgttcattaagtatctttgagatgtattagttta 3301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0206 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0206
Description:

Target: scaffold0206; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 92 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 853 - 397
Alignment:
Q  92 aaaacatcaaatggggatgttttcttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgat 191  Q
    ||||||| || || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | |||||| |||| |||||| | ||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  853 aaaacataaagtgaggatgttctcttcactttgtatgaccagaatgttctttttaagaacatgagaaacttttctcaaggtaaaaattcctttgattgat 754  T
Q  192 ttctattctcca-aatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttc 290  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |  || | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  753 ttctattttcccgaatcatatcttaaaaaatgatggaagattcttggaccatcctttgtttattatgatagaatcttcatgcatatgatcatgaattttc 654  T
Q  291 ttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatttattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgat 390  Q
    ||| |||||| ||||||                     ||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  653 ttccttgataattctcc---------------------aattaatgaataattcattcatcggttggtttctcttcaaagttgattctaattatttcgat 575  T
Q  391 gaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatac-tttcatcggagttgataatgttctcttctat-------gacaata 482  Q
    ||  | |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  574 gaggtaatgagaataatttcgagtgtaataatcatcttcatcatgagaaccttcttttcatcaaagttgataatgttctcttctatataagaagacaata 475  T
Q  483 tattcttggttaattaacattgaattattttgttggtgatgcgatttatctcataatttctcttggtgatcgcacacaatgt 564  Q
    | |||||||| ||| ||| ||||||| |    ||| |||||| |||  |||||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  474 tcttcttggtcaatcaaccttgaattgt----ttgatgatgcaattcttctcataatttctcttagtgattccacacaatgt 397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0959 (Bit Score: 100; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0959
Description:

Target: scaffold0959; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 182 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 2921 - 2625
Alignment:
Q  182 tttgattgatttctattct-ccaaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatc 280  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||| ||||| ||||  ||||||| ||||| |||||||||     
T  2921 tttgtttgatttgtattcttccaaatcatatcttgaatagtgatggaaaactcttggatcatcctaagtatttttcgatagaatctccatgcatatgata 2822  T
Q  281 atgaattttcttctttgatatttctccaaacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattc 377  Q
    | ||| |||| ||||||||| |||| |||  ||| |||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |    
T  2821 aggaagtttcatctttgataattcttcaataaatgtcattaatgaat-actttatgaataattcaatattcatgaattggtttctctttaaaattgatcc 2723  T
Q  378 taatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatcggagttgataatgttctcttctat 475  Q
    |||||||| ||||||||| | |||| ||| || |||||| |||   ||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2722 taatcattgtgatgaaataaggagaataactttgagtgtcataaaaatcttcatcatgagaacattcttccatcagagttgataatgttctcttctat 2625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 7)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2332 - 2087
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  2332 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 2233  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  2232 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 2133  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  2132 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 2087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 6547 - 6302
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  6547 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 6448  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  6447 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 6348  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  6347 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 6302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 10762 - 10517
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  10762 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 10663  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  10662 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 10563  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  10562 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 10517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 14977 - 14732
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  14977 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 14878  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  14877 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 14778  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  14777 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 14732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 19192 - 18947
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  19192 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 19093  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  19092 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 18993  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  18992 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 18947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 23407 - 23162
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  23407 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 23308  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  23307 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 23208  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  23207 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 23162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 209 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 27622 - 27377
Alignment:
Q  209 tatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatcatgaattttcttctttgatatttctcca 308  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||| | | || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  27622 tatcttgaatagtgatgggaaactcttgaatcgtcctaagtattttactatagaatctccatgcatataatattgaagtttcatctttgataattctcca 27523  T
Q  309 aacaatatcattaatgagtgaattaataaataatt---tattcatgaattggtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagacta 405  Q
    | ||||||||||||||| | | || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  27522 atcaatatcattaatgaataactttatgaataattcaatattcatgaattggtttcacttcaaaattgatcctaatcaatttgatgaaataacaagaata 27423  T
Q  406 atttcgagtgtaatatgcatcctcatcatgagaacatactttcatc 451  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  27422 atttcgagtgtaataaacatcttcatcatgagaacattcttccatc 27377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0771 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0771
Description:

Target: scaffold0771; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 16 - 231
Target Start/End: Original strand, 5382 - 5596
Alignment:
Q  16 attcttatgaaacaatttttcacaaaaatcattagtaaataacaagatgataatcgtaatatttttgttacattttaaaacatcaaatggggatgttttc 115  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||  |||| ||   |||||  ||| |||||||||| ||  |||||| ||    
T  5382 attctcatgaaaca-tttctcacaaaattcattagtagataacgagataataaatgtaa-ataagtgttatctttaaaaacatcaagtgaagatgttctc 5479  T
Q  116 ttctctttgtatgtccaaaatgatatttttaggaacgtgagaagcctttctcaaaatcacaattcctttgattgatttctattct-ccaaatcatatctt 214  Q
    ||| ||||||||  ||| |||| | ||| || |||| |||||| ||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5480 ttcactttgtataaccagaatgttctttgtaagaacatgagaaacctttctcaaagtaaaaattcatttgattgatttctattctcccaaatcatatctt 5579  T
Q  215 gaatattgatggaagat 231  Q
    ||| | |||||||||||    
T  5580 gaaaaatgatggaagat 5596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 53; Significance: 5e-21; HSPs: 3)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 182 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 3613 - 3501
Alignment:
Q  182 tttgattgatttctattctcc-aaatcatatcttgaatattgatggaagattcttggaccatcataagtcttttatgatagaacctccaagcatatgatc 280  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||    
T  3613 tttgattgatctctactctcccaaatcatattttgagtaatgatgaaagattctttgatcatcctaagtcttttatgatagaatcttcgagcatatgatc 3514  T
Q  281 atgaattttcttc 293  Q
    ||| |||||||||    
T  3513 atggattttcttc 3501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 625 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 3224 - 3110
Alignment:
Q  625 tcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactcaacactcatttgatt 724  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||  | ||||| ||||||  ||| ||| | || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  3224 tcttttaaggctttgttgaaaaccatgtggtgatgaggatgagtcaattgatcataaaatacatcttcttgtttaatcttcaatcaacactcatttgatt 3125  T
Q  725 caaagaatattcttt 739  Q
    |||| ||||||||||    
T  3124 caaacaatattcttt 3110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 357 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 3483 - 3422
Alignment:
Q  357 gtttctcttcaaagttgattctaatcattttgatgaaatgatgagactaatttcgagtgtaa 418  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||| | |||| | |||||||||||||||    
T  3483 gtttttcttcagagttgattctaattatttcgatgaagtaatgaaaataatttcgagtgtaa 3422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 610 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 3164 - 3040
Alignment:
Q  610 cttttcttccttgattcttttaaggcattgttaaaaaccatgtggtgagaatgatgaatcaattactcagaaagttcaccttcttattgaatcttcactc 709  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| ||| ||| |||| |||    ||||||||| | ||    
T  3164 cttttcttccttaaatcttt-aaggctttgttgaaaaccatgtggtgatgaggatgaatcaattaatcataaaattcatctt----ttgaatctttaatc 3070  T
Q  710 aacactcatttgattcaaagaatattcttt 739  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  3069 aacactcttttgattcaaacaatattcttt 3040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University