View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18426_low_2 (Length: 835)
Name: NF18426_low_2
Description: NF18426
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18426_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 184 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 32105041 - 32104402
Alignment:
| Q |
184 |
ccactaaatatgttggggcatctcttaaaaagagtatttatgtatgcccaaaattgtgaagaattatcaataatacttcctctnnnnnnngtatcaataa |
283 |
Q |
| |
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| T |
32105041 |
ccactaaatatgttggggcatctcttaaaaagagtatttctgtatgcccaaaattgtgaagaattatcaataatacttcctctaaaaaaagtatcaataa |
32104942 |
T |
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| Q |
284 |
taattccctcatctcaaaatatgtcattataacatgttcatatgaattgaaatttcaaattgatttgaattttctaaaggttatactttattctctaaca |
383 |
Q |
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| T |
32104941 |
taattccctcatctcaaaatatgtcattataacatgttcatatgaattgaaatttcaaattgatttgaattttctaaaggttatattttattctctaaca |
32104842 |
T |
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| Q |
384 |
gtacccatagttactctttttaaacccaaaagaaataactgaaagtaattgaaaatggtatgggaaaatgtgaggatcatagttataatatccctaatag |
483 |
Q |
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| T |
32104841 |
gtacccatagttactctttttaaacccaaaagaaataactgaaagtaattgaaaatggtatgggaaaatgtgaggatcatagttataatatccctaatag |
32104742 |
T |
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| Q |
484 |
tctatcattccatgcaatgaaccaattttagtttatttatcactcttcagtcaagtttatatatggttcaatgtaaatggtttatttgcttataatctat |
583 |
Q |
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| T |
32104741 |
tctatcattccatgcaatgaaccaattttagtttatttatcactcttcagtcaagtttatatatggttcaatgtaaatggtttatttgcttataatctat |
32104642 |
T |
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| Q |
584 |
gatttaaatatgccataatttgtaataatataaatatgtatcactttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtagt |
683 |
Q |
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| T |
32104641 |
gatttaaatatgccataatttgtaataatataaatatgtatcactttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtagt |
32104542 |
T |
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| Q |
684 |
tttagaagttgaatcaatattatttctttataagatattataatttattaagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgaattaca |
783 |
Q |
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| T |
32104541 |
tttagaagttgaatcaatattatttctttataagatattataatttattaagttctttctattgtaaatatgcttgattaatcaaattgattgaattaca |
32104442 |
T |
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| Q |
784 |
acttacattttaaggtttaatgttcatcctatacattcat |
823 |
Q |
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| T |
32104441 |
acttacattttaaggtttaatgttcatcctatacattcat |
32104402 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 542 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 32087419 - 32087126
Alignment:
| Q |
542 |
atatatggttcaatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaaatatgccataatttg-------------taataatataaatatgtatcact |
628 |
Q |
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| T |
32087419 |
atatatggtttcatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaaatataccataatttgccaattaacttactaatcatataaatgtgtatcacc |
32087320 |
T |
|
| Q |
629 |
ttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtagttttagaagttgaatcaatattatttctttataagatattataatt |
728 |
Q |
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| T |
32087319 |
ttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtaattttagaagttgaatcaatattattt-tttatgagatattacaagt |
32087221 |
T |
|
| Q |
729 |
tattaagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgaattacaacttacattttaaggtttaatgttcatcctatacattcat |
823 |
Q |
| |
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|
| T |
32087220 |
tattgagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgatttagaacttacattttaaggtttattgttcatcttatacattcat |
32087126 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 542 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 32075106 - 32074808
Alignment:
| Q |
542 |
atatatggttcaatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaaatatgccataatttgt-------------aataatataaatatgtatcact |
628 |
Q |
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|
| T |
32075106 |
atatatggtttcatgtaaatggtttatttgcttataatctattatttagatatgccataatttgtcaattaacttactaaccatataaatgtgtatcacc |
32075007 |
T |
|
| Q |
629 |
ttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtagttttagaagttgaatc-aatattatttctttataagatatta---- |
723 |
Q |
| |
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| T |
32075006 |
ttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtaattttagaagttgaatcaaatttttttttttgttgagatattacaag |
32074907 |
T |
|
| Q |
724 |
taatttattaagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgaattacaacttacattttaaggtttaatgttcatcctatacattcat |
823 |
Q |
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| T |
32074906 |
ttatatattaagttctttctattgtaaacatgctt-attaatcaaattgattgatttacaactaacattttatggtttattgttcatcctatacattcat |
32074808 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 303 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 32075262 - 32075105
Alignment:
| Q |
303 |
tatgtcattataacatgttcatatgaattgaaatttcaaattgatttgaattttctaaaggttatactttattctctaacagtacccatagttactcttt |
402 |
Q |
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| T |
32075262 |
tatgtcattataacatgttcatatgaattaaaaattcaaattgatttgaattt--taaaggttatattttattttctaaaactacccttatttactcttt |
32075165 |
T |
|
| Q |
403 |
ttaaacccaaaagaaataactg--aaagtaattgaaaatggtatgggaaaatgtgaggat |
460 |
Q |
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||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32075164 |
ttaaacccaaaaggaatagctgaaaaagtaattgcaaatggtatgggaaaatgtgaggat |
32075105 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 303 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 32087577 - 32087418
Alignment:
| Q |
303 |
tatgtcattataacatgttcatatgaattgaaatttcaaattgatttgaattttctaaaggttatactttattctctaacagtacccatagttactcttt |
402 |
Q |
| |
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| T |
32087577 |
tatgtcattataacatgttcatatgaattaaaaattcaaattgatttgaattttctaaaggttatgttttattttctaaaagtacccttatttactctat |
32087478 |
T |
|
| Q |
403 |
ttaaacccaaaagaaataactg--aaagtaattgaaaatggtatgggaaaatgtgaggat |
460 |
Q |
| |
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| T |
32087477 |
ttatatcctaaaggaatagctgaaaaagtaattgcaaatgataagggaaaatgtgaggat |
32087418 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 32105204 - 32105130
Alignment:
| Q |
18 |
ttttccaactcagttaattagtcaaaacgagaatatcatcatatcctcaacccatgtttgaacattagactcaataaa |
95 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
32105204 |
ttttccaactcagttaattagtcaaaacgagaata---tcatatcctcaacccacgtttgaacattagattcaataaa |
32105130 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 32087832 - 32087772
Alignment:
| Q |
35 |
ttagtcaaaacgagaatatcatcatatcctcaacccatgtttgaacattagactcaataaa |
95 |
Q |
| |
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|
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| T |
32087832 |
ttagtcaaaacgagaatatcatatcctcctcaacccatatttgtacattggactcaataaa |
32087772 |
T |
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Back To:
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