View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18429_low_3 (Length: 445)

Name: NF18429_low_3
Description: NF18429
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18429_low_3
NF18429_low_3
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (1-445)||(33390575-33391019)
chr6 (1-445)||(31566255-31566702)
chr6 (1-445)||(33641751-33642195)
chr6 (1-445)||(33306988-33307432)
chr6 (1-445)||(33060057-33060501)
chr6 (1-445)||(33361000-33361444)
chr6 (1-445)||(33403113-33403557)
chr6 (10-445)||(33412420-33412855)
chr6 (1-445)||(33265384-33265828)
chr6 (1-445)||(33274528-33274972)
chr6 (1-445)||(33288077-33288521)
chr6 (270-445)||(9169360-9169535)
chr6 (322-374)||(12781322-12781374)
chr6 (322-374)||(12782073-12782125)
chr6 (323-374)||(12785512-12785563)
chr6 (323-374)||(12786252-12786303)
chr6 (1-84)||(9169554-9169637)
chr6 (55-118)||(13608263-13608326)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-445)||(17437823-17438267)
chr2 (328-368)||(35105779-35105819)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (1-445)||(648-1092)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (1-445)||(9409-9853)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (50-445)||(31501309-31501704)
chr4 (53-445)||(31496142-31496534)
chr4 (54-435)||(31476203-31476584)
chr4 (50-419)||(31030280-31030649)
chr4 (50-428)||(31020390-31020768)
chr4 (50-428)||(31488784-31489162)
chr4 (321-445)||(31162152-31162276)
chr4 (315-420)||(31529059-31529164)
chr4 (329-405)||(31482317-31482393)
chr4 (172-261)||(31151061-31151150)
chr4 (321-419)||(31159801-31159899)
chr4 (315-424)||(31150898-31151007)
chr4 (320-389)||(31244506-31244575)
chr4 (238-274)||(31159946-31159982)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (55-118)||(6473323-6473386)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33391019 - 33390575
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33391019 gctagcaatagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaaaaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 33390920  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33390919 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaggcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgaacttct 33390820  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  33390819 tcaatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgtttgcaagaaatagagaagatttgggaatgt 33390720  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33390719 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 33390620  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33390619 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 33390575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 31566255 - 31566702
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaaga---tattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaaca 97  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  31566255 gctagcagcagtaactcatctacagctcttgtaacttcttcaagaagaaactattattatgatgtatttgtcactttcagaggtgaagacactcgcaaca 31566354  T
Q  98 atttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagct 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31566355 atttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagct 31566454  T
Q  198 tcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaa 297  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  31566455 tcttcgagcaatccaaggatctcatgtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaa 31566554  T
Q  298 tgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtca 397  Q
    ||| |  | | ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||| ||    
T  31566555 tgcattgaggaatctgaaaaacatgttcttcttgttttctatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgcca 31566654  T
Q  398 aacatgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31566655 aacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatgga 31566702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 33641751 - 33642195
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  33641751 gctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatt 33641850  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    | | ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| | |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  33641851 tgactgattttctttttgatgcccttgaatcaaaaggcattatggtatttcgggatgacattaatcttcaaaaaggtgaatatataggatctgagcttct 33641950  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  33641951 tcgagcaatcgaaagatctcatgtttacgtagcagtcttctcaagaaactatgcttcctcaacatggtgccttcaagaattagagaagatttgtgaatgc 33642050  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
     |  | ||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  33642051 attgagggattagaaaaacatgttcttcctattttttatgatgttgatccttctgaggtacgaaagcaaagtggaatttattgggaagcttttgtcaaac 33642150  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  33642151 atgaacaaagattccaacaagactttcaaatggtgtcaagatgga 33642195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33307432 - 33306988
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    |||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  33307432 gctagcagcaacaattcttctttagctcttgtgacttcttcaagaaacaactattatgatgtgtttgtcaccttcagaggtgaagacactcgcaacaact 33307333  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    | | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||  ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||    
T  33307332 ttactgattttctttttgatgcccttgaaacaaaaggcatttttgcatttcgggatgacactaatcttcaaaagggtgaatctatagaacctgagctcct 33307233  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||  |||||    
T  33307232 tcgagcaatcgaaggatctcgggtttttgttgcagtcttctcaaggaactatgcttcctcaacatggtgcctgcaagaattagagaagatatgtaaatgc 33307133  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
    || ||  |||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  | |||| ||||||||||    
T  33307132 gttcagagatccagaaaacatattcttcctgttttttatgatgttgatccttctgtggttcgaaagcaaagtgggatttattgtgaagcctttgtcaaac 33307033  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  33307032 atgaacaaagattccaacaagactttgagatggtgtcaagatgga 33306988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33060501 - 33060057
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | | || ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  33060501 gctagcagcagcaaatcatcttcagctcttgtgacttcttcaaagaaaaatcattatgatgtgtttgtcacctttagaggtgaagatactcgcaacaatt 33060402  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  33060401 tcactgattttctttttgatgcccttgaaacaaaaggcattatggtatttcgggatgtcattaatcttcaaaaaggtgaatgcataggacctgagctttt 33060302  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||  ||||||||  |||||||||||| |||||| | |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||    
T  33060301 tcgtgcaatcgaaatatctcaggtttacgttgcgatcttctcaaagaactatgcttcctcaacgtggtgcttgcaagaattagaaaagatatgtgaatgc 33060202  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
     |  | || || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  33060201 attaaggggtcgggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcggaagcaaagtggaatttatagtgaagcttttgtcaaac 33060102  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||    
T  33060101 atgaacaaagattccaacaagactctatgaaggtgtcaagatgga 33060057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33361444 - 33361000
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | | || |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  33361444 gctagcagcaacaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaaagaaaaatcattatgatgtgtttgtcatctttagaggtgaagacactcgcaacaatt 33361345  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||  |    
T  33361344 tcactgattttctttttgatgcccttcaaacaaaaggcattattgtatttttggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccatcggacccgagctcat 33361245  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| ||||| || ||||||    
T  33361244 tcgagcaatcgaaggatctcaggtttttgttgcattcttttcaagaaactatgcttcctcaacatggtgtttgcaagaattagaaaagatatgtgaatgc 33361145  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
     |  | ||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||    
T  33361144 attaagggatcaggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcggaagcaaagtgagatttatagtgaagcttttgtcaaac 33361045  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||    
T  33361044 atgaacaaagattccaacaagactctaagaaggtgtcaatatgga 33361000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33403557 - 33403113
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  33403557 gctagcagcagcaactcgtcttcagctcttgtgacttcttcaagaagaaattattacgatgtgtttatcacctttagaggtgaagacactcggaacaatt 33403458  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||| ||| |||  ||||||||| | ||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  33403457 tcactgattttctttttgatgcccttgaaacaaaaggcatttttgcatttcgagatgacactaatcttcaacagggtgaatccttagaacccgagcttct 33403358  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||||  ||||  || || ||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||| || ||||||    
T  33403357 tcgagcaatcaaaggatttcaggttttcgttgtcgtcttttcaaggaactatgcttcctcaacatggtgcttaaaagaattagagaagatatgtgaatgc 33403258  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
    ||  | |||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||| |||||||| |    
T  33403257 gttaagggatccaaaaaacatgttattcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggtatttattgtgaagcctttgtcaagc 33403158  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    ||||| ||||||||||||||  || | ||||||||||||||||||    
T  33403157 atgaaaaaagattccaacaaggctttgagatggtgtcaagatgga 33403113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 10 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33412855 - 33412420
Alignment:
Q  10 agcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgatt 109  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33412855 agcaactcatctttagctcttgtgacttcttcaagaagaaattattatgatgtgtttgtcaccttcagaggtgaagacactcgcaacaatttcactgatt 33412756  T
Q  110 ttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaat 209  Q
     |||||||||||| || ||||| ||| | |||  || |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||  ||||    
T  33412755 atctttttgatgcacttgaaaccaaaggtatttatgcatttagggatgacacaaatcttaaaaaaggtgaagtcataggacctgagctccttcgtgcaat 33412656  T
Q  210 cgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaagga 309  Q
    |||||||||||||||||  || || || || ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||| || ||||| || || |||    
T  33412655 cgaaggatctcaggttttcgtcgcagtcttttcaaggaactatgcttcctcaacatggtgcctgcaagaattagaaaagatctgtgaatgtgttcaggga 33412556  T
Q  310 tccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaa 409  Q
     | |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||  | || |||||||||||||||||||||    
T  33412555 cctgaaaaacacgttcttcctgttttttatgatattgatccttctgaggtgcggaagcaaagtgggatttattgtgaatcttttgtcaaacatgaacaaa 33412456  T
Q  410 gattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    ||||||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  33412455 gattccaacaagaccctcataaggtgtcaagatgga 33412420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33265828 - 33265384
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  33265828 gctagcaccagcaactcatcttcagttcttgggacttcatcaagaagaaattattatgatgtatttgtcaccttcagaggtgaagatactcggaacaatt 33265729  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    |||  ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  33265728 tcacagattttctttttgatgcccttcaaacaaaaggcattattgtattttcggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccattggacccgagctcct 33265629  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||| |||| ||||| || ||||||    
T  33265628 tcgagcaatcgaaggatctcaagtttttgttgcggtcttttcaataaactatgcttcctcaacatggtgtttacaagaattagaaaagatatgtgaatgc 33265529  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
    ||  | ||||| | ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||| | |||| ||| ||||||    
T  33265528 gttaagggatcaggaaaacatgttcttccagttttctatgatgttgatccctctgatgtgagaaagcaaagtgggatttatggtgaagcctttatcaaac 33265429  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||| |||||    
T  33265428 atgaacaaagattccaacaagaacatcagaaggtgtcaaaatgga 33265384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33274972 - 33274528
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  33274972 gctagcaccagcaactcatcttcagttcttgggacttcatcaagaagaaattattatgatgtatttgtcaccttcagaggtgaagatactcggaacaatt 33274873  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    |||  ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  33274872 tcacagattttctttttgatgcccttcaaacaaaaggcattattgtattttcggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccattggacccgagctcct 33274773  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||| |||| ||||| || ||||||    
T  33274772 tcgagcaatcgaaggatctcaagtttttgttgcggtcttttcaataaactatgcttcctcaacatggtgtttacaagaattagaaaagatatgtgaatgc 33274673  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
    ||  | ||||| | ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||| | |||| ||| ||||||    
T  33274672 gttaagggatcaggaaaacatgttcttccagttttctatgatgttgatccctctgatgtgagaaagcaaagtgggatttatggtgaagcctttatcaaac 33274573  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||| |||||    
T  33274572 atgaacaaagattccaacaagaacatcagaaggtgtcaaaatgga 33274528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 33288521 - 33288077
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||   |||| | ||||| |||  ||| ||| || |||| || |||||| |||||||  |||| || ||||||||||||||||    
T  33288521 gctagcagcagcaactcatccatagctatggtgacatctagaaggagaaatcattacgacgtgtttatcacctttagaggcgatgacactcgcaacaatt 33288422  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||| || || ||| || ||||| ||  |||||||  | |||  || |||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33288421 tcactggttatctattagatgctcttaaaacaaacggtatttatgcatttagggatgacaccaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagctcct 33288322  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||     
T  33288321 tcgagcaatcgaaggatcccaggttttcgttgcagtattctcaagaaactatgcttcctcaacatggtgcttgcaggaattagaaaagatatgtgaatgt 33288222  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
    || || | |||   |||||   ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||| |||  || ||    
T  33288221 gttcatgtatcaagaaaacacattcttccagttttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgggatttatggtgaagcctttaccatac 33288122  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33288121 atgaacaaacattccaacaagactctcagatggtgtcaagatgga 33288077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 270 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 9169535 - 9169360
Alignment:
Q  270 cttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaa 369  Q
    |||||||||| |||| ||||| || ||||| || |  | ||| | ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9169535 cttgcaagaattagaaaagatatgtgaatgtgttcgtgtatcaggaaaacatgttcttcttgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaa 9169436  T
Q  370 agtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    ||||| ||||||  | |||| |||| ||||||||||||||||||| || || | ||||| ||||||||| ||||||    
T  9169435 agtgggatttattgtgaagcatttgccaaacatgaacaaagattcaaataagattctcacatggtgtcaggatgga 9169360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12781374 - 12781322
Alignment:
Q  322 gttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtgg 374  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  12781374 gttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtacaaaagcaaagtgg 12781322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12782125 - 12782073
Alignment:
Q  322 gttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtgg 374  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  12782125 gttctgcctgttttttatgatgttgatctttctgaggtgcgaaagcaaagtgg 12782073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12785563 - 12785512
Alignment:
Q  323 ttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtgg 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  12785563 ttcttcctattttttatgatgttgatccttctgaggtacaaaagcaaagtgg 12785512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12786303 - 12786252
Alignment:
Q  323 ttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtgg 374  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12786303 ttctgcctattttttatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgg 12786252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 9169637 - 9169554
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaa 84  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| | ||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  9169637 gctagcagcagcaactcatctctagctatggtgacatctccaaggagaaatcattatgatgtgtttttcacctttagaggtgaa 9169554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 118
Target Start/End: Original strand, 13608263 - 13608326
Alignment:
Q  55 tatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttg 118  Q
    |||||||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  13608263 tatgatgtgtttgtgagcttccgtggcgaagacacgcgcaacaatttcactgatcatctttttg 13608326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 17437823 - 17438267
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  | | || ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  17437823 gctagtagcagcaaatcaacttcagctcttgtgacttcttcaaagaaaaatcattatgatgtgtttgtcacctttagaggtgaagatactcgcaacaatt 17437922  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||  |||| ||| |||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17437923 tcactgattttctttttgacgcccttgaaagaaaagacatttttgcatttcgagatgacactaatcttcaaaaaggtgaatccataggatctgagcttct 17438022  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| || ||||||    
T  17438023 tcgagcaatagaaggatctcaggtttttgttgcggttttctcaagatactatgcttcctcaacatggtgtttggaagaattagaaaagatatgtgaatgc 17438122  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
    || || |   | | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||    
T  17438123 gttcaggtgccaggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgggatttatcatgaagcttttgtcaaac 17438222  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||    
T  17438223 atgaacaaagattccaacaagaccttcagaaggtgtcaagatgga 17438267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 328 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 35105819 - 35105779
Alignment:
Q  328 cctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagca 368  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  35105819 cctgttttttatgatgttgatccatctcatgttcgaaagca 35105779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 1092 - 648
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||| |||   |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  1092 gctagcagcagcaactcgtctacggctctggtgcctttgccaaggagaaattgttatgacgtgtttgtcaccttcagaggtgaagatactcgcaacaatt 993  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||| | |||||||||||| |||||| |||| |||| | |||  ||  ||  ||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  992 tcactaattttctttttgctgcccttgaaagaaaaggtatttatgctttcagggatgacacaaatcttccaaagggtgaatccataggacctgagctcct 893  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||||| || || ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  892 tcgaacaatcgaaggatctcaggttttcgttgctgtcttatcaagaaactatgcttcttcaacatggtgcctgcaagaattagagaagatttgtgaatgc 793  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
     || | ||||| | ||||  |||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||    | | ||||| |||||    
T  792 atcaagggatctggaaaatatgttcttcctattttctatggtgtcgatccttctgaggtaaaaaagcaaagtgggatttattgggacgattttgccaaac 693  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  692 atgaacaaagattcaaacaagaccctcataaggtgtcaagatgga 648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 9853 - 9409
Alignment:
Q  1 gctagcagcagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaagaagatattattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||| |||   |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  9853 gctagcagcagcaactcgtctacggctctggtgcctttgccaaggagaaattgttatgacgtgtttgtcaccttcagaggtgaagatactcgcaacaatt 9754  T
Q  101 tcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttct 200  Q
    ||| | |||||||||||| |||||| |||| |||| | |||  ||  ||  ||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  9753 tcactaattttctttttgctgcccttgaaagaaaaggtatttatgctttcagggatgacacaaatcttccaaagggtgaatccataggacctgagctcct 9654  T
Q  201 tcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgc 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||||| || || ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  9653 tcgaacaatcgaaggatctcaggttttcgttgctgtcttatcaagaaactatgcttcttcaacatggtgcctgcaagaattagagaagatttgtgaatgc 9554  T
Q  301 gtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaac 400  Q
     || | ||||| | ||||  |||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||    | | ||||| |||||    
T  9553 atcaagggatctggaaaatatgttcttcctattttctatggtgtcgatccttctgaggtaaaaaagcaaagtgggatttattgggacgattttgccaaac 9454  T
Q  401 atgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  9453 atgaacaaagattcaaacaagaccctcataaggtgtcaagatgga 9409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 50 - 445
Target Start/End: Original strand, 31501309 - 31501704
Alignment:
Q  50 attattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatt 149  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||| |  | | | || ||||||||| |||    
T  31501309 attattatgatgcgtttgtcacttttagaggtgaagacactcgcaacaatttcacttatcatctttttgatgccttcaacagagaaggcattcttgcatt 31501408  T
Q  150 tcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaac 249  Q
    | ||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||  |||| ||||  ||| |  ||| |||||||||  ||||||| |||    
T  31501409 tagggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccatagcatccgagcttcttcgtgcaattgaagattcttatatttttgttgcggtcctctcaaggaac 31501508  T
Q  250 tatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatc 349  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||| |||| |||||    ||||||||||| | |||  |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  31501509 tatgcttcctcaatttggtgcttgcaagaattagaaaagatccttgaatgcgtccacgtatctaaaaaacatgttctgcctgttttctatgatgttgatc 31501608  T
Q  350 cttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    || | | ||| |||||||||||||| ||||||  | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  31501609 ctcccgtggtgcgaaagcaaagtgggatttattgtgaagcatttgtcaaacatgaacaaatattccaacaagactctcagatggtgctaagatgga 31501704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 53 - 445
Target Start/End: Original strand, 31496142 - 31496534
Alignment:
Q  53 attatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcg 152  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| || |  | | | || |||||  || |||| |    
T  31496142 attatgacgtgtttgtcacctttagaggtgaggacactcgcaacaatttcactgatcatctttttgataccttccacagagaaggcatttctgcatttag 31496241  T
Q  153 ggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactat 252  Q
     ||| |||  ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |  |||| |||   |||||||||| ||||| ||| || ||||| ||||||    
T  31496242 agatgacactaatcttccaaaaggtgaatccataggacctaagctcctttgtgcaattgaaaactctcaggtttttgttgtggtcttatcaaggaactat 31496341  T
Q  253 gctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatcctt 352  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||    ||||| ||| | | |||  |||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  31496342 gctttctcaacttcgtgcttgcaagaattagaaaagatccttgaatgggtcaaggtatctaaaaaacatgttctgcctgttttctatgatgttgaccctt 31496441  T
Q  353 ctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
    ||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  31496442 ctatggtgcgaaagcaaagtggaatttatggtgaagcatttgtcaaacatgaacaaagattccaacaagactctcagatggtgcaaagatgga 31496534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 54 - 435
Target Start/End: Original strand, 31476203 - 31476584
Alignment:
Q  54 ttatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatttcgg 153  Q
    |||||| |||||||| | |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||  |||| |  || ||| |||| ||    
T  31476203 ttatgacgtgtttgtgagcttcagaggtgaagatactcgcaacaatttcactgatttcctttttgatgccctcgaagaaaaaggtgtttttgcatttagg 31476302  T
Q  154 gataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatg 253  Q
    ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||   |||| ||||| ||||||||||  |||| ||| || ||||  ||||| |    
T  31476303 gatgacactaatcttcaaaaaggtgaatccatagcacctgaactctttcatgcaattgaagggtctcaggttttcgttgtggtcttgtcaaagaactacg 31476402  T
Q  254 ctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttc 353  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| | ||  | ||   |   || || |||| |||  ||||   |||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  31476403 ctttctcaacttggtgcttgaaagaattggaatacatcctgtgttgtgttcaagcatctaaaaagtatgttctacctgtgttctatgatgttgatccttc 31476502  T
Q  354 tgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtg 435  Q
    |  ||| |||||||||| ||| ||||||  | |||| |||||| |||||| ||| |||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  31476503 tttggtgcgaaagcaaactgggatttatagtgaagcatttgtccaacatggacacagattcaaacaagactctcaaatggtg 31476584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 50 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 31030649 - 31030280
Alignment:
Q  50 attattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatt 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||  ||| |||||||||  |||||||| ||||||  ||| |||| ||||| ||| |||    
T  31030649 attattatgatgtgtttgtcacctttagaggcgaagatactcgcttcaacttcattgatcatctttttgctgcccttcaaagaaaaggcatttttgcatt 31030550  T
Q  150 tcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaac 249  Q
    | | ||  |||  ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||  |||| ||||| ||||||||||   |||||||  |||| | ||||    
T  31030549 tagagacgacactaatcttcaaaaaggtgaatccataccacccgagctcattcgtgcaattgaagggtctcaggttttcattgcggtcctctccaaaaac 31030450  T
Q  250 tatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatc 349  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| |||| | |   | ||    || |||   ||||  || | || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31030449 tatgcttcctcaacttggtgcttgcgagaattggtacacatccttgactgcagtcaagtttctggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgatc 31030350  T
Q  350 cttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaaca 419  Q
    ||||||||||  || | ||||  |||||||| | | |||| |||  |||||||||||||| |||||||||    
T  31030349 cttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaacattccaaca 31030280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 50 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 31020768 - 31020390
Alignment:
Q  50 attattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatt 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||  ||| |||||||||  |||||||| ||||||  ||| |||| ||||| ||| |||    
T  31020768 attattatgatgtgtttgtcacctttagaggcgaagatactcgcttcaacttcattgatcatctttttgctgcccttcaaagaaaaggcatttttgcatt 31020669  T
Q  150 tcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaac 249  Q
    | | ||  ||   ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||  |||| ||||| ||||||||||   |||||||  |||| | ||||    
T  31020668 tagagacgacgctaatcttcaaaaaggtgaatccataccacccgagctcattcgtgcaattgaagggtctcaggttttcattgcggtcctctccaaaaac 31020569  T
Q  250 tatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatc 349  Q
    ||| ||| |||||| |||||||||| |||| | |   | ||    || |||   ||||  || | || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31020568 tattcttcctcaacttggtgcttgcgagaattggtacacatccttgactgcagtcaagtttctggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgatc 31020469  T
Q  350 cttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaaaactctca 428  Q
    ||||||||||  || | ||||  |||||||| | | |||| |||  |||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  31020468 cttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaacattccaacatgactctca 31020390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 50 - 428
Target Start/End: Original strand, 31488784 - 31489162
Alignment:
Q  50 attattatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaagcattcttgtatt 149  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||| || | ||||  |||||||| ||||||  ||| |||| ||||| |||  ||    
T  31488784 attattatgacgtgtttgtcaccttcagaggtgaagatactcgcttcaactttactgatcatctttttgctgcccttcaaagaaaaggcatttttgcgtt 31488883  T
Q  150 tcgggataacagaaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaac 249  Q
    | | ||| |||  || ||||||||||||||||| |||| ||| |||||  ||||  |||| ||||| ||||||||||   |||||||  |||| | ||||    
T  31488884 tagagatgacactaagcttcaaaaaggtgaatcgatagcacccgagctcattcgtgcaattgaagggtctcaggttttcattgcggtcctctccaaaaac 31488983  T
Q  250 tatgctttctcaacatggtgcttgcaagaaatagagaagatttgggaatgcgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatc 349  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| |||| | ||  | ||     | | |   ||||  |  | || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31488984 tatgcttcctcaacttggtgcttgcgagaattggaatacatccttcactacagtcaagtttttggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgatc 31489083  T
Q  350 cttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaaaactctca 428  Q
    ||||||||||  || | ||||  |||||||| | | |||| |||  |||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  31489084 cttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaacattccaacatgactctca 31489162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 321 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 31162276 - 31162152
Alignment:
Q  321 tgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaa 420  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |  || | ||||  |||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31162276 tgttctgcctgttttctatgatgttgatccttatgagatgagatatcaaaaaggaaattatgttgaagcctttttcaaacatgaacaaagattccaacaa 31162177  T
Q  421 aactctcagatggtgtcaagatgga 445  Q
     ||||| ||||||||  ||||||||    
T  31162176 gactctgagatggtgcaaagatgga 31162152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 315 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 31529164 - 31529059
Alignment:
Q  315 aaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattc 414  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||| | ||||| |||| | |||||||  ||||||||    
T  31529164 aaaacgtgttctccctgttttctatgatgttgatccttccgaggtgcgaaagcaaagtgggagttataaaaaagcatttgcccaacatgaggaaagattc 31529065  T
Q  415 caacaa 420  Q
     |||||    
T  31529064 aaacaa 31529059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 405
Target Start/End: Original strand, 31482317 - 31482393
Alignment:
Q  329 ctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaa 405  Q
    ||||||| ||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  31482317 ctgttttctatgatgtcaatccatctgaggtacgaaagcaaagtgggagttatgctaaagcctttgccaaacatgaa 31482393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 172 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 31151150 - 31151061
Alignment:
Q  172 aaaggtgaatccataggacctgagcttcttcgatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctca 261  Q
    |||||||||||||||| |||||| || |||||| |||| ||||  |||||| ||| ||||| ||||||||| |  |||||||||| ||||    
T  31151150 aaaggtgaatccatagcacctgaactccttcgagcaattgaagactctcagatttttgttgtggttttctctaagaactatgcttcctca 31151061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 31159899 - 31159801
Alignment:
Q  321 tgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaaca 419  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||  || | |||| ||||| |||||   ||||  ||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  31159899 tgttctccctattttctatgatgttgatccttctgaggtgagacatcaaaatggaagttatggagaagcccttgccaaacacgaagaaagattccaaca 31159801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 31151007 - 31150898
Alignment:
Q  315 aaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattc 414  Q
    ||||| |||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||| | ||||  |||  ||||| | |||| || |  ||||||||| ||||||||    
T  31151007 aaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattc 31150908  T
Q  415 caacaaaact 424  Q
    ||||||||||    
T  31150907 caacaaaact 31150898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 389
Target Start/End: Original strand, 31244506 - 31244575
Alignment:
Q  320 ttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagc 389  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||    
T  31244506 ttgttctacctattttctatgatgtggatccatctgaggtgcgaaagcaaagcggagattatgaaaaagc 31244575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 31159982 - 31159946
Alignment:
Q  238 ttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgcttgc 274  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31159982 ttctcaaaaaactatgcttcctcaacatggtgcttgc 31159946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 6473386 - 6473323
Alignment:
Q  55 tatgatgtgtttgtcaccttccgaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttg 118  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  6473386 tatgatgtgtttgtgagctttcgaggcgaagacacgcgcaacaatttcactgatcatctttttg 6473323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University