View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18430_low_1 (Length: 1270)

Name: NF18430_low_1
Description: NF18430
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18430_low_1
NF18430_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-1255)||(51402358-51403605)
chr4 (817-1193)||(29983284-29983660)
chr4 (106-281)||(29984244-29984419)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1156; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1156; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1255
Target Start/End: Original strand, 51402358 - 51403605
Alignment:
Q  18 cattcataataaccagcaacgttaatttttgaagcgatctgaataatcttggtggtgctgccgcgacaacatggcgacacctaatgtgacatgtcctgca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51402358 cattcataataaccagcaacgttaatttttgaagcgatctgaataatcttggtggtgctgccgcgacaacatggcgacgcctaatgtgacatgtcctgca 51402457  T
Q  118 ccgatgaaagccacgtctaatggtgctttccaacacgaaaatcctctcgattatgcacttccgttgttgattcttcagatatgtgtggttgtcacgttca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51402458 ccgatgaaagccacgtctaatggtgctttccaacacgaaaatcctctcgattatgcacttccgttgttgattcttcagatatgtgtggttgtcacgttca 51402557  T
Q  218 ctagatgtattgcatacctttgcaaaccactcaaacaacctcgagtcattgcagaaatcattgtgagttttcgtcctttgtattgttgttttatccttga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51402558 ctagatgtattgcatacctttgcaaaccactcaaacaacctcgagtcattgcagaaatcattgtaagttttcgtcctttgtattgttgttttatccttga 51402657  T
Q  318 aagtcccttaatttgatggttatagtttatatttgagtttccatgcaataagttagtgagacaatgaatatggcagtgtgacatgatcgacaaattataa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51402658 aagtcccttaatttgatggttatagtttatatttgagtttccatgcaataagttagtgagacaatgaatatggcagtttgacatgatcgacaaattataa 51402757  T
Q  418 ttaatcttataagtggtccacaccatcctttgatttcaaataaagagaattttgccttctgaatagatttc-gagggattagtttccgactagcttatac 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51402758 ttaatcttataagtggtccacaccatcctttgatttcaaataaagagaattttgccttctgaatagatttctgagggattagtttccgactagcttacac 51402857  T
Q  517 atcaaaaagaaatttgtttgttttgtgaattagtggaatagtcgtgcatctacgctggtcttgcgactttggtcattatattaaggtggtcaatataaaa 616  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51402858 atcaaatagaaatttgtttgttttgtgaattagtggaatagtcgtgcatctacgctggtcttgcaacgttggtcattatattaaggtggtcaatataaaa 51402957  T
Q  617 ttaaaatgtttagaattttgttttatattaagatataag---------tgaaacttaatttcttctgttgcaagtaaaacttttgtatgttgcctattga 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51402958 ttaaaatgtttagaattttgttttatattaagatataagtggaatcattgaaacttaatttcttctgtagcaagtaaaacttttgtatgttgcctattga 51403057  T
Q  708 atgttgctgtcacttttgtaagtttcttatgtgaaaatgttcaacgcagggaggaatactgcttggaccatcagcaataggtcgaagtgagaaattccta 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  51403058 atgttgctgtcacttttgtaagtttcttatgtgaaaatgttcaatgcagggaggaatactgcttggaccatcagcaataggtcgaagcgagaaattccta 51403157  T
Q  808 cacacagttttcccaaagagaagcttaacagtcctagacacactagccaacattggtcttttgttcttcttattcctagtaggtcttgaactcgacatgc 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51403158 cacacagttttcccaaagagaagcttaacagtcctagacacactagccaacattggtcttttgttcttcttattcctagtaggtcttgaactcgacatgc 51403257  T
Q  908 gttcaatccgtagaacaggtaaaaaagccttagcaattgccctctgtggaatcacattcccatttgttcttggcataggaacatccattgttcttagagc 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51403258 gttcaatccgtagaacaggtaaaaaagccttagcaattgccctttgtggaatcacattcccatttgttcttggcataggaacatccgttgttcttagagc 51403357  T
Q  1008 cacaatctccaaaggtgcacaacctgtccctttccttgtcttcatgggtgttgctctctcaatcacagcatttcccgtcctcgctcgaatcctagctgag 1107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51403358 cacaatctccaaaggtgcacaacctgtccctttccttgtcttcatgggtgttgctctctcaatcacagcatttcccgtcctcgctcgaatcctagctgag 51403457  T
Q  1108 ctcaaactgctaaccacggatgttggtcgtatagcaatgtcagcagctgctgttaatgatgttgcagcctgggtacttctcgctctagccatatcattat 1207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51403458 ctcaaactgctaaccacggatgttggtcgtatagcaatgtcagcagctgctgttaatgatgttgcagcctgggtacttcttgctctagccatatcattat 51403557  T
Q  1208 ctggcgatgacacgtcgcccctgatttcactttgggttatgctctgtg 1255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51403558 ctggcgatgacacgtcgcccctgatttcactttgggttatgctctgtg 51403605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 817 - 1193
Target Start/End: Complemental strand, 29983660 - 29983284
Alignment:
Q  817 ttcccaaagagaagcttaacagtcctagacacactagccaacattggtcttttgttcttcttattcctagtaggtcttgaactcgacatgcgttcaatcc 916  Q
    ||||| || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  29983660 ttccctaaaagaagcttaacagttcttgatacactagccaacattggcctgctattcttcttatttctagtaggtcttgaactcgacatgcgttcgatac 29983561  T
Q  917 gtagaacaggtaaaaaagccttagcaattgccctctgtggaatcacattcccatttgttcttggcataggaacatccattgttcttagagccacaatctc 1016  Q
    | | |||||||  ||||||||||   || |||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| || || ||  |||||||| | ||||||||       
T  29983560 gcaaaacaggttcaaaagccttatgcatagcccttgctggaatcacagtcccatttgtacttggcattggcacctcacttgttcttcgtgccacaataaa 29983461  T
Q  1017 caaaggtgcacaacctgtccctttccttgtcttcatgggtgttgctctctcaatcacagcatttcccgtcctcgctcgaatcctagctgagctcaaactg 1116  Q
    ||||| |||  | ||     | |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  29983460 caaagatgctaatccaacttccttccttgttttcatgggcgttgctctctcgatcacagcctttcctgtccttgctcgaatcctagctgaactcaaactc 29983361  T
Q  1117 ctaaccacggatgttggtcgtatagcaatgtcagcagctgctgttaatgatgttgcagcctgggtacttctcgctct 1193  Q
    || || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||| ||||||| |||||    
T  29983360 ctcacaaccgatgttggtcggatggcaatgtcagctgctgctgtcaatgacgtcgctgcttggatacttcttgctct 29983284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 29984419 - 29984244
Alignment:
Q  106 acatgtcctgcaccgatgaaagccacgtctaatggtgctttccaacacgaaaatcctctcgattatgcacttccgttgttgattcttcagatatgtgtgg 205  Q
    ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||  | |||||||||||||| || || ||| | ||||||||| |||    
T  29984419 acatgtccaccaccaatgaaggccacttctaatggggcatttcaacatgaaaatcccatggattatgcacttcccttattaattgtacagatatgtttgg 29984320  T
Q  206 ttgtcacgttcactagatgtattgcatacctttgcaaaccactcaaacaacctcgagtcattgcagaaatcattgt 281  Q
    | ||| | || || |||   |||||||  |||||||| || || | ||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  29984319 tggtcgcttttacaagactcattgcatttctttgcaagcctcttagacaacctagagttattgcagaagtcattgt 29984244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University