View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18436_high_1 (Length: 806)

Name: NF18436_high_1
Description: NF18436
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18436_high_1
NF18436_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (4-790)||(33347074-33347861)
chr2 (38-192)||(19936153-19936307)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (4-790)||(26383521-26384308)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-790)||(19111951-19112731)
[»] scaffold0354 (1 HSPs)
scaffold0354 (176-790)||(30-645)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (68-414)||(48210979-48211326)
chr4 (68-303)||(46390121-46390356)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (68-216)||(11743-11891)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (68-216)||(21702019-21702167)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (75-203)||(23266603-23266731)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (76-114)||(5613176-5613214)
chr7 (68-126)||(22907829-22907887)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 676; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 33347861 - 33347074
Alignment:
Q  4 gatggacatcatcatccaatttatccatctatcggaaaaacccatttttatcataacccttttcagataactccaatcaattctgtcatacgctttactt 103  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33347861 gatgcacatcataatccaatttatccatctatcagaaaaacccatttttatcataacctttttcagataactccaatcaattatgtcatacgctttactt 33347762  T
Q  104 atatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatgatctctatggctgccatagcattatctagaatagatc 203  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33347761 atgtcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatgatctctatggctgccatagcattatctaggatagatc 33347662  T
Q  204 gacccggaacaaatgcagattgacaatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtcgatttgctaacactttcgctaccaccttataaatcacatt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33347661 gacccggaacaaatgcagattgactatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtcgatttgctaacactttcgctaccaccttataaatcacatt 33347562  T
Q  304 gaataaggctataggtctccagtctttcatagaagtttgagactcacccttcggaataagagctatggtggtcgcattgagagttggagggaaactacct 403  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33347561 gcataaggctataggtctccagtctttcatataagtttgagacttacccttcggaataagagctatggtggtcgcattgagagttgtagggaaactacct 33347462  T
Q  404 gtatctaaccattgacaacactggtggaataattcttcgccacaagatgcccaaaatttttggaaaaaacccggattgaatccgtctggccccggacact 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33347461 gtatctaaccattgacaacactggtggaataattcttcgccacaagatggccaaaatttttggaaaaaacccggattgaatccgtctggccccggacact 33347362  T
Q  504 tatccgccttcatggaaaaaatagcttctttaaattcagaaatcacaaaaggtgctaacaggttattgttatctt-tatggaaattgaagcttcaatagc 602  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  33347361 tatctgccttcatggaaaaaagagcttctttaaattcagaaacaacaaaaggtgctaataggttattgttatcttcaatggaaattgaagcttcaatagc 33347262  T
Q  603 ctcaatgaccggctcggtgtcactaatctgttcttgaaataagtcaacaaaataatttcgagcaacatcacacaattgattttcatcagtaatccggttg 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  33347261 ctcaatgaccggctcggtgtcactaatttgttcttgaaacaagtcaacaaaataatttcgagcaacatcacacaattgattttcatcagtaatcttgttg 33347162  T
Q  703 ttatctagatccaacaacgaatgaattttgttaatttttcgtcttgaagaagccgcaacatggaagaacttagtattaaggtctccat 790  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33347161 ttatctgtatccaacaacgaatgaattttgttaatttttcgtcttgaagaagccgcagcatggaagaacttagtattaaggtctccat 33347074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 192
Target Start/End: Original strand, 19936153 - 19936307
Alignment:
Q  38 gaaaaacccatttttatcataacccttttcagataactccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtac 137  Q
    ||||| |||||||| | |||||| | ||| |||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||    ||||    
T  19936153 gaaaatcccattttaagcataacgcatttgagataattccagtctattctgtcataagctttgcttatatcaagcttgaaagccacatccccttgcgtac 19936252  T
Q  138 ctttgactttcgacttcatataatgaatgatctctatggctgccatagcattatc 192  Q
    |||||||||| |  ||| |||||||||  | ||| || || ||||||||||||||    
T  19936253 ctttgactttggttttcttataatgaaccagctcaatagccgccatagcattatc 19936307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 790
Target Start/End: Original strand, 26383521 - 26384308
Alignment:
Q  4 gatggacatcatcatccaatttatccatctatcggaaaaacccatttttatcataacccttttcagataactccaatcaattctgtcatacgctttactt 103  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26383521 gatgcacatcataatccaatttatccatctatcagaaaaacccatttttatcataacccttttcagataactccaatcaattctgtcatacgctttactt 26383620  T
Q  104 atatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatgatctctatggctgccatagcattatctagaatagatc 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26383621 atatcaagcttaagagaaacatctcccaatgtaactttgagtttcgacttcatataatgaatgatctctatggctgccatagcattatctaggatagatc 26383720  T
Q  204 gacccggaacaaatgcagattgacaatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtcgatttgctaacactttcgctaccaccttataaatcacatt 303  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26383721 gacccggaacaaatgcaaattgactattagaaatgcacttatttaaaacaactttgagttgatttgctaacactttcgctaccaccttataaatcacatt 26383820  T
Q  304 gaataaggctataggtctccagtctttcatagaagtttgagactcacccttcggaataagagctatggtggtcgcattgagagttggagggaaactacct 403  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26383821 gcataaggctataggtctccagtctctcatagaagtttgagactcacccttcggaataagagctatggtggtcgcattgagagttagagggaaactacct 26383920  T
Q  404 gtatctaaccattgacaacactggtggaataattcttcgccacaagatgcccaaaatttttggaaaaaacccggattgaatccgtctggccccggacact 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  26383921 gtatctaaccattgacaacactggtggaataattcttcgccacaagatgcccaaaatttttggaaaaaacccggattgaatccgtctagccctagacact 26384020  T
Q  504 tatccgccttcatggaaaaaatagcttctttaaattcagaaatcacaaaaggtgctaacaggttattgttatctt-tatggaaattgaagcttcaatagc 602  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  26384021 tatctgccttcatggaaaaaagagcttctttaaattcaaaaatcacaaaaggtgctaacaggttattgttatcttcaatggaaattgaagcttcaatagc 26384120  T
Q  603 ctcaatgaccggctcggtgtcactaatctgttcttgaaataagtcaacaaaataatttcgagcaacatcacacaattgattttcatcagtaatccggttg 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26384121 ctcaatgaccggctcggtgtcactaatctgttcctgaaacaagtcaacaaaataatttcgagcaacatcacacaattgattttcatcagtaatccggttg 26384220  T
Q  703 ttatctagatccaacaacgaatgaattttgttaatttttcgtcttgaagaagccgcaacatggaagaacttagtattaaggtctccat 790  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26384221 ttatctggatccaataacgaatgaattttgttaatttttcgtcttgaagaagccgcagcatggaagaacttcgtattaaggtctccat 26384308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 790
Target Start/End: Original strand, 19111951 - 19112731
Alignment:
Q  12 tcatcatccaatttatccatctatcggaaaaacccatttttatcataacccttttcagataactccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaag 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  19111951 tcataatccaatttatccatctatcagaaaaacccatttttatcataacccttttcaaataactccaatcaattatgtcatacgttttacttatatcaag 19112050  T
Q  112 cttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatgatctctatggctgccatagcattatctagaatagatcgacccgga 211  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19112051 cttaagagcaacatctcccaatatacctttgactttcgactccatataatgaatgatctctatggcttccatagcattatctaggatagatcgacccgga 19112150  T
Q  212 acaaatgcagattgacaatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtcgatttgctaacactttcgctaccaccttataaatcacattgaataagg 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19112151 acaaatgcagattgactatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtcgatttgctaacactttcgctaccaccttataaatcacattgtataagg 19112250  T
Q  312 ctataggtctccagtctttcatagaagtttgagactcacccttcggaataagagctatggtggtcgcattgagagttggagggaaactacctgtatctaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19112251 ctataggtctccagtctttcatagaagtttgagactcacctttcggaataagagctatggtggtcgcattgagagttggagggaagctacctgtatctaa 19112350  T
Q  412 ccattgacaacactggtggaataattcttcgccacaagatgcccaaaatttttgg-aaaaaacccggattgaatccgtctggccccggacacttatccgc 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |    
T  19112351 ccattgacaacactggtggaataattcttcgccacaagatgcccaaaatttttggaaaaaaacccggattgaatccgtctagccccggacacttatctac 19112450  T
Q  511 cttcatggaaaaaatagcttctttaaattcagaaatcacaaaaggtgctaacaggttattgttatctt-tatggaaattgaagcttcaatagcctcaatg 609  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  19112451 cttcatggaaaaaagagcttctttaaattcagaaatcacaaaaggtgctaacaggttattgttatcttcaatggagattgaagattcaatagcctcaatg 19112550  T
Q  610 accggctcggtgtcactaatctgttcttgaaataagtcaacaaaataatttcgagcaacatcacacaattgattttcatcagtaatccggttgttatcta 709  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19112551 accggctcgatgtcactaatatgttcttgaaacaagtcaacaaaataatttcgagcaacatcacacaattgattttcatcagtaatccggttgttatctg 19112650  T
Q  710 gatccaacaacgaatgaattttgttaatttttcgtcttgaagaagccgcaacatggaagaacttagtattaaggtctccat 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19112651 gatccaacaacgaatgaattttgttaaattttcgtcttgaagaagccgcagcatggaagaacttagtattaaggtctccat 19112731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0354 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0354
Description:

Target: scaffold0354; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 176 - 790
Target Start/End: Original strand, 30 - 645
Alignment:
Q  176 gctgccatagcattatctagaatagatcgacccggaacaaatgcagattgacaatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtcgatttgctaaca 275  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30 gctgccatagcattatctaggatagatcgacccggaacaaatgcaggttgacagtcagaaatgcacttatttaaaacaaatttgagtcgatttgctaaca 129  T
Q  276 ctttcgctaccaccttataaatcacattgaataaggctataggtctccagtctttcatagaagtttgagactcacccttcggaataagagctatggtggt 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  130 ctttcgctaccaccttataaatcacattgcataaggctataggtctccagtctttcatagaagtttgagactcacccttcggaataagagctatggtggt 229  T
Q  376 cgcattgagagttggagggaaactacctgtatctaaccattgacaacactggtggaataattcttcgccacaagatgcccaaaatttttggaaaaaaccc 475  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  230 cgcattgagaggtggagggaaactacctgtatctaaccattgacaacattggtggaataattcttcgccacaagatgcccaaaatttttggaaaaaaccc 329  T
Q  476 ggattgaatccgtctggccccggacacttatccgccttcatggaaaaaatagcttctttaaattcagaaatcacaaaaggtgctaacaggttattgttat 575  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330 ggattgaatccgtctggccccggacacttatctgccttcatggaaaaaagagcttctttaaattcagaaatcacaaaaggtgctaacaggttattgttat 429  T
Q  576 ctt-tatggaaattgaagcttcaatagcctcaatgaccggctcggtgtcactaatctgttcttgaaataagtcaacaaaataatttcgagcaacatcaca 674  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  430 cttcaatggaaattgaagcttcaatagcctcaatgactggctcggtgtcactaatctgttcttgaaataagtcaacaaaataatttcgagcaacatcaca 529  T
Q  675 caattgattttcatcagtaatccggttgttatctagatccaacaacgaatgaattttgttaatttttcgtcttgaagaagccgcaacatggaagaactta 774  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  530 caattgattttcatcagtaatccggttgttatctggatccaacaacgaatgaattttgttaacttttcgtcttgaagaagccgcagcatggaagaactta 629  T
Q  775 gtattaaggtctccat 790  Q
    ||||||||||||||||    
T  630 gtattaaggtctccat 645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 68 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 48211326 - 48210979
Alignment:
Q  68 agataactccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatga 167  Q
    |||||| |||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||   |||||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  48211326 agataattccattcgatcctgtcataagctttactaatatcaagcttaagagccacttctcccacattacctttgacttttatcttcatatgatgaatga 48211227  T
Q  168 tctctatggctgccatagcattatctagaatagatcgacccggaacaaatgcagattgacaatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtc-gat 266  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||| | |||||| || ||||| ||||| || |||||| | || || ||||| |||| ||| |||||||| || | | |    
T  48211226 tctcaatggcagccataacattatcgaaaatagagcgtcccgggacaaaagccgattgaaattctgagatgcatttatctaacacaactttcagccgggt 48211127  T
Q  267 ttgctaacactttcgctaccaccttataaatcacattgaataaggctataggtctccagtctttcatagaagtttgagactcacccttcggaataagagc 366  Q
    ||||||  ||||| ||||| || || || ||||||||  | || ||||| || ||||| |||||||| ||  | ||||  || ||||| |||||||| ||    
T  48211126 ttgctagaactttagctactactttgtacatcacattacacaaagctatcggcctccaatctttcatggatatctgagtatctcccttgggaataagtgc 48211027  T
Q  367 tatggtggtcgcattgagagttggagggaaactacctgtatctaacca 414  Q
     ||| | |||| ||| | ||  | ||||||| ||||||| ||||||||    
T  48211026 aatgtttgtcgaatttaaagaagaagggaaaatacctgtttctaacca 48210979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 68 - 303
Target Start/End: Original strand, 46390121 - 46390356
Alignment:
Q  68 agataactccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatga 167  Q
    |||||| |||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||   |||||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  46390121 agataattccattcgatcctgtcataagctttactaatatcaagcttaagagccacttctcccacattacctttgacttttatcttcatatgatgaatga 46390220  T
Q  168 tctctatggctgccatagcattatctagaatagatcgacccggaacaaatgcagattgacaatcagaaatgcacttatttaaaacaactttgagtcgatt 267  Q
    |||| |||||  ||||| ||||||  | |||||| || ||||| ||||| || |||||| | || || ||||| |||| ||| |||||||| || || ||    
T  46390221 tctcaatggcaaccataacattataaaaaatagagcgtcccgggacaaaagccgattgaaattctgagatgcatttatctaacacaactttcagccggtt 46390320  T
Q  268 tgctaacactttcgctaccaccttataaatcacatt 303  Q
    |||||  ||||| ||||| || || || ||||||||    
T  46390321 tgctagaactttagctactactttgtacatcacatt 46390356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 68 - 216
Target Start/End: Original strand, 11743 - 11891
Alignment:
Q  68 agataactccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatga 167  Q
    |||||| |||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||   |||||||||||||   |||||||  || |||||    
T  11743 agataattccattcgatcctgtcataagctttactaatatcaagcttaagagccacttctcccacattacctttgacttttatcttcatacgattaatga 11842  T
Q  168 tctctatggctgccatagcattatctagaatagatcgacccggaacaaa 216  Q
    |||| |||||  ||||||||||||| | |||||| || ||||| |||||    
T  11843 tctcaatggcaaccatagcattatccaaaatagagcgtcccgggacaaa 11891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 68 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 21702167 - 21702019
Alignment:
Q  68 agataactccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatga 167  Q
    |||||| |||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||   |||||||||||||   |||||||  || |||||    
T  21702167 agataattccattcgatcctgtcataagctttactaatatcaagcttaagagccacttctcccacattacctttgacttttatcttcatacgattaatga 21702068  T
Q  168 tctctatggctgccatagcattatctagaatagatcgacccggaacaaa 216  Q
    |||| |||||  ||||||||||||| | |||||| || ||||| |||||    
T  21702067 tctcaatggcaaccatagcattatccaaaatagagcgtcccgggacaaa 21702019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 75 - 203
Target Start/End: Original strand, 23266603 - 23266731
Alignment:
Q  75 tccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagcttaagagcaacatctcccaatgtacctttgactttcgacttcatataatgaatgatctctat 174  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||| || |||||||| || ||||| || ||||| |   || | ||||||||||||||||||| ||| || || |||||    
T  23266603 tccactcaattttgtcatatgctttgctaatatcaagtttcagagccacttctccaacgttatccttgactttcgacttcatatgatgtattatttctat 23266702  T
Q  175 ggctgccatagcattatctagaatagatc 203  Q
     || |||||| ||||||| | ||||||||    
T  23266703 agcagccataacattatccaaaatagatc 23266731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 114
Target Start/End: Original strand, 5613176 - 5613214
Alignment:
Q  76 ccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagctt 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  5613176 ccaatcaattctatcatacgctttacttatatccagctt 5613214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 68 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 22907887 - 22907829
Alignment:
Q  68 agataactccaatcaattctgtcatacgctttacttatatcaagcttaagagcaacatc 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| || | |||||||||    
T  22907887 agataactccaatcaatcctgtcataagctttgctaatatcaagttttaaagcaacatc 22907829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University