View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18443_low_11 (Length: 323)

Name: NF18443_low_11
Description: NF18443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18443_low_11
NF18443_low_11
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (33-305)||(5502887-5503157)
chr3 (10-305)||(5490073-5490367)
chr3 (10-305)||(5446336-5446628)
chr3 (40-305)||(5454895-5455160)
chr3 (29-295)||(5484688-5484954)
chr3 (29-295)||(5525734-5525998)
chr3 (10-225)||(5802392-5802607)
chr3 (29-268)||(5854109-5854348)
chr3 (29-229)||(5828079-5828279)
chr3 (29-224)||(5848808-5849003)
chr3 (29-305)||(20343514-20343791)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-305)||(25809184-25809476)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (72-150)||(34194277-34194355)
chr2 (72-150)||(34217221-34217299)
chr2 (72-150)||(34205796-34205874)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 33 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5503157 - 5502887
Alignment:
Q  33 gagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgctta 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503157 gagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgctta 5503058  T
Q  133 ctttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatttgtt 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  5503057 ctttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagagcttggtattttcatttgct 5502958  T
Q  233 attacatatttagtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 305  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5502957 attacatattttgtcctttcagttaga--tatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 5502887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 10 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5490367 - 5490073
Alignment:
Q  10 acatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5490367 acatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaattcagatatca 5490268  T
Q  110 gagatggtgggagtggctgcttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 209  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5490267 aagatggtgggagtggctgcatactttggtttaacaacattgtggacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggatggcatcttc 5490168  T
Q  210 agaacttggtattttcatttgttattacatatttagtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 305  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5490167 agaacttggtattttcatttcttattacatattttgtcttttcagttagatatatagcataaattta-atatttcaccatttgtgttgatattatt 5490073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 10 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5446628 - 5446336
Alignment:
Q  10 acatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatca 109  Q
    ||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||    
T  5446628 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 5446529  T
Q  110 gagatggtgggagtggctgcttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 209  Q
    || |||||   |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446528 gatatggt---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaatacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 5446432  T
Q  210 agaacttggtattttcatttgttattacatatttagtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446431 agaacttggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 5446336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 40 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5455160 - 5454895
Alignment:
Q  40 agccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgcttactttggt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  5455160 agccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatgatgggagtggctgcatactttggt 5455061  T
Q  140 ttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatttgttattacat 239  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  5455060 ttcacaacattgtggacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggatggcatcttcagaacttggtattttcttttcttattacat 5454961  T
Q  240 atttagtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 305  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  5454960 attttgtcttttcagttagatatatagcataaacttatatatttcaccatttgtcttgatattatt 5454895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 29 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 5484954 - 5484688
Alignment:
Q  29 acaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctg 128  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5484954 acaagagcttgagccttaaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggctg 5484855  T
Q  129 cttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 228  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5484854 cttactttggtttggcaacattgtggacatgagaaaacatcctgacgtaggacaagaaatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 5484755  T
Q  229 tgttattacatatttagtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgt 295  Q
    |   |  ||||||||  ||  |||||| |||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  5484754 tccaaagacatattttatctcttcagtcagatatatagcacaaatttatttatttcatcatttgtgt 5484688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 29 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 5525998 - 5525734
Alignment:
Q  29 acaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctg 128  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5525998 acaagagcttgagcctcgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaattgttcttgcactgcatatgcaaattcagatgtcagagatggtgggagtggctg 5525899  T
Q  129 cttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 228  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |    
T  5525898 cttactttggtttaacaacattgtggacatgagaaaacatcctgacgtaggacaagacatttacatacgattggcatcttcagaacttggtattttaact 5525799  T
Q  229 tgttattacatatttagtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgt 295  Q
    |  ||| ||||||||   | |||||||||||||||||||  | ||||| |||||||| |||||||||    
T  5525798 tcctatcacatatttttccttttcagttagatatatagc--acatttatatatttcatcatttgtgt 5525734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Original strand, 5802392 - 5802607
Alignment:
Q  10 acatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5802392 acatcatcatcgtattataacaagagctttagccttgaagaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcaccgcatatgcaaattcagatatca 5802491  T
Q  110 gagatggtgggagtggctgcttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 209  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5802492 gggatggtggtagtggctgcttactttggtttaacaatattatggacatgagaaaacatccagacgtaggacaagacatttacatacgactcgcatcttc 5802591  T
Q  210 agaacttggtattttc 225  Q
    ||||||||||||||||    
T  5802592 agaacttggtattttc 5802607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 29 - 268
Target Start/End: Original strand, 5854109 - 5854348
Alignment:
Q  29 acaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  5854109 acaagagcttgagccttgaggaatgtatgacagtgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagatatgttggaagtggctg 5854208  T
Q  129 cttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 228  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5854209 cttactttggtttgacaacattgttgatatgagaaaacatccagaccaaggacaagacattttcatacggctggcatcttcagaacttggtatttacatt 5854308  T
Q  229 tgttattacatatttagtcctttcagttagatatatagca 268  Q
    |  |||||||| ||| | | |||||||  |||||||||||    
T  5854309 tcctattacatcttttgccttttcagtctgatatatagca 5854348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 29 - 229
Target Start/End: Original strand, 5828079 - 5828279
Alignment:
Q  29 acaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctg 128  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5828079 acaagaacttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcattgcatatgcaaattctgatatcagagatggtgggagtggctg 5828178  T
Q  129 cttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 228  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  5828179 cttactttggtttaacaatattgtggacatgagaaaacatcctgacgtaggacaagacatttacatacgactcgcatcttccgaacttggtattttcatt 5828278  T
Q  229 t 229  Q
    |    
T  5828279 t 5828279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Original strand, 5848808 - 5849003
Alignment:
Q  29 acaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctg 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5848808 acaagagcttgagccttgaggaatgtaagacactgtgcttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggctg 5848907  T
Q  129 cttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtatttt 224  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  5848908 cttactttggtttaacaacattgtggacatgagaaaacatcctgacataggacaagacatttacatacgactcgcatcttcagaactcggtatttt 5849003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 29 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 20343791 - 20343514
Alignment:
Q  29 acaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctg 128  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  20343791 acaagagcttgagccttcaggaatgtaagacgacgtgtttgaaaaattgtaattgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggttg 20343692  T
Q  129 cttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 228  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20343691 cttactttggtttgacaatattttggacatgagaaaacatcgagaccaaggacaagacatttatatacggctagcatcttcagaacttggtattttcatt 20343592  T
Q  229 tgttattacatatttagtccttt-cagttagatatatagcataaattt-acatatttcaccatttgtgttgatattatt 305  Q
    |  |||||||| |||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| ||||| | |||||| ||||    
T  20343591 tcctattacatcttt-ttcctttccagttagatatattgcacaaatttcatatatttcagcatttatcttgatagtatt 20343514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 10 - 305
Target Start/End: Original strand, 25809184 - 25809476
Alignment:
Q  10 acatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatca 109  Q
    ||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||    
T  25809184 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 25809283  T
Q  110 gagatggtgggagtggctgcttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagacctaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 209  Q
    || |||||   |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809284 gatatggt---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaatacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 25809380  T
Q  210 agaacttggtattttcatttgttattacatatttagtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809381 agaacttggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatt 25809476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 72 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 34194355 - 34194277
Alignment:
Q  72 aaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgcttactttggtttgacaacatt 150  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  34194355 aaactgttcttgtacagcatatgcaaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgcttgctttggtttaataacatt 34194277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 72 - 150
Target Start/End: Original strand, 34217221 - 34217299
Alignment:
Q  72 aaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgcttactttggtttgacaacatt 150  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  34217221 aaactgttcttgtacagcatatgcaaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgcttgctttggtttaataacatt 34217299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 150
Target Start/End: Original strand, 34205796 - 34205874
Alignment:
Q  72 aaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgcttactttggtttgacaacatt 150  Q
    |||||||  |||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| | ||||||    
T  34205796 aaactgtaattgcacagcatatgcaagtttagatgtcagagatggtggaagtggttgcatactttggtttaataacatt 34205874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University