View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18444_low_1 (Length: 942)

Name: NF18444_low_1
Description: NF18444
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18444_low_1
NF18444_low_1
[»] chr4 (44 HSPs)
chr4 (29-924)||(27507839-27508739)
chr4 (486-924)||(27502833-27503280)
chr4 (30-280)||(27503544-27503794)
chr4 (282-566)||(27468899-27469194)
chr4 (282-615)||(27514127-27514471)
chr4 (31-280)||(27524146-27524394)
chr4 (50-280)||(27468624-27468855)
chr4 (46-280)||(27475853-27476088)
chr4 (49-281)||(27514505-27514736)
chr4 (286-473)||(27476133-27476320)
chr4 (280-473)||(27523910-27524104)
chr4 (287-618)||(27489342-27489684)
chr4 (284-404)||(27556962-27557082)
chr4 (286-386)||(27503399-27503499)
chr4 (291-407)||(27497858-27497975)
chr4 (492-649)||(27466482-27466638)
chr4 (766-924)||(27505728-27505886)
chr4 (727-924)||(27526138-27526338)
chr4 (763-924)||(27523429-27523590)
chr4 (493-624)||(27473556-27473687)
chr4 (493-624)||(27526457-27526588)
chr4 (794-924)||(27469444-27469574)
chr4 (792-891)||(17970281-17970380)
chr4 (763-924)||(27479854-27480015)
chr4 (282-346)||(27506260-27506324)
chr4 (493-649)||(27516925-27517080)
chr4 (730-924)||(27500364-27500561)
chr4 (725-843)||(27554223-27554342)
chr4 (494-624)||(27476352-27476482)
chr4 (771-924)||(27444820-27444973)
chr4 (763-924)||(27486936-27487097)
chr4 (727-783)||(27501231-27501290)
chr4 (171-263)||(27517383-27517475)
chr4 (282-346)||(27479400-27479464)
chr4 (792-924)||(27513802-27513934)
chr4 (494-565)||(27523807-27523878)
chr4 (282-353)||(27554104-27554174)
chr4 (806-884)||(27446143-27446221)
chr4 (727-924)||(27476601-27476801)
chr4 (727-804)||(27498329-27498409)
chr4 (533-619)||(27500681-27500767)
chr4 (360-437)||(27517168-27517243)
chr4 (835-924)||(27475605-27475694)
chr4 (282-343)||(27486460-27486521)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (828-924)||(38043921-38044017)
chr3 (792-924)||(38033805-38033937)
chr3 (792-924)||(50904818-50904950)
chr3 (792-924)||(38028792-38028924)
chr3 (792-924)||(38036819-38036951)
chr3 (792-924)||(38040107-38040239)
chr3 (792-918)||(50911901-50912027)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (792-891)||(3073551-3073650)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (814-897)||(1759252-1759335)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 801; Significance: 0; HSPs: 44)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27508739 - 27507839
Alignment:
Q  29 tatcaaaagtaagaaggatgtaactaagtaattgatgaagctaatgagttgtgctgtttgtgaaggagagatgaagtgtatttatagagtttgaagttat 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508739 tatcaaaagtaagaaggatgtaactaagtaattgatgatgctaatgagttgtgctgtttgtgaaggagagaggaagtgtatttatagagtttgaagttat 27508640  T
Q  129 ctcaaaacccaattcctagaaaaactattattgaaggggtggaaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctac 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27508639 ctcaaaacccaattcctagaaaaactattattgaaggggtggaaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgctgtcttagagtgtaccctac 27508540  T
Q  229 cttcttacacaatgtccaatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgtccttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatga 328  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508539 cttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgtccttcataattttataaacatgctgaagacatgttttcttcattatga 27508440  T
Q  329 caatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatagatcaacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatc 428  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508439 caatgctgatgtccagctagtaagtgactataaggccatagataacaatagatcaacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatc 27508340  T
Q  429 aattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctaccataacccttgaagtctctaagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27508339 aattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctaccataacgcttgaagtctctaagacaactccatgtgatctttcatatgcccttgtc 27508240  T
Q  529 tgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgttatgtatcctttcagctatatatattcatgactgctaaa 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508239 tgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgttatgtatcctttcagctatatatattcatgactgctaaa 27508140  T
Q  629 catttcgaaccaacacaaa--tctcacattcttagc---ttgaaattcagaaacttgagtattgtttactagtattttctagagcagtaannnnnnnnnc 723  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||         |    
T  27508139 catttcgaaccaacacaaatctctcacattcttagcaatttgaaattcagaaacttgagtattgtttactagtattttctagagcaataatttttttttc 27508040  T
Q  724 tagacatacaagaatgggttttcatttacctggtatcagaagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtagga 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508039 tagacatacaagaatgggttttcatttacctggtatcagaagggcatcatcttcaaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtagga 27507940  T
Q  824 gtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatc 923  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27507939 gtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctcagccaggctgtcgaagaatttggatatgaccatc 27507840  T
Q  924 c 924  Q
    |    
T  27507839 c 27507839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 486 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27503280 - 27502833
Alignment:
Q  486 agtctctaagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgac 585  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| |||    
T  27503280 agtctcgaagacaacaccatgtgatctttcatatgcccttgtctggccatgaatcatttcttatggccctcattcaatgatcattacaattgccgaagac 27503181  T
Q  586 ttgttatgtatcctttcagctatatatat------tcatgactgctaaacatttcgaaccaacacaaatc--tcacattcttagc---ttgaaattcaga 674  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||      |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||||||| |||||   ||||||||||||    
T  27503180 ttgttatgtatcctttcatctatatatatatatattcatgactgcaaaacatttcgaacaaacacgaatcactcacattgttagccatttgaaattcaga 27503081  T
Q  675 aacttgagtattgtttactagtattttctagagcagtaannnnnnnnnctagacatacaagaatgggttttcatttacctggtatcagaagggcatcatc 774  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||| |         ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  27503080 aacttgagtcttgt--actagtattttctagtgcagttatttttttttctagacatacaagaatgggttttcatttaccaggtatcaaaaggtcatcatc 27502983  T
Q  775 ttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttca 874  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| || || |||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27502982 ttcaaaaggcttggatgtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaaacttca 27502883  T
Q  875 cttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
     ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27502882 tttcaagacttgctgagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatcc 27502833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 30 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 27503794 - 27503544
Alignment:
Q  30 atcaaaagtaagaaggatgtaactaagtaattgatgaagctaatgagttgtgctgtttgtgaaggagagatgaagtgtatttatagagtttgaagttatc 129  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27503794 atcaaatgtaagatggatgtaattaagtatttgatgatgc-aatgaattgtgctgtttgtgaaggagagaggaagtgtatttatagagtttgaagttatc 27503696  T
Q  130 tcaaaacccaattcctagaaaaactattattgaaggggtggaaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctacc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27503695 tcaaaacccaattcctagaaaaactattattgaaggggtggaaggatagagatcatagggataatgtagcatgtggtgttgtcttagagtgtcccctacc 27503596  T
Q  230 -ttcttacacaatgtccaatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgt 280  Q
     ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||    
T  27503595 tttcctaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatgt 27503544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 282 - 566
Target Start/End: Original strand, 27468899 - 27469194
Alignment:
Q  282 cttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatagat 381  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27468899 cttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgccgatgtgaagctggtaagtgactataaggccatggataacaatagat 27468998  T
Q  382 caacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctaccataaccc 481  Q
    ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | | |      
T  27468999 caactcaaaccattctacatgtctgtggttctactttcaagtctatctatcatatgatgcttctactcaagaattatgcattatctatctactacaccat 27469098  T
Q  482 ttgaagtctct-----------aagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgat 566  Q
    ||||||| | |            ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27469099 ttgaagtatatccattcatttagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatgactcatatctcatggccctccttcattgat 27469194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 282 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 27514471 - 27514127
Alignment:
Q  282 cttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatagat 381  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  27514471 cttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagtaagtgactataatgccatagataacaatataa 27514372  T
Q  382 caacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctaccataaccc 481  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| | ||| |    
T  27514371 caacataaaccattctatatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatgatgcttatgctcaagaattatgcattatctatctactacaacac 27514272  T
Q  482 ttgaagt----------ctcta-agacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattatt 570  Q
    |||||||           |||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||  |||| | || ||||||||||||||||||| |||    
T  27514271 ttgaagtttatccattcatctagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatagctcaaacctcatggccctccttcattgatcatt 27514172  T
Q  571 acaatttccgacgacttgttatgtatcctttcagctatatatatt 615  Q
      |  | |||||   ||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  27514171 gtagctgccgactgtttgttacatatcctttcatctatatatatt 27514127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 31 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 27524394 - 27524146
Alignment:
Q  31 tcaaaagtaagaaggatgtaactaagtaattgatgaagctaatgagttgtgctgtttgtgaaggagagatgaagtgtatttatagagtttgaagttatct 130  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| || ||||| | || |||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||| ||||| |||    
T  27524394 tcaaatgtatgaaggatgtaactaaatatttgataatgc-aatgagtttttctgtttgtgaaggagagaggaagtttatatatagattttaaagttctct 27524296  T
Q  131 caaaacccaattcctagaaaaactattattgaaggggtggaaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctacct 230  Q
    |||| || |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27524295 caaacccaaatttcaagaaaaactattattgaaggggttgaaggatatagatcatagggataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctacct 27524196  T
Q  231 tcttacacaatgtccaatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgt 280  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  27524195 tcttaaacaatatccaatacaaagcttccaattgctaccaaatgagatgt 27524146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 50 - 280
Target Start/End: Original strand, 27468624 - 27468855
Alignment:
Q  50 aactaagtaattgatgaagctaatgagttgtgctgtttgtgaaggagagatgaagtgtatttatagagtttgaagttatctcaaaacccaattcctagaa 149  Q
    |||||| || ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||| | | ||    
T  27468624 aactaaatatttgatgatgccaatgagttgtcctgtttgtgaaggcgagaggaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaatcaaatttcaacaa 27468723  T
Q  150 aaactattattgaaggggtggaaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctaccttcttacac-aatgtccaat 248  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  27468724 aaactattattgaagggtttgatggatagagagcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaat 27468823  T
Q  249 acaaagcttccacttcctaccaaatgagatgt 280  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27468824 acaaagcttccacttgctaccaaatgagatgt 27468855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 46 - 280
Target Start/End: Original strand, 27475853 - 27476088
Alignment:
Q  46 atgtaactaagtaattgatgaagctaatgagttgtgctgtttgtgaaggagagatgaagtgtatttatagagtttgaagttatctcaaaacccaattcct 145  Q
    |||||||||| || ||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |     
T  27475853 atgtaactaaatatttgatgatgccaatcagttgtgctgtttatgaaggagagaggaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaatttca 27475952  T
Q  146 agaaaaactattattgaaggggtggaaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctacc-ttcttacacaatgtc 244  Q
    ||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  27475953 agagaaactattattgaagggtttgatggatagagagcacagggataaggtagcatggggtgttgtcttagagtgtaccctacctttcctaaacaatgtc 27476052  T
Q  245 caatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgt 280  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||    
T  27476053 caatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatgt 27476088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 49 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 27514736 - 27514505
Alignment:
Q  49 taactaagtaattgatgaagctaatgagttgtgctgtttgtgaaggagagatgaagtgtatttatagagtttgaagttatctcaaaacccaattcctaga 148  Q
    ||||||| || ||||||| || |||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||| | |||    
T  27514736 taactaaatacttgatgatgccaatgagttgtgct--ttatgaaggagagaggaagtgtatttatagattttgaagttctctcagaaccaaatttcaaga 27514639  T
Q  149 aaaactattattgaaggggtggaaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctaccttcttacac-aatgtccaa 247  Q
     ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27514638 gaaactattattgaagggtttgatggatagagagcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaa 27514539  T
Q  248 tacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgtc 281  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27514538 tacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtc 27514505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 286 - 473
Target Start/End: Original strand, 27476133 - 27476320
Alignment:
Q  286 ataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatagatcaac 385  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  27476133 ataattttgtaagcatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgccgatgtgaagctggtatgtgactctaaggacatggataacaatagatcaac 27476232  T
Q  386 agaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctac 473  Q
    | |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  27476233 ataaaccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttctgctcaagaattatgcattatctatctac 27476320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 280 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 27524104 - 27523910
Alignment:
Q  280 tccttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatag 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || ||||||||| |    
T  27524104 tccttcataatttcgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtgtctacatggctatggataacaattg 27524005  T
Q  380 atcaacagaaaccattctacatgtttgtgg-ttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctac 473  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||    
T  27524004 atcaacataaaccattctacatgtctgtggtttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttttgcacaagaattatgcattatctatctac 27523910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 287 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 27489684 - 27489342
Alignment:
Q  287 taattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatagatcaaca 386  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||  ||||  || ||||| ||    
T  27489684 taattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgaaaatgtcgatgtccagctggttagtgattataaggcaatgtataattatggatcatca 27489585  T
Q  387 gaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctaccataacccttgaa 486  Q
     |  ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| | | |  |||||    
T  27489584 taggccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttctgcacaagaattatgcattatctatctactacaccatttgaa 27489485  T
Q  487 gtctct-----------aagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaat 575  Q
    || | |            ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| || |    
T  27489484 gtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcactgataatttcatt 27489385  T
Q  576 ttccgacgacttgttatgtatcctttcagctatatatattcat 618  Q
    | |||| |  ||||||  ||||||||||  |||||||||||||    
T  27489384 tgccgatggtttgttacttatcctttcatgtatatatattcat 27489342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 284 - 404
Target Start/End: Original strand, 27556962 - 27557082
Alignment:
Q  284 tcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatagatca 383  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||    
T  27556962 tcataattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgatagtgttgatttccagctggtaagtgattataacgcaatggataacaatagatca 27557061  T
Q  384 acagaaaccattctacatgtt 404  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  27557062 acataaaccattctacatgtt 27557082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 286 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 27503499 - 27503399
Alignment:
Q  286 ataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtgactataaggccatagataacaatagatcaac 385  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  27503499 ataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgttgatgtccagctgataagtgactataaggcaatggataacaatagatcaac 27503400  T
Q  386 a 386  Q
    |    
T  27503399 a 27503399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 291 - 407
Target Start/End: Original strand, 27497858 - 27497975
Alignment:
Q  291 tttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagtga-ctataaggccatagataacaatagatcaacagaa 389  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||  | |||||||||||||||||| ||    
T  27497858 tttgtaaacaggcttaggacatgttttcttcattatgataatgttgatgtctagctggtaagtgagatataaggcagtggataacaatagatcaacataa 27497957  T
Q  390 accattctacatgtttgt 407  Q
    ||||||||||||||||||    
T  27497958 accattctacatgtttgt 27497975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 492 - 649
Target Start/End: Original strand, 27466482 - 27466638
Alignment:
Q  492 taagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgtta 591  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||| | || ||||||| ||||||    
T  27466482 taagacaacaccatgtgatgtttcatatgctcttgtctgaccatgactcaaatcttatggccctcattcactgagcattatagttgccgacgatttgtta 27466581  T
Q  592 tgtatcctttcagctatatatattcatgactgctaaacatttcgaaccaacacaaatc 649  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || | ||| | |||||||||||||    
T  27466582 agtatcctttcatctatatatattcatggctgc-aagcctttagcaccaacacaaatc 27466638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 766 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27505886 - 27505728
Alignment:
Q  766 ggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaat 865  Q
    |||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| || || || |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||  | ||||| |||||     
T  27505886 ggcatcatcttcaaaaggtttggaggtgccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaac 27505787  T
Q  866 caaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    ||||| ||| | ||||| ||| ||| ||||||||  ||| |||||| ||||||||||||    
T  27505786 caaacctcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgaccatcc 27505728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 727 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27526338 - 27526138
Alignment:
Q  727 acatacaagaatgggttttcatttacctggtatcag---aagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtagga 823  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    ||||||||||||||| |||||  | ||| | ||||||||||| || || ||||| || |||    
T  27526338 acatacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaagggcatcatcttcaaaaggtgtcgatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttgga 27526239  T
Q  824 gtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatc 923  Q
    |  ||||||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||| ||| | ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| |||||| ||||    
T  27526238 gagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatc 27526139  T
Q  924 c 924  Q
    |    
T  27526138 c 27526138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 763 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27523590 - 27523429
Alignment:
Q  763 aagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttg 862  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||||  | |||||||| || || || |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  27523590 aagggcatcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttg 27523491  T
Q  863 aatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    || ||||||||| | ||||| ||| ||||| |||| |  ||| |||||| ||||||||||||    
T  27523490 aaccaaacttcattccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatcc 27523429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 624
Target Start/End: Original strand, 27473556 - 27473687
Alignment:
Q  493 aagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgttat 592  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||||||||| |||| |||| |||| | || |||| |  ||| ||     
T  27473556 aagacaacaccatgtgatgtttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatattatggccctcattcactgatcattatagttgccgatggtttgctaa 27473655  T
Q  593 gtatcctttcagctatatatattcatgactgc 624  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  27473656 gtatcctttcatctatatatattcatggctgc 27473687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 27526588 - 27526457
Alignment:
Q  493 aagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgttat 592  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| || |||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | || | || |||||   ||||||     
T  27526588 aagacaacaccatgtgatcattcatatgctcttgtctaaccatgactcaaatcttatggccctccttcactgatcactatagttgccgactgtttgttac 27526489  T
Q  593 gtatcctttcagctatatatattcatgactgc 624  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  27526488 atatcctttcatctatatatattcatggctgc 27526457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 794 - 924
Target Start/End: Original strand, 27469444 - 27469574
Alignment:
Q  794 ccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagcc 893  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||| ||| | |||||  || ||||||    
T  27469444 ccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaacatcattacaagaactgttgagcc 27469543  T
Q  894 aagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    ||||||  ||| |||||| |||||| |||||    
T  27469544 aagctgaagaacaatttgaatatgaacatcc 27469574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 792 - 891
Target Start/End: Original strand, 17970281 - 17970380
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| || || | |||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||    
T  17970281 tgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctgag 17970380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 763 - 924
Target Start/End: Original strand, 27479854 - 27480015
Alignment:
Q  763 aagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttg 862  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| || || || || || ||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||  | ||||| |||    
T  27479854 aagggcatcatcttcaaaaggtttggacgtgccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttg 27479953  T
Q  863 aatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    || ||||| ||| | ||| ||||| ||| ||||||||  ||| |||||| |||||| |||||    
T  27479954 aaccaaacatcattccaaaagttgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatcc 27480015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 282 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 27506324 - 27506260
Alignment:
Q  282 cttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagct 346  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  27506324 cttcataattttgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcaaagtgctgatgtccagct 27506260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 493 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 27517080 - 27516925
Alignment:
Q  493 aagacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgttat 592  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||| ||  |||||||  ||| ||||  ||| ||||| ||||||||| |||| |||| | || ||||||  ||||||     
T  27517080 aagacaacaccatgtgacgtttcatatgctgttgtctgaacataactctaatcctatggtcctccttcactgatcattatagttgccgacggtttgttaa 27516981  T
Q  593 gtatcctttcagctatatatattcatgactgctaaacatttcgaaccaacacaaatc 649  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||| || ||||| | |||||||||||||    
T  27516980 gtatccgttcatctatatatattcatggctgc-aagcatttagcaccaacacaaatc 27516925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 730 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27500561 - 27500364
Alignment:
Q  730 tacaagaatgggttttcatttacctggtatcag---aagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagta 826  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    |||| |||||||||| |||    ||||  | ||||| ||||| || || |||||||||||||      
T  27500561 tacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaaggtcatcatcttcaaaatctgtggacgtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagag 27500462  T
Q  827 aaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    ||||||||||| ||||| || || || ||||| || || |||| |||| | ||||| |||||||||||| |||  ||| | || ||||||||||||||    
T  27500461 aaaatgaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaaagttcattccaagaattgctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatcc 27500364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 725 - 843
Target Start/End: Original strand, 27554223 - 27554342
Alignment:
Q  725 agacatacaagaatgggttttcatttacctggtat-cagaagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtagga 823  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||    | ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||| || || || |||    
T  27554223 agacatacaagaatgggttttcgtttacctggtatcctcaaaccaagcatcttcaaaaggagtggatgtgccaaagggataccttgcagtatatgttgga 27554322  T
Q  824 gtaaaaatgaagcggtttgt 843  Q
    |   ||||||||||||||||    
T  27554323 gaggaaatgaagcggtttgt 27554342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 494 - 624
Target Start/End: Original strand, 27476352 - 27476482
Alignment:
Q  494 agacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgttatg 593  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| || |  ||| |||| ||||||| |||||| |||  | || |||||   ||||||      
T  27476352 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatggctaaattctaatggtcctccttaattgatcattgtagttgccgactgtttgttaaa 27476451  T
Q  594 tatcctttcagctatatatattcatgactgc 624  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  27476452 tatcctttcatctatatatattattgactgc 27476482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 771 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27444973 - 27444820
Alignment:
Q  771 catcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaac 870  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||   |||||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||  ||| |    
T  27444973 catcttcaaaaggcgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatc 27444874  T
Q  871 ttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
     ||| ||||||| ||  |||  ||||| |  ||| |||| ||||||||||||||    
T  27444873 atcatttcaagaattattgaatcaagccgaggaacaattcggatatgaccatcc 27444820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 763 - 924
Target Start/End: Original strand, 27486936 - 27487097
Alignment:
Q  763 aagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttg 862  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||||  | ||||||||||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||  | ||||| ||     
T  27486936 aagggcatcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatactta 27487035  T
Q  863 aatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    || ||| | ||  ||||||| ||| ||| ||||||||  ||| |||||| |||||| |||||    
T  27487036 aaccaaccatcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatcc 27487097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 727 - 783
Target Start/End: Original strand, 27501231 - 27501290
Alignment:
Q  727 acatacaagaatgggttttcatttacctggtatc---agaagggcatcatcttctaaagg 783  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||    
T  27501231 acatacaagaatgggttttcgtttacctggtatcctaagaaggacatcatcttcaaaagg 27501290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27517475 - 27517383
Alignment:
Q  171 aaggatagagagcatagtgataaggtagcatgtggtgttgtctta-gagtgtaccctaccttcttacacaatgtccaatacaaagcttccactt 263  Q
    |||| |||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||    
T  27517475 aaggttagagagcataa-gataatatagcatgtggcgttgtcttaagattgtaccccaccttctcaaacaatggccaacacaaagcttccactt 27517383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 282 - 346
Target Start/End: Original strand, 27479400 - 27479464
Alignment:
Q  282 cttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagct 346  Q
    |||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||    
T  27479400 cttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcatggtgctgatgtccagct 27479464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 792 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27513934 - 27513802
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    ||||||| ||||| || || ||||| |||||||  ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||  | ||||| ||| |||     
T  27513934 tgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaa 27513835  T
Q  892 ccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    ||||||||  ||| ||| || |||||| |||||    
T  27513834 ccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatcc 27513802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 494 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 27523878 - 27523807
Alignment:
Q  494 agacaactccatgtgatctttcatacgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattga 565  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | |  ||| |||| |||||||||||||    
T  27523878 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatgattaaattctcatggtcctccttcattga 27523807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 353
Target Start/End: Original strand, 27554104 - 27554174
Alignment:
Q  282 cttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctggtaagt 353  Q
    ||||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  27554104 cttcataattttgcaaacatgtctaagacatgttt-cttcattttgataatgttgatctccagctggtaagt 27554174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 806 - 884
Target Start/End: Original strand, 27446143 - 27446221
Alignment:
Q  806 cttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagt 884  Q
    |||||||| || || |||| |||||||||||| ||||| |||||||  ||||  ||||||||| ||||| |||||||||    
T  27446143 cttgcggtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattccaacttcattattgaatcaaccttcatttcaagagt 27446221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 727 - 924
Target Start/End: Original strand, 27476601 - 27476801
Alignment:
Q  727 acatacaagaatgggttttcatttacctggtatcag---aagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtagga 823  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||    |||| |||||||||| |||  | ||||  | ||||||||||| || || ||||| || ||     
T  27476601 acatacaacaatgggtttccgtttacctagtatcatcaaaaggacatcatcttcaaaaaccgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggt 27476700  T
Q  824 gtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatc 923  Q
    |  ||||||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||| ||| | |||||  |||||||||||  ||  ||| |||||| |||||| ||||    
T  27476701 gagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaactgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatc 27476800  T
Q  924 c 924  Q
    |    
T  27476801 c 27476801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 727 - 804
Target Start/End: Original strand, 27498329 - 27498409
Alignment:
Q  727 acatacaagaatgggttttcatttacctggtatca---gaagggcatcatcttctaaaggcttggatatgccaaagggata 804  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||| |||||||   ||||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  27498329 acatacgaaaatgggttttcgtttaccaggtatcatcagaaggacatcgtcttcaaaaggcgtggacatgccaaagggata 27498409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 533 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 27500767 - 27500681
Alignment:
Q  533 catgactcatatcttatggccctccttcattgattattacaatttccgacgacttgttatgtatcctttcagctatatatattcatg 619  Q
    ||||||||  ||| ||||| ||||||||| |||| |||| | || ||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  27500767 catgactctaatcctatggtcctccttcactgatcattatagttgccgacggtttgttaagtatcctttcatctatatatatccatg 27500681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 360 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 27517243 - 27517168
Alignment:
Q  360 aaggccatagataacaatagatcaacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatg 437  Q
    ||||| ||||||| |||||||||  || |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||||||||    
T  27517243 aaggcaatagatagcaatagatc--cataaaccactctacatgtttgtggttatactttcaagttgattaattatatg 27517168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 835 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 27475694 - 27475605
Alignment:
Q  835 gcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    |||||||||| ||||  | ||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| |||| ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||    
T  27475694 gcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatcc 27475605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Original strand, 27486460 - 27486521
Alignment:
Q  282 cttcataattttgtaaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtcca 343  Q
    |||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  27486460 cttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 27486521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 49; Significance: 2e-18; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 828 - 924
Target Start/End: Original strand, 38043921 - 38044017
Alignment:
Q  828 aaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||||    
T  38043921 aaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcc 38044017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 792 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 38033937 - 38033805
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    |||||||||| || ||||| |||||| | ||||   |||||||||||||||| || || | |||||| ||||| ||| ||||| ||||| | ||| ||||    
T  38033937 tgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgag 38033838  T
Q  892 ccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
     ||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  38033837 tcaagccgaggaagaatttggatatgaccatcc 38033805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 792 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 50904950 - 50904818
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||| || |  ||||| || ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  50904950 tgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgttgag 50904851  T
Q  892 ccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
     | ||| |  || ||||| |||||||| |||||    
T  50904850 tcgagcagaggatgaattcggatatgatcatcc 50904818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 792 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 38028924 - 38028792
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| ||||   |||||||||| ||||| || || | |||||| ||||| ||| ||||| ||||| |  || ||||    
T  38028924 tgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttgag 38028825  T
Q  892 ccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
     ||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  38028824 tcaagccgaggaagaatttggatatgaccatcc 38028792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 792 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 38036951 - 38036819
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| ||||   ||||||| ||||||||  | || ||| |||| ||||| ||| ||||| ||||| | ||| ||||    
T  38036951 tgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgttgag 38036852  T
Q  892 ccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
     ||||| |  |||||||| ||||||||||||||    
T  38036851 tcaagccgaggaagaattcggatatgaccatcc 38036819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 792 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 38040239 - 38040107
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| ||||   |||||||||| ||||| || || | |||||| ||||| ||| ||||| ||||| |  || ||||    
T  38040239 tgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttgag 38040140  T
Q  892 ccaagctgtcgaagaatttggatatgaccatcc 924  Q
     ||||| |  |||||||| ||||||||||||||    
T  38040139 tcaagccgaggaagaattcggatatgaccatcc 38040107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 792 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 50912027 - 50911901
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    |||||||||| || |||||||| || || ||||  || ||||| |||||||| || || | |||||| ||||| ||| ||||| ||||| | ||| ||||    
T  50912027 tgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgag 50911928  T
Q  892 ccaagctgtcgaagaatttggatatga 918  Q
     ||||| |  |||||||||||||||||    
T  50911927 tcaagcagaggaagaatttggatatga 50911901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 792 - 891
Target Start/End: Original strand, 3073551 - 3073650
Alignment:
Q  792 tgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgag 891  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| || || | |||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||    
T  3073551 tgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctgag 3073650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 814 - 897
Target Start/End: Original strand, 1759252 - 1759335
Alignment:
Q  814 gtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctgagccaagc 897  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| || ||||| ||| | ||||| ||| ||||||||||    
T  1759252 gtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttaaaccaaacatcattccaagaattgttgagccaagc 1759335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University