View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18445_low_1 (Length: 555)

Name: NF18445_low_1
Description: NF18445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18445_low_1
NF18445_low_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (17-541)||(7727113-7727640)
chr7 (17-541)||(7731273-7731801)
chr7 (17-541)||(7739431-7739958)
chr7 (20-539)||(7699254-7699770)
chr7 (18-526)||(7713597-7714102)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (324-531)||(12907694-12907901)
chr3 (17-170)||(12908070-12908223)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 541
Target Start/End: Original strand, 7727113 - 7727640
Alignment:
Q  17 acaccggataactggttgttagataaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7727113 acaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggt 7727212  T
Q  117 caagtttttgtagtcctttgagtttgctgaaagagttagggattggtccagttactttgggcatttcagccaatgagaggaagttaagataagggaggtc 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7727213 caagtttttgtagtcttttgagtttgctgaaagagttagggattggtccggttactttgggcatttcagccaatgagaggaagttaagatatgggaggtc 7727312  T
Q  217 gccaaactctgctggaagcgtacccgaaagaccccagccacggcttatggtgacaacggtgactcggccaggtgcaggtttgccgcacccgacaaagctc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||   |||||||| |||||||| ||||||    
T  7727313 gccaaactctgctggaagcgtaccagaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgattcggccaggtaggggtttgccacacccgacgaagctc 7727412  T
Q  317 cagtcgctacaacagtctgtactgttgtcccagtcggagaggcggccgttggggccaccaaaatggtctctgattttgagaagggtggctttgtcattgg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  7727413 cagtcgctacaacagtctgtactgttgtcccaatcggagaggcggccgttggggccgccgaaatggtctctgattttgaggagagtggctttgtcattgg 7727512  T
Q  417 cattgcagaagaa---atcatcatcagcgttggatgtggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaaatggagaaggagaaacatgtttggagg 513  Q
    |||||||| ||||   | |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  7727513 cattgcaggagaactcaacatcatcagcatttgatgtggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaagtggagtaggagaaacttgtttggagg 7727612  T
Q  514 agtcttcatcttaattttggagtttttt 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7727613 agtcttcatcttaattttggagtttttt 7727640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 541
Target Start/End: Original strand, 7731273 - 7731801
Alignment:
Q  17 acaccggataactggttgttagataaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7731273 acaccggataactggttgttagacaaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggt 7731372  T
Q  117 caagtttttgtagtcctttgagtttgctgaaagagttagggattggtccagttactttgggcatttcagccaatgagaggaagttaagataagggaggtc 216  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7731373 caagtttttgtagtcttttgagtttgctaaaagagttagggattggcccagttactttcggcatttcggctaatgagaggaagttaagataagggaggtc 7731472  T
Q  217 gccaaactctgctggaagcgtacccgaaagaccccagccacggcttatggtgacaacggtgactcggccaggtgcaggtttgccgcacccgacaaagctc 316  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||   ||||| || |||||||| ||||||    
T  7731473 gccaaactctactggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgattcggccaggtaggggtttaccacacccgacgaagctc 7731572  T
Q  317 cagtcgctacaacagtctgtactgttgtcccagtcggagaggcggccgttggggccaccaaaatggtctctgattttgagaagggtggctttgtcattgg 416  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7731573 cagtcgctacaacagtctgtaccgttgtcccaatcggaaaggcggccgttggggccgccgaaatggtctctgattttgaggagggtggctttgtcattgg 7731672  T
Q  417 cattgcagaagaa---atcatcatcagcgttggatgtggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaaatggagaaggagaaacatgtttggagg 513  Q
    | |||||| ||||   | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||     
T  7731673 cgttgcaggagaactcaacatcatcagcatttgatgtggagaagtagatggaagaaaggaagaggagtgtcaagtggagtaggagaaacatgtttggagt 7731772  T
Q  514 agtcttcatcttaattttg-gagtttttt 541  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7731773 agtcttcatcttaattttgagagtttttt 7731801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 541
Target Start/End: Original strand, 7739431 - 7739958
Alignment:
Q  17 acaccggataactggttgttagataaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggt 116  Q
    ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7739431 acaccggttaacttattgttagacaaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctaggaaagtggggatcgacccactaagactgttggaaccaaggt 7739530  T
Q  117 caagtttttgtagtcctttgagtttgctgaaagagttagggattggtccagttactttgggcatttcagccaatgagaggaagttaagataagggaggtc 216  Q
    | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  7739531 cgagtttttgtagtctttggagtttgctgaaagagttaggaattggcccagttactttgggcatttcggccaatgagaggaagttaagatatggaaggtc 7739630  T
Q  217 gccaaactctgctggaagcgtacccgaaagaccccagccacggcttatggtgacaacggtgactcggccaggtgcaggtttgccgcacccgacaaagctc 316  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||   ||||| || |||||||| ||||||    
T  7739631 gccaaactccgctggtagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgattcggccaggtaggggtttaccacacccgacgaagctc 7739730  T
Q  317 cagtcgctacaacagtctgtactgttgtcccagtcggagaggcggccgttggggccaccaaaatggtctctgattttgagaagggtggctttgtcattgg 416  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7739731 cagtcgctacaacagtctgtaccgttgtcccaatcggaaaggcggccgttggggccgccgaaatggtctctgattttgaggagggtggctttgtcattgg 7739830  T
Q  417 cattgcagaagaa---atcatcatcagcgttggatgtggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaaatggagaaggagaaacatgtttggagg 513  Q
    | |||||| ||||   | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||     
T  7739831 cgttgcaggagaactcaacatcatcagcatttgatgtggagaagtagatggaagaaaggaagaggagtgtcaagtggagtaggagaaacttgtttggagt 7739930  T
Q  514 agtcttcatcttaattttggagtttttt 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7739931 agtcttcatcttaattttggagtttttt 7739958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 20 - 539
Target Start/End: Original strand, 7699254 - 7699770
Alignment:
Q  20 ccggataactggttgttagataaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggtcaa 119  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  7699254 ccggataacttgttgttagacaaatcaacctcctttaggcgcttcaacttgcctagaaaggaggggattggcccactaaggctgttggaaccaaggtcta 7699353  T
Q  120 gtttttgtagtcctttgagtttgctgaaagagttagggattggtccagttactttgggcatttcagccaatgagaggaagttaagataagggaggtcgcc 219  Q
    | |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||| |||    
T  7699354 gattttgtagtctttggagtttgctaaaagagttagggattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagagcatgctaagataagggaggttgcc 7699453  T
Q  220 aaactctgctggaagcgtacccgaaagaccccagccacggcttatggtgacaacggtgactcggccaggtgcaggtttgccgcacccgacaaagctccag 319  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  7699454 aaactccgctggaagcgtaccggaaagaccccagccacggctgatggtgacgacggtgactcggccaggataaggtctgccgcaaccgacgaagctccag 7699553  T
Q  320 tcgctacaacagtctgtactgttgtcccagtcggagaggcggccgttggggccaccaaaatggtctctgattttgagaagggtggctttgtcattggcat 419  Q
    ||   |||||| || ||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||| |    
T  7699554 tc---acaacattcggtgttgttgtcccagtcgtcgaggcggcctttgggaccaccgaaatggtctctgattttgaggagggcggctttgtcgtcggcgt 7699650  T
Q  420 tgcagaagaaatcatcatcagcgttggatgtggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaaatggagaaggagaaacatgtttggaggagtctt 519  Q
    |||||||||| ||||||   ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  7699651 tgcagaagaagtcatcacttgcgtttgatttggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaagtggagtaggagaaacatgtttggagaagtctt 7699750  T
Q  520 catcttaattttggagtttt 539  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7699751 catcttaattttggagtttt 7699770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 526
Target Start/End: Original strand, 7713597 - 7714102
Alignment:
Q  18 caccggataactggttgttagataaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggtc 117  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||| ||| || | || |||||||| ||| |||||    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  7713597 caccggataacttgttgttggacaaatcaacctcttggaggcgcttcaacttgcccagaaattcagggattggcccactaaggctgttggagccaaggtc 7713696  T
Q  118 aagtttttgtagtcctttgagtttgctgaaagagttagggattggtccagttactttgggcatttcagccaatgagaggaagttaagataagggaggtcg 217  Q
     || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  7713697 gagattttctagtcttttgagtttgctgaaagagttagggattggcccagttactttcggcatttcggccaatgagagcatgctaagataagggaggtcg 7713796  T
Q  218 ccaaactctgctggaagcgtacccgaaagaccccagccacggcttatggtgacaacggtgactcggccaggtgcaggtttgccgcacccgacaaagctcc 317  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||   |||| ||||||| || || ||| |||    
T  7713797 ccaaactccgctggaagtgtaccggaaagaccccagccacggccgatggtgacgccggtgactcggccaggataaggtctgccgcaacctacgaagttcc 7713896  T
Q  318 agtcgctacaacagtctgtactgttgtcccagtcggagaggcggccgttggggccaccaaaatggtctctgattttgagaagggtggctttgtcattggc 417  Q
    ||||   |||||| || ||  ||||||||||||||   || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||    
T  7713897 agtc---acaacattcagtgttgttgtcccagtcgtcaagacggccgttagggccgccaaaatggtctctgattttgaggagggcggctttgtcgtcggc 7713993  T
Q  418 attgcagaagaaatcatcatcagcgttggatgtggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaaatggagaaggagaaacatgtttggaggagtc 517  Q
     ||||||||||| ||||||   ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    ||| || | |||||||||||||||||||    
T  7713994 gttgcagaagaagtcatcacttgcgtttgatttggagaagtagatggaagaaaggaagaagagtgttaggctgagtagcataaacatgtttggaggagtc 7714093  T
Q  518 ttcatctta 526  Q
    |||||||||    
T  7714094 ttcatctta 7714102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 324 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 12907901 - 12907694
Alignment:
Q  324 tacaacagtctgtactgttgtcccagtcggagaggcggccgttggggccaccaaaatggtctctgattttgagaagggtggctttgtcattggcattgca 423  Q
    |||||||||||| | || ||| ||||||||| ||| | ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || |  ||||| |||||||  | |||    
T  12907901 tacaacagtctgcattggtgtgccagtcggataggggtccgttagggccgccgaaatggtctcttattttgaggagagcagctttatcattggggtggca 12907802  T
Q  424 gaagaaatcatcatcagcgttggatgtggagaagtagatggaagaaaggaagagaagtgttaaatggagaaggagaaacatgtttggaggagtcttcatc 523  Q
    | | ||||| |    |||||| ||| | |||||||| ||| |||| |||||||  |||||||| ||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  12907801 ggataaatcgtttgaagcgtttgatttagagaagtatatgaaagagaggaagatgagtgttaactggagtagaagaaacatgttaggagaagtcttcatc 12907702  T
Q  524 ttaatttt 531  Q
    ||||||||    
T  12907701 ttaatttt 12907694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 12908223 - 12908070
Alignment:
Q  17 acaccggataactggttgttagataaatcaaactcctgtaagcccttcaactggcctagaaaagtggggatcggcccactaagactgttggaaccaaggt 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||  |||||||   ||| |    
T  12908223 acaccggataacttgttgttagacaaatcaacctcttctaagcgcttcaaccggcctaggaaggtggggatcgggccactaaggttgttggagttaagtt 12908124  T
Q  117 caagtttttgtagtcctttgagtttgctgaaagagttagggattggtccagtta 170  Q
      ||  || | | |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12908123 tgaggcttcgcaattttttgagtttgctgaaagagttagggattggcccagtta 12908070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University