View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18448_low_3 (Length: 559)

Name: NF18448_low_3
Description: NF18448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18448_low_3
NF18448_low_3
[»] chr3 (40 HSPs)
chr3 (1-544)||(10500906-10501449)
chr3 (2-544)||(11781177-11781719)
chr3 (14-544)||(10517817-10518347)
chr3 (2-423)||(10261151-10261572)
chr3 (5-544)||(10089122-10089661)
chr3 (1-544)||(10362992-10363535)
chr3 (5-544)||(10196005-10196544)
chr3 (2-423)||(10032456-10032877)
chr3 (4-544)||(10433241-10433781)
chr3 (4-423)||(10127381-10127800)
chr3 (2-432)||(9839305-9839735)
chr3 (2-432)||(9850183-9850613)
chr3 (2-423)||(10663979-10664400)
chr3 (48-540)||(13333240-13333732)
chr3 (2-310)||(10581176-10581484)
chr3 (48-540)||(13344425-13344917)
chr3 (5-432)||(10184686-10185113)
chr3 (2-544)||(11769566-11770108)
chr3 (2-540)||(13171367-13171902)
chr3 (2-432)||(10527802-10528232)
chr3 (4-432)||(10375042-10375470)
chr3 (5-432)||(10077713-10078140)
chr3 (16-423)||(10672135-10672542)
chr3 (2-543)||(11159212-11159753)
chr3 (48-540)||(13290001-13290493)
chr3 (2-543)||(8861619-8862160)
chr3 (48-540)||(13161316-13161808)
chr3 (2-543)||(11130221-11130762)
chr3 (14-242)||(13853887-13854115)
chr3 (2-543)||(11148049-11148590)
chr3 (2-416)||(10889766-10890180)
chr3 (2-266)||(11245816-11246080)
chr3 (146-320)||(13396045-13396219)
chr3 (362-432)||(10581045-10581115)
chr3 (473-544)||(9839193-9839264)
chr3 (473-544)||(9850071-9850142)
chr3 (473-544)||(10663858-10663929)
chr3 (473-544)||(10032335-10032406)
chr3 (473-544)||(10077601-10077672)
chr3 (473-544)||(10527690-10527761)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (2-542)||(11485372-11485912)
chr8 (2-544)||(44956884-44957425)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (49-544)||(17852165-17852660)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-543)||(26907230-26907771)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (48-540)||(145180-145672)
scaffold0002 (48-540)||(153485-153977)
scaffold0002 (2-540)||(135086-135621)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-540)||(31678928-31679466)
[»] scaffold0083 (3 HSPs)
scaffold0083 (2-310)||(57606-57914)
scaffold0083 (2-237)||(56797-57032)
scaffold0083 (362-432)||(57975-58045)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-335)||(29837181-29837498)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (143-538)||(826249-826635)
chr1 (197-255)||(18085804-18085862)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 40)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10501449 - 10500906
Alignment:
Q  1 tgctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10501449 tgctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataa 10501350  T
Q  101 tcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaat 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10501349 tcatcaccgacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgggtaat 10501250  T
Q  201 cttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10501249 cttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaa 10501150  T
Q  301 gttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccacca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10501149 gttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttgaacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccacca 10501050  T
Q  401 cactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10501049 cactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaac 10500950  T
Q  501 aatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10500949 aatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 10500906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 2 - 544
Target Start/End: Original strand, 11781177 - 11781719
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  11781177 gctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttctcttcatgagcatcattgcttaattgttgaattaacgatcttgataacaattcagcaaaacaat 11781276  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||| ||||||    
T  11781277 catcaccaacttcctccaccacattttcgccttgagaataatcaaggaggccttctgccatccacaacaaaaccagttttttcctctcaagtgggtaatc 11781376  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||||||| ||||    
T  11781377 ctttggaaaaatagaacaataggcgaaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaactttatcatttcgtaag 11781476  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||| | ||| || ||||||| ||||||||| ||||||||  |||||| |||||  |||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||    
T  11781477 ttccatatattgctgttgagaattgaagtccactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgtcttggcagctattggcaatccaccac 11781576  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| || |||| | |  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  11781577 attttttagcaatcttcctgccaatctcttctaggtttgggtatttacggcgatcacagtccttactaccaaatgcatgtttcgagagtaaagaccaaca 11781676  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  11781677 atcttcatgagatagaggttctaatgcatgaataggaaatgtg 11781719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 14 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10518347 - 10517817
Alignment:
Q  14 acaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaactt 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||  ||||||||   || ||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||| |||||||||||| ||    
T  10518347 acaaggtcatgcatgacacactttttttcatgagcatcattgcttaattgttgaattaatgatcttgataataattcagcaaaacaatcatcaccaattt 10518248  T
Q  114 cctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaat 213  Q
    |||||  ||  |||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||| ||||| |||||    
T  10518247 cctccatcgcattttcatcttgagaataatcaaggaaaccttctgccatccacaacaaaaccaattttttcctctcaagtgggtaatcctttggaaaaat 10518148  T
Q  214 agaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcg 313  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  10518147 agaacaataggcgaaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattttatcatttcgtaagttccatatgttg 10518048  T
Q  314 ctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaa 413  Q
    || || ||||||| || |||||| ||||||||  |||||| |||||  ||||||||||||| ||| |||||||| || || |||||||| ||| ||||||    
T  10518047 ctgtttagaattgaagaccactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgttttggcagctattggtaacccaccacattttttagcaa 10517948  T
Q  414 tcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcaga 513  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||   || ||  ||| | |  |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||| |||    
T  10517947 tcttcctgccaatctcttcaagatttgggtatttactgtgatcactgtccttactaccaaatgcatgttttgagagtaaagaccaacaatcttcatgaga 10517848  T
Q  514 tagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  10517847 tagaggttctaattcctgaataggaaatgtg 10517817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 10261572 - 10261151
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  10261572 gctaaatcactgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcatcgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaacaat 10261473  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    |||| || | |||||||  | ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||    
T  10261472 catcgcctaattcctccaacttttttcccccttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacagcaaaaccaatgtcttcctttcaagtggataatc 10261373  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||  ||||||||  ||||    
T  10261372 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataag 10261273  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||    
T  10261272 ttccatatgtcgctgttcaaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccac 10261173  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgcc 423  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  10261172 actttcttgcaatcttcctgcc 10261151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10089661 - 10089122
Alignment:
Q  5 aaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcat 104  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  ||||||    
T  10089661 aaatcgttgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcattgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaagcaatcat 10089562  T
Q  105 caccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttt 204  Q
    |||| | |||||||  || |||| | || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||    
T  10089561 cacctaattcctccatcgcttttcccccatgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagtgggtaatcctt 10089462  T
Q  205 tgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttc 304  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||  ||||||||  |||||||    
T  10089461 tggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttc 10089362  T
Q  305 catatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacact 404  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10089361 catatgtcgctgttcaaaattgaagtccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttggcagctattggcaatcctccacact 10089262  T
Q  405 ttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatc 504  Q
    | || |||||||||| ||||||  |||| ||  ||| || | ||| | |   | | |  ||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10089261 tccttgcaatcttccggccaattgcttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatc 10089162  T
Q  505 atcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
     ||||  || ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10089161 ttcatttgacagaagttctaatttatgtataggaaatgtg 10089122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 544
Target Start/End: Original strand, 10362992 - 10363535
Alignment:
Q  1 tgctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| | ||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||    
T  10362992 tgctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcattgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaacaa 10363091  T
Q  101 tcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaat 200  Q
    |||||||| | |||||||  | ||||  | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||    
T  10363092 tcatcacctaattcctccaactttttccccccttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcgagtgggcaat 10363191  T
Q  201 cttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaa 300  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||  |||||||||  ||    
T  10363192 cctttggaaaaattgaacaatatgcaaagcatcttttcaagtgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaa 10363291  T
Q  301 gttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccacca 400  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  |||||||| |||| ||| ||||| || |||||||| |||    
T  10363292 gttccatatgttgctgttcaaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacggagaagtcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctcca 10363391  T
Q  401 cactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaac 500  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||  ||| || | ||| |     | | || ||||  || | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10363392 cactttcttgcaatcttcctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtactattgtgaaactcatcatttcccagtgcatgctttgagagtaaagtccaac 10363491  T
Q  501 aatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    |||| ||||  |||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  10363492 aatcttcatttgatagaagatctaatttatgtataggaaatgtg 10363535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 5 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10196544 - 10196005
Alignment:
Q  5 aaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcat 104  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  ||||||    
T  10196544 aaatcgttgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcattgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaagcaatcat 10196445  T
Q  105 caccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttt 204  Q
    |||| | |||||||  || |||| | || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||    
T  10196444 cacctaattcctccatcgcttttcccccatgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagtgggtaatcctt 10196345  T
Q  205 tgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttc 304  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||  ||||||||  |||||||    
T  10196344 tggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttc 10196245  T
Q  305 catatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacact 404  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10196244 catatgtcgctgttcaaaattgaagtccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacact 10196145  T
Q  405 ttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatc 504  Q
    | || |||||||||  ||||||  |||| ||  ||| || | ||| | |   | | |  ||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10196144 tccttgcaatcttcaggccaattgcttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatc 10196045  T
Q  505 atcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
     ||||  || ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10196044 ttcatttgacagaagttctaatttatgtataggaaatgtg 10196005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 2 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 10032877 - 10032456
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||| |||    
T  10032877 gctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcatcgcttaattgttgaattaacgatctcgatagcaattcagcaaaacaat 10032778  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    |||| || | |||||||  | ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||    
T  10032777 catcgcctaattcctccaacttttttcccccttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacagcaaaaccaatgtcttcctttcaagtggataatc 10032678  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  ||||||||  ||||    
T  10032677 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataag 10032578  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  || |||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||    
T  10032577 ttccatatgtcgctgttcaaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagccctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccac 10032478  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgcc 423  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  10032477 actttcttgcaatcttcctgcc 10032456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 4 - 544
Target Start/End: Original strand, 10433241 - 10433781
Alignment:
Q  4 taaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatca 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||  || || |||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||    
T  10433241 taaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgatcatcatcggttaatcgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaacaatca 10433340  T
Q  104 tcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatctt 203  Q
    | ||| | |||||||  |  |||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||| |    
T  10433341 ttacctaattcctccaactcttttcccccttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcgagtgggcaatcct 10433440  T
Q  204 ttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagtt 303  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  ||||||||  ||||||    
T  10433441 ttggaaaaattgaacaatatgcaaagcatcttttcaaacgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagtt 10433540  T
Q  304 ccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacac 403  Q
    ||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| ||  | |  |||||| ||| || |||||||| | || ||| ||||| || |||||||| ||||||    
T  10433541 ccatacgttgctgttcaaaattgaagtccactctgttatatctacctttgaacgtaaaagtcctcctattgttttagcagcaattggcaatcctccacac 10433640  T
Q  404 tttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaat 503  Q
    ||||| ||||||| |||||| || ||||| ||  ||| || | ||    |   | | || |||   || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10433641 tttcttgcaatctccctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtattgaggtgaaactcatcactgcccaatgcatgcttcgagagtaaagaccaacaat 10433740  T
Q  504 catcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    | ||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10433741 cttcatttgatagaagttctaatttatgtataggaaatgtg 10433781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 10127800 - 10127381
Alignment:
Q  4 taaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatca 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||||    
T  10127800 taaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcatcgcttaattgttgaattaatgatctcgataacaattcagcaaaacaatca 10127701  T
Q  104 tcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatctt 203  Q
    ||||| | |||||||  |  |||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| | |||| |    
T  10127700 tcacctaattcctccaactcttttcccccttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaatgtcttcttatcaagtgggaaatcct 10127601  T
Q  204 ttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagtt 303  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  |||||||||  |||||    
T  10127600 ttggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaagtt 10127501  T
Q  304 ccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacac 403  Q
    |||||||| | | |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  10127500 ccatatgttgttgttcaaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacac 10127401  T
Q  404 tttctagcaatcttcctgcc 423  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  10127400 tttcttgcaatcttcctgcc 10127381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 2 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9839735 - 9839305
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  9839735 gctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaacaat 9839636  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| | |||||||  | ||||  | | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||    
T  9839635 catcacctaattcctccatctttttcccccgttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattccttcctatcgagtgggcaatc 9839536  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  ||||||||  ||||    
T  9839535 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataag 9839436  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  ||    |  |||||| ||| |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| ||||    
T  9839435 ttccatatgtcgctgttcaaaattgaagtccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccac 9839336  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  9839335 actttcttgcaatcttcctgcctatttcttc 9839305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9850613 - 9850183
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  9850613 gctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaacaat 9850514  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| | |||||||  | ||||  | | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||    
T  9850513 catcacctaattcctccatctttttcccccgttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcgagtgggcaatc 9850414  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  ||||||||  ||||    
T  9850413 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataag 9850314  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| |||||||||  ||    |  |||||| ||| |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| ||||    
T  9850313 ttccatatgtcactgttcaaaattgaagtccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccac 9850214  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  9850213 actttcttgcaatcttcctgcctatttcttc 9850183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 2 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 10664400 - 10663979
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||| |||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  10664400 gctaaatcattgataaggtcatgcatcacaaacttttcgccatgagcatcatcgcttgattgttgaattaaagatctcgataacaattcagcaaaacaat 10664301  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| | |||||||   |||||  | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  10664300 catcacctaattcctccattgttttccccccttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagtgggtaatc 10664201  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  ||||||| |  |||    
T  10664200 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaaacatctcttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcattgcgcaag 10664101  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| ||||    
T  10664100 ttccatatgttgctgttcaaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctaatgttttagcagctattggcaatcctccac 10664001  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgcc 423  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  10664000 actttcttgcaatcttcctgcc 10663979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 48 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13333732 - 13333240
Alignment:
Q  48 catcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||| || ||||  || |||||||| || ||||| |  | ||||||||  || ||    
T  13333732 catcatcatttgattgttgaattaaggacctggataacaattcaataaagtagtcatggcctacttcctcagctgttttattacgttgagaatgctctag 13333633  T
Q  148 gaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagag 247  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | || ||||   |||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  13333632 gaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtcaagtggaaaatccttcggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgag 13333533  T
Q  248 ggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccg 347  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||  || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |      
T  13333532 ggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcagtccactcttttgcatcta 13333433  T
Q  348 cctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtattt 447  Q
    |||||| |||||| | |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  13333432 cctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttcttctagatttgggtactt 13333333  T
Q  448 accacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
     | ||    |  |||||||   || ||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  13333332 tctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 13333240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 10581484 - 10581176
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||    
T  10581484 gctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcaacaaaacaat 10581385  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| | |||||||  | ||||  | ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||    
T  10581384 catcacctaattcctccaactttttccccccttgtgaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcgagtgggcaatc 10581285  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||  |||||||||  |||    
T  10581284 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaag 10581185  T
Q  302 ttccatatg 310  Q
    |||||||||    
T  10581184 ttccatatg 10581176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 48 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13344917 - 13344425
Alignment:
Q  48 catcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||| || ||||  || |||||||| || ||||| |  | ||||||||  || ||    
T  13344917 catcatcatttgattgttgaattaaggacctggataacaattcaataaagtagtcatggcctacttcctcagctgttttattacgttgagaatgctctag 13344818  T
Q  148 gaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagag 247  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||   |||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  13344817 gaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtccagtggaaaatcctttggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgag 13344718  T
Q  248 ggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccg 347  Q
    ||||||||||||||||| | |   ||||  || |||||  ||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |      
T  13344717 ggaagatattgataacttagacgtaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcagtccactcttttgcatcta 13344618  T
Q  348 cctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtattt 447  Q
    |||||| |||||| | |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  13344617 cctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttcttctagatttgggtactt 13344518  T
Q  448 accacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
     | ||    |  |||||||   || ||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  13344517 tctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 13344425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 5 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10185113 - 10184686
Alignment:
Q  5 aaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcat 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||  ||||  ||||||    
T  10185113 aaatcattgacaaggtcatgcatgaaaaacttttctccacgaccattatcatttgattgttgaattaaggatctggacaataattcagcaaagcaatcat 10185014  T
Q  105 caccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttt 204  Q
    |||| | ||| |||  |||||| || || || ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  |||||| | | ||    
T  10185013 cacctaattcttccatcgttttctccccatgtgaataatcaagaaagccttctgccatccacagcaaaaccaatttcttcctgtcatgtgtgtgaccctt 10184914  T
Q  205 tgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttc 304  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || | |||| ||||||||  |||||||    
T  10184913 tggaaaaatagaacaatatgcaaaacatattttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagtaggaagaattttatcatttggtaagttc 10184814  T
Q  305 catatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacact 404  Q
    ||||  | |||||||| |||||  ||||||||| ||  | |  |||| | ||  |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10184813 catacattgctattcaaaattgttgtccactctattatatctaccttcgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacact 10184714  T
Q  405 ttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||    
T  10184713 ttcttgcaatcttcctgcctatttcttc 10184686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 11770108 - 11769566
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  |||    
T  11770108 gctaaatcatttacaaggtcatgcataacaaacttttctccacgagcatcatcacttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaccaat 11770009  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| |  ||||||  | ||||  | ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  11770008 catcacccaagtcctccaactttttcccaccttgagaacaatcaaggaatccttctgccatccacaacaaaatcaatttcttcctatcaagtgggtagtc 11769909  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  || | |||  ||||||||  ||||    
T  11769908 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaagtgagatggaagatattgataacttaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataag 11769809  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||||||  | || | |||||||||||||||| ||  | |  |||||| ||| |  || ||||| | || | | || || || |||||||| ||||    
T  11769808 ttccatatgtcattgtttaaaattgcagtccactctgttatatctacctttgaacgtagaagccctcctattgttatagcggcaattggcaatcctccac 11769709  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||||| ||||||||||| || || ||||| ||  ||| || | ||| | |   | | || |||   || ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  11769708 actttcttgcaatcttccttcctatttcttcaagggttgtgtttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaaca 11769609  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||| ||||  |||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  11769608 atcttcatttgatagaagttttaattcatgtataggaaatgtg 11769566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13171902 - 13171367
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||   |   |||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| | ||| || |    
T  13171902 gctaaatcattgacaaggtcatgcataacaaatttttcttttc---catcatcatttgattgttgaattaagcacctggataacaattcaataaagtagt 13171806  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    |||  || |||||||| || ||||| |  | ||||||||  || |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||   ||||    
T  13171805 catggcctacttcctcagctgttttattacgttgagaatgctctaggaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtccagtggaaaatc 13171706  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     || || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |  |||||  || |||||  ||||||||  ||||    
T  13171705 cttcggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaag 13171606  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |  |||||| |||||| | |||||| |||| ||| | |||||| |||||||||||||    
T  13171605 ttccatatgtcactatttagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccac 13171506  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || | ||    |  |||||||   || ||||||||||| || ||||| | ||||||    
T  13171505 actttttggcaatctttctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaaca 13171406  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
     |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  13171405 gtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 13171367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10528232 - 10527802
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| | |||||| ||||| | || ||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||  ||||  | |    
T  10528232 gctaaatcgttgacaaggtcatgcatgaaaaacttttttccacgaccaacatgatttgattgctgaattaaggatctggacaacaattcagcaaagcagt 10528133  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||| |  |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| | ||||    
T  10528132 catcacctacttcctctgccatttttccctcttgagaacaatcgaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaatgtcttcttatcaagtgggaaatc 10528033  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||  ||||||||  ||||    
T  10528032 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataag 10527933  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    ||||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| |||     
T  10527932 ttccatacgttgctgttcaaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccat 10527833  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  10527832 actttcttgcaatctttctgcctatttcttc 10527802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 4 - 432
Target Start/End: Original strand, 10375042 - 10375470
Alignment:
Q  4 taaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatca 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||  ||||||||||  ||||| |||||    
T  10375042 taaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttttccacaagcatcatcgcttaattgttgaattaatgatctcaataacaattcagcaaaacaatca 10375141  T
Q  104 tcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatctt 203  Q
    |  || | |||||||     |||| | ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||| |    
T  10375142 ttgcctaattcctccaaatcttttcccccttgagaacaatcaagaaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagtgggcaatcct 10375241  T
Q  204 ttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagtt 303  Q
    | || ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||   ||||||   ||||||    
T  10375242 tgggaaaaattgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatgtaatcattaggtaagtt 10375341  T
Q  304 ccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacac 403  Q
    |||||  | ||| |||| ||| |  ||||||||| || || |  |||||| ||| |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  10375342 ccatacattgctgttcaaaatggatgtccactctgttacatctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacac 10375441  T
Q  404 tttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  10375442 tttcttgcaatcttcctgcctatttcttc 10375470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10078140 - 10077713
Alignment:
Q  5 aaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcat 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||  ||||  |||||     
T  10078140 aaatcattgacaaggtcatgcatgaaaaacttttctccacgaccattatcatttgattgttgaattaaggatctggacaataattcagcaaagcaatcac 10078041  T
Q  105 caccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttt 204  Q
    |||| | ||| |||  |||||| || || || ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| | | ||    
T  10078040 cacctaattcttccatcgttttctccccatgtgaataatcaagaaagccttctgccatccacagcaaaaccaatttcttcctgtcaagtgtgtgaccctt 10077941  T
Q  205 tgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttc 304  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  || | |||| ||||||||  |||||||    
T  10077940 tggaaaaattgaacaatatgcaaaacatattttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagcaggaagaattttatcatttggtaagttc 10077841  T
Q  305 catatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacact 404  Q
    ||||  |  ||||||| |||||  ||||||||| ||  | |  |||||| ||  |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  10077840 catacattactattcaaaattgttgtccactctattatatctacctttgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacact 10077741  T
Q  405 ttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||    
T  10077740 ttcttgcaatcttcctgcctatttcttc 10077713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 10672542 - 10672135
Alignment:
Q  16 aaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcc 115  Q
    ||||||||| |||| | |||||| ||||| | || ||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||  ||||  | |||||||| ||||||    
T  10672542 aaggtcatgtatgaaaaacttttttccacgaccaacatcatttgattgctgaattaaggatctggacaacaattcagcaaagcagtcatcacctacttcc 10672443  T
Q  116 tccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatag 215  Q
    || ||| ||||| |  |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| | |||| ||||| ||||| |    
T  10672442 tctgccatttttccctcttgagaacaatcgaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaatgtcttcttatcaagtgggaaatcctttggaaaaattg 10672343  T
Q  216 aacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgct 315  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||  |||||||||  ||||| ||||||| |||    
T  10672342 aacaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagtttcatatgttgct 10672243  T
Q  316 attcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatc 415  Q
     |||| ||||| |||||||||  ||    |  |||||| ||| |  |||||||| | || ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10672242 gttcaaaattgaagtccactcagttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatc 10672143  T
Q  416 ttcctgcc 423  Q
    ||||||||    
T  10672142 ttcctgcc 10672135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 543
Target Start/End: Original strand, 11159212 - 11159753
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |  | | || ||| |  |||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  11159212 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaacttttgttttctggtaccaacatgtagttgttgaattaatgatctggataacaattcagcaaaacaat 11159311  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| ||||| |||   | ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||    
T  11159312 catcacctacttcttccatggctttttcgtcctgagaataatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagtgtatagtc 11159411  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||| |  ||| |  || ||||   | ||||||  ||||    
T  11159412 ctttggaaaaatggaacaatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaag 11159511  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||| | | | |||| || | |||||||||||||  || |    || | |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||    
T  11159512 ttccatattttgttgttcaaaacttcagtccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcac 11159611  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||||| |||||||  || |||||  ||||||| |||| |  ||||     |  | ||| ||||   |||||||||||||| |||||||||| |||       
T  11159612 actttcttgcaatctgtctaccaattgcttctaggtttgagcctttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgt 11159711  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgt 543  Q
    ||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  11159712 atcttcattagataaaacttctaatttatgaataggaaatgt 11159753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 48 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13290493 - 13290001
Alignment:
Q  48 catcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||| || |||| ||| |||||||| || ||||| |  |  |||||||  || ||    
T  13290493 catcatcatttgattgttgaattaaggacctggataacaattcaataaagtagtcatgacctacttcctcagctgttttattacactgagaatgctctag 13290394  T
Q  148 gaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagag 247  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | || ||||   |||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  13290393 gaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtcaagtgaaaaatccttcggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgag 13290294  T
Q  248 ggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccg 347  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||  || |||||  ||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||  || |      
T  13290293 ggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgtactccactctttagcatcta 13290194  T
Q  348 cctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtattt 447  Q
    |||||| |||||| | ||| || || | ||| |||||||| ||||| |||||||| ||| | || ||||| || ||||| ||||| || |||||| ||||    
T  13290193 cctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatctttctaccaatttcttccagatttgggcattt 13290094  T
Q  448 accacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
    || || | ||  | |||||   |||||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  13290093 actaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 13290001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8862160 - 8861619
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | || | || ||| |  |||||||||||| ||||| ||||||| |||  ||||| |||    
T  8862160 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaacttttgttctctagtaccaacatgtagttgttgaattaatgatctggataacagttcagcaaaacaat 8862061  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| || || |||   | ||||||  ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||  || ||    
T  8862060 catcacctacatcttccatgggtttttcatctttagaatgatcaaggaagccttctgccatccacaacaataccaattgcttcctattaagtgaatagtc 8861961  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||| |  ||| |  || ||||   | ||||||  ||||    
T  8861960 ctttggaaaaatggaacaatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaag 8861861  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||| | | | |||| || | |||||||||||||  || |    || | |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||    
T  8861860 ttccatattttgttgttcaaaacttcagtccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcac 8861761  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||||| |||||||| || |||||  ||||||| |||| | |||||     |  | ||| ||||   |||||||||||||| |||||||||| |||       
T  8861760 actttcttgcaatctttctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgt 8861661  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgt 543  Q
    ||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  8861660 atcttcattagataaaacttctaatttatgaataggaaatgt 8861619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 48 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 13161808 - 13161316
Alignment:
Q  48 catcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||| || ||||  || |||||||| || ||||| |  | |||||||   || ||    
T  13161808 catcatcatttgattgttgaattaaggacctggataacaattcaataaagtagtcatggcctacttcctcagctgttttattacgttgagaacgctctag 13161709  T
Q  148 gaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagag 247  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | || ||||   |||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  13161708 gaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtcaagtggaaaatccttcggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgag 13161609  T
Q  248 ggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccg 347  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||  || |||||   |||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||  || |      
T  13161608 ggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatatgatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgtactccactctttagcatcta 13161509  T
Q  348 cctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtattt 447  Q
    |||||| |||||| | ||| || || | ||| |||||||| ||||| |||||||| ||| | || ||||| || ||||| ||||| || |||||| ||||    
T  13161508 cctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatctttctaccaatttcttccagatttgggcattt 13161409  T
Q  448 accacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
    || || | ||  | |||||   |||||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  13161408 actaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 13161316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 543
Target Start/End: Original strand, 11130221 - 11130762
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||| ||||||||||  || ||||||||| || ||||||| | || |||| ||| |  |||||||||||| || || ||||||| |||  ||||| |||    
T  11130221 gctaagtcattaacaaaatcgtgcatgacaaacctttctcctctagtatcaacatgtagttgttgaattaatgacctggataacagttctgcaaaacaat 11130320  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| ||||| |||   | ||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| || ||    
T  11130321 catcacctacttcttccatgggtttttcgtctttagaatgatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctataaagtgtatagtc 11130420  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||| |  ||| |  || || |   | ||||||  ||||    
T  11130421 ctttggaaaaatggaacaatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaag 11130520  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||| | | | | || || | |||||||||||||  || |    || | |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||    
T  11130521 ttccatattttgttgtccaaaacttcagtccactctttagcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcac 11130620  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||||| |||||||| || |||||  ||||||| |||| | |||||     |  | ||| ||||   |||||||||||||| |||||||||| |||       
T  11130621 actttcttgcaatctttctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgt 11130720  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgt 543  Q
    ||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  11130721 atcttcattagataaaacttctaatttatgaataggaaatgt 11130762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 14 - 242
Target Start/End: Original strand, 13853887 - 13854115
Alignment:
Q  14 acaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaactt 113  Q
    |||||||||||||||| | |  ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| | |||  |||||||||||| ||    
T  13853887 acaaggtcatgcatgaaaaagatttttccaaaaccatcatcatttgattgttgaattaaggatctggatgacaattcaagaaagcaatcatcaccaaatt 13853986  T
Q  114 cctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaat 213  Q
    |||| | | ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| || ||||| |||||    
T  13853987 cctcagtcatttttcccccttgagaacaatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagtgggtagtcctttggaaaaat 13854086  T
Q  214 agaacaataggcaaagcatctttttaaat 242  Q
     |||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  13854087 tgaacaatatgcaaaacatcttttcaaat 13854115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 543
Target Start/End: Original strand, 11148049 - 11148590
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||| ||||||||||  || ||||||||| || ||||||| | || |||| ||| |   ||||||||||| ||||| ||||||| |||  ||||| |||    
T  11148049 gctaactcattaacaaaatcgtgcatgacaaacctttctcctctagtatcaacatgtagctgttgaattaatgatctggataacagttcagcaaaacaat 11148148  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| ||||| ||    | ||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||  || ||    
T  11148149 catcacctacttcttcaatgggtttttcgtctttagaatgatcaaggaagccttctgccatccacaacaataccaattgattcctattaagtgaatagtc 11148248  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||| |  ||| |  || || |   | ||||||  ||||    
T  11148249 ctttggaaaaatggaacaatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaag 11148348  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||| | | | |||| || | |||||||||||||  || |    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||    
T  11148349 ttccatattttgttgttcaaaacttcagtccactctttggcatctctttttgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccaacac 11148448  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||||| |||||||| || |||||  ||||||| |||| | |||||     |  | ||| ||||   |||||||||||||| |||||||||| |||       
T  11148449 actttcttgcaatctttctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgt 11148548  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgt 543  Q
    ||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  11148549 atcttcattagataaaacttctaatttatgaataggaaatgt 11148590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 10890180 - 10889766
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||   || ||||||||    ||| |||||||| |||||||||||||||||   |||  | |    
T  10890180 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaatatttgtccttcagaatcatcatacagttgctgaattaatgatctagataacaattcagaaaagcact 10890081  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| ||||| |||   | |||| |  ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  10890080 catcacctacttcttccatagcttttccatcttgagaatgatcaatgaagccttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatcaagtgtatagtc 10889981  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| ||||| || | ||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||| |  ||| |  || ||||   | ||||||  ||||    
T  10889980 ctttggaaaaatggaacagtatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaag 10889881  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||| | | | |||| || | ||||||| |||||  || |    || | |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||    
T  10889880 ttccatattttgttgttcaaaacttcagtccattctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcac 10889781  T
Q  402 actttctagcaatct 416  Q
    ||||||| |||||||    
T  10889780 actttcttgcaatct 10889766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 266
Target Start/End: Original strand, 11245816 - 11246080
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||   || |||| |||    ||  |||||||| |||||||||||||||||   |||  | |    
T  11245816 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaatatttgtccttcagaatcaccatgcagtttctgaattaatgatctagataacaattcagaaaagcact 11245915  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| ||||| |||   | |||| |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  || ||    
T  11245916 catcacctacttcttccatagcttttccatcttgagaatgatcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagtggatagtc 11246015  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactca 266  Q
     || || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||    
T  11246016 cttcggaaaaatcgaacaataggcaaaacatcttttcaattgagaggaaagatattgatagctca 11246080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 146 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 13396219 - 13396045
Alignment:
Q  146 aggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgag 245  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |  ||  | ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  13396219 aggaagccttctgccatccacaacaaaatcaatttcttcctattaaagggatagccctttggaaaaatcgagcaataggcaaaacatcttttcaaatggg 13396120  T
Q  246 agggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattca 320  Q
    | ||||||| ||||||  ||| | ||||||  |||| |||  ||||||||  || |||||||||||| |||||||    
T  13396119 aaggaagatgttgatatgtcagaaacaaagaaggcataatattatcatttggtatgttccatatgtcactattca 13396045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 362 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 10581115 - 10581045
Alignment:
Q  362 agtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10581115 agtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttcttgcaatcttcctgccaatttcttc 10581045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 473 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 9839264 - 9839193
Alignment:
Q  473 aatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||||| | ||||||||||| || |||||||||    
T  9839264 aatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagatctaatttatgtattggaaatgtg 9839193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 473 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 9850142 - 9850071
Alignment:
Q  473 aatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||||| | ||||||||||| || |||||||||    
T  9850142 aatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagatctaatttatgtattggaaatgtg 9850071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 473 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10663929 - 10663858
Alignment:
Q  473 aatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10663929 aatgcatgctttgaaagtaaggaccaacaatcttcatttgatagaagttctaatttatgtataggaaatgtg 10663858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 473 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10032406 - 10032335
Alignment:
Q  473 aatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||||| ||| || || ||| ||||||||||||    
T  10032406 aatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagttttagttcatgtataggaaatgtg 10032335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 473 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10077672 - 10077601
Alignment:
Q  473 aatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||| || ||||||  ||||||||| ||||  |||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  10077672 aatgcatgctttgaaagtaaataccaacaatcttcatttgataaaggttctaatatatgtataggaaatgtg 10077601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 473 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10527761 - 10527690
Alignment:
Q  473 aatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||| | ||| || |||||| ||||||||||||    
T  10527761 aatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgataaaagttttagtttatgtataggaaatgtg 10527690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 11485912 - 11485372
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  11485912 gctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcagcaaaacaat 11485813  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    |||| || | ||||||| ||  ||||| ||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  11485812 catcgccgaattcctccaccactttttggccatgacaataatccaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatcaagtgggtaatc 11485713  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||  |||||||||||| |||||    
T  11485712 ctttggaaaaattgagcaataggcgaaacatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagctggcaggattgtatcattttttaag 11485613  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||  |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  11485612 ttccatatgtcgctatgcagaattgtagtccactccttttcaactacctttgaatgcattagtcctccaagtgcttttgcagcaattggcaatccaccac 11485513  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | | |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11485512 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctaggtttgggtatttaccccgaagaaattcttcaccgccaaatgcatgcttcgagagtaaagaccaaca 11485413  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatg 542  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11485412 atcttcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatg 11485372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 2 - 544
Target Start/End: Original strand, 44956884 - 44957425
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||    
T  44956884 gctaaatcgttgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagtatcatcacttaattgttgaattaaggatctagataacaattcagcaaaacaat 44956983  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||| | ||||||||||||||  |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||| || | ||   |||| |    
T  44956984 cataaacaacttcctccgccactttttcaccttgagaaatatcaaggaagccttctgccatccataacaaaaccatttttttcttagcaagcaggtaacc 44957083  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| | ||    
T  44957084 ctttggaaaaatagaacaataggcgaaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattgtatcatttcgttag 44957183  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||   ||||| |||||  |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  44957184 ttccatatgtcgctattcagaattgaagtccactccttttcaactatctttgaacgcataagtcctcccagtgttttggcagctattggcaatccaccac 44957283  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||  ||||||     ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  44957284 attttttagcaatcttcctgccaatctcttctaggtttgggta-ttaccttgaacacggtcttcgctgtcaaatgcatgctttgagagtaaagaccaaca 44957382  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44957383 atcttcatcagatagaggttctaatttatgaatcggaaatgtg 44957425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 49 - 544
Target Start/End: Original strand, 17852165 - 17852660
Alignment:
Q  49 atcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaagg 148  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||   |||| | || ||||| |||||||| || | |||| | ||||||||||| || |||    
T  17852165 atcatcatttgtttgttgaattaaggatctggataacaattcagaaaaacagtcgtcacccacttcctctgctgcttttcccccttgagaatagtcgagg 17852264  T
Q  149 aagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagg 248  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||| |    
T  17852265 aatccttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatcaaatgagtaatcctttgagaaaattgaacaatatgcaaaacatattttcaaatgagacg 17852364  T
Q  249 gaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgc 348  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  || | |||| ||||||||  ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |    
T  17852365 gaagatattgataactcaaatgcaaagccgggagaattttatcattttgtaattgccatatatcgctattcagaattgcagtccactcattttcatctac 17852464  T
Q  349 ctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtattta 448  Q
    ||| |  |||| |||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||  |||| |||||||    
T  17852465 cttcgagcgcattagtccaccgagtgctttggcagctattggcaagccatcacactttctagatatcttcctgccaattgcttctaaatttgagtattta 17852564  T
Q  449 ccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgtg 544  Q
    |   || ||  ||||||| | |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  17852565 ctgtgaccaaggtcttcacctccaaatgcatgctttgagagcaaagaccaacaatcttcatcggatataggttctaatttatgaattggaaatgtg 17852660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 2 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 26907771 - 26907230
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||  |||    
T  26907771 gctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttccccacgagcatcatcatttgattgttgaattaaggatctggatagcaattcagcaaagaaat 26907672  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| |  |||||   |  |||| | ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||  |||||    
T  26907671 catcacctaactcctctaactcttttcccccttgagaacagtcaaggaagccttctgccatccacaacaagaccaattgctttctatcaagtggataatc 26907572  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||  |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  || | |||  ||||||||| ||||    
T  26907571 ctttggaaaaagtgaacaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaaggtattgataactcaaatgcaaagctggaagaatattatcatttcgtaag 26907472  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    ||||||| |||| | |||| ||||| |||||||||| ||    |  |||||| ||| |  | |||||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||||    
T  26907471 ttccatacgtcgttgttcaaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaattcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctccac 26907372  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||| ||   ||| | |   | | |||| |   || ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26907371 actttcttgcaatcttcctgccaatttcttcgagggttgtgttaatactatggtgaaactctttacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaaca 26907272  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaatgt 543  Q
    ||| |||   |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26907271 atcttcagttgatagaggttctaatttatgtataggaaatgt 26907230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 145; Significance: 5e-76; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 48 - 540
Target Start/End: Original strand, 145180 - 145672
Alignment:
Q  48 catcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||| || ||||  || |||||||| || ||||| |  | ||||||||  || ||    
T  145180 catcatcatttgattgttgaattaaggacctggataacaattcaataaagtagtcatggcctacttcctcagctgttttattacgttgagaatgctctag 145279  T
Q  148 gaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagag 247  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | || ||||   |||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  145280 gaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtcaagtggaaaatccttcggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgag 145379  T
Q  248 ggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccg 347  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||  || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |      
T  145380 ggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcagtccactcttttgcatcta 145479  T
Q  348 cctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtattt 447  Q
    |||||| |||||| | |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  145480 cctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttcttctagatttgggtactt 145579  T
Q  448 accacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
     | ||    |  |||||||   || ||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  145580 tctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 145672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 48 - 540
Target Start/End: Original strand, 153485 - 153977
Alignment:
Q  48 catcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||| || ||||  || |||||||| || ||||| |  | |||||||   || ||    
T  153485 catcatcatttgattgttgaattaaggacctggataacaattcaataaagtagtcatggcctacttcctcagctgttttattacgttgagaacgctctag 153584  T
Q  148 gaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagag 247  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | || ||||   |||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  153585 gaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtcaagtggaaaatccttcggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgag 153684  T
Q  248 ggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccg 347  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||  || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |      
T  153685 ggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcagtccactcttttgcatcta 153784  T
Q  348 cctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtattt 447  Q
    |||||| |||||| | |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  153785 cctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttcttctagatttgggtactt 153884  T
Q  448 accacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
     | ||    |  |||||||   || ||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  153885 tctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 153977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 540
Target Start/End: Original strand, 135086 - 135621
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||   |   |||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| | ||| || |    
T  135086 gctaaatcattgacaaggtcatgcataacaaatttttcttttc---catcatcatttgattgttgaattaagcacctggataacaattcaataaagtagt 135182  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    |||  || |||||||| || ||||| |  | ||||||||  || |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||   ||||    
T  135183 catggcctacttcctcagctgttttattacgttgagaatgctctaggaagccttctgccatccataacaaaatcaattccttcttgtccagtggaaaatc 135282  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     || || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |  |||||  || |||||  ||||||||  ||||    
T  135283 cttcggaaaaattgagcaataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaag 135382  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |  |||||| |||||| | |||||| |||| ||| | |||||| |||||||||||||    
T  135383 ttccatatgtcactatttagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccac 135482  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaaca 501  Q
    ||||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || | ||    |  |||||||   || ||||||||||| || ||||| | ||||||    
T  135483 actttttggcaatctttctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaaca 135582  T
Q  502 atcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
     |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  135583 gtcatcatctgatagaggatctactttgtgaataggaaa 135621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 140; Significance: 5e-73; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 540
Target Start/End: Original strand, 31678928 - 31679466
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||| | ||  | |  |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  31678928 gctaaatcattgacaagatcatgcatgagaaacttctgtcttccaaaatcatcgtgcgattgttgaattaacgatctagataacaattcaacaaagtagt 31679027  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    |||||||||||||||||   | |||||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||| |||||||| || ||||||||| || |  |||||    
T  31679028 catcaccaacttcctccattgctttttctccttgagaatgttcaaggaagccttcagccatccacagcaaaaccatttgcttcctatcaagaggataatc 31679127  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||||||||| |||||||| || || ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |  || | ||   ||||||||   ||     
T  31679128 ctttgggaaaattgaacaataagcgaaacatgttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaaagcaaggcagggagaacattatcatttggaaaa 31679227  T
Q  302 ttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccac 401  Q
    |||||||||||  | || | ||||||| ||||||||||  || || | ||||  || |  ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| | ||    
T  31679228 ttccatatgtcattgtttaaaattgcactccactctttcgcatccacttttgagcgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatccgcaac 31679327  T
Q  402 actttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatag-tcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaac 500  Q
    ||||| | ||||||||||| |||||  |||||||  ||||||||||||  |  ||| || ||||||   |||||||||||||| |||||||||| ||| |    
T  31679328 acttttttgcaatcttcctaccaattgcttctaggcttgggtatttacggc-cacaaagttcttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccagc 31679426  T
Q  501 aatcatcatcagatagaggttctaatttatgaataggaaa 540  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31679427 aatcatcatctgatagaggttctaatttatagataggaaa 31679466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 133; Significance: 7e-69; HSPs: 3)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 310
Target Start/End: Original strand, 57606 - 57914
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  57606 gctaaatcattgaaaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaacaat 57705  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| | |||||||  | ||||  | ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| | ||||    
T  57706 catcacctaattcctccaactttttccccccttgagaacaatcaaggaaaccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcttatcgagtgggcaatc 57805  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaag 301  Q
     ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | |||  |||||||||  |||    
T  57806 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaag 57905  T
Q  302 ttccatatg 310  Q
    |||||||||    
T  57906 ttccatatg 57914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Original strand, 56797 - 57032
Alignment:
Q  2 gctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataat 101  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  56797 gctaaatcattgataaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgcttaattgttgaattaacgatctcgataacaattcagcaaaacaat 56896  T
Q  102 catcaccaacttcctccgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatc 201  Q
    ||||||| | |||||||  | ||||  | ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| | ||||    
T  56897 catcacctaattcctccaactttttccccccttgagaacaatcaaggaaaccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcttatcgagtgggcaatc 56996  T
Q  202 ttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttt 237  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  56997 ctttggaaaaattgaacaatatgcaaagcatctttt 57032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 362 - 432
Target Start/End: Original strand, 57975 - 58045
Alignment:
Q  362 agtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttc 432  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  57975 agtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttcttgcaatcttcctgccaatttcttc 58045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 29837498 - 29837181
Alignment:
Q  18 ggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcatttgattgttgaattaacgatctagataacaattcgacaaaataatcatcaccaacttcctc 117  Q
    |||||||||||||| | |||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||  | || | ||| | ||||||    
T  29837498 ggtcatgcatgacaaatttttctccatcagtatcatcatatgcttgttgaattaaggatctagatatcaattcagcaaagaactcgttacctatttcctc 29837399  T
Q  118 cgccgttttttcgccttgagaataatcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaa 217  Q
     ||   ||||   ||| || |||  |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||   ||||| ||||| ||||| |||    
T  29837398 tgcttcttttggacctagataatgctcaatgaatccttctgccatccacaacaaaaccaattgcttcctatcaagttgataatcctttggaaaaattgaa 29837299  T
Q  218 caataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctat 317  Q
    |||||||| || |||||||| || ||| | ||||||| |||||||||||||| ||| |  ||||  | | ||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  29837298 caataggcgaaacatcttttcaagtgacaaggaagatcttgataactcaaatgcaatgcaggcatgactttatcatttgataagttccatatgtcactat 29837199  T
Q  318 tcagaattgcagtccact 335  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  29837198 tcagaattgcattccact 29837181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 143 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 826635 - 826249
Alignment:
Q  143 tcaaggaagtcttctgccatccacaacaaaaccaatttcttcctatccagtgtgtaatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaat 242  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||  | || || |  ||| | || || ||||| || |||||| | || |||||||| ||||    
T  826635 tcaaggaagccttctgccatccacaacaaaaccaaatgctttttttcaaggggataacccttgggaaaaattgagcaatagacgaaacatcttttcaaat 826536  T
Q  243 gagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcagtccactctttttc 342  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||  |||||  |||| |||  ||| ||||  || ||||||||||| ||| ||||  ||| | |||||||| ||| |    
T  826535 gagagggaaggtatagataactcaaaagcaaagcaggcagaatgttattatttggtatgttccatatgttgctgttcaagatttcggtccactcctttgc 826436  T
Q  343 aaccgcctttggacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctcttctagctttggg 442  Q
    |     |||||  | ||| || ||||| || | ||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||  ||||||   |||||    
T  826435 atttaactttgagctcaaaagccctcctagcgttttggcagctattggcaatccaccacacttttttgcaatcttcttcccaattgcttctaaggttggg 826336  T
Q  443 tatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaatttatgaatagga 538  Q
    ||||||        || |||  ||   |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  || || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  826335 tattta--------at-gtcaccacttccaaatgcatacttggagagtaaagaccaacaatgttcgtccgatagaggttccaatttatgaatagga 826249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 197 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 18085862 - 18085804
Alignment:
Q  197 taatcttttgggaaaatagaacaataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagata 255  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  18085862 taatcttttgggaaaattgcacaataagcaaaacatctctttaaatgagaagggagata 18085804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University