View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18452_low_4 (Length: 625)
Name: NF18452_low_4
Description: NF18452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18452_low_4 |
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| [»] scaffold0003 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 611
Target Start/End: Original strand, 24494169 - 24494770
Alignment:
| Q |
10 |
catcatcattcatctatctcaaaggtgatgtcaaactctacactttggtatatgttgatgatattttaattacaggcaacaacaaccatgcaattgctaa |
109 |
Q |
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24494169 |
catcattattcatctatctcaaaggtgatgtcaaactctacactttggtatatgttgatgatattttaattactggcaacaacaaccatgcaattgctaa |
24494268 |
T |
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| Q |
110 |
gtgcatttcaacactaggcactatgttttccatcaaagacttaggttccattcacttctttcttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattattt |
209 |
Q |
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| T |
24494269 |
gtgcatttcaacactaggcactatgttttccatcaaagacttaggttccattcacttctttcttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattattt |
24494368 |
T |
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| Q |
210 |
ctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagattgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttacta |
309 |
Q |
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| T |
24494369 |
ctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagattgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttacta |
24494468 |
T |
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| Q |
310 |
aatctgatggcgcaagtgcagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaatatttatccatgacaaggcctgacatagcctacactgt |
409 |
Q |
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24494469 |
aatctgatggcgcaagtgtagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaatatttttccatgacaaggcctgacatagcctacactgt |
24494568 |
T |
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| Q |
410 |
aaataagcttgcacaattcatgcaacatccatcatctacacactttacatccttgaaaagacttcttcgatatctcaaagccaccatgtttcatggactt |
509 |
Q |
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aaataagcttgcacaattcatgcaacatccatcatctacacactttacagccttgaaaagacttctttgatatctcaaagccaccatgtttcatggactt |
24494668 |
T |
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| Q |
510 |
cacttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatagagatgattatacatccacctctgcacatgttacat |
609 |
Q |
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| T |
24494669 |
cacttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatagagatgattatacatccacctctgcacatgttacat |
24494768 |
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610 |
tt |
611 |
Q |
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24494769 |
tt |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 611
Target Start/End: Original strand, 93519 - 94120
Alignment:
| Q |
10 |
catcatcattcatctatctcaaaggtgatgtcaaactctacactttggtatatgttgatgatattttaattacaggcaacaacaaccatgcaattgctaa |
109 |
Q |
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93519 |
catcattattcatctatctcaaaggtgatgtcaaactctacactttggtatatgttgatgatattttaattacaggcaacaacaaccatgcaattgctaa |
93618 |
T |
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| Q |
110 |
gtgcatttcaacactaggcactatgttttccatcaaagacttaggttccattcacttctttcttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattattt |
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Q |
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93619 |
gtgcatttcaacactaggcactatgttttccatcaaagacttaggttccattcacttctttcttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattattt |
93718 |
T |
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210 |
ctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagattgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttacta |
309 |
Q |
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| T |
93719 |
ctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagattgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttacta |
93818 |
T |
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| Q |
310 |
aatctgatggcgcaagtgcagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaatatttatccatgacaaggcctgacatagcctacactgt |
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Q |
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| T |
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aatctgatggcgcaagtgaagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaatatttgtccatgacaaggcctgacatagcctacactgt |
93918 |
T |
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| Q |
410 |
aaataagcttgcacaattcatgcaacatccatcatctacacactttacatccttgaaaagacttcttcgatatctcaaagccaccatgtttcatggactt |
509 |
Q |
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| T |
93919 |
aaataagtttgcacagttcatgcaatatccatcatctacacactttacaaccttgaaaagacttcttcgatatctcaaagccaccatgtttcatggactt |
94018 |
T |
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510 |
cacttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatagagatgattatacatccacctctgcacatgttacat |
609 |
Q |
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94019 |
cacttgaagtgcacttcttctcaaaatctatatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatcgagatgattatacatccacctctgcacatgttacat |
94118 |
T |
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610 |
tt |
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Q |
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94119 |
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T |
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