View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18453_low_17 (Length: 536)

Name: NF18453_low_17
Description: NF18453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18453_low_17
NF18453_low_17
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-529)||(27219998-27220525)
chr7 (191-484)||(27304349-27304642)
chr7 (216-529)||(27249054-27249373)
chr7 (237-517)||(27243106-27243389)
chr7 (194-431)||(27301492-27301735)
chr7 (87-323)||(27165385-27165629)
chr7 (216-410)||(27281674-27281868)
chr7 (208-321)||(27296134-27296247)
chr7 (202-327)||(27157968-27158093)
chr7 (216-321)||(27271563-27271668)
chr7 (202-319)||(27147104-27147221)
chr7 (242-332)||(27312620-27312710)
chr7 (202-321)||(27134056-27134174)
chr7 (12-82)||(27146962-27147029)
chr7 (239-321)||(27322896-27322978)
chr7 (239-335)||(27246136-27246232)
chr7 (239-335)||(27227859-27227955)
chr7 (239-335)||(27235953-27236049)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (237-484)||(14889759-14890009)
chr1 (239-446)||(14884146-14884356)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 529
Target Start/End: Original strand, 27219998 - 27220525
Alignment:
Q  1 atgcggaatatgagtttttatattgttggatatttattctttagattttgatggtggtaataatctcctcctcacacaataaatgtacaataaatgtaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||           ||    
T  27219998 atgcggaatatgagtttttatattgttggatatttattctttagattttgatggtggtaatgatctcctcctcacacaataaatgta-----------ga 27220086  T
Q  101 acgttggggaccaaagttgaattaaccgtatattctt-ctataaataaa-tagtcatgaaagagagacgcataattcatctccataaacacac------- 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  27220087 acgttggggaccaaagttgaattaaccgtatattctttctataaataaaatagtcatgaaagagagatgcataattcatctccataaacacacacaaaca 27220186  T
Q  192 -acactcactaacacacttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgc 290  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||    
T  27220187 cacactcactaacacacttgaatagcatttcctctatcaaaatttccaaatcatggctagttcaatgcttttgaaggttacttgtttggctatgatatgc 27220286  T
Q  291 ttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgtcctgcagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtccat 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27220287 ttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgtcctgcagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtccat 27220386  T
Q  391 ctccccctcaaccatgttgcaatagggttaagactttaaatagccaagccaaaactacgcaagatcgtcgtcatgtttgcggttgcctcaaatctcttat 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27220387 ctccccctcaaccatgttgcaatagggttaagactttaaatagccaagccaaaactacgcaagatcgtcatcatgtttgcggttgcctcaaatctcttat 27220486  T
Q  491 ggccggcatacctgggctcaatcttccagcctttgcttc 529  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27220487 ggccggcatacctggactcaatcttccagcctttgcttc 27220525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 191 - 484
Target Start/End: Original strand, 27304349 - 27304642
Alignment:
Q  191 cacactcactaacacacttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgc 290  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27304349 cacactcactaacacacttgaattgcatttcctcttccaaaatttccaaatcatggctagttcaatgcttgtcaaagttacttgcttggctatgatatgc 27304448  T
Q  291 ttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgtcctgcagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtccat 390  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||   ||||||||  |  |     
T  27304449 ttggttttgggcattccactagccagtgctgccccttcatgtcctgcagtgcaacaaactttaacaacatgccttctgtacgcgacaaacccacatggac 27304548  T
Q  391 ctccccctcaaccatgttgcaatagggttaagactttaaatagccaagccaaaactacgcaagatcgtcgtcatgtttgcggttgcctcaaatc 484  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| | | |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27304549 ctccccctgaaccatgttgcaatgggattaagactttacatggccaatcccaaactcccctagatcgtcgagatgtttgcggttgcctcaaatc 27304642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 216 - 529
Target Start/End: Original strand, 27249054 - 27249373
Alignment:
Q  216 catttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagcca 315  Q
    ||||||||||   ||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  27249054 catttcctcttcgaaaatttccaaatcatggctagttcaatgtttgtcaaggttacttgtttggctatgatatgcttagttttgggcattccactagcta 27249153  T
Q  316 atgctgccccttcatgtcctgcagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtcca------tctccccctcaaccatgttg 409  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||      |||||||| | |||||||||    
T  27249154 atgctgctccttcatgtcctgaagtgcaacaaactttagcaccatgcgttccgtacgtaacacacccaggtccacccatctctcccccaccaccatgttg 27249253  T
Q  410 caatagggttaagactttaaatagccaagccaaaactacgcaagatcgtcgtcatgtttgcggttgcctcaaatctcttatggccggcatacctgggctc 509  Q
    ||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||| |||    
T  27249254 caatgcggttaagactttaaatggccaatccaaaactacccaagatcgtcgagatgtttgcggttgcctcaaatccatgatgggcggcatacctggactc 27249353  T
Q  510 aatcttccagcctttgcttc 529  Q
    |||||||| ||| |||||||    
T  27249354 aatcttcctgccattgcttc 27249373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 237 - 517
Target Start/End: Original strand, 27243106 - 27243389
Alignment:
Q  237 caaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgtcctg 336  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  27243106 caaatcatggctagttcaatgcttgtcaaggttacttgtttggctatgatatgcttggttttgggcattccactagccaatgctgccgcttcatgtcctg 27243205  T
Q  337 cagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggt---ccatctccccctcaaccatgttgcaatagggttaagactttaaatag 433  Q
     | | | ||||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||   ||  |||||||| ||||||||||||||  ||||||| || || || |    
T  27243206 aaattgaacaaactttaacaccatgccttgagtacgtaacacacccaggttcaccccctccccctgaaccatgttgcaatgcggttaaggctatacatgg 27243305  T
Q  434 ccaagccaaaactacgcaagatcgtcgtcatgtttgcggttgcctcaaatctcttatggccggcatacctgggctcaatcttcc 517  Q
    |||| || | ||| | |||||||||||  ||  |||| ||||| |||||||  | || | || ||||||||| |||||||||||    
T  27243306 ccaaacccatactccccaagatcgtcgagattgttgcagttgcgtcaaatccatgataggcgacatacctggactcaatcttcc 27243389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 194 - 431
Target Start/End: Original strand, 27301492 - 27301735
Alignment:
Q  194 actcactaacacacttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttg---tcaaggttacttggttggctatgatatgc 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||| |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27301492 actcactaacacacttgaatagcatttcctcttccaaaatttccaaatcatggctagttcaatgcttgtgatcaaagttacttgcttggctatgatatgc 27301591  T
Q  291 ttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgtcctgcagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtcc-- 388  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | | | |||||  || ||||  ||||| ||||||||||||||||||  | ||| ||||||||  | |      
T  27301592 ttggttttgtgcattccattagccaatgcttcacttacatgtgatgaagtgaaacaaaatttaacaccatgccttccttatgtaacaaacccacatacat 27301691  T
Q  389 -atctccccctcaaccatgttgcaatagggttaagactttaaat 431  Q
     |||||||||| | | |||||||||  ||||||||||| |||||    
T  27301692 tatctccccctgatcaatgttgcaacggggttaagactgtaaat 27301735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 87 - 323
Target Start/End: Original strand, 27165385 - 27165629
Alignment:
Q  87 acaataaatgtagaacgttggggaccaaagttgaattaaccgtatattcttctataaataaatagtcatgaaagagagacgc------ata---attcat 177  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  |||||||||||  ||||||||| |      |||   ||||||    
T  27165385 acaataaaggtagaacattgaggaccaaagttgaattagccatatattct-ctcta--taaatagtcattgaagagagacaccataacatattcattcat 27165481  T
Q  178 ctccataaa--cacacacactcactaacacacttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttgg 275  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |  ||||||||||| ||| | |||||     
T  27165482 ctccataaaaacacacacactcactaacacaattgaattgcatttcctctatcaaaatttccaaatcatggctacctcaatgcttgttaagatcacttgt 27165581  T
Q  276 ttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagccaatgctgcc 323  Q
    ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27165582 ttgtctgtgatatgcttggttttggccattccattagccaatgctgcc 27165629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 216 - 410
Target Start/End: Original strand, 27281674 - 27281868
Alignment:
Q  216 catttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagcca 315  Q
    ||||||||||  |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27281674 catttcctcttccaaaatttccaaatcatggctagttcaatgcttgtcaaggttacttgtttggctatgatatgcttggttttgggcattccactagcca 27281773  T
Q  316 atgctgccccttcatgtcctgcagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtccatctccccctcaaccatgttgc 410  Q
    |||||| |  | |||||||||    ||    |||||||||  |||||||| || ||||| || |||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  27281774 atgctgtcattacatgtcctgatacggatataactttaacggcatgcctttcgtacgtagcatacccaaatccacctccccctcaaccatgttgc 27281868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 208 - 321
Target Start/End: Original strand, 27296134 - 27296247
Alignment:
Q  208 ttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattcc 307  Q
    |||||| |||||||||||   ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27296134 ttgaattgcatttcctcttcaaaaatttccaaatcatggctagttcaatgcttgtcaaggttacttgtttggctacgatatgcttggttttgggcattcc 27296233  T
Q  308 attagccaatgctg 321  Q
    | ||||||||||||    
T  27296234 actagccaatgctg 27296247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 202 - 327
Target Start/End: Original strand, 27157968 - 27158093
Alignment:
Q  202 acacacttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttggg 301  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||     
T  27157968 acacacttgaattgcatttcctctatcaaaatttccaaatcatggctagctcaatgcttattaaggttacttgtttgtctgtgatgtgcttggttttggc 27158067  T
Q  302 cattccattagccaatgctgcccctt 327  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||    
T  27158068 cattccattagcaaatgctggccctt 27158093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 216 - 321
Target Start/End: Original strand, 27271563 - 27271668
Alignment:
Q  216 catttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagcca 315  Q
    ||||||||||  |||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  27271563 catttcctcttccaaaatttccaaatcatggctagttcaatccttgtcaaggttacttgtttggctatgatatgcttggttttgagcattccactagcca 27271662  T
Q  316 atgctg 321  Q
    ||||||    
T  27271663 atgctg 27271668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 319
Target Start/End: Original strand, 27147104 - 27147221
Alignment:
Q  202 acacacttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttggg 301  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||| || |||| |||||| ||||||     
T  27147104 acacacttgaattgcatttcctctatcaaaatttccaaatcatggctagctcaatgcttattaaggttacttgtttgtctgtgatgtgcttgcttttggc 27147203  T
Q  302 cattccattagccaatgc 319  Q
    |||||||||||| |||||    
T  27147204 cattccattagcaaatgc 27147221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 242 - 332
Target Start/End: Original strand, 27312620 - 27312710
Alignment:
Q  242 catggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgt 332  Q
    |||||| || |||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  27312620 catggctagctcaatgtttgtcaagattactttcttggctatgatatgcttggttttgggcactcccttagccaatgctgccctttcatgt 27312710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 202 - 321
Target Start/End: Original strand, 27134056 - 27134174
Alignment:
Q  202 acacacttgaatagcatttcctctatcaaaattatcaaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttggg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||| |||||| || ||||||||||| ||| |||||||  || ||||| |||||||||||||||     
T  27134056 acacacttgaatagcatttcctctatcaaatctc-caaaccatggctagctcaatgcttgttaagattacttgtatgtctatgctatgcttggttttggt 27134154  T
Q  302 cattccattagccaatgctg 321  Q
    |||||||||| | |||||||    
T  27134155 cattccattatcaaatgctg 27134174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 82
Target Start/End: Original strand, 27146962 - 27147029
Alignment:
Q  12 gagtttttatattgttggatatttattctttagattttgatggtggtaataatctcctcctcacacaataa 82  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  27146962 gagtttttatattgttggatatttactctttagattttgatggtggta--aatct-ctcctcacacaataa 27147029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 321
Target Start/End: Original strand, 27322896 - 27322978
Alignment:
Q  239 aatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagccaatgctg 321  Q
    ||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  27322896 aatcatggccagctcaatgctcttcaaggttacttgcttagcagtgatatgcttggtttttggcattcccttagccaatgctg 27322978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 239 - 335
Target Start/End: Original strand, 27246136 - 27246232
Alignment:
Q  239 aatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcat-tccattagccaatgctgccccttcatgtcct 335  Q
    ||||||||| |  |||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  27246136 aatcatggctacctcaatgtttgtcaaggttacttgcttgactgtgatatgcttggttctgggcatatccatga-ccaatgctgccctttcatgtcct 27246232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 239 - 335
Target Start/End: Original strand, 27227859 - 27227955
Alignment:
Q  239 aatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcat-tccattagccaatgctgccccttcatgtcct 335  Q
    ||||||||| |  |||||| ||||||||||||| || ||| || |||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||| | ||||||||||    
T  27227859 aatcatggctacctcaatgtttgtcaaggttacatgcttgactgtgatatgcttggttctgggcatatccatga-ccaatgctgcgctttcatgtcct 27227955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 335
Target Start/End: Original strand, 27235953 - 27236049
Alignment:
Q  239 aatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcat-tccattagccaatgctgccccttcatgtcct 335  Q
    ||||||||| |  |||||| |||||||||||||||  |||  | |||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||| || |||||||    
T  27235953 aatcatggctacctcaatgtttgtcaaggttactttcttgattgtgatatgcttggttctgggcatatccatga-ccaatgctgcccttttatgtcct 27236049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 237 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 14890009 - 14889759
Alignment:
Q  237 caaatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgtcctg 336  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||| |||||||||||||    
T  14890009 caaatcatggctagttcaatgcttaccaaggttacttgtttggctatgatatgcttggttttgagcattccactggccaattctgcaccttcatgtcctg 14889910  T
Q  337 cagtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtcca---tctccccctcaaccatgttgcaatagggttaagactttaaatag 433  Q
     ||||  |||||||||| ||||||||  |||  || |   | | |||||||||    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||      
T  14889909 aagtgcaacaaactttagcaccatgcggtccatacttgatacaaccaggtccaccccctccccctgaaccatgttgcaatggggttaagactttaaatga 14889810  T
Q  434 ccaagccaaaactacgcaagatcgtcgtcatgtttgcggttgcctcaaatc 484  Q
    |||||||  ||||   |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  14889809 ccaagcccgaactcaacaagatcgtcgagatgtttgcggttgcctcaaatc 14889759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 239 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 14884356 - 14884146
Alignment:
Q  239 aatcatggcaagttcaatgcttgtcaaggttacttggttggctatgatatgcttggttttgggcattccattagccaatgctgccccttcatgtcctgca 338  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |    
T  14884356 aatcatggctagttcaatgcttaccaaggttacttgtttggctatgttatgcttggttttgggcattccaatagccaattctgccccttcatgtcctcaa 14884257  T
Q  339 gtggcacaaactttaacaccatgccttccgcacgtatcaaacccaggtcca---tctccccctcaaccatgttgcaatagggttaagactttaaatagcc 435  Q
    |||  |||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||    |||||||| | |||||||||||| ||  |||||||||| || |||    
T  14884256 gtgcaacaaactttagcaccatgcattccgtacctaacaaacccaggtccaccccctccccctgacccatgttgcaatgggtataagactttagatggcc 14884157  T
Q  436 aagccaaaact 446  Q
    ||  |||||||    
T  14884156 aaatcaaaact 14884146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University